genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807771--807828	23	2.5	23	80	8	73	41	0	1	56	1.09
807768--807843	22	3.4	23	77	18	72	42	0	1	56	1.07
817424--817462	21	1.9	21	94	5	71	56	12	12	17	1.67
839837--840326	207	2.4	205	82	7	564	32	23	17	27	1.96
841415--841487	31	2.4	30	93	2	119	56	5	15	23	1.60
841415--841487	30	2.4	31	90	2	112	56	5	15	23	1.60
845954--846447	184	2.8	173	84	9	660	47	12	13	25	1.79
846298--846571	140	2.0	140	89	5	430	46	14	16	22	1.82
858676--858755	33	2.5	30	82	9	88	31	8	7	52	1.60
858791--858874	29	2.8	29	76	8	80	40	14	3	41	1.63
862919--862959	20	2.0	20	90	0	64	19	4	46	29	1.71
863902--863932	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
875791--875834	13	3.1	14	80	9	54	38	6	0	54	1.27
876385--876419	10	3.6	10	92	7	63	11	0	0	88	0.51
876388--876419	9	3.4	9	91	8	55	9	0	0	90	0.45
877122--877170	10	4.7	10	80	9	53	79	2	12	6	0.99
879776--879823	20	2.5	20	83	10	64	37	14	4	43	1.65
879796--879869	31	2.4	31	84	2	105	35	10	8	45	1.69
886512--886543	3	10.7	3	93	0	55	68	0	0	31	0.90
887585--887626	15	2.9	15	78	3	50	28	7	0	64	1.20
888230--888345	60	1.9	60	91	0	187	25	18	24	31	1.97
889995--890024	14	2.1	14	100	0	60	36	6	23	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891513--891547	18	1.9	18	94	0	61	42	0	17	40	1.49
891766--891834	33	2.1	33	100	0	138	42	15	5	36	1.72
891815--891857	20	2.1	21	86	4	61	44	6	11	37	1.68
892809--892868	15	3.7	16	76	12	59	53	0	0	46	1.00
898160--898185	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
898820--898859	19	2.1	19	95	0	71	40	17	27	15	1.89
898825--898868	19	2.3	19	80	0	52	50	15	22	11	1.76
902425--902454	4	7.5	4	100	0	60	53	0	0	46	1.00
904405--904447	14	3.0	14	75	3	50	60	4	2	32	1.30
905257--905325	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
905257--905325	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
905561--905595	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
905544--906866	120	11.2	120	95	3	2362	48	5	2	43	1.40
905801--905835	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
907198--907251	25	2.2	25	93	3	92	44	20	5	29	1.74
909545--910050	215	2.4	215	87	2	719	30	15	22	31	1.95
914322--914346	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
915036--915065	8	3.8	8	90	0	51	40	0	0	60	0.97
916513--916576	31	2.1	31	87	0	92	45	14	10	29	1.78
917396--917446	16	3.1	16	83	8	59	17	9	17	54	1.69
918319--918350	16	2.0	16	93	0	55	87	0	9	3	0.64
918840--918889	24	2.0	25	84	3	66	60	20	6	14	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924242--924284	21	2.0	22	82	13	54	65	0	0	34	0.93
949922--949962	21	2.0	21	90	9	66	48	2	0	48	1.14
954596--954623	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
955147--955187	21	1.9	22	85	14	59	41	4	14	39	1.67
956946--956975	16	1.9	15	93	6	51	46	13	0	40	1.43
956997--957327	167	2.0	168	85	4	454	34	12	12	41	1.79
966490--966524	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
971991--972112	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
971963--972266	47	6.4	47	91	3	425	26	30	9	32	1.88
977054--977144	43	2.1	43	100	0	182	39	8	8	42	1.67
977441--977472	14	2.3	14	94	0	55	6	9	3	81	0.97
978200--978260	31	2.0	31	93	0	104	52	6	4	36	1.49
997258--997317	25	2.4	26	78	13	72	30	8	6	55	1.55
1001448--1001812	124	3.0	124	81	5	420	38	17	13	30	1.88
1001680--1002248	154	3.9	145	78	9	532	41	17	10	30	1.83
1001848--1002217	141	2.6	137	83	5	425	41	17	10	31	1.83
1002099--1002124	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
