genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28417131--28417275	43	3.4	42	78	5	134	24	14	24	36	1.93
28421014--28421225	107	2.0	107	96	1	390	34	10	15	39	1.82
28421689--28421732	21	2.1	21	82	0	52	31	2	2	63	1.19
28421701--28421741	21	2.0	21	90	4	66	34	0	0	65	0.93
28422233--28422272	18	2.1	20	86	9	57	65	12	0	22	1.26
28422353--28422412	30	2.1	28	87	12	86	60	8	3	28	1.42
28422444--28422492	22	2.2	22	85	0	71	63	8	8	20	1.48
28422444--28422500	22	2.6	22	80	0	60	63	7	12	17	1.50
28428278--28428333	22	2.5	22	88	0	76	10	12	12	64	1.51
28429604--28429651	20	2.4	20	100	0	96	12	20	10	56	1.65
28429603--28429651	10	4.9	10	83	16	66	12	20	10	57	1.64
28434492--28434581	25	3.6	25	74	16	78	22	28	22	26	1.99
28438246--28438327	26	3.2	26	92	0	137	32	7	23	36	1.82
28444558--28444603	21	2.2	20	82	17	58	47	4	4	43	1.42
28446110--28446149	14	2.6	16	77	22	50	32	5	7	55	1.50
28449994--28450043	21	2.3	22	83	13	59	10	12	2	76	1.11
28450371--28450431	3	20.7	3	81	9	72	62	4	0	32	1.17
28461320--28461345	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
28474169--28474254	39	2.2	39	85	0	118	24	17	29	29	1.97
28476628--28476805	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
28476628--28476805	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
28476649--28476804	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28492637--28492806	43	4.0	43	70	14	152	32	25	18	24	1.97
28498791--28498952	43	3.8	43	73	11	102	33	24	15	26	1.95
28500648--28500717	25	2.8	25	86	4	97	27	24	24	24	2.00
28501646--28501753	27	4.0	25	77	18	83	34	6	13	45	1.70
28501654--28501743	27	3.3	27	80	11	85	33	5	14	46	1.68
28501720--28501913	27	7.2	27	77	8	171	30	9	19	40	1.84
28501737--28501913	81	2.2	81	97	0	336	29	10	20	39	1.85
28501934--28501995	27	2.3	27	83	2	72	38	6	20	33	1.79
28501737--28501969	81	2.9	79	86	7	265	30	10	19	38	1.86
28501946--28502143	27	7.3	27	86	2	245	39	6	23	30	1.80
28501989--28502163	81	2.2	81	84	2	217	38	7	22	32	1.82
28503579--28503708	62	2.1	62	98	0	251	22	34	13	29	1.93
28506297--28506349	27	2.0	26	82	7	63	28	13	16	41	1.86
28524729--28524762	16	2.2	15	89	5	50	44	8	0	47	1.34
28527451--28527509	24	2.6	22	79	10	73	27	18	16	37	1.93
28537611--28537700	24	3.9	23	76	17	80	30	21	15	33	1.94
28544446--28544630	40	4.6	40	90	0	271	32	27	20	18	1.96
28550014--28550111	42	2.3	42	100	0	196	31	13	27	27	1.94
28552111--28552413	153	2.0	153	100	0	606	24	30	22	23	1.99
28554705--28554761	28	2.0	28	96	0	105	29	14	5	50	1.64
28560575--28560662	44	2.0	44	93	0	149	17	10	20	52	1.73
28562926--28562973	5	9.4	5	78	13	53	20	0	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28562923--28562982	15	4.0	16	75	16	65	23	0	0	76	0.78
28562922--28562981	18	2.9	22	74	23	67	21	0	0	78	0.75
28562922--28562975	10	5.3	10	82	12	58	20	0	0	79	0.73
28572660--28572877	27	8.1	27	87	0	285	28	22	8	40	1.82
28572657--28572879	54	4.1	55	90	1	328	28	22	8	40	1.82
28572667--28572877	81	2.6	80	89	2	314	29	21	8	41	1.81
28573382--28573475	6	15.3	6	71	16	68	19	18	13	48	1.80
28573382--28573454	31	2.4	31	90	0	110	19	19	13	47	1.82
28574464--28574521	30	1.9	30	100	0	116	32	3	36	27	1.74
28575524--28575741	27	8.1	27	87	4	271	30	21	6	41	1.78
28575521--28575741	81	2.7	81	88	2	320	30	21	6	41	1.78
28575978--28576029	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
28579556--28579604	25	2.0	25	84	8	64	34	14	18	32	1.91
28579822--28579857	14	2.5	15	95	4	65	25	16	41	16	1.89
28587821--28587968	43	3.4	43	72	8	122	25	16	27	31	1.97
28589693--28589731	20	2.0	20	84	0	51	56	10	2	30	1.46
28593195--28593254	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
