genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81731359--81731592	100	2.4	98	81	5	265	30	26	17	25	1.97
81731914--81731980	35	1.9	35	93	0	116	50	13	1	34	1.51
81731926--81731983	19	3.2	19	68	22	61	51	10	1	36	1.46
81733720--81733745	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
81737763--81737865	37	2.8	37	86	5	129	27	16	27	29	1.97
81737827--81737971	48	3.0	48	88	0	209	28	19	23	28	1.98
81737827--81738007	48	3.8	48	82	2	184	28	18	23	30	1.97
81742417--81742445	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
81744346--81744371	13	2.0	13	100	0	52	0	0	23	76	0.78
81750684--81750786	28	3.7	28	82	0	134	24	33	16	26	1.96
81754354--81754396	21	2.1	20	83	12	52	48	13	6	30	1.69
81760223--81760601	47	8.1	47	91	0	553	36	10	27	25	1.89
81760575--81760696	46	2.7	46	93	0	208	34	9	31	25	1.87
81765176--81765267	30	3.1	29	89	4	148	50	14	7	28	1.70
81768606--81768727	14	8.6	14	69	8	68	38	39	0	21	1.59
81768652--81768712	21	2.9	21	71	9	52	39	40	0	19	1.52
81768766--81768811	7	6.6	7	79	0	56	47	26	0	26	1.52
81768766--81768811	14	3.3	14	84	0	65	47	26	0	26	1.52
81768982--81769339	41	8.7	41	82	3	368	21	20	24	34	1.97
81768982--81769325	123	2.8	123	85	1	440	20	19	24	35	1.96
81774183--81774247	22	3.0	22	75	8	69	30	21	26	21	1.98
81774394--81774511	41	2.9	41	89	0	173	30	30	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81774779--81775172	27	14.6	27	75	15	198	31	9	18	40	1.82
81774835--81775172	54	6.3	54	78	7	219	31	10	18	39	1.83
81774807--81775172	81	4.5	82	76	11	303	31	9	18	40	1.82
81775156--81775236	26	3.1	26	80	3	99	29	20	18	30	1.97
81778722--81778914	6	31.3	6	74	16	146	49	14	17	18	1.80
81778722--81778914	25	7.8	24	78	10	146	49	14	17	18	1.80
81778743--81778914	31	5.5	31	73	15	158	48	14	18	18	1.81
81778743--81778914	37	4.6	37	80	8	142	48	14	18	18	1.81
81778748--81778910	62	2.6	62	93	0	263	48	15	17	18	1.81
81779131--81779182	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
81779423--81779691	27	10.0	27	83	3	299	24	21	18	34	1.96
81779419--81779691	81	3.4	81	86	0	368	24	21	18	35	1.95
81779686--81779842	27	5.8	27	85	0	215	41	8	21	29	1.82
81779675--81779869	81	2.4	81	80	1	230	37	8	22	30	1.85
81779686--81779842	54	2.9	54	93	0	260	41	8	21	29	1.82
81779686--81779869	54	3.4	54	86	0	233	39	8	21	30	1.84
81779849--81779913	27	2.4	27	86	0	94	32	12	20	35	1.89
81779902--81780070	27	6.3	27	89	0	230	31	8	19	40	1.81
81779844--81780070	81	2.8	81	79	2	233	30	8	20	39	1.83
81782224--81782416	6	31.3	6	74	16	155	48	15	18	18	1.81
81782224--81782416	25	7.8	24	80	9	155	48	15	18	18	1.81
81782245--81782416	37	4.6	37	81	8	151	48	15	18	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81782250--81782412	62	2.6	62	95	0	281	47	15	18	17	1.82
81782256--81782388	19	6.8	19	73	19	121	48	15	18	17	1.82
81782538--81782616	27	2.9	27	79	9	88	35	20	21	22	1.96
81782922--81783163	27	9.0	27	83	0	277	24	20	19	35	1.95
81783147--81783517	27	13.7	27	78	7	128	34	8	21	35	1.83
81783147--81783327	81	2.2	81	80	3	231	37	8	22	32	1.84
81783158--81783314	54	2.9	54	90	1	244	40	8	21	29	1.83
81783361--81783542	54	3.4	54	86	2	161	31	8	20	39	1.82
81783310--81783530	81	2.7	81	81	4	223	31	9	21	38	1.85
81783389--81783542	27	5.7	27	90	0	227	31	7	20	40	1.79
81783714--81783747	17	1.9	18	94	5	61	11	29	35	23	1.90
81784919--81784996	27	2.9	27	78	3	77	34	20	17	26	1.95
81784981--81785276	27	10.9	27	78	7	206	40	18	9	31	1.83
81785088--81785217	55	2.4	55	81	1	154	42	18	10	28	1.84
81785540--81785656	41	2.9	41	89	2	173	23	24	27	23	2.00
81785800--81785864	22	3.0	22	75	8	60	21	24	21	32	1.98
81787279--81787414	47	3.0	43	75	14	123	30	27	19	22	1.98
81789339--81789394	15	3.7	15	81	9	78	58	10	17	12	1.61
