genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53819833--53819862	16	1.9	15	93	6	51	26	13	13	46	1.80
53821205--53821255	21	2.6	19	77	17	59	31	3	7	56	1.46
53821658--53821699	21	2.0	21	85	0	57	30	21	0	47	1.51
53827043--53827151	56	1.9	56	92	0	182	33	23	14	28	1.94
53837312--53837467	85	1.8	84	87	1	231	27	23	18	30	1.98
53839549--53839600	20	2.6	20	87	0	68	21	26	0	51	1.47
53847538--53847582	23	2.0	22	86	4	63	31	2	17	48	1.59
53847824--53847896	26	2.8	27	75	6	80	17	21	23	36	1.94
53847995--53848068	25	3.0	25	75	0	67	20	25	21	32	1.97
53848004--53848076	25	2.9	25	79	0	83	21	26	20	31	1.98
53849198--53849253	27	2.1	27	100	0	112	25	51	3	19	1.62
53852990--53853037	24	2.0	24	95	0	87	56	16	10	16	1.67
53853308--53853495	42	4.4	42	74	12	170	26	19	25	28	1.99
53853263--53853495	85	2.7	85	87	2	326	26	19	25	28	1.99
53853265--53853412	43	3.5	42	76	12	158	27	19	24	29	1.99
53853306--53853503	43	4.7	42	75	8	177	25	19	25	28	1.99
53856759--53856805	19	2.5	19	96	0	85	21	21	8	48	1.76
53857945--53857987	22	2.0	21	82	13	52	39	20	4	34	1.74
53861075--53861115	22	2.0	21	85	9	57	51	0	7	41	1.30
53861555--53861581	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
53878396--53878672	137	2.0	137	96	0	509	37	7	16	38	1.77
53888454--53888492	21	1.9	19	85	10	51	41	10	2	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53890859--53890908	25	2.0	25	88	0	73	40	24	20	16	1.91
53892787--53892939	42	3.6	43	78	9	161	26	16	26	30	1.97
53899267--53899427	43	3.8	43	74	9	150	24	18	26	29	1.98
53908354--53908528	27	6.6	27	79	6	187	26	15	28	29	1.96
53908358--53908508	79	1.9	78	87	4	223	26	15	28	29	1.96
53912343--53912387	22	2.0	22	100	0	90	35	28	22	13	1.92
53916626--53916773	27	5.4	27	86	1	188	25	15	28	31	1.96
53916626--53916773	55	2.7	55	87	2	192	25	15	28	31	1.96
53921850--53921883	17	1.9	18	88	5	52	38	0	17	44	1.49
53929249--53929435	49	3.8	49	80	12	247	27	16	25	29	1.97
53929244--53929429	99	1.9	100	96	1	347	26	17	25	30	1.97
53930229--53930294	24	2.8	24	72	9	80	39	4	10	45	1.59
53933781--53933855	27	2.8	26	86	9	98	36	16	25	22	1.94
53933781--53933868	27	3.3	26	84	4	95	35	19	25	20	1.96
53940853--53940903	20	2.5	21	70	20	54	35	17	13	33	1.89
53952079--53952161	38	2.2	38	95	2	150	45	4	16	32	1.69
53953107--53953167	30	2.0	30	100	0	122	26	19	9	44	1.82
53954957--53955055	42	2.3	42	84	5	128	32	24	18	25	1.97
53954938--53955059	43	2.8	44	80	9	137	31	25	18	24	1.97
53957932--53958010	25	3.3	25	62	22	60	31	10	27	30	1.90
53957906--53958031	47	2.7	47	92	0	207	34	11	27	26	1.91
53957954--53958144	48	4.0	48	85	6	210	31	8	29	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53958286--53958394	37	2.9	37	95	0	191	22	18	31	27	1.97
53959568--53959599	8	3.9	8	92	8	55	25	12	9	53	1.68
53959571--53959599	9	3.3	9	90	9	51	20	10	10	58	1.60
53963896--53963954	25	2.4	25	83	13	77	57	1	1	38	1.19
53964611--53964652	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
53969009--53969034	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
53970045--53970223	39	4.5	39	90	2	243	18	21	29	30	1.97
53976267--53976439	46	3.7	46	74	14	176	23	19	27	30	1.98
53976264--53976434	93	1.8	93	91	2	281	22	19	28	29	1.98
53977855--53977898	2	22.0	2	95	0	79	0	0	47	52	1.00
53981164--53981210	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
53982552--53982769	39	5.5	39	92	1	330	18	22	29	29	1.97
53992661--53992711	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
53995175--53995206	13	2.4	13	94	5	55	28	9	21	40	1.84
54009991--54010106	27	4.3	27	84	2	126	27	15	19	37	1.92
54010031--54010448	27	15.7	27	81	9	373	32	9	19	38	1.84
54013265--54013345	27	3.0	26	89	3	108	27	17	17	38	1.92