1005522--1005571	21	2.4	21	80	6	57	60	2	0	38	1.09
1006608--1006653	24	1.9	24	81	0	56	47	4	15	32	1.65
1006823--1006870	8	5.6	8	79	18	53	22	2	2	72	1.05
1006817--1006870	27	2.1	25	86	13	74	24	1	1	72	1.05
1013096--1013148	21	2.5	22	75	9	56	20	5	3	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1018367--1018475	54	2.0	54	98	0	209	40	12	8	38	1.74
1027498--1027556	16	3.8	16	77	8	68	40	13	13	32	1.84
1028658--1028738	40	2.0	40	100	0	162	54	14	17	13	1.72
1029328--1029389	31	2.0	32	87	3	90	25	9	12	51	1.70
1031763--1031952	83	2.3	84	82	3	222	34	7	21	35	1.83
1041161--1041198	17	2.3	16	95	4	67	39	5	26	28	1.78
1059118--1059364	137	1.8	137	85	5	356	46	10	11	32	1.73
1060457--1060505	12	4.0	12	77	12	55	46	0	0	53	1.00
1061910--1061937	8	3.5	8	100	0	56	71	0	0	28	0.86
1073582--1073625	23	1.9	23	86	9	63	50	2	6	40	1.42
1077278--1077325	19	2.5	20	80	13	55	45	2	4	47	1.33
1077297--1077349	24	2.3	23	83	9	63	37	3	7	50	1.49
1079713--1079783	39	2.0	34	81	15	81	35	0	8	56	1.30
1080315--1080366	24	2.2	24	83	13	63	44	21	7	26	1.79
1092192--1092259	34	2.0	34	100	0	136	26	5	29	38	1.80
1096175--1096240	31	2.1	31	88	0	96	43	7	10	37	1.68
1097790--1097829	20	1.9	22	85	10	57	32	0	2	65	1.06
1097834--1097898	31	2.1	31	97	0	121	35	16	10	36	1.84
1098018--1098062	3	14.7	3	81	4	54	28	4	4	62	1.34
1101887--1101974	30	2.9	31	78	10	83	45	5	5	43	1.51
1105705--1105750	12	4.1	12	72	16	53	10	15	28	45	1.79
1105713--1105757	21	2.1	21	100	0	90	15	15	22	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1108422--1108527	37	2.8	38	77	16	105	50	0	13	35	1.41
1109656--1109684	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
1110434--1110758	95	3.4	95	96	1	614	29	23	19	28	1.98
1110434--1110819	95	4.0	94	89	6	431	28	23	18	29	1.98
1110783--1111335	44	12.6	44	75	6	494	30	25	16	27	1.97
1110772--1111308	132	4.1	132	96	0	948	29	26	16	27	1.97
1122041--1122083	22	2.0	22	90	0	68	60	4	9	25	1.47
1130105--1130290	59	3.1	56	69	19	144	43	2	3	51	1.32
1130151--1130338	61	3.1	61	68	17	165	43	2	5	48	1.41
1130098--1130388	120	2.4	122	88	4	453	44	2	4	49	1.34
1130332--1130368	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
1130533--1130623	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
1130604--1130674	16	4.4	16	96	3	133	36	39	0	23	1.55
1130604--1130674	33	2.2	32	97	2	133	36	39	0	23	1.55
1133428--1133461	17	2.0	17	88	11	52	58	8	0	32	1.29
1135483--1135527	17	2.7	16	83	10	54	44	0	22	33	1.53
1135589--1135640	21	2.5	21	83	0	59	7	7	5	78	1.08
1135820--1135854	18	1.9	18	88	0	52	20	0	8	71	1.11
1137858--1137904	3	15.7	3	91	8	78	63	2	0	34	1.06
1139412--1139982	73	7.5	75	83	8	652	32	21	16	28	1.96
1139411--1139982	227	2.5	225	84	5	713	32	21	16	28	1.95
1139410--1139981	159	3.8	149	83	5	666	32	21	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1139839--1139988	75	2.0	75	92	0	210	32	19	16	31	1.94
1152312--1152356	21	2.3	18	85	11	54	51	6	0	42	1.28
1152700--1152737	8	4.9	8	83	6	51	55	7	0	36	1.29
1152746--1152800	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
1152906--1152959	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
1161576--1161612	19	1.9	19	100	0	74	43	21	5	29	1.75
1163115--1163176	30	2.1	30	100	0	124	38	8	9	43	1.67
1164215--1164245	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
1164402--1164440	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
1168569--1168599	15	2.1	15	93	0	53	35	6	32	25	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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