genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  80  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26017967--26018062	29	3.3	29	85	5	115	38	12	25	23	1.90
26019813--26019909	43	2.3	43	80	3	106	31	17	26	23	1.97
26022133--26022339	39	5.2	39	80	9	215	25	26	22	25	2.00
26022129--26022282	79	2.0	78	87	6	222	25	26	22	25	2.00
26030316--26030506	39	4.8	40	81	8	219	25	28	21	24	1.99
26039738--26039789	27	1.9	27	92	0	86	48	3	13	34	1.61
26047242--26047722	47	10.1	47	90	3	728	30	12	30	26	1.93
26047242--26047722	145	3.3	145	94	1	799	30	12	30	26	1.93
26047461--26047536	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
26047696--26047786	46	2.0	46	86	0	128	34	9	30	25	1.88
26047935--26048021	37	2.4	37	96	0	165	26	19	31	22	1.98
26049273--26049359	27	3.3	26	85	7	113	19	24	21	34	1.96
26056615--26056687	27	2.7	26	81	6	83	19	23	21	35	1.96
26057618--26057730	55	2.1	55	82	0	136	30	28	23	17	1.97
26071867--26071994	63	2.0	64	89	1	195	32	10	14	42	1.80
26077879--26077917	15	2.6	15	95	0	69	35	20	20	23	1.96
26083165--26083332	46	3.6	45	76	17	166	22	22	28	27	1.99
26083162--26083333	93	1.8	93	90	4	276	22	22	29	26	1.99
26088254--26088358	43	2.4	43	79	3	122	30	16	27	25	1.96
26090008--26090097	29	3.1	29	83	1	101	28	28	14	27	1.95
26097073--26097300	40	5.7	40	86	5	302	27	27	21	23	1.99
26101819--26102046	40	5.7	40	87	3	316	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26104463--26104595	54	2.4	55	83	1	160	30	31	24	14	1.94
26106117--26106199	26	3.2	26	69	24	84	33	4	21	39	1.75
26106102--26106206	52	2.0	52	98	0	201	34	3	21	40	1.72
26113539--26113618	27	2.9	27	86	1	106	20	22	20	37	1.94
26130299--26130330	14	2.3	14	94	0	55	50	15	0	34	1.45
26148099--26148600	54	9.3	55	78	6	465	37	16	11	33	1.86
26148081--26148600	27	19.3	26	74	10	352	37	17	12	33	1.86
26148081--26148615	81	6.6	80	78	7	440	37	16	12	33	1.86
26148879--26148998	41	3.0	41	91	1	197	20	21	31	26	1.98
26151358--26151445	34	2.6	34	94	0	158	25	25	27	22	2.00
26151350--26151458	34	3.2	34	88	0	137	27	22	24	24	2.00
26152280--26152352	36	2.0	36	94	0	128	35	15	9	39	1.80
26157863--26158007	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
26165808--26165912	41	2.6	41	83	1	131	25	25	25	22	2.00
26177095--26177125	16	2.0	15	93	6	53	70	0	0	29	0.87
26182700--26182786	44	2.0	44	95	0	156	32	31	18	18	1.95
26186389--26186558	27	6.3	27	81	0	178	34	16	22	26	1.95
26186390--26186543	81	1.9	81	87	2	229	35	18	21	25	1.96
26206757--26206823	32	2.1	32	85	0	89	31	11	19	37	1.88
26207388--26207574	45	4.2	44	76	4	169	43	10	19	26	1.83
26207388--26207607	90	2.4	89	77	8	205	42	11	19	26	1.86
26207695--26207789	27	3.5	27	77	5	111	43	20	20	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26228541--26228697	43	3.7	43	83	7	194	31	26	17	25	1.97
26232809--26232853	23	1.9	24	86	4	65	77	4	13	4	1.07
26233439--26233691	79	3.2	79	83	1	319	22	23	22	31	1.99
26233630--26234436	143	5.6	143	86	0	1051	27	22	19	30	1.98
26233925--26234141	44	4.7	45	71	13	163	29	24	18	27	1.98
26233630--26234436	429	1.9	428	86	2	1170	27	22	19	30	1.98
26235564--26235617	5	10.8	5	82	11	58	1	14	0	83	0.73
26235561--26235625	12	5.6	12	78	20	59	1	13	1	83	0.80
26235563--26235624	17	3.6	17	93	2	97	1	12	1	83	0.79
26240874--26241045	43	4.0	42	76	10	161	29	26	19	25	1.98
26240965--26241056	43	2.1	42	84	7	105	31	26	16	26	1.96
26242287--26242336	19	2.6	19	90	0	73	4	12	0	84	0.76
26242286--26242325	14	2.9	15	85	14	59	2	12	0	85	0.71
26245318--26245418	28	3.6	28	84	4	96	28	32	12	25	1.93
26245636--26245666	16	1.9	16	100	0	62	9	19	19	51	1.74
26260068--26260102	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
26263098--26263151	20	2.7	20	88	0	72	42	20	9	27	1.82
