genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94839067--94839503	110	4.0	111	86	3	569	34	21	12	31	1.90
94842288--94842770	47	10.1	47	89	4	696	30	12	30	26	1.92
94842456--94842531	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
94842744--94842834	46	2.0	46	84	0	119	32	7	31	27	1.85
94842976--94843120	37	4.0	36	93	3	245	23	19	31	26	1.98
94844373--94844644	40	6.8	40	94	0	454	23	22	29	24	1.99
94844820--94844871	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
94849242--94849278	16	2.2	17	86	13	51	78	2	5	13	1.03
94853925--94854023	40	2.4	42	79	6	121	36	26	22	15	1.93
94853942--94854003	19	3.1	20	86	9	99	32	27	27	12	1.93
94853920--94854013	21	4.4	23	79	16	105	37	26	22	13	1.92
94855452--94855487	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
94855456--94855494	20	2.0	20	84	0	51	0	28	2	69	1.02
94861768--94861875	21	5.0	22	83	5	114	37	25	22	15	1.93
94863311--94863340	15	1.9	16	93	6	53	0	26	0	73	0.84
94871728--94871869	40	3.6	40	87	2	207	23	23	26	26	2.00
94877403--94877463	29	2.1	29	100	0	122	49	14	16	19	1.80
94886790--94886948	43	3.8	42	74	13	130	25	17	28	28	1.98
94886790--94886906	41	2.8	43	79	8	125	23	18	29	28	1.98
94898384--94898413	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
94903973--94904028	21	2.7	21	88	0	76	25	28	33	12	1.92
94912292--94912512	40	5.6	41	83	8	280	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94920551--94920771	40	5.6	41	85	8	298	24	22	26	26	2.00
94920999--94921040	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
94924216--94924388	38	4.5	39	84	6	210	26	28	20	25	1.99
94924216--94924388	77	2.2	77	83	7	208	26	28	20	25	1.99
94928026--94928149	44	2.8	44	86	3	160	32	29	16	20	1.95
94933187--94933582	126	3.2	126	85	3	496	37	16	17	28	1.92
94940869--94941071	40	5.1	40	85	5	261	23	23	28	25	2.00
94940865--94941052	80	2.4	79	90	2	288	24	22	27	25	2.00
94949058--94949259	40	5.1	40	87	5	277	23	23	28	24	1.99
94949054--94949259	80	2.6	79	90	1	315	24	23	28	24	2.00
94958829--94958871	20	2.2	20	100	0	86	32	53	0	13	1.41
94960510--94960671	38	4.0	38	78	14	171	29	24	15	30	1.96
94973411--94973463	26	2.0	26	96	0	97	20	11	20	47	1.81
94997136--94997170	18	1.9	18	88	0	52	42	2	25	28	1.69
94998644--94998695	25	2.1	24	82	10	61	67	1	1	28	1.12
95001004--95001043	21	1.9	20	85	10	53	57	10	5	27	1.52
95001446--95001485	18	2.1	18	86	9	53	25	2	12	60	1.45
95002073--95002144	20	3.7	20	87	7	94	54	5	0	40	1.24
95004880--95004924	21	2.1	21	87	0	63	31	0	11	57	1.33
95005078--95005132	26	2.1	26	86	0	74	49	1	5	43	1.36
95008282--95008319	18	2.2	17	86	13	51	73	0	18	7	1.06
95012177--95012452	48	5.8	48	83	4	315	26	29	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95018453--95018508	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
95018442--95018508	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
95018559--95018676	23	5.0	24	87	5	152	29	22	20	27	1.98
95018560--95018657	23	4.2	23	92	2	160	30	21	19	28	1.97
95021968--95022042	37	2.0	37	100	0	150	46	10	13	29	1.76
95025964--95026081	43	2.8	42	78	11	116	24	17	26	31	1.97
95027704--95027926	119	1.9	120	85	6	310	25	27	22	24	2.00
95027683--95027926	40	6.1	40	84	6	300	25	27	22	24	2.00
95034728--95034950	119	1.9	120	85	6	319	25	27	22	24	2.00
95034707--95034950	40	6.1	40	85	6	309	25	27	22	24	2.00
95040913--95040964	20	2.8	18	76	21	54	51	7	1	38	1.42
95048215--95048303	29	3.1	29	83	4	110	28	14	26	30	1.95
95049628--95049797	93	1.8	92	93	1	295	28	28	20	21	1.98
95049623--95049794	45	3.7	46	79	11	208	29	27	20	22	1.98
95056932--95056969	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
95057199--95057368	93	1.8	92	93	1	295	28	28	20	21	1.98
