genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74582967--74582997	13	2.4	13	100	0	62	64	9	6	19	1.45
74587235--74587392	68	2.3	68	78	11	169	20	29	15	34	1.94
74592724--74592872	74	2.0	74	96	0	271	23	20	11	44	1.84
74595975--74596035	28	2.1	29	90	3	97	26	32	13	27	1.93
74596270--74596312	16	2.7	16	92	0	68	11	23	16	48	1.78
74597380--74597419	16	2.4	17	83	4	55	17	5	32	45	1.70
74600263--74600407	28	5.1	29	77	5	145	25	28	13	31	1.94
74600288--74600400	57	2.0	57	85	3	156	24	30	14	30	1.94
74600486--74600522	19	1.9	19	88	0	56	16	32	18	32	1.93
74604664--74604845	91	2.0	91	92	0	301	37	13	14	34	1.86
74617298--74617431	48	2.8	47	80	4	142	20	28	22	28	1.99
74617297--74617474	96	1.9	96	82	4	227	19	29	22	28	1.98
74618819--74618988	93	1.8	92	93	3	297	30	28	19	21	1.98
74618814--74618996	45	4.0	45	73	17	171	30	28	18	22	1.97
74623870--74623951	21	3.8	21	66	15	58	24	10	21	42	1.85
74623877--74623962	45	1.9	45	90	0	136	25	9	23	41	1.84
74626101--74626133	16	2.1	16	88	11	50	51	3	24	21	1.62
74626686--74626845	42	3.7	42	73	12	135	26	19	25	28	1.99
74628586--74628735	67	2.2	66	81	8	169	32	17	28	22	1.96
74628610--74628793	67	2.8	64	80	8	212	29	17	29	23	1.97
74636542--74636610	34	2.0	35	85	5	95	27	24	21	26	1.99
74643757--74643840	34	2.4	36	82	5	102	27	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74644937--74645058	43	2.9	42	75	2	136	30	24	15	29	1.96
74646186--74646279	6	15.3	6	67	16	50	50	14	17	18	1.79
74646416--74646517	27	3.8	26	89	5	141	35	21	24	18	1.96
74646676--74646740	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
74647165--74647494	27	12.3	27	84	0	383	26	19	19	35	1.95
74647478--74647576	27	3.7	27	75	5	101	32	7	22	38	1.81
74647559--74647900	27	12.7	27	82	1	400	33	8	17	40	1.80
74647560--74647900	54	6.3	54	88	0	466	32	8	17	40	1.80
74649867--74649951	6	13.8	6	72	14	57	49	11	18	20	1.78
74649879--74649951	31	2.4	31	88	0	101	47	12	19	20	1.81
74650088--74650189	27	3.8	26	89	5	141	35	21	24	18	1.96
74650348--74650412	22	3.0	22	80	8	78	35	21	21	21	1.96
74650839--74651167	27	12.2	27	84	1	385	24	20	19	35	1.96
74651205--74651416	27	7.9	27	76	8	101	32	8	19	40	1.82
74651199--74651592	81	4.9	81	82	3	337	33	8	17	39	1.81
74651259--74651600	27	12.7	27	81	2	366	33	8	17	40	1.79
74653599--74653665	25	2.7	25	83	0	89	47	10	19	22	1.79
74653802--74653903	27	3.8	26	85	5	105	37	20	23	18	1.94
74653802--74653903	54	1.9	53	83	2	132	37	20	23	18	1.94
74654553--74654882	27	12.3	27	86	1	439	24	20	20	34	1.97
74654866--74654955	27	3.3	26	73	13	83	30	7	24	37	1.84
74654932--74655145	27	7.9	28	84	3	140	32	8	19	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74654921--74655316	81	4.9	81	82	1	456	31	8	19	40	1.82
74654975--74655316	27	12.7	27	83	0	360	32	8	19	40	1.81
74654975--74655326	54	6.5	54	86	1	429	32	8	19	40	1.81
74657606--74657752	40	3.6	40	77	4	116	24	29	19	26	1.99
74657927--74658023	28	3.5	28	84	5	124	30	22	10	36	1.88
74667284--74667486	40	5.1	40	78	9	159	26	28	22	22	1.99
74667296--74667486	80	2.4	79	83	6	217	26	28	22	22	1.99
74667305--74667486	79	2.3	80	83	6	210	26	28	22	22	1.99
74675378--74675592	40	5.5	40	78	8	192	25	28	22	23	1.99
74675427--74675592	79	2.1	80	82	5	194	26	28	22	22	1.99
74679595--74679820	47	4.8	48	79	9	225	28	18	30	23	1.98
74679597--74679820	93	2.4	94	80	6	240	28	18	29	23	1.98
74679559--74679820	140	1.9	141	86	4	377	29	18	28	23	1.98
74680388--74680463	38	2.0	38	94	0	134	30	9	30	30	1.88
74680705--74680792	40	2.2	40	86	9	126	19	20	43	17	1.88
74690207--74690271	21	3.2	21	73	20	75	40	18	26	15	1.90
74690201--74690289	39	2.3	39	96	0	160	38	21	24	15	1.92
74698530--74699730	240	5.0	240	99	0	2357	34	30	12	22	1.91
