genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57849495--57849666	46	3.7	46	77	13	181	31	28	17	22	1.96
57849502--57849673	93	1.8	93	92	0	290	30	27	18	22	1.97
57852065--57852153	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
57852065--57852144	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
57852076--57852153	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
57854962--57855011	21	2.3	22	93	6	84	34	28	26	12	1.92
57854937--57855023	21	4.0	23	77	10	83	37	24	21	16	1.93
57855394--57855451	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
57857629--57857963	40	8.4	40	92	2	467	23	19	28	28	1.98
57857990--57858151	28	5.7	26	72	15	108	22	16	29	32	1.96
57857991--57858179	57	3.3	57	82	3	222	22	16	29	31	1.96
57858023--57858124	29	3.6	29	75	7	100	22	15	30	31	1.95
57862560--57862893	149	2.3	144	94	2	569	34	6	28	30	1.82
57862560--57862893	48	6.9	48	93	3	560	34	6	28	30	1.82
57864373--57864827	40	11.4	40	94	0	635	23	20	28	26	1.99
57864855--57865011	57	2.8	57	87	1	199	21	17	28	32	1.96
57864859--57865011	28	5.4	28	73	9	112	21	17	28	32	1.96
57868253--57868389	48	2.9	48	97	0	256	33	6	29	29	1.83
57869858--57870029	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
57869851--57870026	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
57870698--57870861	74	2.2	74	94	2	283	42	17	6	32	1.76
57871391--57871480	37	2.4	37	94	0	153	24	17	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57878314--57878417	42	2.4	44	80	6	133	35	24	15	25	1.94
57886552--57886681	53	2.4	53	79	2	134	20	21	20	38	1.94
57888171--57888317	43	3.4	43	79	6	163	31	27	16	24	1.96
57888243--57888328	44	2.0	44	81	2	102	32	26	16	24	1.96
57895345--57895455	45	2.5	45	80	12	131	28	29	15	26	1.96
57895345--57895478	43	3.1	43	78	11	139	29	30	16	23	1.96
57901307--57901369	31	2.1	30	85	8	83	47	0	3	49	1.17
57916756--57916886	55	2.4	55	85	3	167	29	27	18	24	1.98
57922045--57922165	43	2.8	42	79	7	120	30	21	19	28	1.97
57922045--57922200	85	1.8	85	82	5	199	29	23	19	27	1.98
57930845--57930972	39	3.3	39	86	0	184	31	18	27	22	1.97
57930844--57930998	78	2.0	75	81	9	179	30	20	27	21	1.98
57938871--57939037	39	4.3	39	90	0	244	31	21	25	20	1.98
57938871--57939063	78	2.5	78	82	2	192	31	22	25	20	1.98
57947134--57947879	47	15.4	47	89	4	997	33	8	28	29	1.88
57947998--57948076	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
57949424--57949580	46	3.4	46	74	15	160	29	28	21	21	1.98
57949456--57949599	46	3.1	44	74	15	132	29	27	20	22	1.98
57957645--57957813	45	3.7	46	74	11	145	30	20	26	22	1.98
57964205--57964425	79	2.8	79	79	10	229	26	27	21	24	1.99
57964231--57964424	40	4.9	38	83	9	221	26	28	21	23	1.99
57972426--57972619	40	4.8	40	83	5	232	26	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57972426--57972621	79	2.5	80	80	7	218	26	28	20	24	1.99
57985077--57985209	55	2.4	54	80	3	140	16	26	31	25	1.96
57991957--57992013	30	1.9	30	96	0	105	28	15	22	33	1.95
57999210--57999249	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
58002212--58002316	43	2.4	43	90	0	156	36	25	14	23	1.93
58007569--58007628	30	2.0	30	90	6	95	58	16	15	10	1.63
58007569--58007628	15	4.0	15	80	8	77	58	16	15	10	1.63
58016791--58017056	46	5.7	46	72	15	224	21	19	27	31	1.98
58016837--58017005	47	3.6	47	74	13	186	21	18	27	31	1.97
58016788--58017051	93	2.8	93	90	1	431	21	20	27	30	1.98
58020103--58020308	40	5.2	40	92	1	335	27	26	23	23	2.00
58021685--58021710	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
58027772--58027996	40	5.6	40	84	0	288	23	26	24	25	2.00
58037961--58038133	46	3.7	46	75	14	176	23	20	26	30	1.98
58043352--58043410	30	2.0	29	86	3	82	28	25	6	38	1.81