95057194--95057365	45	3.7	46	79	11	208	29	27	20	22	1.98
95063536--95063594	5	12.0	5	79	16	70	77	1	0	20	0.85
95063541--95063586	24	1.9	24	86	8	67	78	2	0	19	0.86
95071527--95071604	27	2.9	27	92	0	129	21	20	20	37	1.95
95071591--95071910	27	11.9	27	85	4	226	30	8	22	38	1.85
95071646--95071910	54	4.9	53	83	6	309	29	9	21	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95080978--95081056	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
95081175--95081540	47	7.7	47	92	1	572	29	29	8	32	1.87
95082880--95083109	40	5.8	40	92	1	336	24	28	21	25	1.99
95090419--95090645	40	5.8	40	89	4	309	24	27	22	25	1.99
95090399--95090645	117	2.1	119	86	3	338	25	27	21	25	1.99
95091899--95092127	40	5.8	40	92	1	336	24	28	21	25	1.99
95099416--95099645	40	5.8	40	92	1	336	24	28	21	25	1.99
95102950--95103069	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
95105740--95105894	42	3.7	41	81	5	175	30	23	14	30	1.95
95106056--95106083	12	2.3	12	100	0	56	46	25	0	28	1.53
95110256--95110282	13	2.1	13	100	0	54	22	11	37	29	1.89
95112947--95112976	14	2.1	14	100	0	60	36	13	13	36	1.84
95113270--95113424	42	3.7	42	82	3	168	29	24	15	30	1.96
95125170--95125292	49	2.5	49	81	7	151	23	28	19	28	1.98
95132892--95133066	49	3.6	49	78	2	147	26	26	17	28	1.98
95137509--95137538	15	1.9	16	93	6	53	16	40	0	43	1.48
95139482--95139506	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
95151274--95151447	66	2.6	67	82	8	187	21	28	16	33	1.95
95151292--95151447	69	2.3	67	80	11	167	21	28	16	34	1.94
95160903--95161083	40	4.5	40	90	0	272	43	9	15	31	1.78
95161364--95161396	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
95164887--95164935	20	2.5	19	83	9	71	57	0	4	38	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95165290--95165360	28	2.5	28	77	8	65	36	5	1	56	1.32
95165498--95165719	88	2.5	88	82	10	265	39	11	14	33	1.83
95167828--95167885	30	1.9	30	82	10	73	60	15	5	18	1.53
95173981--95174102	47	2.6	47	86	2	165	29	23	15	31	1.95
95174109--95174144	7	5.1	7	100	0	72	13	27	13	44	1.82
95174143--95174351	31	6.7	31	91	0	310	26	26	19	28	1.99
95174329--95174505	50	3.5	50	84	2	230	26	22	15	35	1.94
95176848--95176874	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
95178785--95178906	47	2.6	47	85	2	156	29	24	15	30	1.96
95178939--95179147	31	6.7	31	91	0	310	26	26	19	28	1.99
95179125--95179301	50	3.5	50	86	2	221	26	21	16	35	1.95
95181509--95181590	42	1.9	43	85	11	116	28	14	19	37	1.91
95181504--95181602	42	2.3	43	79	8	114	29	16	19	35	1.93
95185205--95185472	48	5.6	46	75	8	189	28	20	28	22	1.98
95185205--95185472	94	2.8	94	82	6	288	28	20	28	22	1.98
95186668--95186707	21	2.0	21	85	5	55	15	40	25	20	1.90
95189085--95189116	14	2.4	13	94	5	55	46	6	0	46	1.27
95189233--95189661	217	2.0	216	88	5	634	31	16	10	40	1.83
95191148--95191265	54	2.2	54	81	6	132	25	33	21	19	1.97
95193997--95194041	23	2.0	23	90	0	72	35	6	11	46	1.66
95194049--95194092	16	2.8	16	80	13	56	47	11	0	40	1.39
95194049--95194090	15	2.7	16	82	14	52	50	9	0	40	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95195439--95195504	33	2.0	33	100	0	132	42	9	12	36	1.74
95196955--95197001	18	2.8	17	78	18	53	14	6	0	78	0.93
95198316--95198579	92	2.9	92	81	2	307	34	21	20	23	1.96
95198986--95199039	21	2.6	21	84	0	63	27	24	33	14	1.94
95199753--95199832	5	15.8	5	76	17	53	72	6	1	20	1.13
95199753--95199832	15	5.3	14	74	24	65	72	6	1	20	1.13
95202501--95202563	22	2.9	22	78	2	74	25	28	36	9	1.87
95206118--95206157	21	1.9	21	89	0	62	20	27	40	12	1.88
95206802--95206842	21	1.9	21	90	5	64	75	9	14	0	1.04
95206898--95206927	15	2.0	15	93	0	51	76	6	0	16	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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