genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84208569--84208708	72	1.9	72	95	0	253	31	25	17	25	1.97
84214669--84214854	50	3.8	49	80	6	214	30	26	17	25	1.97
84218685--84218722	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
84218946--84219115	46	3.7	46	77	13	186	28	28	20	22	1.98
84218951--84219121	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
84219541--84219600	30	2.0	30	86	0	84	30	25	10	35	1.88
84227437--84227543	28	3.8	28	84	0	124	34	11	24	29	1.90
84227759--84227863	40	2.6	40	76	1	111	26	20	29	23	1.99
84232242--84232365	6	20.3	6	75	3	104	15	4	4	75	1.15
84232248--84232306	20	3.0	20	82	9	77	13	5	3	77	1.05
84232242--84232389	18	8.1	18	75	6	100	16	5	4	72	1.20
84232242--84232365	24	5.3	23	83	8	119	15	4	4	75	1.15
84235376--84235475	27	3.6	27	86	8	112	32	29	12	27	1.92
84235378--84235475	28	3.5	28	91	2	144	32	28	12	26	1.92
84253311--84253351	21	2.0	21	85	0	55	53	0	2	43	1.13
84265344--84266346	43	22.6	45	64	16	256	30	20	22	26	1.98
84265335--84266684	133	10.1	133	87	1	1864	30	20	22	27	1.98
84266687--84266969	85	3.3	85	91	0	440	29	21	25	23	1.99
84270198--84270267	16	4.4	16	88	0	95	37	2	27	32	1.72
84270197--84270267	32	2.2	32	92	0	115	36	4	26	32	1.76
84270249--84270342	44	2.1	46	88	4	138	30	6	28	34	1.82
84270413--84270462	25	2.0	24	85	14	66	40	0	8	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84270502--84270560	20	2.8	21	79	10	75	52	1	0	45	1.10
84270536--84270581	24	1.9	24	86	8	67	47	2	0	50	1.13
84273022--84273099	40	2.0	40	100	0	156	38	14	14	33	1.86
84278026--84278139	56	2.0	56	94	0	201	25	25	7	41	1.82
84279581--84279614	6	5.7	6	85	0	50	61	0	14	23	1.33
84279581--84279614	12	2.8	12	100	0	68	61	0	14	23	1.33
84280273--84280306	17	2.0	17	94	0	59	29	8	5	55	1.54
84283526--84283570	23	2.0	23	86	8	65	44	0	4	51	1.21
84288161--84288480	46	6.8	48	76	11	241	26	17	31	24	1.97
84297133--84297165	4	8.2	4	100	0	66	24	0	24	51	1.48
84309731--84309930	107	1.9	107	85	4	278	39	17	16	27	1.91
84310299--84310355	25	2.2	26	78	12	64	66	7	7	19	1.39
84315922--84316032	29	3.8	29	86	0	159	40	13	22	23	1.89
84318281--84318374	42	2.2	42	83	3	118	46	19	15	18	1.84
84322193--84322240	20	2.4	20	75	6	53	27	6	20	45	1.75
84322873--84323041	43	4.0	42	77	4	160	24	15	26	32	1.96
84323211--84323254	19	2.3	18	84	7	52	47	2	15	34	1.58
84329563--84329594	17	1.9	16	93	6	55	18	18	12	50	1.78
84334516--84334630	41	2.7	42	77	7	135	25	19	26	28	1.98
84334798--84334841	18	2.3	18	84	7	52	50	2	13	34	1.55
84350412--84350670	129	2.0	129	94	0	455	43	17	11	27	1.83
84367022--84367106	41	2.1	41	100	0	170	38	11	20	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84377659--84377689	15	2.1	15	100	0	62	12	12	12	61	1.58
84389041--84389204	42	3.9	42	79	1	193	27	16	25	30	1.97
84389048--84389205	85	1.9	84	85	1	217	27	17	25	29	1.97
84405169--84405202	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
84405193--84405225	9	3.8	9	84	8	50	45	0	3	51	1.16
84405554--84405594	20	2.1	19	86	4	55	39	4	9	46	1.58
84407036--84407115	35	2.3	35	80	4	90	28	21	25	25	1.99
84410160--84410424	40	6.7	40	85	6	342	26	26	21	25	1.99
84413268--84413307	19	1.9	19	85	14	53	50	17	2	30	1.59
84415810--84415885	38	2.0	38	89	0	116	32	19	19	27	1.96
84417265--84417309	16	2.9	16	80	12	58	53	0	0	46	1.00
84417391--84417447	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
84417815--84417887	33	2.2	33	83	11	89	50	16	5	27	1.67
84419749--84419805	17	3.5	17	75	18	66	71	1	14	12	1.21
84419968--84420019	26	2.0	26	88	7	79	67	3	17	11	1.36
84420093--84420156	23	2.8	23	72	13	60	60	4	17	17	1.52
84420172--84420258	25	3.5	25	74	13	74	62	3	13	20	1.46
