genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99522253--99522296	21	2.1	21	95	0	79	43	29	15	11	1.82
99525321--99525352	15	2.1	15	94	0	55	31	15	0	53	1.43
99529629--99529681	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
99533211--99533253	22	1.9	23	85	4	61	25	4	0	69	1.07
99537365--99537396	16	1.9	17	93	6	57	65	6	21	6	1.38
99537515--99537570	25	2.3	25	84	3	78	28	21	10	39	1.87
99540398--99541415	509	2.0	509	98	0	1984	35	7	19	38	1.80
99542415--99542467	25	2.1	25	86	13	74	35	0	1	62	1.06
99542508--99542556	25	2.0	25	88	8	73	34	0	2	63	1.06
99542566--99542643	24	3.3	23	76	16	72	37	0	3	58	1.16
99542571--99542634	24	2.8	22	81	11	76	39	0	4	56	1.20
99542409--99542711	87	3.4	88	92	2	484	35	1	4	58	1.28
99547459--99547726	104	2.6	105	91	1	432	30	30	20	19	1.97
99548472--99548549	27	2.9	27	92	0	129	26	28	21	23	1.99
99549017--99549078	17	3.6	17	78	8	54	61	0	0	38	0.96
99553044--99553136	33	2.8	32	79	4	96	24	27	18	29	1.98
99555898--99556067	42	4.0	43	72	9	152	28	17	24	30	1.97
99564021--99564142	42	2.8	44	79	6	151	24	15	27	31	1.96
99567990--99568029	19	2.1	18	86	9	53	47	5	5	42	1.47
99581052--99581181	43	3.0	43	91	0	197	20	32	24	22	1.98
99581190--99581214	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
99581202--99581237	17	2.0	20	84	15	51	55	5	5	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99581429--99581514	30	2.8	31	77	18	90	67	2	3	26	1.19
99585344--99585385	16	2.6	16	88	0	57	33	0	33	33	1.58
99585359--99585397	16	2.4	16	91	0	60	35	2	30	30	1.71
99585630--99585664	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
99585728--99585768	15	2.8	15	82	10	50	53	2	0	43	1.13
99585613--99585906	122	2.4	122	92	3	490	49	5	2	41	1.41
99585903--99586133	90	2.5	91	86	3	288	48	4	2	44	1.35
99585947--99586113	26	5.8	28	69	20	85	49	4	1	44	1.29
99585922--99586126	90	2.3	91	91	1	322	47	4	2	45	1.36
99585947--99586088	44	3.2	43	68	18	119	48	3	1	46	1.28
99590272--99590315	21	2.1	21	83	8	54	38	38	0	22	1.55
99590396--99590497	7	14.0	7	71	8	69	44	27	0	27	1.61
99590398--99590502	14	7.2	14	73	8	84	45	25	0	27	1.60
99590666--99590864	41	4.9	41	88	2	278	23	22	20	34	1.97
99590666--99590936	41	6.7	40	82	5	267	22	21	19	37	1.95
99591402--99591485	26	3.2	26	94	0	141	32	4	26	36	1.77
99591569--99591666	49	2.0	49	100	0	196	32	12	22	32	1.91
99594386--99594444	24	2.5	24	85	0	82	15	33	28	22	1.94
99596397--99596426	14	2.2	14	94	5	53	63	13	0	23	1.29
99601480--99601553	32	2.3	32	81	4	87	33	17	20	28	1.95
99608164--99608230	23	3.0	22	74	8	62	44	1	5	47	1.36
99608182--99608243	23	2.5	25	82	10	83	38	0	4	56	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99608215--99608251	13	2.7	14	88	12	51	35	0	5	59	1.20
99608287--99608325	7	5.7	7	82	17	55	28	0	0	71	0.86
99608332--99608382	16	3.0	17	80	13	52	45	7	0	47	1.32
99608342--99608382	19	2.1	20	95	4	75	48	9	0	41	1.36
99608479--99608540	21	2.8	22	79	16	74	61	3	0	35	1.12
99608601--99608658	23	2.7	21	78	7	55	56	0	1	41	1.09
99608603--99608665	21	2.9	21	75	13	56	57	1	1	39	1.18
99608622--99608703	36	2.2	36	87	8	121	59	1	0	39	1.05
99610614--99610654	22	1.9	21	85	5	55	39	2	0	58	1.11
99611188--99611238	19	2.6	20	73	17	61	47	17	1	33	1.59
99614571--99614605	18	1.9	18	88	11	54	51	8	0	40	1.33
99619442--99619470	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
99620332--99620374	15	2.6	17	82	13	54	34	0	9	55	1.32
99640330--99640383	27	2.0	27	100	0	108	33	25	7	33	1.84
99642306--99642337	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
99656856--99656925	35	2.0	35	100	0	140	42	20	14	22	1.88
99658487--99658626	42	3.3	43	80	11	146	32	27	16	23	1.96
