genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65851092--65851350	94	2.8	92	79	4	256	26	20	28	24	1.99
65858567--65858883	47	6.7	46	70	12	173	26	18	29	24	1.98
65859708--65859824	55	2.1	55	81	6	130	20	26	31	21	1.98
65864693--65864878	41	4.6	41	87	3	243	24	25	24	25	2.00
65864723--65864876	81	1.9	82	89	4	240	25	25	24	24	2.00
65896737--65896911	46	3.8	45	80	7	199	28	29	20	21	1.98
65896745--65896915	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
65901492--65901546	29	1.9	29	92	3	94	20	38	21	20	1.94
65911663--65911924	40	6.6	40	86	3	307	26	28	20	24	1.99
65911663--65911924	79	3.3	79	85	4	307	26	28	20	24	1.99
65911663--65911924	119	2.2	119	82	4	314	26	28	20	24	1.99
65919172--65919433	40	6.6	40	86	3	307	26	28	20	24	1.99
65926097--65926151	15	3.7	14	83	9	65	61	18	7	12	1.53
65937998--65938040	19	2.2	19	83	8	50	16	27	2	53	1.55
65941179--65941525	47	7.4	47	95	0	586	32	8	30	28	1.86
65943451--65943551	29	3.5	29	84	1	132	27	15	28	27	1.96
65943451--65943560	58	1.9	57	86	1	157	28	15	29	27	1.96
65947725--65947760	8	4.5	8	89	0	54	44	16	25	13	1.85
65947968--65948079	29	3.9	28	81	2	116	26	13	31	28	1.94
65950458--65950482	9	2.8	9	100	0	50	52	0	24	24	1.48
65950809--65950911	42	2.4	42	79	6	100	30	18	23	28	1.98
65955690--65956144	47	9.5	47	95	2	759	32	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65955690--65956144	49	9.5	49	95	3	781	32	8	29	29	1.86
65956262--65956339	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
65957548--65957819	40	6.8	40	86	0	382	27	21	25	26	1.99
65961398--65962134	47	15.6	47	91	4	1103	32	8	29	29	1.88
65961398--65962134	194	3.9	193	90	5	1150	32	8	29	29	1.88
65962253--65962330	36	2.1	36	85	2	102	24	20	32	23	1.98
65964781--65964813	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
65965302--65965408	41	2.6	42	80	7	112	20	28	22	28	1.99
65966450--65966474	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
65973120--65973394	27	10.2	27	86	0	390	38	19	8	32	1.83
65973155--65973420	134	2.0	134	87	1	381	38	19	9	32	1.83
65973120--65973514	27	14.7	27	77	7	279	38	20	8	32	1.84
65973501--65973674	27	6.1	27	80	10	177	37	18	19	24	1.94
65973505--65973573	35	2.0	35	97	0	129	43	18	17	20	1.88
65973536--65973674	54	2.6	53	89	4	215	35	18	20	25	1.95
65974177--65974279	6	16.8	6	74	11	84	19	17	12	50	1.77
65974177--65974279	49	2.1	49	87	0	143	19	17	12	50	1.77
65975866--65975996	45	3.0	45	83	6	146	26	31	17	24	1.97
65979403--65979586	40	4.6	39	80	9	194	24	21	27	26	1.99
65979458--65979619	79	2.1	79	81	6	186	25	19	27	27	1.99
65987480--65987664	40	4.6	39	83	7	198	23	21	28	27	1.99
65989633--65989657	6	4.2	6	100	0	50	20	16	16	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65993189--65993346	79	2.0	79	98	0	307	29	8	21	40	1.82
65993578--65993635	17	3.4	17	92	0	98	13	29	37	18	1.90
65993969--65994044	20	3.8	20	94	0	125	35	13	19	31	1.90
65994097--65994165	26	2.7	26	97	2	131	27	21	23	27	1.99
65994149--65994181	16	2.1	16	100	0	66	27	30	24	18	1.98
66002123--66002232	26	4.4	26	82	6	122	30	19	20	30	1.97
66008802--66008914	27	4.2	27	76	7	104	36	19	24	19	1.95
66011618--66011805	49	3.8	49	80	2	223	25	18	27	28	1.98
66011613--66011800	100	1.9	100	93	0	322	24	19	27	28	1.99
66020010--66020165	23	6.8	23	69	12	63	30	6	24	39	1.80
66020084--66020324	23	10.5	24	71	13	111	33	5	24	36	1.79
66020002--66020255	114	2.2	115	92	0	420	31	5	23	39	1.77
66020182--66020347	46	3.6	46	85	1	235	33	4	23	38	1.74
66020172--66020348	23	7.7	23	74	10	157	33	3	23	38	1.74
66020855--66020968	54	2.1	55	90	1	176	23	35	19	21	1.96
66032703--66032751	22	2.3	21	80	10	55	40	24	2	32	1.67
66033929--66033989	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
