genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33660483--33660557	12	6.7	11	71	19	50	42	1	1	54	1.17
33660568--33660684	62	1.9	62	81	11	145	42	4	4	48	1.42
33663075--33663278	27	7.6	27	86	4	223	30	27	13	27	1.94
33666898--33666925	14	2.0	14	100	0	56	28	0	14	57	1.38
33672686--33672710	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
33675321--33675397	38	2.0	38	94	0	136	32	11	29	25	1.91
33678764--33678795	15	2.1	16	94	5	57	46	0	21	31	1.52
33680758--33680829	28	2.6	27	75	20	76	68	4	2	25	1.21
33682201--33682239	19	2.1	19	90	0	60	43	2	2	51	1.29
33682221--33682254	16	2.2	15	94	5	59	50	2	0	47	1.16
33687634--33687663	2	15.0	2	92	0	51	50	46	3	0	1.18
33689126--33689179	18	3.1	17	87	12	74	66	1	0	31	1.02
33689623--33689766	71	2.0	71	100	0	288	27	17	7	47	1.75
33715456--33715537	41	2.0	41	92	0	137	18	12	32	36	1.88
33717752--33717800	12	4.0	12	78	5	53	4	20	0	75	0.96
33717753--33717820	25	2.7	25	84	6	84	4	20	0	75	0.98
33718843--33718873	10	3.1	10	95	0	53	32	19	3	45	1.66
33724538--33725020	251	1.9	251	85	0	669	28	10	29	30	1.91
33727126--33727234	14	8.2	13	73	6	85	43	4	24	27	1.74
33730583--33730621	18	2.2	18	86	9	53	20	0	38	41	1.53
33732204--33732325	57	2.1	58	89	1	183	45	7	19	27	1.76
33736945--33736997	26	2.0	26	85	7	70	37	22	20	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33737576--33737631	13	4.3	13	83	0	67	25	8	16	50	1.74
33743726--33743751	13	2.0	13	100	0	52	7	46	0	46	1.31
33750639--33750694	26	2.2	26	93	0	94	30	0	17	51	1.46
33750801--33750834	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
33751411--33751474	25	2.5	25	80	14	69	34	3	1	60	1.22
33757658--33757981	147	2.2	146	80	5	332	38	10	10	40	1.74
33757659--33758025	147	2.5	145	76	9	327	38	10	11	40	1.75
33758926--33759146	104	2.1	105	82	3	268	34	18	10	36	1.85
33761176--33761200	8	3.1	8	100	0	50	52	0	12	36	1.39
33768058--33768270	17	12.6	17	78	5	146	47	23	6	23	1.74
33768091--33768298	17	12.3	17	79	0	166	45	22	7	24	1.78
33768075--33768284	34	6.2	34	76	6	203	46	22	7	23	1.76
33768108--33768284	51	3.5	51	81	1	203	46	22	7	23	1.77
33772797--33772871	37	2.0	37	84	10	98	53	0	0	46	1.00
33778731--33778777	23	2.0	23	100	0	94	23	12	17	46	1.82
33789356--33789440	44	1.9	44	97	0	161	24	12	23	38	1.90
33792375--33792408	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
33806055--33806366	154	2.0	154	97	0	588	30	12	20	36	1.90
33806404--33806479	21	3.6	21	66	7	55	26	15	19	38	1.92
33806376--33806494	42	2.8	43	79	3	134	27	19	18	34	1.95
33814524--33814742	79	2.8	78	79	2	224	30	15	10	43	1.81
33820597--33820634	12	3.2	12	78	14	51	23	10	15	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33820618--33820673	24	2.3	24	78	6	60	33	14	12	39	1.83
33824818--33824873	21	2.5	24	77	14	64	51	3	5	39	1.42
33824826--33824871	22	2.1	22	88	4	67	54	4	6	34	1.46
33835499--33835635	60	2.3	59	82	8	161	28	19	25	26	1.99
33837227--33837261	17	2.0	18	88	5	54	11	28	48	11	1.74
33841691--33841742	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
33843661--33843712	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
33848200--33848264	28	2.3	29	84	7	80	40	1	3	55	1.25
33849137--33849296	35	4.6	36	86	4	220	35	16	25	23	1.95
33861107--33861141	14	2.5	14	100	0	70	5	40	11	42	1.65
33861743--33861782	17	2.2	19	86	8	57	25	2	15	57	1.50
33875421--33875491	9	7.4	9	73	18	56	33	1	2	61	1.19
33875752--33875796	19	2.5	19	85	7	58	42	0	6	51	1.28
33884323--33884374	25	2.1	25	82	13	63	76	3	9	9	1.12
33893054--33893095	5	8.6	5	89	10	61	38	0	0	61	0.96
33893043--33893100	15	4.1	14	83	14	66	39	0	0	60	0.97
33894866--33894890	13	1.9	13	100	0	50	8	32	28	32	1.86
