genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8789716--8789769	19	2.7	20	73	23	51	74	7	5	12	1.21
8790037--8790096	28	2.1	28	93	0	102	36	5	18	40	1.72
8790045--8790102	28	2.1	28	93	0	98	29	6	20	43	1.78
8790385--8790510	66	1.9	64	85	3	171	42	17	10	29	1.82
8791029--8791177	61	2.4	61	79	6	158	47	13	1	37	1.51
8791468--8791531	25	2.8	21	74	19	56	6	32	1	59	1.32
8792837--8792897	28	2.2	28	93	0	104	9	21	22	45	1.81
8794541--8794577	19	1.9	19	94	0	65	48	2	10	37	1.52
8794921--8794960	20	2.0	21	90	5	64	67	0	0	32	0.91
8798768--8798807	13	2.9	13	88	7	53	80	2	17	0	0.83
8798767--8798804	19	2.0	19	85	10	51	78	2	18	0	0.86
8821851--8821883	11	3.0	11	95	0	57	33	0	0	66	0.92
8822019--8822059	5	8.2	5	100	0	82	39	0	0	60	0.96
8822901--8822960	18	3.3	19	68	27	58	35	0	15	50	1.44
8827934--8827971	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
8828196--8828325	46	2.8	49	80	12	164	29	26	20	23	1.99
8828198--8828341	46	3.1	45	73	18	136	29	27	20	22	1.98
8828745--8828801	30	1.9	30	85	7	80	31	24	7	36	1.82
8833441--8833496	27	2.1	27	100	0	112	44	14	3	37	1.62
8837926--8838193	127	2.1	124	88	3	394	29	14	17	38	1.90
8840687--8840788	46	2.2	47	83	3	125	20	17	35	26	1.95
8841774--8841961	94	2.0	94	94	0	331	37	19	19	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8843846--8843906	26	2.3	27	88	5	99	44	22	16	16	1.86
8863007--8863069	6	10.3	6	81	14	76	14	1	3	80	0.90
8863020--8863070	11	4.5	11	87	7	66	15	0	3	80	0.86
8870611--8870748	39	3.5	39	92	0	222	13	23	22	39	1.90
8881736--8881773	5	8.0	5	88	5	53	65	0	34	0	0.93
8882484--8882531	24	2.0	24	84	15	64	31	0	16	52	1.45
8882970--8883016	24	2.0	24	83	8	60	36	4	19	40	1.71
8889917--8889990	20	3.9	19	75	8	71	67	4	4	24	1.25
8890156--8890230	31	2.6	30	83	8	84	37	2	0	60	1.11
8890872--8890910	19	2.0	19	90	5	60	28	2	5	64	1.28
8890864--8890907	10	4.3	10	82	5	52	22	4	4	68	1.27
8891041--8891075	18	2.0	18	88	5	54	48	0	2	48	1.16
8894941--8894980	20	2.1	19	85	4	53	40	7	0	52	1.30
8898598--8898679	40	2.0	40	100	0	164	37	24	9	28	1.87
8902220--8902254	18	2.0	18	94	5	63	17	40	25	17	1.90
8913254--8913333	40	2.0	40	100	0	160	25	20	12	42	1.86
8923723--8923785	24	2.5	23	82	12	63	52	0	1	46	1.10
8925442--8925482	21	2.0	21	85	0	55	34	19	24	21	1.97
8927436--8927475	12	3.3	12	89	0	53	47	2	45	5	1.38
8932055--8932127	29	2.4	29	78	10	76	35	1	2	60	1.20
8934306--8934348	20	2.2	20	86	0	59	27	11	9	51	1.69
8946054--8946078	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8948607--8948659	10	5.4	10	75	24	51	62	0	0	37	0.96
8948711--8948748	20	1.9	20	89	10	60	57	2	7	31	1.41
8948759--8948838	32	2.6	30	84	7	92	62	2	5	30	1.29
8949103--8949137	17	2.1	17	89	10	54	25	5	0	68	1.11
8949218--8949260	17	2.5	17	84	0	59	25	2	2	69	1.12
8949235--8949302	35	2.0	34	88	2	100	22	4	0	73	1.01
8949235--8949316	33	2.4	33	82	9	94	25	3	0	70	1.03
8949374--8949446	28	2.7	27	79	8	76	27	6	1	64	1.27
8949416--8949459	17	2.5	17	85	3	61	31	2	0	65	1.05
8949434--8949510	20	3.8	20	72	16	68	28	1	3	66	1.17
8956285--8956330	21	2.2	21	84	0	56	43	21	17	17	1.88
8960950--8961085	26	5.2	26	96	0	227	33	5	24	36	1.79
8962702--8962816	27	4.3	26	78	15	108	17	23	22	36	1.95
8962702--8962825	54	2.3	54	81	2	142	17	25	22	34	1.96
8966363--8966416	20	2.8	19	76	20	58	59	0	1	38	1.08
8968238--8968283	23	2.0	23	83	8	58	43	6	15	34	1.72
8990118--8990184	16	4.1	16	68	12	55	53	23	10	11	1.68
8994924--8994975	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