58044417--58044594	50	3.6	50	79	2	171	28	26	18	26	1.98
58051686--58051744	30	2.0	30	86	0	82	28	23	5	42	1.75
58054141--58054177	15	2.4	16	86	13	51	35	13	2	48	1.57
58055183--58055428	68	3.7	63	74	13	183	26	29	15	29	1.96
58063077--58063213	55	2.5	56	86	3	197	29	30	18	20	1.97
58063977--58064252	49	5.8	48	75	12	212	23	28	18	29	1.98
58064027--58064295	95	2.9	92	78	7	292	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58066473--58066570	27	3.5	28	88	2	126	27	13	27	31	1.94
58066503--58066583	27	3.0	27	85	5	83	30	12	23	33	1.92
58068281--58068544	94	2.8	93	76	11	261	22	28	21	28	1.99
58068885--58068941	30	1.9	30	88	0	87	28	28	10	33	1.90
58071267--58071303	19	1.9	19	88	0	56	64	2	8	24	1.34
58074611--58074759	43	3.5	40	80	9	129	26	20	26	26	1.99
58077040--58077118	37	2.1	37	88	4	115	26	31	17	24	1.97
58077237--58077592	49	7.4	47	92	2	532	29	30	8	31	1.86
58077240--58077592	96	3.7	96	90	4	552	29	30	8	31	1.86
58081392--58081743	40	8.8	40	89	0	542	25	26	21	25	1.99
58082953--58083031	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
58083150--58083593	47	9.4	47	94	1	748	29	30	8	31	1.87
58083150--58083593	142	3.1	140	92	4	746	29	30	8	31	1.87
58089408--58089445	19	2.0	19	100	0	76	52	5	10	31	1.58
58089850--58089965	43	2.7	42	78	1	115	27	15	24	32	1.95
58091799--58091938	27	5.2	27	77	13	130	23	18	15	42	1.88
58091932--58092192	27	9.7	27	83	1	292	38	14	13	32	1.86
58091932--58092190	106	2.4	107	85	2	342	38	15	12	33	1.85
58095343--58095894	40	13.8	40	92	0	897	26	28	21	23	1.99
58097160--58097235	37	2.1	37	92	5	127	27	30	19	22	1.98
58097382--58097566	48	3.8	48	87	5	273	30	27	7	34	1.85
58097385--58097566	98	1.9	98	90	2	294	30	26	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58097399--58097660	98	2.7	94	83	9	266	28	27	9	34	1.88
58097536--58097660	47	2.7	47	93	0	214	25	28	12	34	1.91
58100234--58100439	27	7.6	27	87	2	279	37	16	13	33	1.87
58100234--58100470	27	8.8	27	85	1	269	36	15	13	34	1.87
58103076--58104061	495	2.0	494	92	1	1636	37	19	14	28	1.91
58104501--58104588	27	3.3	27	86	0	113	23	15	17	43	1.87
58104594--58104851	27	9.6	27	87	1	322	37	14	13	34	1.85
58106593--58106652	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
58121683--58121863	40	4.6	40	87	3	251	29	26	20	23	1.99
58121683--58121863	79	2.3	79	89	2	265	29	26	20	23	1.99
58130106--58130287	40	4.6	40	86	3	226	29	26	20	23	1.99
58130106--58130287	80	2.3	80	87	2	251	29	26	20	23	1.99
58132474--58132560	29	3.0	28	86	8	113	26	29	17	26	1.97
58157343--58157391	23	2.1	24	92	3	82	55	14	4	26	1.57
58162767--58162888	50	2.5	49	87	1	163	31	27	16	25	1.96
58164975--58165038	14	4.4	15	70	20	55	64	15	10	9	1.50
58164984--58165042	15	4.0	14	76	8	55	61	18	10	10	1.56
58165451--58165487	18	2.1	18	94	0	65	56	10	13	18	1.66
58166774--58166843	35	2.0	35	94	0	122	44	18	15	21	1.87
58168105--58168291	49	3.8	48	81	8	223	29	26	17	26	1.97
58168116--58168302	101	1.9	99	87	4	277	29	27	17	25	1.97
58169182--58169231	25	2.0	25	96	0	91	40	26	18	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58175054--58175158	42	2.5	43	85	3	142	31	15	21	31	1.94
58180672--58180737	33	2.0	33	100	0	132	30	6	6	57	1.47
58183423--58183492	28	2.5	28	88	4	97	34	27	11	27	1.91
58185503--58185617	27	4.3	26	81	7	122	37	22	21	18	1.94
58187688--58187870	46	4.0	46	92	0	285	24	31	8	34	1.86
58187844--58188222	47	8.1	47	93	0	589	26	29	10	33	1.89
58187934--58188008	22	3.3	22	68	17	71	26	29	12	32	1.92
58190916--58190952	11	3.5	11	92	7	60	83	0	10	5	0.79
58194033--58194147	27	4.3	27	86	5	144	34	20	24	20	1.96
58194251--58194312	26	2.3	26	86	8	81	25	9	27	37	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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