genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75118689--75119006	92	3.5	92	84	1	361	22	22	14	40	1.90
75118704--75119006	46	6.6	46	84	1	322	22	23	13	40	1.89
75145592--75145764	93	1.9	93	92	2	294	28	30	21	19	1.98
75145585--75145760	46	3.8	46	78	11	198	29	30	21	19	1.97
75145636--75145779	46	3.1	45	73	11	130	29	29	20	20	1.98
75148143--75148222	15	5.4	15	74	15	60	60	11	16	12	1.60
75148154--75148231	15	5.2	15	72	17	63	57	12	15	14	1.65
75149872--75149932	27	2.3	27	85	2	79	37	19	24	18	1.94
75155722--75155876	42	3.7	42	78	17	135	23	16	25	34	1.95
75163591--75163694	52	2.0	52	94	0	181	30	4	28	35	1.78
75164156--75164210	20	2.8	20	94	0	101	23	32	27	16	1.96
75173149--75173200	23	2.3	23	83	10	70	21	25	21	32	1.98
75173182--75173267	23	3.8	22	73	13	77	20	24	19	34	1.96
75173173--75173279	45	2.4	43	79	16	119	23	23	21	31	1.98
75173173--75173281	22	4.9	22	70	11	71	22	23	22	31	1.99
75182428--75182512	29	3.0	28	84	5	109	28	29	12	29	1.94
75188436--75188809	70	5.4	70	88	1	536	32	10	17	40	1.83
75188434--75188870	140	3.1	140	84	4	393	31	9	18	40	1.83
75189565--75190263	349	2.0	348	95	0	1245	28	11	18	41	1.85
75194761--75194910	41	3.7	41	85	1	221	28	28	23	20	1.99
75201950--75202095	41	3.6	40	77	1	157	29	26	23	21	1.99
75204125--75204196	27	2.6	27	84	6	92	38	15	9	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75204134--75204224	27	3.4	27	83	7	96	39	17	9	32	1.83
75204202--75204414	27	7.9	27	80	4	223	29	24	7	39	1.81
75204175--75204412	54	4.4	54	78	4	228	29	24	7	38	1.83
75204202--75204412	81	2.6	81	85	0	269	28	24	7	39	1.82
75204364--75204558	27	7.1	27	74	8	117	36	20	8	33	1.84
75204405--75204558	54	2.8	55	77	5	143	40	18	9	31	1.82
75204607--75204680	27	2.7	27	78	12	80	36	21	20	21	1.95
75205487--75205636	26	5.8	26	88	0	230	27	23	22	27	1.99
75205781--75205872	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
75205896--75205974	31	2.5	31	93	0	140	29	17	26	26	1.98
75208605--75208787	40	4.6	41	79	13	188	24	21	28	25	1.99
75208659--75208810	77	2.0	77	83	7	193	26	19	28	25	1.99
75216903--75217059	43	3.7	43	75	14	153	25	18	26	29	1.98
75219281--75219310	16	1.9	16	93	6	53	86	0	0	13	0.57
75224302--75224347	18	2.6	18	72	27	53	76	0	8	15	1.02
75231324--75231362	20	2.0	20	89	0	60	41	23	2	33	1.68
75231453--75231560	43	2.5	42	79	8	130	28	23	17	30	1.97
75233648--75233730	41	2.0	41	95	0	148	37	26	6	30	1.80
75236957--75237019	30	2.1	31	90	3	101	25	23	15	34	1.95
75237233--75237305	23	3.1	23	96	3	137	28	20	20	30	1.98
75237212--75237305	47	2.0	48	91	6	156	27	22	21	28	1.99
75237212--75237306	24	4.0	24	91	6	149	27	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75237364--75237420	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
75237360--75237422	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
75245004--75245067	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
75245273--75245398	23	5.4	24	90	7	206	28	20	20	30	1.98
75245280--75245398	47	2.6	47	94	2	215	29	19	21	30	1.97
75245456--75245512	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
75245452--75245512	20	3.0	20	95	0	113	32	19	11	36	1.88
75254487--75254636	38	3.9	38	85	3	167	18	18	27	35	1.95
75254504--75254636	38	3.5	38	88	3	169	18	18	27	36	1.94
75259970--75260087	47	2.5	47	87	2	175	29	26	18	25	1.98
75263815--75263955	40	3.5	40	81	6	151	29	25	19	24	1.99
75263889--75263971	40	2.1	40	90	0	130	31	20	18	30	1.96
75276114--75276184	30	2.4	29	90	4	124	28	16	21	33	1.95
75276494--75276857	48	7.6	48	94	1	615	34	7	27	29	1.85
75277030--75277132	37	2.8	37	93	0	170	24	19	31	25	1.98
75278413--75278599	40	4.7	40	91	2	279	20	22	29	26	1.99
75278609--75278717	29	3.8	29	77	9	98	20	15	30	33	1.94
