genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73315673--73315732	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
73315687--73315758	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
73316881--73316926	23	2.0	23	100	0	92	21	13	8	56	1.63
73320758--73320945	29	6.6	29	75	3	175	30	36	15	17	1.92
73320787--73320975	57	3.3	57	91	0	315	29	35	17	17	1.93
73320713--73320888	86	2.0	86	91	2	282	29	35	17	17	1.93
73320752--73320973	114	1.9	113	84	3	293	31	35	16	17	1.92
73322892--73322957	20	3.3	20	85	2	89	33	15	19	31	1.93
73323006--73323149	24	6.0	24	88	4	184	28	20	21	29	1.98
73323006--73323128	47	2.6	47	89	3	176	29	20	20	30	1.97
73323341--73323403	31	2.0	31	84	0	81	39	14	20	25	1.90
73329655--73329733	20	4.0	20	93	0	122	31	15	20	32	1.93
73329783--73329902	24	5.0	24	89	5	172	29	22	21	26	1.99
73330094--73330156	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
73332685--73332744	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
73332699--73332798	28	3.5	28	79	1	101	29	29	13	29	1.94
73334638--73334688	8	6.4	8	80	8	50	49	19	23	7	1.74
73334642--73334689	16	3.0	16	84	0	60	43	20	27	8	1.80
73334900--73335011	28	4.0	28	88	2	134	25	16	29	28	1.97
73334900--73335011	57	2.0	56	82	1	134	25	16	29	28	1.97
73337766--73337844	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
73337963--73338448	47	10.4	47	95	1	834	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73337963--73338448	140	3.5	140	94	1	832	29	29	8	32	1.87
73337963--73338448	187	2.6	187	94	0	841	29	29	8	32	1.87
73341609--73341736	47	2.7	47	84	2	159	38	15	12	33	1.85
73344280--73344319	20	2.0	21	90	9	66	40	17	0	42	1.49
73344383--73344433	22	2.2	24	79	6	61	45	15	0	39	1.47
73347335--73347373	13	3.0	13	82	14	53	33	2	0	64	1.08
73348653--73348700	22	2.2	22	92	0	78	16	25	27	31	1.97
73356462--73356560	29	3.4	29	84	5	121	27	31	14	27	1.95
73367820--73367867	25	2.0	24	84	12	62	25	22	20	31	1.98
73367917--73368003	20	4.3	20	95	2	140	32	19	12	35	1.89
73367917--73367992	11	7.5	11	74	16	83	31	19	13	35	1.90
73367917--73368009	9	9.4	10	73	17	65	33	19	11	35	1.88
73372432--73372456	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
73378372--73378438	26	2.6	26	100	0	134	28	25	19	26	1.99
73382872--73383055	40	4.6	40	88	5	214	23	22	27	26	2.00
73382919--73383102	40	4.6	38	84	8	136	25	21	27	25	2.00
73387983--73388011	12	2.5	12	94	5	51	0	24	0	75	0.80
73392408--73392557	67	2.2	68	81	10	182	32	15	30	22	1.94
73392430--73392613	67	2.8	64	78	7	201	29	16	30	23	1.96
73397376--73397627	40	6.3	40	89	3	330	23	19	27	28	1.98
73405825--73406076	40	6.3	40	88	3	321	23	19	27	29	1.98
73413093--73413205	35	3.2	35	78	3	129	42	30	8	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73415023--73415168	73	2.0	73	97	0	274	32	25	6	35	1.81
73416444--73416567	43	2.9	44	80	7	155	22	18	29	29	1.97
73416444--73416567	44	2.9	43	79	7	151	22	18	29	29	1.97
73418577--73418620	22	2.0	22	95	0	79	47	13	20	18	1.82
73421681--73421906	48	4.8	48	73	9	187	26	23	23	27	2.00
73426655--73427048	124	3.2	123	88	3	547	30	16	16	36	1.92
73427120--73427212	34	2.7	33	83	6	123	38	13	1	46	1.51
73427121--73427237	34	3.4	34	81	5	110	42	13	0	42	1.50
73427216--73427269	28	1.9	28	88	0	81	42	11	0	46	1.39
73427209--73427276	28	2.4	29	77	5	75	47	10	0	42	1.37
73427678--73427716	20	2.0	20	94	0	69	17	7	10	64	1.48
73431808--73432067	129	2.0	126	82	7	312	26	16	29	27	1.97
73434274--73434346	20	3.7	21	76	10	73	56	8	1	34	1.38
73438285--73438327	6	7.2	6	100	0	86	18	16	16	48	1.81
73442063--73442277	46	4.6	48	78	9	203	24	28	19	28	1.98
73442063--73442277	48	4.6	46	77	10	195	24	28	19	28	1.98