26266261--26266298	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
26266540--26266564	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26269305--26269339	18	1.9	18	94	0	61	25	17	20	37	1.94
26271484--26271558	28	2.7	27	79	6	78	28	8	1	62	1.31
26277906--26277932	12	2.2	12	100	0	54	44	7	25	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26279131--26279186	23	2.5	23	80	5	62	51	0	12	35	1.40
26284604--26284655	24	2.2	24	100	0	104	23	46	19	11	1.82
26287147--26287284	33	4.3	32	77	9	102	36	11	21	31	1.89
26291653--26291844	70	2.8	69	78	9	203	27	10	16	44	1.81
26292809--26292935	67	1.9	66	85	4	177	30	15	29	23	1.96
26293299--26293587	41	7.1	41	83	4	200	37	22	19	20	1.94
26293311--26293507	40	4.9	37	78	10	119	38	22	19	19	1.94
26293329--26293587	41	6.4	41	83	5	276	37	22	20	20	1.94
26293752--26293836	21	3.9	21	72	17	82	29	1	24	44	1.61
26293763--26293852	46	2.0	46	95	0	162	31	2	24	42	1.67
26293879--26294007	7	18.1	7	72	12	68	22	0	38	37	1.60
26295287--26295317	15	2.1	15	100	0	62	6	29	12	51	1.65
26296531--26296576	23	2.0	23	83	8	58	32	0	21	45	1.52
26296955--26297401	23	19.4	23	78	7	403	33	6	23	36	1.80
26296971--26297399	92	4.7	90	85	6	493	33	6	23	36	1.80
26299272--26299318	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
26299454--26299602	43	3.5	43	92	0	244	24	22	29	24	1.99
26301728--26301919	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
26306742--26306846	51	2.1	51	96	0	192	47	17	1	33	1.58
26318806--26318888	33	2.5	32	78	5	85	32	12	21	33	1.90
26324746--26324908	62	2.6	62	81	10	188	23	28	23	24	2.00
26328913--26328952	21	1.9	21	94	0	71	42	10	20	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26330234--26330299	31	2.1	31	82	0	78	19	13	15	51	1.76
26338810--26339011	40	5.1	40	83	6	234	25	21	25	27	1.99
26338810--26339011	79	2.5	80	84	8	270	25	21	25	27	1.99
26346900--26347104	40	5.2	40	86	5	265	24	21	26	27	2.00
26346900--26347104	80	2.6	80	87	5	299	24	21	26	27	2.00
26348871--26349045	46	3.8	46	77	13	196	28	28	21	21	1.99
26348879--26349050	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
26351903--26351974	35	2.1	35	94	0	126	48	9	4	37	1.55
26353262--26353375	59	1.9	59	94	0	201	29	24	20	25	1.99
26353317--26353405	43	2.1	43	86	0	124	29	23	20	26	1.99
26354277--26354314	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
26357211--26357310	28	3.5	29	87	5	116	31	27	15	27	1.95
26364009--26364090	28	2.9	28	90	0	128	29	28	14	28	1.95
26364077--26364221	40	3.7	40	86	0	166	35	24	16	22	1.95
26371985--26372155	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.98
26371984--26372152	46	3.7	46	75	10	182	28	28	20	21	1.98
26372578--26372637	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
26382803--26382948	37	3.9	37	96	0	247	26	30	19	23	1.98
26383093--26383468	47	7.9	46	80	12	138	26	30	11	32	1.91
26383157--26383585	47	9.1	47	90	4	639	26	30	12	30	1.92
26383157--26383585	147	3.0	144	90	5	651	26	30	12	30	1.92
26387036--26387095	29	2.1	29	100	0	120	13	46	13	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26389553--26389681	43	3.0	43	75	15	126	22	17	25	34	1.96
26389556--26389712	42	3.7	43	74	12	146	24	19	26	30	1.98
26397558--26397592	17	2.1	17	100	0	70	54	11	17	17	1.71
26398379--26398521	43	3.3	41	76	14	121	25	17	24	32	1.97
26406052--26406135	37	2.3	37	89	8	127	33	22	16	27	1.96
26406138--26406427	120	2.4	120	76	3	271	34	21	13	31	1.92
26409057--26409098	20	2.3	18	80	15	50	33	21	0	45	1.52
26409126--26409159	16	2.1	16	100	0	68	35	23	5	35	1.79
26414844--26414882	21	1.9	20	89	5	60	15	28	41	15	1.87
26416069--26416331	46	5.6	47	72	11	159	23	30	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345