genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.345.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114841652--114841708	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
114841693--114841733	22	1.9	21	85	5	55	63	0	4	31	1.15
114841852--114841916	25	2.7	25	88	6	91	52	4	7	35	1.51
114841930--114841994	14	5.1	13	69	23	57	61	0	3	35	1.12
114841937--114842069	22	5.5	25	67	24	72	57	2	4	35	1.31
114841930--114842069	45	2.9	48	75	17	128	58	2	4	35	1.30
114842333--114842381	17	2.9	17	96	3	91	40	30	6	22	1.78
114842570--114842653	30	2.8	30	87	3	98	25	4	44	26	1.74
114842627--114842678	18	3.2	18	65	30	53	23	3	46	26	1.69
114842608--114842678	30	2.4	30	97	0	133	19	4	47	28	1.68
114844099--114844310	69	3.0	68	74	13	185	33	16	16	33	1.91
114844132--114844334	76	2.8	73	82	7	243	32	17	18	32	1.94
114853106--114853135	2	15.0	2	92	0	51	53	46	0	0	1.00
114857357--114857434	31	2.5	31	89	0	111	34	7	8	48	1.63
114870982--114871012	14	2.2	14	94	0	53	25	41	6	25	1.79
114894811--114895498	97	7.1	96	84	5	870	48	17	14	18	1.81
114894710--114895498	289	2.8	287	85	5	1007	48	17	14	18	1.81
114894825--114895498	192	3.5	193	88	3	921	48	17	14	18	1.81
114906137--114906270	61	2.2	62	83	10	161	51	5	17	25	1.66
114915096--114915151	29	1.9	29	85	7	78	42	8	10	37	1.71
114917331--114917490	50	3.1	50	65	22	132	40	16	10	32	1.82
114917287--114917698	104	4.0	104	93	0	623	41	16	11	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114918914--114919035	58	2.1	60	83	6	151	25	13	14	45	1.82
114923997--114924136	39	3.6	39	97	0	262	13	25	22	37	1.91
114926700--114926734	12	2.9	12	95	0	61	40	0	8	51	1.33
114928508--114928532	12	2.1	12	100	0	50	28	0	24	48	1.52
114932962--114932997	18	2.1	18	89	5	56	19	5	2	72	1.17
114936449--114936500	22	2.4	22	93	0	86	28	25	19	26	1.98
114940946--114940980	16	2.2	16	100	0	70	45	14	22	17	1.84
114943770--114943826	22	2.5	23	80	5	71	28	3	5	63	1.33
114944887--114944929	22	1.9	23	81	13	54	39	4	6	48	1.51
114947346--114947387	12	3.5	12	75	12	50	23	9	2	64	1.35
114947342--114947393	24	2.2	24	100	0	104	25	7	5	61	1.45
114957093--114957145	25	2.2	25	96	3	99	24	7	5	62	1.44
114957093--114957137	24	2.0	22	87	12	65	24	8	4	62	1.43
114963285--114963331	22	2.1	22	92	0	76	23	6	6	63	1.41
114964057--114964130	31	2.4	31	84	6	89	32	12	13	41	1.81
114975818--114975845	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
114983036--114983212	67	2.6	67	96	0	327	24	12	26	36	1.91
114998074--114998104	2	15.5	2	93	0	53	51	0	48	0	1.00
115004634--115004720	33	2.6	33	89	3	131	18	14	17	49	1.80
115013217--115013274	29	2.0	29	100	0	116	37	17	13	31	1.89
115013451--115013514	31	2.1	31	90	0	101	35	12	9	42	1.75
115016609--115016656	24	2.0	24	95	0	87	54	8	22	14	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115027749--115027787	21	1.9	20	84	5	51	17	0	7	74	1.05
115034528--115034625	50	2.0	48	92	4	160	18	13	18	50	1.78
115039937--115039969	17	2.0	17	88	5	50	60	0	6	33	1.21
115050204--115050242	20	2.0	20	95	5	71	48	0	0	51	1.00
115057185--115057211	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
115058268--115058459	96	2.0	96	90	2	305	26	13	17	43	1.85
115063355--115063421	33	2.0	33	100	0	134	32	5	23	37	1.79
115064798--115064843	21	2.3	19	85	7	56	26	6	0	67	1.15
115071176--115071213	18	2.1	18	100	0	76	36	10	0	52	1.36
115071409--115071470	31	2.0	32	87	3	90	48	6	11	33	1.65
115078300--115078350	23	2.3	22	83	10	59	58	0	0	41	0.98
115082195--115082226	6	5.3	6	100	0	64	46	0	0	53	1.00
115086124--115086206	25	3.4	25	70	8	71	34	15	22	26	1.94
115086121--115086220	50	2.0	49	84	5	130	33	15	23	29	1.94
115086407--115086467	24	2.5	24	89	5	88	36	18	27	18	1.94
115090404--115090451	21	2.3	20	82	7	51	20	0	8	70	1.12
115090430--115090477	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
115095570--115095610	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
115098784--115098842	9	6.6	9	82	7	75	47	20	8	23	1.77
115098784--115098842	27	2.2	27	90	0	91	47	20	8	23	1.77
115098862--115098902	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
115099229--115099303	34	2.2	34	97	0	141	28	28	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115099338--115099917	197	3.0	195	87	7	792	38	12	8	40	1.72
115101921--115101978	28	2.1	28	100	0	116	22	3	13	60	1.49
115102813--115102855	18	2.4	18	88	7	61	18	48	25	6	1.73
115104140--115104392	130	1.9	132	79	3	278	29	20	18	31	1.96
115107945--115108172	119	1.9	119	95	0	411	33	17	17	32	1.93
115109910--115109971	31	2.0	31	100	0	124	41	19	19	19	1.90
115124237--115124289	23	2.3	23	96	0	97	43	3	11	41	1.58
115132161--115132207	23	2.0	23	95	0	85	23	8	23	44	1.80
115132800--115132908	22	4.8	22	86	6	146	11	22	26	39	1.88
115132800--115132927	44	2.9	45	84	11	158	11	22	25	40	1.88
115132950--115132975	7	3.7	7	100	0	52	0	0	69	30	0.89
115133809--115140250	7	924.4	7	96	2	11785	13	0	43	42	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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The End!