33895852--33895969	45	2.6	45	93	2	202	26	26	20	27	1.99
33895898--33896070	47	3.8	45	78	13	156	23	28	20	27	1.99
33900307--33900341	13	2.8	13	95	4	63	57	0	31	11	1.34
33900414--33900997	290	2.0	290	98	0	1132	24	15	25	34	1.95
33903839--33904178	170	2.0	170	100	0	680	38	10	12	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33906422--33906465	18	2.2	20	80	15	56	59	2	11	27	1.44
33916061--33916088	7	4.0	7	100	0	56	14	0	14	71	1.15
33917596--33917662	23	2.8	24	77	6	73	25	1	16	56	1.48
33917651--33917688	15	2.4	16	78	4	51	15	0	21	63	1.31
33934198--33934373	47	3.7	47	96	1	318	32	7	29	30	1.86
33934492--33934570	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
33935784--33936015	40	5.8	40	89	0	356	25	21	27	25	2.00
33939874--33940049	47	3.7	47	89	1	246	31	9	31	27	1.88
33940168--33940246	37	2.1	37	88	0	113	24	18	30	26	1.98
33944212--33944253	22	1.9	22	95	0	75	16	16	14	52	1.75
33948067--33948105	20	1.9	21	89	5	62	53	0	0	46	1.00
33948444--33948483	19	2.1	19	85	0	53	65	2	15	17	1.39
33956083--33956116	18	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
33977080--33977257	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
33977101--33977256	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
33985051--33985228	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
33985072--33985227	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
33986965--33987020	27	2.1	27	86	0	76	32	16	17	33	1.92
33987588--33987625	18	2.1	19	85	5	51	21	2	18	57	1.52
33988220--33988258	20	2.0	20	89	0	60	23	25	30	20	1.98
33991548--33991922	94	4.0	94	96	0	680	30	10	19	39	1.85
33991951--33992014	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33996256--33996349	35	2.6	36	83	5	118	47	30	9	11	1.72
33998660--33998692	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
33999164--33999380	45	5.0	45	83	6	227	26	28	21	23	1.99
33999199--33999380	45	4.0	45	85	2	233	27	27	20	24	1.99
34006990--34007253	45	6.0	45	87	1	374	27	28	20	23	1.99
34010965--34011017	25	2.1	25	83	13	65	56	1	0	41	1.10
34014852--34014991	39	3.6	39	89	0	199	40	24	22	12	1.89
34018053--34018099	20	2.3	20	88	0	67	27	23	27	21	1.99
34020032--34020090	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
34020061--34020109	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
34020145--34020174	5	5.8	5	96	4	51	0	36	60	3	1.14
34021051--34021086	5	7.2	5	100	0	72	38	0	0	61	0.96
34023273--34023310	11	3.5	11	96	0	67	15	13	23	47	1.81
34025809--34025841	15	2.1	17	88	11	52	15	0	9	75	1.03
34026240--34026329	44	2.0	44	100	0	180	36	25	11	26	1.89
34028742--34028801	24	2.5	24	86	2	75	38	3	8	50	1.49
34029907--34030171	128	2.0	131	97	2	500	35	13	12	38	1.83
34030382--34030427	22	2.1	22	100	0	92	34	26	8	30	1.86
34033691--34033715	6	4.2	6	100	0	50	16	20	0	64	1.30
34033956--34033990	17	2.1	17	88	0	52	40	34	5	20	1.76
34037326--34037358	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
34040830--34040916	33	2.7	32	81	8	88	28	12	9	49	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34043450--34043568	18	6.4	18	70	18	75	60	1	26	11	1.41
34049051--34049107	21	2.8	22	77	20	61	24	5	22	47	1.72
34050116--34050153	15	2.4	16	86	4	51	39	0	2	57	1.12
34053146--34053171	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
34056989--34057022	13	2.5	14	90	4	52	26	0	0	73	0.83
34057006--34057107	47	2.2	46	83	13	120	40	0	1	57	1.10
34057021--34057091	22	3.1	21	75	21	72	42	0	1	56	1.08
34057019--34057108	24	3.8	24	72	20	82	42	0	2	55	1.12
34057088--34057142	22	2.6	21	85	8	67	38	0	1	60	1.08
34057200--34057232	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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