81801791--81802146	131	2.7	131	81	3	358	30	18	12	38	1.88
81810549--81810599	20	2.5	20	84	6	59	25	0	9	64	1.24
81817164--81817290	43	3.0	43	81	2	141	24	30	18	25	1.98
81818996--81819025	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81822006--81822155	57	2.6	57	75	7	144	27	18	21	33	1.96
81825131--81825306	46	3.8	45	81	10	203	21	21	29	27	1.98
81825128--81825298	93	1.8	93	93	0	297	21	22	29	26	1.99
81828220--81828282	14	4.4	15	81	15	80	11	15	12	60	1.59
81830652--81830827	46	3.8	46	79	4	201	21	21	28	28	1.98
81830649--81830819	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
81838921--81839114	40	4.8	40	83	5	223	26	27	20	25	1.99
81838895--81839116	79	2.8	80	79	8	220	27	26	19	26	1.99
81847085--81847277	40	4.8	39	80	7	201	26	28	20	24	1.99
81851584--81851729	39	3.7	39	89	0	229	19	21	29	29	1.98
81856688--81856756	35	2.0	35	100	0	138	24	23	8	43	1.82
81861700--81861733	16	2.1	16	88	0	50	38	2	0	58	1.13
81861787--81861830	22	2.1	21	84	16	56	63	0	0	36	0.95
81862459--81862510	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
81862601--81862659	29	2.0	29	90	0	91	35	35	8	20	1.83
81862810--81862838	13	2.2	13	100	0	58	44	17	10	27	1.81
81864851--81865017	43	3.9	44	80	4	171	28	13	23	33	1.93
81869182--81869221	20	2.0	20	95	0	71	32	5	27	35	1.79
81869463--81869504	22	2.0	21	90	4	66	30	0	7	61	1.22
81869468--81869518	22	2.3	23	80	10	61	27	0	9	62	1.26
81877505--81877546	22	2.0	21	90	4	66	30	0	7	61	1.22
81877510--81877560	22	2.3	23	80	10	61	27	0	9	62	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81878176--81878219	19	2.3	18	85	14	54	34	18	0	47	1.49
81879579--81879701	23	5.3	23	78	12	117	35	17	21	25	1.95
81879578--81879675	45	2.1	45	80	12	110	34	17	23	24	1.96
81879579--81879726	69	2.1	72	81	7	169	34	17	22	25	1.96
81880307--81880352	21	2.2	22	77	18	53	41	17	2	39	1.62
81883181--81883358	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81883182--81883337	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81883178--81883358	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81891319--81891496	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	30	1.96
81891316--81891496	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	30	1.96
81892727--81892808	40	2.0	40	95	0	146	30	14	24	30	1.95
81897185--81897269	31	2.8	31	85	1	118	25	24	16	32	1.96
81897488--81897557	25	2.8	25	95	0	122	27	24	24	24	2.00
81897605--81897654	11	4.8	11	80	14	61	36	18	10	36	1.84
81901658--81901781	23	5.3	23	74	13	112	35	16	21	25	1.95
81901658--81901781	45	2.7	46	78	12	119	35	16	21	25	1.95
81901659--81901806	69	2.1	72	81	12	173	34	17	22	25	1.96
81901893--81901983	45	2.0	45	100	0	182	42	15	10	30	1.81
81911251--81911372	42	2.9	42	77	0	127	31	17	25	26	1.97
81911222--81911374	42	3.6	42	76	1	119	30	15	25	28	1.96
81920588--81920842	55	4.8	53	76	8	225	37	17	23	21	1.94
81920595--81920795	108	1.8	110	87	4	300	35	17	24	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81920911--81920955	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
81921033--81921065	16	2.1	16	94	0	57	48	0	21	30	1.50
81924383--81924444	6	11.0	6	79	10	69	17	3	0	79	0.87
81924384--81924432	16	3.1	16	86	13	75	16	4	0	79	0.88
81924383--81924439	22	2.6	22	81	10	71	17	3	0	78	0.88
81929091--81929215	46	2.7	46	94	0	214	20	18	28	32	1.96
81934560--81934735	46	3.8	45	78	10	194	21	19	29	28	1.98
81934557--81934727	93	1.8	93	92	0	288	21	20	29	28	1.98
81939777--81939892	58	2.0	58	87	0	169	31	16	24	28	1.96
81941150--81941461	46	6.6	49	77	11	237	27	16	29	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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