75278662--75278737	29	2.7	29	85	2	100	22	14	26	36	1.92
75281787--75281960	46	3.8	46	73	14	169	22	20	27	29	1.99
75281784--75281954	93	1.8	93	89	2	272	22	21	28	28	1.99
75288083--75288370	49	6.0	49	89	2	417	31	9	30	27	1.89
75288087--75288370	96	3.0	96	87	5	396	32	9	30	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75288489--75288567	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
75290475--75290548	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
75290862--75291060	39	5.1	39	86	0	236	22	20	30	26	1.98
75294773--75295161	49	8.1	49	91	2	612	31	8	30	28	1.88
75294773--75295161	97	4.0	98	91	4	630	31	8	30	28	1.88
75295279--75295357	37	2.1	37	85	0	104	26	18	29	25	1.98
75300384--75300559	46	3.8	46	76	12	198	22	20	27	29	1.98
75300381--75300551	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
75303638--75303898	48	5.4	48	93	0	450	33	7	28	30	1.84
75304071--75304173	37	2.8	37	90	0	161	23	17	33	26	1.96
75308782--75308964	39	4.7	40	81	8	207	25	27	22	24	2.00
75308782--75308964	79	2.3	80	79	10	198	25	27	22	24	2.00
75319218--75319368	40	3.7	40	77	11	146	23	19	24	32	1.98
75319223--75319352	44	3.0	44	80	6	151	23	18	23	33	1.97
75327926--75328081	27	5.7	27	78	6	154	26	28	16	27	1.97
75327931--75328082	54	2.8	54	81	7	173	26	28	17	28	1.97
75336013--75336168	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	27	1.97
75336018--75336169	54	2.8	55	80	4	182	26	28	16	28	1.97
75346925--75346981	26	2.2	25	81	12	62	33	17	7	42	1.76
75347143--75347179	18	2.1	18	94	0	65	21	18	0	59	1.38
75349205--75349237	6	5.5	6	92	0	57	15	27	0	57	1.38
75353143--75353307	46	3.5	47	79	10	153	28	19	30	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75356914--75357627	49	15.0	42	94	2	447	30	29	8	32	1.87
75356847--75357638	47	16.6	47	94	1	1233	29	29	8	32	1.86
75356847--75357637	431	1.8	430	96	0	1449	29	29	8	32	1.86
75361058--75361441	40	9.7	39	89	3	502	25	28	22	24	1.99
75363661--75364151	47	10.6	47	92	5	770	29	29	8	32	1.87
75363710--75364151	96	4.7	96	94	5	782	30	28	8	32	1.86
75369744--75369926	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
75369745--75369928	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
75369797--75369961	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
75377922--75378104	79	2.3	81	84	7	232	25	23	27	24	2.00
75377923--75378106	40	4.6	39	80	9	194	25	23	27	23	2.00
75377961--75378139	79	2.3	79	80	7	204	27	21	26	24	1.99
75379864--75379930	20	3.3	20	66	4	53	16	31	16	35	1.91
75379854--75379951	41	2.4	41	84	0	142	21	30	15	32	1.94
75379996--75380054	20	3.0	20	75	7	59	13	23	25	37	1.92
75383849--75384177	27	12.1	27	87	2	390	30	22	6	41	1.79
75384169--75384307	27	5.1	27	87	2	190	38	22	9	29	1.85
75384208--75384322	54	2.1	54	85	6	153	41	21	7	28	1.81
75387831--75387918	23	3.9	23	92	1	151	29	22	21	26	1.99
75387969--75388035	20	3.3	20	89	0	107	34	19	11	34	1.88
75388072--75388119	25	1.9	25	86	0	69	27	14	25	33	1.94
75392072--75392294	27	8.2	27	76	5	119	33	10	17	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75392163--75392294	27	4.9	27	86	0	183	31	9	20	38	1.85
75392173--75392339	81	2.1	81	80	3	185	33	8	21	36	1.84
75392297--75392640	27	12.7	27	90	3	512	39	6	24	29	1.80
75398991--75399112	46	2.7	46	89	2	174	23	21	26	28	1.99
75411361--75411439	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75411882--75411907	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
75419600--75419665	25	2.6	25	88	9	91	30	28	13	27	1.94
75419601--75419690	26	3.6	25	85	10	87	30	30	14	25	1.95
75421576--75421748	46	3.7	46	78	15	203	21	21	27	29	1.98
75421573--75421743	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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