28593216--28593279	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
28593803--28593833	10	3.1	10	100	0	62	29	9	29	32	1.89
28599937--28600201	47	5.6	47	76	10	213	28	18	29	23	1.98
28602433--28602495	31	2.0	31	90	0	99	25	3	20	50	1.63
28611110--28611271	43	3.8	43	78	14	172	21	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28611115--28611271	42	3.7	43	77	13	162	22	21	27	29	1.99
28616040--28616098	28	2.2	25	80	11	64	62	5	10	22	1.46
28618511--28618570	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
28619309--28619507	27	7.4	27	87	0	245	25	21	18	35	1.96
28626910--28627055	27	5.4	27	86	0	175	25	21	19	34	1.96
28626914--28627055	54	2.6	54	88	1	205	25	21	18	34	1.96
28628648--28628755	55	2.0	55	81	3	128	23	21	33	22	1.97
28631433--28631513	37	2.2	37	86	2	110	30	22	13	33	1.93
28639632--28639731	16	6.2	16	84	0	137	38	0	30	32	1.58
28639632--28639731	32	3.1	32	91	0	155	38	0	30	32	1.58
28639713--28639805	44	2.1	46	84	8	120	31	5	23	39	1.77
28642680--28642837	43	3.7	42	80	11	171	24	20	25	30	1.98
28642679--28642837	85	1.9	85	84	5	214	23	20	25	30	1.98
28647895--28648151	68	3.9	63	74	16	202	24	29	16	29	1.97
28660590--28660644	22	2.5	22	81	0	65	16	27	23	32	1.96
28663156--28663213	29	2.0	29	100	0	116	24	24	6	44	1.77
28667566--28667616	16	3.2	16	82	0	57	49	21	19	9	1.77
28667827--28667979	29	5.3	29	89	0	227	23	13	32	30	1.93
28672762--28672862	45	2.2	45	83	0	130	30	29	17	21	1.97
28672776--28672917	45	3.2	45	85	4	171	29	28	19	23	1.98
28675745--28675882	42	3.2	44	80	5	147	29	25	15	28	1.96
28679764--28679902	60	2.3	59	81	8	147	25	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28693186--28693216	5	6.4	5	92	7	55	0	16	0	83	0.64
28697521--28697569	24	2.1	24	84	3	64	63	0	26	10	1.26
28697909--28697943	19	1.9	18	88	11	54	17	51	17	14	1.77
28704869--28704908	15	2.7	15	84	0	53	57	15	17	10	1.64
28710512--28710594	31	2.7	31	88	3	125	26	24	16	32	1.96
28710814--28710908	25	3.8	25	91	0	145	28	21	23	27	1.99
28711718--28711795	27	2.9	26	76	14	86	20	19	21	38	1.94
28711836--28711943	27	3.9	28	79	15	100	31	7	17	43	1.77
28711900--28712041	27	5.3	26	79	6	133	27	8	22	41	1.82
28712054--28712145	27	3.4	27	87	0	130	43	8	20	27	1.81
28712245--28712301	27	2.1	27	96	0	105	19	40	26	14	1.89
28717855--28718025	93	1.8	93	93	2	299	27	28	22	21	1.99
28717850--28718022	46	3.7	46	78	14	203	28	27	21	21	1.99
28718445--28718504	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
28724324--28724433	37	3.0	34	75	21	98	27	20	30	22	1.98
28730136--28730238	38	2.6	39	84	6	136	27	21	27	24	1.99
28730094--28730269	40	4.6	40	78	12	147	26	22	25	25	2.00
28732426--28732451	12	2.2	12	100	0	52	34	42	15	7	1.75
28735494--28735664	43	4.0	43	76	8	152	27	12	24	35	1.91
28735504--28735662	86	1.9	85	82	4	203	27	12	25	35	1.92
28742094--28742252	43	3.7	43	78	4	160	28	16	23	30	1.97
28743774--28743798	12	2.1	12	100	0	50	24	24	8	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28748950--28749075	19	6.9	19	83	10	174	38	9	15	37	1.80
28748959--28749063	17	6.0	16	77	13	93	38	8	15	38	1.78
28748950--28749075	18	6.9	18	84	5	157	38	9	15	37	1.80
28748958--28749075	35	3.3	35	91	3	182	38	10	14	37	1.80
28754833--28754906	21	3.5	21	81	13	82	79	1	13	5	0.96
28754854--28754903	15	3.2	16	75	8	59	82	0	14	4	0.82
28754837--28754906	22	3.3	22	79	15	76	80	1	14	4	0.94
28755844--28755970	43	3.0	41	72	17	116	31	24	22	21	1.98
28756096--28757434	207	6.5	207	94	0	2309	29	17	23	29	1.97
28757826--28757948	18	6.8	18	76	17	87	36	10	14	38	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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