73442063--73442277	94	2.3	94	83	4	256	24	28	19	28	1.98
73449777--73449923	48	3.1	48	75	13	151	27	25	17	28	1.98
73449777--73449972	94	2.1	92	81	5	225	26	26	18	29	1.98
73452247--73452401	49	3.2	48	74	10	165	28	18	25	27	1.98
73452237--73452472	94	2.5	94	90	2	375	26	19	25	28	1.98
73452296--73452445	45	3.2	45	70	14	126	28	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73453698--73453767	31	2.3	31	92	0	113	21	40	25	12	1.89
73456691--73456898	94	2.2	94	93	0	353	26	19	25	27	1.99
73458961--73458986	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31
73460649--73460779	48	2.8	48	84	1	165	30	15	22	32	1.94
73471611--73471659	23	2.1	23	85	7	64	34	0	6	59	1.22
73471803--73471940	47	2.9	48	80	2	154	31	15	21	31	1.95
73471904--73471980	38	2.0	38	87	5	111	31	12	25	29	1.93
73478532--73478626	32	3.0	32	84	0	118	29	25	9	35	1.87
73478704--73478830	28	4.5	28	78	7	123	23	30	18	26	1.98
73478669--73478830	56	2.9	56	81	10	179	24	29	17	28	1.97
73485149--73485446	44	6.8	44	82	7	310	24	20	29	25	1.99
73485143--73485404	89	3.0	88	89	3	384	24	21	28	25	1.99
73494309--73494503	45	4.2	45	76	15	195	28	25	20	25	1.99
73494282--73494458	94	1.9	94	94	2	311	28	27	19	25	1.99
73494309--73494562	139	1.8	139	95	3	467	27	25	19	26	1.99
73496827--73496863	18	2.1	18	94	0	65	62	13	10	13	1.55
73503512--73503661	45	3.2	44	69	18	126	30	24	17	27	1.97
73503490--73503692	94	2.2	94	94	0	352	29	25	17	27	1.98
73513929--73514108	40	4.5	40	85	0	227	11	26	21	41	1.86
73513945--73514087	20	7.2	20	66	3	90	11	27	20	41	1.86
73516250--73516421	25	7.0	25	76	7	127	29	23	20	26	1.99
73522109--73522138	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73522184--73522240	15	3.5	15	69	17	51	49	1	1	47	1.22
73523225--73523273	24	2.1	23	88	3	71	44	4	8	42	1.53
73527357--73527695	168	2.0	168	96	0	624	32	18	17	31	1.94
73529367--73529478	55	2.0	55	98	0	215	38	16	10	33	1.84
73536489--73536584	25	3.8	25	87	2	129	27	25	20	27	1.99
73536804--73536887	31	2.7	31	92	1	143	32	16	26	25	1.96
73541621--73541703	39	2.1	39	95	0	148	31	31	13	24	1.93
73545060--73545097	17	2.3	16	95	4	67	65	5	23	5	1.34
73546690--73546767	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
73546720--73547045	172	1.9	173	93	2	566	30	14	24	31	1.94
73554841--73554918	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
73563551--73563630	38	2.1	38	97	0	151	41	21	3	33	1.71
73567275--73567358	43	2.0	43	81	9	100	29	26	17	26	1.98
73569913--73570074	78	2.1	78	83	4	202	27	28	22	22	1.99
73569949--73570074	39	3.2	39	93	0	207	26	29	21	22	1.99
73576360--73576522	43	3.8	42	76	8	168	24	20	26	28	1.99
73576363--73576542	85	2.1	86	85	3	238	26	19	25	28	1.99
73576363--73576542	43	4.2	43	75	9	163	26	19	25	28	1.99
73580472--73580562	36	2.6	34	82	6	103	39	35	6	18	1.77
73585737--73585806	25	2.8	25	86	0	104	27	21	24	27	1.99
73586175--73586208	17	2.1	17	88	5	52	41	11	2	44	1.56
73596269--73596328	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73603263--73603392	46	2.8	48	86	10	155	29	30	21	19	1.97
73610729--73610881	54	2.9	54	81	4	184	37	22	9	29	1.87
73610729--73610883	81	1.9	80	80	6	179	38	22	10	29	1.87
73610750--73610883	27	5.0	26	80	10	135	37	21	10	30	1.87
73610835--73610894	27	2.2	27	82	5	68	43	18	8	30	1.79
73610723--73610894	54	3.2	54	77	7	170	38	22	9	30	1.85
73610875--73611338	27	17.2	27	86	0	532	30	20	7	41	1.79
73611642--73611705	33	2.0	32	84	3	83	20	21	20	37	1.94
73611845--73611917	31	2.4	31	88	0	101	19	16	13	50	1.77
73613900--73614036	27	5.0	27	80	6	109	39	19	8	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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