genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74838983--74839061	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
74839180--74839354	47	3.7	47	89	0	253	28	31	8	32	1.86
74839180--74839354	93	1.9	94	87	1	262	28	31	8	32	1.86
74843178--74843483	40	7.8	40	88	4	462	25	26	21	26	2.00
74843178--74843483	77	3.9	79	91	3	476	25	26	21	26	2.00
74843178--74843483	117	2.6	118	88	4	458	25	26	21	26	2.00
74844694--74844772	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
74844891--74845300	47	8.7	47	96	0	732	29	30	8	31	1.87
74853574--74853704	40	3.3	40	88	6	176	27	22	24	25	2.00
74853590--74853717	39	3.3	39	87	5	161	26	22	25	25	2.00
74853633--74853727	39	2.4	39	89	3	129	26	20	27	26	1.99
74862168--74862278	40	2.8	39	83	5	125	26	21	27	24	1.99
74864804--74865073	48	5.6	48	89	1	364	25	17	30	26	1.97
74864807--74865073	144	1.9	144	88	4	414	26	17	29	26	1.97
74869955--74870006	22	2.4	22	90	0	77	30	26	30	11	1.92
74870823--74870882	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
74870922--74870972	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
74877271--74877349	27	2.9	27	79	9	88	35	20	21	22	1.96
74877362--74877413	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
74884797--74884973	27	6.6	27	81	5	187	27	14	27	30	1.95
74884797--74884973	55	3.3	53	81	4	185	27	14	27	30	1.95
74884798--74884952	82	1.9	80	85	5	213	27	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74884794--74884973	82	2.2	80	81	3	209	27	15	27	30	1.96
74897228--74897410	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
74897207--74897410	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
74903391--74903565	46	3.8	46	78	11	205	28	27	21	22	1.99
74903396--74903566	93	1.8	93	92	2	290	28	28	21	21	1.99
74907321--74907457	46	3.0	46	87	0	193	25	31	8	35	1.85
74907431--74907574	47	3.1	47	92	0	234	26	29	11	32	1.91
74920949--74921070	39	3.3	35	82	13	131	16	24	21	37	1.93
74920969--74921070	39	2.6	39	95	0	177	16	23	20	39	1.92
74928579--74928630	25	2.1	25	100	0	104	40	15	21	23	1.91
74934884--74934970	40	2.2	40	93	0	147	16	45	22	14	1.84
74935214--74935289	38	2.0	38	94	0	134	30	30	9	30	1.88
74935936--74936160	47	4.8	48	77	6	203	21	30	20	27	1.98
74940298--74940627	27	12.2	27	84	0	426	39	18	8	32	1.82
74940298--74940747	27	16.7	27	78	5	311	38	19	8	32	1.83
74940298--74940614	54	5.9	54	90	0	481	39	19	8	32	1.82
74940604--74940680	26	2.9	27	86	3	102	37	18	11	32	1.87
74940567--74940746	80	2.2	82	81	6	199	38	20	8	32	1.83
74940738--74940992	107	2.4	107	86	4	343	34	21	18	25	1.96
74940730--74941013	134	2.1	135	84	3	358	35	20	19	25	1.96
74940730--74940992	27	9.8	27	86	2	350	34	20	18	25	1.96
74941458--74941522	22	3.0	22	77	8	69	21	23	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74941681--74941782	27	3.8	27	85	5	116	18	22	21	37	1.94
74941681--74941782	54	1.9	53	83	2	132	18	22	21	37	1.94
74941919--74941989	31	2.3	31	97	0	133	18	15	15	50	1.78
74941919--74942012	6	15.3	6	72	16	77	18	15	14	51	1.77
74941922--74941991	25	2.8	24	82	8	79	17	17	15	50	1.79
74943990--74944330	27	12.6	27	83	0	385	40	19	7	32	1.79
74943990--74944330	54	6.3	54	88	0	457	40	19	7	32	1.79
74943990--74944377	81	4.8	81	82	1	420	40	19	7	31	1.80
74943990--74944377	27	14.4	27	75	7	297	40	19	7	31	1.80
74944423--74944671	27	9.2	27	88	1	297	34	18	20	25	1.96
74944423--74944674	81	3.1	80	86	4	344	34	18	21	25	1.96
74945126--74945191	22	3.0	22	82	14	82	21	22	21	34	1.96
74945348--74945449	27	3.8	26	85	5	105	18	22	20	38	1.94
74945348--74945449	54	1.9	53	81	2	123	18	22	20	38	1.94
74945586--74945679	6	15.3	6	72	16	77	18	15	14	51	1.77
74945586--74945665	31	2.6	31	91	0	124	17	16	15	51	1.77
74949431--74949548	43	2.8	42	79	7	148	31	16	23	28	1.96
