genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  89  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29370641--29370679	18	2.1	19	85	4	53	53	5	2	38	1.37
29373027--29373064	5	7.4	5	88	5	58	15	2	0	81	0.80
29377467--29377505	5	7.4	5	85	8	51	17	2	0	79	0.84
29378290--29378340	25	2.0	25	100	0	102	41	0	27	31	1.56
29379641--29379688	16	2.7	19	73	20	50	47	0	8	43	1.33
29379668--29379729	28	2.4	24	81	10	70	45	0	4	50	1.23
29380291--29380400	26	4.2	25	88	6	148	35	4	24	35	1.76
29382020--29382140	27	4.4	27	89	1	170	19	24	22	33	1.97
29382020--29382159	54	2.6	55	87	2	185	19	24	21	35	1.96
29382020--29382159	27	5.2	28	87	7	157	19	24	21	35	1.96
29395359--29395683	173	1.9	173	89	0	506	32	9	21	37	1.85
29398957--29399169	106	2.0	106	100	0	426	26	17	22	33	1.96
29401504--29401618	60	2.0	55	85	11	153	37	20	9	33	1.85
29409541--29409615	12	6.8	11	70	22	52	52	2	0	45	1.15
29409553--29409615	12	5.4	12	73	21	55	49	3	0	47	1.17
29409962--29410050	27	3.2	27	75	20	94	37	16	6	39	1.76
29413421--29413472	23	2.3	23	96	0	95	32	3	40	23	1.72
29415226--29415376	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
29415296--29415518	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
29415846--29415909	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
29415853--29415909	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
29424028--29424251	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29424587--29424644	31	1.9	31	85	3	82	31	24	6	37	1.82
29427163--29427208	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
29431233--29431277	20	2.3	20	81	14	58	26	15	26	31	1.96
29432378--29432431	27	2.0	26	86	10	74	59	0	0	40	0.98
29434508--29434585	30	2.6	30	78	8	88	44	5	7	42	1.55
29436379--29436433	26	2.1	26	83	12	69	38	0	25	36	1.56
29446070--29446113	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
29448182--29448255	37	2.0	37	100	0	148	43	18	8	29	1.79
29458031--29458089	25	2.4	25	91	0	91	54	18	20	6	1.66
29462046--29462176	59	2.2	59	86	5	174	35	3	14	46	1.63
29462335--29462513	88	2.0	88	100	0	358	29	12	19	38	1.88
29468113--29468169	29	2.0	29	100	0	114	35	17	3	43	1.66
29470828--29470866	15	2.7	15	84	4	53	33	5	2	58	1.33
29471547--29471571	6	4.2	6	100	0	50	16	36	16	32	1.90
29475592--29476097	265	1.9	264	80	6	594	33	18	21	26	1.96
29475592--29476097	131	3.8	131	84	4	547	33	18	21	26	1.96
29475592--29476126	134	4.0	133	82	5	552	33	18	20	27	1.96
29479716--29479812	48	2.0	48	92	4	160	29	9	23	37	1.86
29489189--29489213	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
29489646--29489688	21	2.2	18	84	12	50	34	0	0	65	0.93
29490700--29490728	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
29499755--29499806	23	2.2	24	83	10	63	23	3	7	65	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29499766--29499821	24	2.4	24	84	3	69	26	1	8	62	1.35
29499766--29499815	12	3.9	13	74	12	50	26	2	8	64	1.32
29500013--29500074	14	4.4	14	76	13	65	35	1	3	59	1.23
29500241--29500293	26	2.0	26	85	7	72	32	7	0	60	1.25
29512627--29513030	44	9.3	44	89	3	595	29	17	31	21	1.96
29514766--29514826	29	2.1	29	85	11	81	39	1	3	55	1.26
29514775--29514845	13	5.8	12	75	18	58	36	1	2	59	1.21
29515018--29515067	3	17.0	3	80	15	52	30	4	2	64	1.23
29520219--29520331	45	2.5	45	81	4	122	27	20	22	30	1.98
29520551--29520636	44	2.0	44	88	0	127	31	22	17	29	1.96
29520310--29520634	176	1.8	176	84	2	438	31	20	16	30	1.95
29526212--29526296	28	3.1	27	75	9	66	63	0	7	29	1.21
29530067--29530114	21	2.2	23	88	7	73	20	10	6	62	1.49
29532300--29532332	16	2.1	16	94	0	57	15	39	0	45	1.46
29532534--29532644	53	2.1	53	100	0	222	26	20	10	42	1.85
29537747--29537809	11	5.8	11	68	17	51	41	1	1	55	1.19
