genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.327.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109830794--109830968	96	1.8	97	85	6	248	40	13	1	44	1.53
109834867--109834918	26	1.9	27	84	7	70	65	5	7	21	1.40
109835009--109835084	26	2.8	26	80	7	73	50	2	18	28	1.61
109835068--109835134	26	2.5	28	82	4	84	56	0	7	35	1.27
109835038--109835134	28	3.6	27	76	8	90	54	1	12	31	1.44
109837879--109838046	41	4.1	41	89	3	234	36	20	18	25	1.95
109837891--109838046	81	1.9	80	87	8	217	35	18	19	26	1.95
109839958--109840009	19	2.7	20	84	6	79	28	38	0	32	1.57
109840028--109840064	19	1.9	19	100	0	74	21	27	27	24	1.99
109841554--109841583	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
109842627--109842676	23	2.2	23	96	0	91	34	14	16	36	1.88
109843043--109843132	9	9.3	9	75	13	81	45	22	1	31	1.60
109843064--109843116	27	2.0	27	96	0	97	45	22	1	30	1.63
109847832--109847875	21	2.0	22	83	12	56	27	4	4	63	1.33
109848011--109848048	13	2.8	14	88	8	60	26	7	23	42	1.81
109849797--109849848	28	1.9	26	85	14	70	7	9	5	76	1.14
109849806--109849848	21	2.0	22	90	4	70	6	11	6	74	1.21
109852979--109853080	21	4.8	21	75	12	100	58	1	4	34	1.30
109852979--109853081	44	2.4	44	85	6	131	59	1	4	33	1.30
109852977--109853092	45	2.6	46	77	14	129	57	1	6	34	1.33
109852992--109853096	20	4.9	19	72	26	61	57	1	5	35	1.34
109855287--109855438	55	2.8	55	85	7	213	38	17	13	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109855630--109855766	72	1.9	72	83	0	175	27	21	17	33	1.96
109868295--109868398	45	2.3	46	81	9	124	59	1	3	34	1.27
109868297--109868398	41	2.3	42	81	11	116	59	1	3	34	1.27
109871658--109871715	26	2.2	26	90	0	89	37	22	5	34	1.76
109873788--109873839	26	2.2	23	73	23	54	32	3	3	59	1.33
109873789--109873854	24	2.7	24	88	4	87	31	3	3	62	1.26
109873881--109873931	22	2.3	23	83	10	61	29	9	1	58	1.41
109876718--109876817	15	6.3	16	73	24	72	60	2	7	31	1.35
109876754--109876793	17	2.4	17	86	0	53	57	2	10	30	1.45
109878024--109878086	24	2.7	22	72	18	56	14	23	36	25	1.93
109878228--109878260	17	1.9	17	88	11	50	15	9	42	33	1.78
109883269--109883316	18	2.7	18	87	6	71	66	4	0	29	1.10
109887993--109888057	33	2.0	33	85	11	89	38	4	18	38	1.72
109888004--109888135	54	2.5	55	83	3	180	34	6	15	43	1.72
109888341--109888376	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
109888687--109888746	27	2.1	28	84	9	77	51	0	1	46	1.10
109888687--109888746	28	2.1	29	81	9	70	51	0	1	46	1.10
109888723--109888760	19	2.1	19	90	5	60	42	0	2	55	1.14
109896710--109896749	21	2.0	20	85	5	53	52	7	2	37	1.43
109897568--109897708	68	2.1	68	87	0	201	29	21	17	30	1.97
109898268--109898312	23	2.0	23	100	0	90	42	0	26	31	1.56
109898490--109898640	75	2.0	75	97	0	284	32	15	18	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109899805--109899945	75	1.9	74	91	4	230	38	12	15	33	1.86
109900284--109900500	107	2.0	108	90	3	348	52	13	14	19	1.74
109905012--109905082	35	2.0	35	88	0	106	35	7	14	43	1.72
109906430--109906459	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
109906922--109907142	111	2.0	110	92	0	370	27	18	10	42	1.83
109909471--109909528	8	7.4	8	98	1	109	77	10	0	12	0.99
109913761--109913812	26	2.0	26	100	0	104	42	7	30	19	1.79
109917358--109917464	27	3.9	27	71	4	81	67	1	1	28	1.12
109917726--109917764	19	2.1	19	90	0	60	28	5	2	64	1.28
109917732--109917774	19	2.3	19	84	8	52	32	4	2	60	1.30
109920578--109920610	13	2.4	14	90	5	50	42	0	0	57	0.98
109922434--109922469	18	2.0	18	94	0	63	27	8	22	41	1.82
109924805--109924876	31	2.3	31	84	11	94	52	9	11	26	1.67
109926232--109926287	24	2.4	24	93	3	96	21	3	0	75	0.96
109926243--109926289	23	2.0	24	87	4	69	21	8	0	70	1.14
109929719--109929786	25	2.8	24	78	14	75	26	25	29	19	1.98
109938896--109938928	16	2.1	16	94	0	57	0	21	36	42	1.53
