genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97160929--97161100	31	5.5	31	92	2	274	30	25	15	27	1.96
97161305--97161400	25	3.9	24	82	6	113	28	20	25	26	1.99
97161318--97161400	25	3.4	25	86	5	116	28	20	27	22	1.99
97162231--97162312	27	3.1	26	89	1	110	20	24	21	32	1.98
97162341--97162673	27	12.3	27	77	4	215	31	9	20	39	1.84
97162653--97162781	27	4.8	27	82	1	134	41	9	20	29	1.83
97162625--97162775	54	2.8	54	81	0	140	41	9	17	32	1.81
97162454--97162700	134	1.8	134	79	1	289	31	9	21	38	1.85
97169981--97170040	29	2.1	29	100	0	120	51	15	10	23	1.72
97172097--97172313	40	5.5	40	86	3	262	22	23	28	25	1.99
97180085--97180300	40	5.5	40	86	3	251	22	23	28	25	1.99
97181907--97182039	56	2.4	56	87	2	187	33	21	15	30	1.94
97191069--97191104	5	6.5	6	87	12	51	0	16	0	83	0.65
97191058--97191102	11	4.3	10	83	10	63	0	13	2	84	0.72
97191058--97191102	16	2.8	16	89	0	72	0	13	2	84	0.72
97193738--97193820	40	2.1	40	100	0	166	48	7	4	39	1.52
97193965--97194006	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
97197758--97197792	17	2.1	17	94	0	61	40	22	2	34	1.69
97212568--97212633	34	1.9	34	100	0	132	36	9	25	28	1.87
97217329--97217416	44	2.0	44	97	0	167	45	7	21	25	1.79
97232058--97232111	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
97233542--97233592	26	2.0	26	100	0	102	37	27	7	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97239405--97239466	24	2.3	26	81	15	74	35	0	3	61	1.12
97239419--97239581	24	6.6	25	70	23	107	34	5	0	59	1.25
97239419--97239576	25	6.5	24	73	18	114	34	5	0	58	1.26
97239530--97239658	41	3.2	39	72	20	104	36	6	0	56	1.26
97251308--97251521	46	4.6	44	77	10	171	28	17	28	25	1.98
97252478--97252502	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
97263652--97263682	16	1.9	16	93	0	53	25	9	32	32	1.88
97268073--97268139	20	3.3	20	87	0	98	37	10	19	32	1.86
97268188--97268296	25	4.5	24	91	2	164	30	20	22	27	1.98
97268435--97268497	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
97275448--97275503	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
97275437--97275503	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
97275552--97275697	25	6.0	24	85	5	179	28	21	21	28	1.99
97275891--97275953	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
97279440--97279617	46	3.8	48	81	6	195	27	20	29	23	1.99
97282112--97282243	43	3.1	43	82	5	162	31	28	18	21	1.96
97293752--97293785	17	2.0	17	88	0	50	58	14	0	26	1.36
97298386--97298464	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
97298583--97298785	47	4.3	47	92	0	325	28	30	8	32	1.87
97302440--97302500	27	2.3	27	88	0	86	24	21	27	26	1.99
97304140--97304187	21	2.3	21	75	10	55	45	0	18	35	1.50
97309903--97309945	20	2.2	20	91	0	68	25	32	25	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97317056--97317265	43	4.9	43	79	6	212	32	23	15	28	1.95
97322129--97322190	7	8.4	7	72	10	52	35	3	0	61	1.12
97322557--97322585	12	2.3	13	94	5	51	41	0	0	58	0.98
97322555--97322588	13	2.6	14	81	18	54	41	0	0	58	0.98
97328748--97328788	19	2.2	19	86	8	57	31	4	4	58	1.40
97330242--97330302	31	2.0	31	90	0	95	24	18	3	54	1.58
97338041--97338170	50	2.6	50	85	3	174	26	17	26	29	1.98
97341189--97341243	15	3.7	15	78	11	69	10	14	12	61	1.56
97343383--97343573	51	3.8	50	75	6	190	25	19	27	27	1.99
97343382--97343565	50	3.7	49	78	9	194	26	18	27	27	1.98
97349197--97349245	21	2.3	21	86	6	64	18	28	34	18	1.94
97352062--97352107	20	2.3	20	96	0	83	15	32	34	17	1.91
97360541--97360577	18	2.1	18	100	0	74	51	21	10	16	1.74
97362949--97363083	40	3.4	40	88	0	162	32	24	18	24	1.97
97365304--97365372	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
97365304--97365372	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