29539108--29539157	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
29539128--29539186	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
29539234--29539266	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
29540539--29540704	46	3.9	39	84	14	190	37	16	24	21	1.94
29540581--29540748	46	3.7	46	90	1	248	41	16	23	19	1.90
29541009--29541055	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29543012--29543119	26	4.2	26	92	0	180	29	6	25	37	1.81
29550087--29550168	26	3.2	26	92	0	137	30	7	25	36	1.83
29554999--29555039	22	2.0	20	85	9	55	24	2	4	68	1.22
29559374--29559460	45	2.0	44	83	2	111	44	13	18	22	1.85
29563626--29563751	63	2.0	63	96	0	234	36	3	19	40	1.68
29564215--29564331	35	3.3	35	90	1	162	29	9	18	41	1.82
29565749--29565871	38	3.2	38	82	4	131	32	26	20	21	1.97
29565781--29565900	38	3.1	38	83	9	145	29	25	22	23	1.99
29565749--29565900	78	1.9	78	81	7	184	30	25	21	22	1.99
29570315--29570493	43	4.2	43	92	0	295	31	34	22	11	1.90
29572055--29572186	38	3.5	37	80	11	121	31	25	21	21	1.98
29572056--29572173	35	3.2	37	78	12	125	32	26	20	21	1.97
29572086--29572202	38	3.1	38	81	12	127	29	23	23	23	1.99
29577865--29577980	43	2.7	43	78	5	144	27	18	24	30	1.98
29593313--29593369	3	19.0	3	100	0	114	66	0	0	33	0.92
29593660--29593701	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
29595721--29595879	27	5.9	27	79	10	164	34	23	24	17	1.96
29595739--29595879	54	2.6	54	89	2	212	34	24	24	17	1.96
29597465--29597548	26	3.2	26	93	0	141	35	25	5	33	1.80
29607727--29607758	14	2.3	14	100	0	64	40	12	0	46	1.42
29613571--29613611	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
29613876--29613913	18	2.1	18	85	9	51	42	2	5	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29613985--29614035	20	2.5	20	78	9	59	56	1	7	33	1.39
29616813--29616935	62	2.0	62	82	3	149	39	26	7	26	1.82
29618479--29618572	47	2.0	47	100	0	188	14	29	14	40	1.87
29623348--29623391	14	3.1	14	76	3	52	54	0	6	38	1.27
29623530--29623588	18	3.3	18	81	11	59	28	28	15	27	1.96
29623542--29623589	12	4.0	12	80	0	51	31	25	14	29	1.95
29629058--29629102	24	1.9	23	82	13	56	40	20	0	40	1.52
29629851--29629887	17	2.2	17	90	9	58	13	5	2	78	1.03
29630032--29630071	5	8.0	5	94	0	71	57	0	2	40	1.12
29631078--29631122	23	2.0	23	100	0	90	35	4	4	55	1.40
29635112--29635381	146	1.8	146	98	0	522	38	22	10	28	1.87
29635961--29636114	48	3.2	48	77	0	155	27	24	20	27	1.99
29637287--29637359	36	2.0	36	94	0	128	36	5	27	30	1.79
29665693--29665724	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
29684608--29684647	21	1.9	21	85	10	55	22	2	25	50	1.62
29687861--29688077	46	4.7	44	76	11	141	22	27	20	29	1.98
29687955--29688082	47	2.7	48	80	12	158	24	25	18	31	1.98
29688421--29688477	30	1.9	30	92	0	96	26	22	15	35	1.94
29697815--29697861	5	9.2	5	97	2	85	57	0	0	42	0.98
29706062--29706096	17	2.1	17	100	0	70	28	22	20	28	1.98
29731857--29731906	21	2.3	21	83	10	57	34	0	18	48	1.48
29732236--29732344	45	2.4	45	81	6	130	23	17	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29732508--29732772	18	14.3	18	70	12	151	35	11	15	37	1.83
29732508--29732772	36	7.1	36	68	13	169	35	11	15	37	1.83
29732742--29732785	18	2.5	18	88	3	63	34	13	15	36	1.87
29741450--29741474	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
29749674--29749842	66	2.6	66	88	0	248	17	24	27	30	1.97
29752658--29752702	21	2.0	21	83	8	54	15	33	22	28	1.95
29754083--29754320	95	2.5	95	83	11	281	26	18	30	25	1.98
29754096--29754319	50	4.7	49	77	10	214	26	18	30	24	1.98
29760785--29760841	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
29761237--29761342	21	5.0	21	88	0	149	14	24	26	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345