74952241--74952265	13	1.9	13	100	0	50	4	40	40	16	1.67
74963582--74963703	43	2.9	42	75	7	129	30	15	22	31	1.95
74964802--74964885	36	2.4	35	80	5	100	30	20	21	27	1.98
74975894--74976019	65	1.9	66	80	7	150	23	29	24	22	1.99
74977988--74978162	42	4.0	42	71	10	118	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74977986--74978204	90	2.4	90	79	4	219	29	25	18	26	1.98
74978699--74978731	16	2.1	16	88	11	50	21	24	3	51	1.62
74994439--74994470	16	2.0	16	93	0	55	37	0	15	46	1.46
75001137--75001328	40	4.8	40	89	1	269	20	28	25	25	1.99
75009211--75009402	40	4.8	40	90	1	260	21	28	25	25	1.99
75015861--75016068	67	3.2	64	76	10	188	32	17	28	22	1.96
75017624--75018180	293	1.9	293	100	0	1114	33	19	16	30	1.95
75019610--75019673	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
75019866--75019921	25	2.2	24	96	0	85	28	23	16	32	1.96
75019866--75020008	24	6.0	24	87	7	177	27	20	20	30	1.98
75020066--75020122	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
75020062--75020124	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
75037334--75037578	55	4.6	54	80	8	256	35	16	24	22	1.95
75037341--75037542	108	1.9	110	88	4	311	33	17	25	23	1.96
75048735--75048796	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
75052921--75053143	40	5.6	39	84	6	238	24	27	22	24	2.00
75052921--75053144	79	2.8	77	83	6	261	25	27	22	24	2.00
75052921--75053144	39	5.6	39	86	5	256	25	27	22	24	2.00
75066712--75066803	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
75066948--75067044	25	3.8	25	89	6	135	27	22	23	25	2.00
75066948--75067044	26	3.8	25	90	4	142	27	22	23	25	2.00
75067094--75067148	20	2.8	20	86	10	71	34	18	9	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75067675--75067743	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
75067687--75067751	27	2.4	27	84	5	87	23	24	16	35	1.95
75067892--75068048	27	5.9	27	78	3	156	29	10	19	39	1.86
75067892--75068041	81	1.9	80	81	6	187	30	10	20	38	1.87
75067790--75068087	27	11.0	27	74	6	131	30	10	19	39	1.85
75068066--75068249	27	6.8	27	91	1	172	38	9	23	28	1.87
75068064--75068249	54	3.4	54	88	1	266	37	9	23	29	1.87
75068084--75068249	81	2.0	81	94	0	287	38	9	24	27	1.86
75072844--75072904	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
75075112--75075190	31	2.5	31	87	0	122	31	24	17	26	1.97
75075214--75075305	42	2.2	42	94	0	157	40	21	11	26	1.88
75075450--75075520	25	2.8	25	93	2	115	26	23	23	25	2.00
75075570--75075644	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
75075570--75075625	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
75075587--75075643	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
75076547--75076727	80	2.3	79	83	5	213	28	9	21	40	1.85
75076548--75076727	53	3.4	54	82	3	204	28	10	21	40	1.85
75076437--75076741	27	11.3	27	76	5	197	30	9	20	39	1.84
75076719--75076956	27	8.9	27	86	0	280	41	9	21	27	1.84
75076720--75076956	81	2.9	81	85	0	314	41	9	21	27	1.84
75079967--75080023	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
75079965--75080027	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75080081--75080224	24	6.0	24	90	8	222	29	20	21	27	1.98
75088324--75088371	20	2.4	20	96	0	87	14	31	33	20	1.93
75097284--75097315	15	2.1	15	100	0	64	34	0	31	34	1.58
75100023--75100071	23	2.0	26	84	11	68	59	0	0	40	0.98
75104421--75105016	47	12.6	47	94	2	1012	32	8	29	29	1.87
75104421--75105016	96	6.3	94	95	1	1012	32	8	29	29	1.87
75104421--75105016	143	4.2	143	94	2	1029	32	8	29	29	1.87
75108050--75108552	250	2.0	250	100	0	1006	29	28	13	28	1.94
75109338--75109369	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
75118845--75118916	21	3.2	21	67	14	63	27	23	9	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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