66034651--66034902	68	3.9	63	78	7	220	30	17	28	24	1.97
66034719--66034902	67	2.9	63	81	7	208	29	17	29	23	1.97
66038985--66039080	27	3.6	27	90	2	149	35	20	18	25	1.95
66039073--66039351	27	10.4	27	77	6	201	44	19	6	29	1.76
66039485--66039529	20	2.2	20	84	7	56	22	6	31	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66039622--66039822	41	4.9	41	87	1	278	21	20	28	29	1.98
66044261--66044315	15	3.7	15	92	4	94	29	7	49	14	1.70
66044261--66044320	29	2.1	29	93	0	102	30	6	48	15	1.70
66046918--66047133	40	5.4	40	86	3	242	23	21	28	26	1.99
66054139--66054287	40	3.7	40	84	5	194	26	26	22	24	2.00
66054106--66054283	80	2.2	80	83	6	220	25	26	22	24	2.00
66076664--66076862	38	5.4	38	80	11	204	26	27	20	25	1.99
66082294--66082331	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
66082561--66082730	92	1.8	93	87	1	252	30	27	20	22	1.98
66082556--66082727	46	3.7	46	73	11	163	31	26	19	22	1.98
66083150--66083209	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
66085601--66085688	29	3.1	29	88	1	142	29	14	26	29	1.95
66089247--66089313	24	2.8	24	90	2	107	16	23	19	40	1.91
66092143--66092187	18	2.5	18	92	0	81	22	20	15	42	1.89
66092130--66092208	36	2.2	35	84	2	95	22	20	16	40	1.91
66092136--66092208	18	4.1	18	80	1	76	23	21	16	38	1.93
66099635--66099743	55	2.0	55	98	0	209	33	11	25	30	1.90
66121355--66121463	37	2.9	37	91	2	166	27	30	18	23	1.98
66121799--66122083	98	2.9	100	95	2	520	27	30	12	29	1.93
66121911--66121987	24	3.2	24	65	23	63	27	32	12	27	1.93
66121672--66122106	47	9.0	47	88	5	627	26	30	12	30	1.93
66124244--66124591	85	4.1	85	98	0	671	27	27	7	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66124244--66124591	169	2.1	169	98	0	669	27	27	7	38	1.84
66126183--66126240	30	1.9	30	92	0	98	34	12	24	29	1.91
66126627--66126788	46	3.5	45	82	9	168	25	19	30	24	1.98
66139197--66139291	44	2.2	44	90	3	147	25	13	25	35	1.93
66139217--66139315	44	2.3	42	79	10	108	27	16	24	32	1.96
66142688--66143022	47	7.1	47	91	1	508	31	9	30	28	1.88
66143141--66143219	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
66150337--66150665	27	12.2	27	85	0	381	30	20	6	41	1.79
66151171--66151243	31	2.4	31	90	0	110	21	19	10	47	1.79
66151171--66151289	6	19.3	6	66	17	57	20	18	12	48	1.80
66151202--66151268	25	2.7	25	92	0	107	19	20	11	47	1.81
66151171--66151268	31	3.4	28	78	16	94	20	19	12	47	1.81
66152463--66152519	30	1.9	30	85	0	78	31	12	26	29	1.92
66153776--66153915	37	3.8	37	95	0	244	25	31	20	23	1.98
66154080--66154161	28	3.2	28	61	25	72	30	29	4	35	1.78
66154056--66154903	48	17.9	48	91	2	1369	30	29	6	33	1.83
66154056--66154903	94	9.0	95	93	1	1361	30	29	6	33	1.83
66154056--66154903	142	6.0	143	93	2	1374	30	29	6	33	1.83
66194248--66194493	96	2.6	96	91	0	393	36	16	34	12	1.86
66200514--66200703	40	4.8	39	83	5	204	23	28	23	24	1.99
66200514--66200703	80	2.4	80	84	4	242	23	28	23	24	1.99
66208735--66208928	40	4.9	40	86	1	223	22	27	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66208735--66208925	80	2.4	80	86	4	253	23	28	24	24	2.00
66212355--66212420	33	2.0	32	88	11	98	36	0	18	45	1.49
66220483--66220566	43	2.0	43	83	9	109	28	27	17	26	1.98
66229780--66230001	46	4.8	46	77	9	211	20	18	30	30	1.97
66229826--66229994	93	1.8	93	87	2	250	20	18	30	29	1.97
66236042--66236149	26	4.2	26	92	0	189	37	25	5	31	1.79
66246749--66246795	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
66253101--66253330	40	5.8	40	91	1	347	26	27	21	24	1.99
66253075--66253330	80	3.2	80	88	3	367	26	26	21	25	2.00
66261151--66261405	40	6.4	41	90	4	348	26	27	21	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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