109939393--109939443	23	2.2	23	100	0	102	33	15	7	43	1.76
109940087--109940213	42	3.0	42	84	8	154	29	25	14	30	1.95
109940172--109940295	47	2.7	46	83	5	151	29	26	15	29	1.96
109940319--109940461	31	4.6	32	89	4	222	27	27	18	26	1.98
109946877--109947022	43	3.4	43	95	0	247	23	21	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109949460--109949527	21	3.4	21	66	15	63	30	11	2	54	1.51
109949447--109949527	38	2.1	39	95	2	146	29	11	2	56	1.47
109956287--109956327	17	2.4	17	95	0	73	31	17	9	41	1.82
109963391--109963507	63	1.9	61	89	3	180	25	30	21	22	1.98
109966207--109966242	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
109966194--109966234	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
109966339--109966405	23	2.9	23	90	2	107	44	37	5	11	1.66
109966896--109966945	15	3.2	16	77	11	68	48	10	2	40	1.48
109968208--109968248	19	2.1	20	90	4	66	14	9	0	75	1.04
109969616--109969640	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
109973509--109973569	18	3.3	19	77	15	65	55	0	0	44	0.99
109973862--109973913	10	4.9	10	73	13	50	7	1	32	57	1.38
109973862--109973917	23	2.7	20	77	20	60	7	1	32	58	1.35
109973879--109973930	23	2.3	23	83	12	63	5	1	36	55	1.35
109976286--109976311	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
109976833--109976862	15	1.9	16	93	6	53	40	3	6	50	1.45
109977189--109977273	28	2.9	29	74	17	68	64	3	1	30	1.17
109977206--109977272	32	2.1	32	83	5	82	67	1	1	29	1.09
109981726--109982137	147	2.8	147	85	0	529	33	14	25	25	1.94
109988412--109988443	7	4.6	7	96	0	55	56	3	0	40	1.15
109997142--109997238	46	2.1	46	98	0	185	39	8	26	25	1.84
109999123--109999163	15	2.8	14	82	10	55	82	0	17	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110000001--110000063	31	2.0	32	84	6	83	33	7	12	46	1.71
110001803--110001860	29	2.0	29	89	0	89	39	10	6	43	1.66
110003920--110003955	17	2.1	17	89	0	54	33	33	16	16	1.92
110007397--110008047	301	2.2	300	94	1	1115	29	14	20	35	1.93
110009538--110009579	22	2.0	20	86	13	59	50	4	0	45	1.23
110010021--110010144	54	2.3	54	81	5	144	51	17	5	25	1.67
110012446--110012519	24	3.3	24	65	27	72	20	39	5	35	1.75
110012428--110012541	42	2.7	41	90	5	167	20	40	4	35	1.72
110012446--110012529	24	3.8	24	66	23	65	20	40	4	34	1.73
110013182--110013313	55	2.5	53	84	10	155	31	1	4	62	1.24
110013937--110013972	15	2.4	15	90	9	56	36	11	0	52	1.37
110025165--110025193	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
110025501--110025542	18	2.3	19	83	4	50	21	2	9	66	1.32
110025943--110026011	30	2.4	30	76	9	72	31	5	11	50	1.62
110027618--110027651	18	1.9	17	88	5	50	50	2	0	47	1.16
110027657--110027715	23	2.6	23	76	12	59	47	5	3	44	1.42
110027728--110027779	22	2.3	23	87	9	72	51	3	3	40	1.38
110028272--110028319	23	2.1	23	100	0	96	39	20	4	35	1.72
110031438--110031472	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
110031490--110031519	11	2.7	11	94	0	51	26	33	0	40	1.57
110031513--110031604	45	2.1	43	88	8	132	35	22	4	36	1.74
110031584--110031626	16	2.7	16	74	0	50	27	20	4	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110036470--110036538	31	2.2	32	80	12	74	50	0	5	43	1.26
110037035--110037084	25	2.0	25	100	0	100	32	4	16	48	1.64
110037162--110037197	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
110049407--110049480	24	3.1	24	96	0	139	29	13	12	44	1.80
110050398--110050441	21	2.1	21	100	0	88	29	13	22	34	1.93
110050792--110050833	21	2.0	21	81	9	50	69	4	2	23	1.20
110054625--110054666	18	2.3	18	91	4	66	73	0	21	4	1.01
110054634--110054698	25	2.7	24	76	11	69	67	3	26	3	1.20
110075003--110075097	47	2.0	47	100	0	190	27	14	14	43	1.85
110078757--110078812	22	2.5	22	97	0	103	17	32	33	16	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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