99664465--99664509	23	2.0	23	86	4	65	71	0	28	0	0.87
99665899--99665932	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
99666102--99666218	53	2.2	53	87	3	175	18	16	19	45	1.86
99666340--99666410	18	3.9	18	74	9	63	30	9	15	43	1.79
99666427--99666490	18	3.6	18	73	0	65	40	12	10	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99667251--99667278	10	2.8	10	100	0	56	10	50	7	32	1.64
99671550--99671601	11	4.8	11	78	19	56	13	0	3	82	0.80
99671555--99671595	11	3.7	11	87	9	57	12	0	4	82	0.81
99672600--99672640	20	2.0	20	100	0	82	36	4	0	58	1.20
99675098--99675348	68	3.8	64	77	9	206	29	17	29	23	1.97
99675719--99675835	19	6.2	19	93	6	193	38	10	15	35	1.81
99675709--99675833	36	3.4	35	81	17	155	38	10	15	36	1.81
99675719--99675835	55	2.1	57	91	6	193	38	10	15	35	1.81
99678845--99678893	10	5.0	10	72	22	50	20	20	10	48	1.78
99678845--99678893	20	2.6	18	81	15	62	20	20	10	48	1.78
99681479--99681534	7	8.4	7	75	21	50	85	0	12	1	0.67
99681479--99681534	12	4.5	12	79	18	53	85	0	12	1	0.67
99681479--99681516	19	1.9	19	89	5	58	84	0	15	0	0.63
99681481--99681532	16	3.5	15	80	10	54	84	0	13	1	0.70
99682442--99682756	44	7.1	44	72	8	221	32	17	23	26	1.97
99682442--99682758	132	2.4	132	91	1	490	32	17	23	26	1.97
99683023--99683298	86	3.2	86	69	14	242	34	20	19	25	1.96
99682917--99683395	87	5.5	87	69	13	338	32	18	20	28	1.96
99682910--99683356	175	2.6	175	93	0	743	33	19	19	27	1.96
99683818--99683859	19	2.4	17	78	17	50	38	11	14	35	1.83
99683827--99683905	19	4.2	19	87	9	117	37	8	16	36	1.80
99683818--99683905	36	2.4	37	85	12	121	38	9	15	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99690183--99690281	42	2.3	42	84	5	137	32	25	18	24	1.97
99690176--99690321	43	3.4	42	81	8	145	31	26	17	23	1.97
99696223--99696268	17	2.6	18	83	10	51	47	2	4	45	1.34
99696212--99696300	44	2.0	46	84	4	119	48	5	4	41	1.47
99696468--99697283	275	3.0	275	95	0	1465	47	17	15	20	1.83
99697809--99697843	17	2.1	17	100	0	70	42	17	5	34	1.73
99711726--99711873	47	3.2	46	71	16	135	46	2	2	48	1.27
99711711--99711917	91	2.3	91	93	0	342	48	2	2	45	1.32
99711803--99711994	101	2.0	92	76	15	176	47	3	3	45	1.34
99711744--99711892	44	3.3	46	69	20	125	46	2	2	49	1.24
99711901--99712219	117	2.7	118	86	6	422	45	2	4	47	1.37
99711944--99712225	59	4.8	58	69	20	190	45	2	4	47	1.39
99712003--99712197	61	3.3	61	67	16	156	44	3	5	47	1.42
99712171--99712205	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
99711933--99712225	117	2.5	120	93	2	495	45	2	4	47	1.38
99713257--99713423	44	3.8	44	91	0	262	30	9	11	47	1.72
99728461--99728487	12	2.2	12	100	0	54	25	0	0	74	0.83
99729787--99729834	24	2.0	24	95	0	87	25	14	20	39	1.91
99733458--99733697	47	4.9	47	76	12	175	27	13	27	31	1.94
99733532--99733741	47	4.6	45	81	9	162	29	13	25	31	1.94
99733560--99733739	90	1.9	94	82	7	226	29	12	25	32	1.93
99735180--99735306	42	3.0	42	86	8	172	29	24	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99735265--99735390	47	2.7	46	83	2	162	30	26	15	27	1.96
99735413--99735592	31	5.8	31	92	2	290	25	27	19	27	1.99
99735574--99735696	50	2.4	51	87	5	178	26	24	14	34	1.94
99739177--99739201	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
99744225--99744254	13	2.3	13	100	0	60	23	23	6	46	1.75
99746810--99746893	30	2.8	31	75	17	88	48	7	22	21	1.74
99746810--99746941	59	2.2	60	81	8	162	46	8	21	23	1.78
99746810--99746941	30	4.4	29	70	20	78	46	8	21	23	1.78
99751782--99751871	30	3.0	31	85	3	94	52	1	3	43	1.25
99751827--99751875	16	3.2	16	67	21	50	48	0	8	42	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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