84420181--84420258	25	3.2	24	77	14	88	64	2	12	20	1.40
84420406--84420438	12	2.6	13	85	9	50	3	6	3	87	0.71
84427604--84427687	43	2.0	43	100	0	168	33	7	14	45	1.72
84429249--84429284	17	2.1	17	89	0	54	47	0	0	52	1.00
84429843--84429886	18	2.3	19	92	7	72	45	4	11	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84429914--84430004	6	13.4	7	69	15	50	38	1	13	47	1.50
84429965--84429992	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
84430077--84430114	18	2.1	19	90	5	60	47	0	0	52	1.00
84433252--84433357	53	2.0	53	100	0	212	35	24	20	18	1.95
84435433--84435655	40	5.6	39	80	8	200	26	21	26	25	1.99
84446939--84447060	7	18.1	7	67	16	62	41	0	0	57	1.04
84446932--84447068	20	7.5	20	67	31	94	40	0	0	58	1.03
84446922--84446969	22	2.1	23	92	3	80	41	0	0	58	0.98
84446920--84447000	35	2.3	35	89	8	121	41	0	0	58	0.98
84446922--84447070	21	8.0	20	72	25	107	41	0	0	57	1.03
84446976--84447038	31	2.0	30	87	12	90	42	0	0	57	0.99
84447136--84447175	20	2.0	20	85	0	53	50	0	2	47	1.14
84447190--84447277	30	3.0	28	81	17	90	54	0	1	44	1.07
84447304--84447407	25	4.6	23	72	23	87	57	2	0	39	1.13
84447327--84447513	41	4.5	39	72	15	130	54	3	1	40	1.26
84447247--84447513	123	2.2	120	84	10	328	53	3	2	40	1.33
84447453--84447513	21	2.9	22	83	13	76	57	1	0	40	1.08
84447431--84447565	20	7.0	20	68	22	60	52	2	0	45	1.13
84447468--84447524	12	4.8	13	75	18	54	57	1	0	40	1.09
84447304--84447506	21	9.6	20	68	20	87	54	2	1	41	1.23
84447472--84447536	32	2.0	33	91	8	107	58	1	0	40	1.07
84447470--84447550	33	2.4	33	84	13	112	56	1	0	41	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84447438--84447584	78	1.9	75	82	10	183	52	2	0	45	1.12
84447500--84447592	45	2.1	42	82	7	105	53	3	0	43	1.16
84447652--84447694	10	4.4	10	80	14	54	81	2	6	9	0.95
84447659--84447694	18	2.1	18	94	5	65	86	2	5	5	0.79
84451111--84451329	40	5.5	40	84	4	284	24	20	28	26	1.99
84451113--84451329	79	2.7	80	86	4	289	24	20	28	26	1.99
84454668--84454843	46	3.8	46	79	12	216	21	21	28	28	1.98
84454665--84454836	93	1.8	93	96	0	317	21	21	29	27	1.99
84457463--84457626	42	3.9	42	80	1	193	29	16	24	29	1.96
84457473--84457628	85	1.8	84	86	1	222	30	16	24	28	1.97
84460134--84460183	20	2.5	20	93	0	82	26	38	26	10	1.87
84464665--84464691	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
84465787--84465940	43	3.6	43	83	4	195	26	15	25	32	1.95
84465786--84465943	85	1.8	86	89	6	250	26	15	25	32	1.96
84474214--84474311	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
84474242--84474324	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
84474214--84474325	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
84489893--84489927	18	1.9	18	88	0	52	57	0	2	40	1.14
84490113--84490276	29	5.7	29	76	5	109	37	10	27	24	1.88
84490113--84490332	116	1.9	116	91	1	361	39	10	26	22	1.87
84490117--84490300	87	2.1	87	80	2	208	39	10	26	23	1.88
84490148--84490376	29	7.9	29	76	5	97	39	12	25	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84490117--84490362	116	2.1	116	87	3	352	39	10	26	22	1.87
84494249--84494303	26	2.1	26	89	0	83	30	23	23	21	1.99
84510892--84511026	43	3.1	44	83	6	175	25	17	28	28	1.97
84510912--84511026	45	2.6	43	84	6	160	27	15	27	28	1.96
84511323--84511493	38	4.5	38	88	0	234	21	21	24	32	1.98
84511489--84511583	45	2.1	45	81	11	106	27	20	26	26	1.99
84521832--84521920	28	3.2	28	66	12	83	39	8	17	33	1.82
84521811--84521921	56	2.0	56	100	0	222	41	9	16	33	1.79
84526746--84526790	23	2.0	23	95	0	81	33	24	20	22	1.97
84527602--84527774	46	3.8	45	75	13	181	22	20	27	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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