genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29772378--29772434	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
29772374--29772432	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
29772806--29772871	21	3.0	22	78	8	89	15	18	24	42	1.88
29773033--29773073	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
29785296--29785330	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
29785563--29785601	16	2.4	16	91	0	60	30	30	2	35	1.71
29785576--29785632	16	3.6	16	90	0	69	35	33	0	31	1.58
29786304--29786355	26	2.0	26	100	0	104	42	15	7	34	1.75
29790011--29790055	6	7.5	6	100	0	90	15	0	33	51	1.44
29796081--29796126	6	7.7	6	92	0	74	26	56	0	17	1.41
29798131--29798309	95	1.9	95	88	2	270	36	13	18	31	1.89
29805162--29805223	25	2.5	25	78	0	70	25	16	27	30	1.96
29813577--29813615	19	2.0	20	95	5	71	17	0	5	76	0.96
29813577--29813615	20	2.0	19	90	5	60	17	0	5	76	0.96
29813582--29813624	19	2.3	19	84	8	52	20	0	6	72	1.08
29817749--29817802	27	2.0	27	100	0	108	25	18	22	33	1.97
29819026--29819060	17	2.1	17	88	0	52	34	11	0	54	1.37
29822394--29822515	60	2.0	60	93	0	208	35	1	22	40	1.64
29824930--29825088	27	5.9	27	81	11	175	35	23	23	18	1.96
29824948--29825088	54	2.6	54	92	2	230	35	24	22	17	1.95
29826663--29826770	26	4.2	26	89	0	162	36	25	7	31	1.83
29827854--29827904	25	2.0	25	88	0	75	41	13	1	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29828677--29828714	19	2.1	19	85	9	53	52	36	0	10	1.36
29830137--29830307	46	3.7	46	79	4	200	28	29	21	20	1.98
29830136--29830308	93	1.9	93	91	0	283	28	30	21	20	1.98
29832536--29832662	3	42.7	3	69	6	71	28	7	2	61	1.36
29832627--29833037	132	2.9	137	74	13	395	30	3	6	59	1.40
29832627--29833037	140	2.9	142	78	13	416	30	3	6	59	1.40
29832919--29832950	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
29833268--29833306	15	2.6	15	91	0	60	33	5	0	61	1.18
29833247--29833304	24	2.4	24	82	0	71	34	6	1	56	1.36
29845803--29845889	39	2.2	39	87	0	129	21	20	29	27	1.98
29845803--29845905	39	2.6	39	84	3	118	22	22	30	25	1.99
29847593--29847913	77	4.2	76	83	4	414	27	17	20	35	1.95
29847607--29847913	153	2.0	153	90	3	485	27	17	21	33	1.96
29847848--29847967	64	1.9	64	92	0	204	25	19	24	30	1.98
29848195--29848249	28	2.0	28	85	7	76	40	14	30	14	1.86
29848421--29848458	19	2.1	19	85	9	53	52	36	0	10	1.36
29849446--29849657	3	70.3	3	69	7	117	28	6	3	61	1.37
29849623--29849897	145	1.9	146	82	9	344	29	3	6	59	1.41
29849790--29849832	23	1.9	22	85	4	59	25	0	13	60	1.34
29850172--29850221	21	2.3	21	79	3	55	22	10	10	58	1.60
29850251--29850291	15	2.7	15	88	0	64	31	4	0	63	1.15
29850230--29850287	24	2.4	24	82	0	71	34	6	1	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29852820--29852887	21	3.2	20	72	15	57	48	2	1	47	1.26
29854038--29854153	56	2.1	56	100	0	232	37	5	8	49	1.56
29855652--29855737	44	1.9	45	83	2	111	33	1	36	29	1.65
29856483--29856569	25	3.1	28	73	23	85	32	1	2	64	1.13
29856519--29856562	12	3.6	12	78	6	52	31	0	2	65	1.05
29856503--29856594	47	2.0	46	87	6	132	30	2	2	65	1.16
29863640--29864035	199	2.0	199	96	0	738	35	19	13	31	1.91
29871737--29872622	44	20.1	44	72	7	292	29	21	16	32	1.95
29871799--29871961	45	3.6	45	81	5	152	30	22	14	32	1.93
29871745--29871965	89	2.5	88	77	5	230	30	21	14	33	1.93
29872093--29872572	133	3.6	133	87	2	651	30	20	16	32	1.95
29872093--29872619	265	2.0	266	85	1	716	30	20	16	32	1.95
29888921--29888985	21	3.2	21	75	20	84	40	20	26	13	1.89
29888903--29889034	39	3.6	38	80	15	161	38	21	25	15	1.92
29888953--29889016	31	2.1	31	93	0	110	42	18	21	17	1.89
29895838--29895888	21	2.4	22	83	6	68	15	1	13	68	1.30
29898818--29898879	31	2.0	31	100	0	124	29	9	35	25	1.88