8994956--8995065	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
8995176--8995241	25	2.6	24	80	9	69	51	3	0	45	1.16
8995416--8995476	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
8995382--8995598	91	2.4	89	85	6	299	47	4	3	45	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8995416--8995558	44	3.2	42	70	20	119	48	2	2	46	1.28
8995423--8995579	47	3.4	47	68	15	128	49	3	1	44	1.31
8998661--8999476	408	2.0	408	99	0	1596	34	10	17	37	1.85
8999739--8999820	39	2.1	39	100	0	164	37	26	9	25	1.87
9002411--9002570	13	12.3	13	75	10	130	44	3	15	36	1.63
9002423--9002539	40	2.9	41	86	6	143	45	2	16	35	1.61
9004569--9004612	15	2.9	16	81	18	58	50	4	22	22	1.67
9005034--9005242	39	5.4	39	88	0	301	31	19	15	33	1.93
9005477--9005529	17	2.9	18	86	8	81	37	11	15	35	1.83
9005834--9005867	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
9005835--9005943	21	5.3	21	66	20	61	36	2	0	59	1.18
9005832--9005862	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
9006320--9006346	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
9011799--9011856	1	58.0	1	75	0	53	87	0	6	5	0.65
9011798--9011856	20	2.8	20	89	5	91	86	0	6	6	0.71
9012829--9012913	43	2.0	41	86	11	118	29	15	27	28	1.96
9012905--9013498	119	5.0	119	96	0	1053	33	18	18	29	1.95
9013422--9013835	83	5.0	83	95	0	729	32	21	19	26	1.97
9014232--9014284	17	2.9	18	86	8	81	37	11	15	35	1.83
9014591--9014624	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
9014592--9014700	21	5.3	21	67	20	61	36	2	0	60	1.11
9014589--9014619	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9015078--9015111	3	11.3	3	87	12	52	35	0	0	64	0.94
9015081--9015110	14	2.1	15	93	6	53	36	0	0	63	0.95
9017706--9017744	16	2.6	15	88	8	53	58	0	2	38	1.12
9022069--9022128	24	2.3	26	80	8	70	5	20	3	71	1.19
9022728--9022847	62	1.9	62	82	0	150	25	25	25	23	2.00
9031251--9031342	46	2.0	47	93	2	159	2	30	5	61	1.30
9033872--9033945	34	2.3	33	79	9	80	50	5	4	40	1.44
9034025--9034070	20	2.3	20	81	3	58	54	4	2	39	1.32
9035938--9036152	49	4.3	50	81	2	263	28	26	18	25	1.98
9035969--9036149	100	1.8	101	88	1	283	28	25	19	25	1.99
9040371--9040404	17	2.1	16	88	5	50	5	35	0	58	1.22
9044904--9044947	22	2.0	23	86	4	63	56	0	0	43	0.99
9044905--9044935	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
9049014--9049081	26	2.6	27	83	6	86	41	1	1	55	1.18
9055782--9055814	11	3.1	11	95	4	59	6	27	0	66	1.15
9062705--9062767	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
9064233--9064280	19	2.5	19	79	3	51	33	6	2	58	1.35
9064233--9064428	10	20.0	10	68	15	63	33	4	3	59	1.31
9064536--9064574	7	5.0	8	90	9	55	41	0	0	58	0.98
9064862--9064925	32	2.0	32	100	0	128	50	9	3	37	1.51
9064862--9064916	19	3.2	19	66	28	59	45	10	3	40	1.57
9064864--9064932	32	2.2	32	94	0	120	52	10	2	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9065488--9065534	12	4.0	12	83	2	51	34	0	0	65	0.93
9065649--9065684	6	5.7	6	90	9	54	80	0	19	0	0.71
9065649--9065689	13	3.1	13	86	13	57	80	0	19	0	0.71
9066380--9066422	21	2.0	21	83	16	54	65	0	34	0	0.93
9069304--9069340	14	2.6	14	95	0	65	24	10	13	51	1.73
9069665--9069932	33	8.1	32	78	6	160	29	11	42	16	1.83
9069704--9069948	66	3.7	65	83	3	283	28	11	43	16	1.83
9069697--9069939	99	2.5	99	80	5	267	29	11	43	16	1.82
9069748--9069948	33	6.1	33	87	5	255	27	12	43	15	1.83
9069750--9069946	99	2.0	99	87	2	288	28	12	43	15	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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