54013310--54013729	27	15.7	27	81	6	430	33	10	17	38	1.84
54014046--54014109	28	2.3	28	83	5	76	25	34	18	21	1.96
54030709--54030935	49	4.5	50	83	2	269	25	16	28	30	1.96
54030709--54030935	99	2.3	101	86	5	327	25	16	28	30	1.96
54037603--54037784	101	1.8	101	86	0	265	28	17	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54037552--54037833	50	5.6	50	76	5	212	26	15	25	31	1.96
54037552--54037841	151	1.9	151	86	4	415	26	16	25	31	1.96
54037598--54037877	150	1.9	151	84	0	382	26	15	27	30	1.96
54039829--54039863	18	2.0	18	94	5	63	11	20	45	22	1.82
54043491--54043581	42	2.1	42	87	4	128	36	25	16	21	1.94
54043470--54043619	43	3.5	43	80	5	142	31	26	18	24	1.98
54045381--54045496	58	2.0	58	94	0	205	43	12	13	31	1.81
54046337--54046440	36	2.9	35	90	2	154	44	14	15	25	1.84
54046355--54046452	35	2.9	32	86	10	94	44	14	15	25	1.84
54047714--54047750	18	2.0	20	89	10	60	45	5	5	43	1.49
54047851--54047883	16	2.1	16	100	0	66	48	27	6	18	1.71
54049103--54049153	16	3.2	16	88	0	75	56	23	15	3	1.56
54049103--54049153	8	6.4	8	83	0	66	56	23	15	3	1.56
54049103--54049153	24	2.1	24	92	0	84	56	23	15	3	1.56
54049260--54049295	9	3.9	9	96	3	63	33	11	36	19	1.87
54049260--54049295	19	1.9	18	94	5	63	33	11	36	19	1.87
54049378--54049492	29	4.0	29	79	5	126	29	14	30	25	1.95
54053558--54053592	16	2.2	16	89	0	52	60	20	17	2	1.49
54053804--54053922	29	4.2	29	77	6	118	29	14	28	27	1.95
54071822--54071862	20	2.0	20	100	0	82	21	19	14	43	1.87
54085361--54085421	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54092199--54092259	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54094927--54095151	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
54095083--54095160	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
54102453--54102677	40	5.7	40	81	6	215	25	28	21	25	1.99
54102609--54102686	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
54106181--54106388	67	3.2	64	78	11	199	23	30	15	30	1.95
54111090--54111264	46	3.8	45	76	10	183	28	28	20	22	1.98
54111098--54111269	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	22	1.99
54111095--54111284	46	4.1	45	69	18	113	28	27	20	22	1.99
54113656--54113738	29	2.9	29	85	7	107	57	15	15	10	1.64
54113652--54113734	14	5.8	14	76	10	78	59	15	15	9	1.61
54116688--54116862	46	3.8	46	76	13	178	28	27	21	23	1.99
54116696--54116867	93	1.8	93	92	0	290	27	27	21	23	1.99
54116739--54116882	46	3.1	44	67	21	98	28	27	20	23	1.99
54120634--54120809	46	3.8	46	78	12	198	21	21	28	28	1.98
54120631--54120802	93	1.8	93	93	0	299	22	21	28	27	1.99
54127129--54127196	29	2.4	29	80	7	77	41	14	14	29	1.86
54130450--54130488	21	2.0	21	90	10	64	7	28	2	61	1.37
54137095--54137170	21	3.3	23	72	12	57	40	2	1	55	1.22
54137140--54137169	16	1.9	15	93	6	51	33	3	0	63	1.11
54137524--54137593	35	2.0	36	85	2	97	30	1	24	44	1.62
54137640--54137706	22	2.8	23	77	11	73	34	1	20	43	1.61
54137740--54137792	22	2.4	22	83	0	70	43	0	15	41	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54137727--54137997	52	5.3	50	67	19	173	37	1	17	43	1.59
54137640--54137798	87	1.8	86	84	5	214	37	1	18	42	1.59
54137777--54137826	22	2.3	22	89	3	75	28	2	18	52	1.56
54137721--54137998	96	2.7	103	78	13	302	37	1	17	43	1.58
54137831--54137887	22	2.7	20	81	10	60	43	0	15	40	1.47
54137924--54138155	30	7.7	29	66	18	100	38	2	17	41	1.63
54137948--54137997	22	2.3	22	89	0	73	42	0	20	38	1.52
54137898--54138068	88	2.0	87	92	1	288	39	2	15	42	1.59
54138081--54138146	34	1.9	34	84	6	89	37	3	19	39	1.67
54138118--54138189	34	2.1	36	89	5	112	33	1	25	40	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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