74705580--74705783	41	5.0	41	77	4	216	22	27	15	34	1.94
74705575--74705783	81	2.6	82	83	4	269	22	27	15	34	1.95
74721498--74721585	6	14.3	6	74	17	74	51	13	15	19	1.77
74721507--74721585	31	2.5	31	89	0	113	51	12	16	18	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74721704--74721755	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
74722037--74722433	27	14.7	27	87	0	463	24	19	18	37	1.94
74722465--74722742	27	10.3	27	81	3	245	31	8	20	39	1.83
74722429--74722585	81	1.9	81	80	2	181	33	9	21	36	1.86
74726459--74726523	32	2.0	32	84	0	85	27	24	12	35	1.91
74726732--74726792	25	2.4	25	83	8	79	26	19	19	34	1.96
74726841--74726887	11	4.5	11	84	10	71	29	19	14	36	1.92
74737378--74737442	32	2.0	32	84	0	85	24	21	13	40	1.90
74737651--74737710	26	2.4	25	81	10	68	25	21	20	33	1.97
74737768--74737824	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
74737760--74737836	20	3.8	20	96	0	145	33	19	11	35	1.88
74737760--74737835	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
74741462--74741537	21	3.5	21	70	16	64	22	13	26	38	1.91
74741466--74741553	45	2.0	45	93	0	149	22	12	26	38	1.90
74742216--74742250	14	2.5	15	86	13	56	48	0	22	28	1.51
74744452--74744531	18	4.4	18	77	0	88	41	16	21	21	1.90
74744801--74744856	27	2.1	27	96	0	103	25	17	19	37	1.94
74744801--74744876	27	2.8	27	86	7	75	27	14	21	36	1.92
74747262--74747303	21	2.0	21	95	0	75	42	16	0	40	1.48
74748904--74749006	29	3.6	29	81	6	111	28	30	15	26	1.96
74748895--74749006	58	1.9	58	85	3	154	27	30	15	26	1.96
74753435--74753549	29	4.0	29	78	8	110	29	26	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74753426--74753537	58	1.9	58	85	3	154	27	28	16	27	1.97
74753760--74753811	24	2.2	24	86	6	70	13	17	15	53	1.72
74757956--74758044	29	3.1	28	76	10	90	29	26	14	29	1.95
74760805--74760910	37	2.9	37	92	0	167	27	28	18	25	1.98
74761029--74761674	47	13.6	47	93	2	1067	29	29	8	32	1.87
74761029--74761674	96	6.8	96	96	1	1097	29	29	8	32	1.87
74761029--74761674	190	3.4	190	94	0	1107	29	29	8	32	1.87
74765739--74765930	40	4.8	40	83	2	224	26	28	20	25	1.99
74768794--74768891	25	4.0	24	71	8	63	51	13	16	19	1.77
74768844--74768918	31	2.4	31	88	2	114	52	17	13	17	1.75
74769055--74769156	27	3.8	26	79	5	87	38	18	23	19	1.93
74769315--74769379	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
74769824--74770108	27	10.6	27	82	6	353	24	21	19	34	1.96
74770090--74770165	27	2.8	27	87	0	98	28	10	22	38	1.87
74770104--74770208	54	1.9	54	80	3	122	28	7	20	42	1.80
74770120--74770208	27	3.3	27	75	0	97	25	5	23	44	1.75
74770120--74770232	54	2.1	54	84	0	145	28	5	23	43	1.75
74770169--74770232	27	2.4	27	75	0	74	31	4	23	40	1.75
74770220--74770382	27	6.0	27	88	0	236	41	9	20	28	1.83
74770184--74770370	54	3.5	54	82	4	171	40	8	20	30	1.82
74770227--74770382	81	1.9	81	94	2	278	41	9	21	28	1.84
74770392--74770540	27	5.6	26	79	11	158	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74773119--74773382	94	2.8	92	77	11	270	24	29	19	26	1.98
74773162--74773384	46	4.9	42	73	19	164	23	30	20	26	1.98
74780865--74781010	40	3.7	40	79	2	143	25	21	26	26	1.99
74794009--74794042	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
74805521--74805615	47	2.0	47	100	0	190	21	17	16	44	1.87
74813704--74813763	26	2.3	26	82	8	68	55	3	1	40	1.27
74825016--74825082	25	2.7	25	88	0	107	23	20	20	34	1.97
74829962--74829994	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
74830241--74830296	16	3.5	16	90	0	85	28	28	7	35	1.84
74835023--74835136	47	2.4	47	91	1	176	21	24	22	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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