29907686--29907733	17	2.8	17	83	3	51	29	10	2	58	1.43
29907700--29907764	21	3.0	21	78	10	60	26	10	1	61	1.38
29907814--29907865	5	9.6	5	84	15	68	25	17	1	55	1.52
29910912--29910985	29	2.4	30	81	16	82	54	5	0	40	1.24
29921393--29921524	58	2.3	59	80	5	144	28	17	5	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29926916--29927023	54	2.0	54	96	0	198	25	17	21	36	1.95
29926941--29927059	26	4.5	26	71	19	95	23	21	21	33	1.97
29927145--29927193	26	1.9	26	87	4	73	32	26	14	26	1.94
29935084--29935162	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
29935322--29935402	43	1.9	42	87	2	117	25	22	30	20	1.98
29935379--29935483	40	2.6	40	73	1	102	27	20	28	23	1.99
29958703--29958757	14	4.0	14	84	9	60	43	1	10	43	1.50
29958709--29958757	8	5.4	9	82	17	50	44	2	8	44	1.45
29967349--29967389	22	1.9	21	85	14	57	39	0	14	46	1.45
29971713--29971757	23	2.0	23	86	8	65	51	6	20	22	1.70
29973476--29973647	93	1.8	93	91	0	281	20	20	30	27	1.98
29973481--29973655	46	3.8	46	78	7	183	21	20	29	28	1.98
29976299--29976377	35	2.3	35	79	14	92	44	1	5	49	1.32
29976636--29976668	14	2.4	14	100	0	66	30	6	15	48	1.69
29977408--29977499	44	2.1	44	86	8	125	22	21	21	33	1.97
29977468--29977588	47	2.5	47	77	5	127	21	19	24	33	1.97
29977657--29977791	39	3.5	39	79	1	128	40	10	11	37	1.75
29977642--29977787	78	1.9	77	84	1	193	40	10	10	37	1.76
29979264--29979290	13	2.1	13	100	0	54	7	7	0	85	0.75
29983389--29983416	12	2.3	12	100	0	56	25	10	17	46	1.80
29990976--29991415	219	2.0	224	92	4	746	25	13	22	38	1.90
29993441--29993739	111	2.7	110	93	2	494	27	15	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29994941--29995015	37	2.0	37	100	0	150	26	13	10	49	1.74
29995635--29995686	27	1.9	27	92	0	86	19	5	28	46	1.73
29996186--29996211	13	2.0	13	100	0	52	15	30	23	30	1.95
30002189--30002213	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
30003464--30003534	35	2.0	35	94	0	124	30	15	19	33	1.93
30012007--30012089	41	2.0	41	95	0	148	37	6	12	44	1.66
30013050--30013079	11	2.7	11	94	0	51	50	0	10	40	1.36
30013430--30013470	19	2.0	22	86	13	61	43	19	4	31	1.72
30015711--30015748	20	1.9	20	94	0	67	15	13	28	42	1.85
30017910--30017964	24	2.2	25	87	3	76	40	18	20	21	1.92
30019894--30019938	24	1.9	24	86	4	65	33	22	24	20	1.97
30022906--30023128	40	5.6	39	81	8	200	25	21	27	26	1.99
30026278--30026439	52	3.3	49	78	8	170	22	16	32	29	1.96
30026293--30026435	46	3.0	47	83	6	162	21	17	32	28	1.96
30029223--30029346	46	2.7	46	84	1	169	22	19	27	30	1.98
30034814--30035003	95	2.0	95	97	2	364	37	15	25	22	1.93
30036328--30036499	93	1.8	93	89	0	272	23	20	27	28	1.99
30036332--30036503	46	3.7	45	77	13	179	23	20	27	29	1.99
30045781--30045878	50	2.0	50	93	0	169	42	14	13	29	1.83
30058482--30058620	75	1.9	75	89	3	217	47	10	2	38	1.53
30058952--30059130	86	2.1	86	92	1	295	35	18	20	25	1.95
30061395--30061438	11	3.8	11	82	11	61	47	0	22	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30061387--30061442	24	2.3	24	96	0	103	48	0	25	26	1.52
30061387--30061426	13	3.2	13	79	13	57	47	0	27	25	1.52
30061401--30061441	13	3.3	13	73	13	50	51	0	19	29	1.47
30061540--30061622	26	3.3	26	63	24	68	43	3	13	39	1.61
30061531--30061639	50	2.2	50	98	1	211	44	3	13	37	1.62
30066159--30066303	47	3.1	45	75	7	137	22	13	29	34	1.92
30071201--30071235	18	1.9	18	94	0	61	17	2	8	71	1.23
30074627--30074657	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
30074624--30074663	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
30074849--30075103	55	4.8	54	78	7	229	20	26	17	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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