97365495--97365811	157	2.0	157	94	1	555	43	3	5	47	1.41
97365745--97365786	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
97365754--97365795	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
97365748--97366040	120	2.4	121	94	2	502	50	4	3	41	1.39
97365874--97365915	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
97378542--97378574	11	2.8	12	86	9	50	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97381180--97381218	20	2.0	19	95	5	69	71	5	2	20	1.17
97382749--97382815	3	23.0	3	71	17	52	67	5	0	26	1.14
97382749--97382815	18	3.6	20	75	18	65	67	5	0	26	1.14
97382751--97382818	17	4.1	17	68	22	54	67	5	0	26	1.13
97382748--97382818	26	2.8	27	75	18	80	66	7	0	26	1.17
97382750--97382820	32	2.3	30	81	13	74	69	5	0	25	1.10
97385028--97385200	46	3.8	45	76	13	181	21	19	29	30	1.97
97385023--97385193	93	1.8	93	92	0	288	21	19	29	29	1.98
97392600--97392724	46	2.7	46	87	0	169	22	20	24	32	1.97
97396724--97396899	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
97396721--97396891	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
97399795--97399863	15	4.6	15	83	0	84	13	15	13	57	1.64
97399786--97399873	30	3.0	30	81	8	99	11	15	15	56	1.66
97402255--97402430	46	3.8	44	81	10	201	21	20	29	28	1.98
97402252--97402422	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
97408470--97408600	39	3.4	39	91	5	180	21	29	24	25	1.99
97410686--97410816	39	3.4	39	93	1	219	21	29	24	25	1.99
97412883--97413032	39	3.8	40	86	3	146	22	28	25	24	1.99
97412902--97413033	39	3.4	39	91	1	194	23	28	23	25	2.00
97415116--97415202	38	2.3	38	95	0	156	20	29	25	24	1.99
97418083--97418127	21	2.2	20	85	14	58	71	2	2	24	1.09
97419641--97419681	12	3.3	13	86	10	59	63	7	2	26	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97428905--97428981	38	2.0	38	97	0	145	32	27	5	35	1.79
97430804--97430843	19	2.1	19	100	0	80	50	10	5	35	1.58
97430808--97430851	19	2.3	19	88	0	61	43	18	4	34	1.70
97436194--97436218	9	2.8	9	100	0	50	20	0	12	68	1.21
97440913--97440963	24	2.1	24	100	0	102	47	17	7	27	1.75
97444252--97444330	18	4.3	18	90	1	104	15	37	29	17	1.90
97452842--97452975	42	3.1	42	75	14	123	35	25	14	23	1.94
97452824--97452981	43	3.7	43	75	9	126	34	24	15	25	1.94
97455108--97455261	49	3.0	49	85	9	236	41	2	16	38	1.63
97455108--97455247	54	2.7	53	90	6	216	42	2	16	38	1.63
97456913--97457089	45	4.0	45	84	6	220	24	22	29	23	1.99
97462340--97462416	40	1.9	39	86	2	109	27	14	27	31	1.95
97463199--97463228	15	2.0	15	100	0	60	33	13	20	33	1.91
97468441--97468492	6	8.7	6	95	0	86	38	0	11	50	1.39
97475223--97475352	66	1.9	70	81	7	160	33	16	30	19	1.93
97475730--97475875	43	3.4	43	83	3	186	33	23	19	23	1.97
97476173--97476213	21	2.0	21	90	0	64	2	53	19	24	1.57
97480611--97480782	46	3.8	44	78	10	166	22	20	27	29	1.98
97480604--97480774	93	1.8	93	88	0	261	22	21	27	28	1.99
97484521--97484744	9	23.6	9	74	10	178	29	1	22	46	1.60
97484523--97484688	57	2.9	57	94	0	278	27	1	24	46	1.60
97484523--97484727	39	5.3	39	81	11	226	28	1	23	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97484925--97485411	241	2.0	241	96	0	902	33	13	17	35	1.89
97490574--97490626	27	1.9	27	81	11	63	32	5	3	58	1.39
97490793--97490827	14	2.5	14	95	0	61	45	8	0	45	1.34
97490788--97490827	12	3.2	12	83	13	53	45	10	0	45	1.37
97498402--97498451	22	2.2	23	82	10	59	18	0	28	54	1.44
97498630--97499148	126	4.1	127	88	3	762	37	16	18	28	1.92
97498630--97499148	253	2.1	253	89	2	794	37	16	18	28	1.92
97501175--97501370	40	4.9	40	89	6	283	24	28	22	24	2.00
97505141--97505302	46	3.5	45	81	9	168	22	32	19	25	1.97
97506245--97506309	28	2.3	28	94	0	112	15	18	46	20	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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