genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22931217--22931296	31	2.6	31	85	0	106	20	15	13	51	1.76
22932711--22932801	14	6.5	14	75	12	62	75	2	9	12	1.12
22932833--22932890	28	2.1	28	100	0	116	58	3	20	17	1.53
22936856--22936939	42	2.0	42	86	9	118	36	22	13	27	1.91
22938583--22938613	15	2.1	15	93	0	53	29	19	6	45	1.75
22947837--22947894	28	2.1	28	96	0	107	24	12	10	53	1.68
22954260--22954326	20	3.2	20	83	8	73	43	17	26	11	1.84
22961088--22961128	21	2.0	21	100	0	82	36	29	0	34	1.58
22966017--22966050	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
22975833--22976159	43	7.6	43	87	3	435	25	15	28	29	1.96
22975835--22976159	171	1.9	171	86	3	467	25	16	28	29	1.96
22987385--22987422	20	1.9	20	88	0	58	26	7	21	44	1.79
22992900--22993072	29	5.9	29	88	0	238	37	13	25	23	1.91
23005717--23005796	24	3.3	24	84	5	99	35	18	25	21	1.96
23009373--23009528	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	28	1.97
23009378--23009529	54	2.8	55	80	4	182	26	27	16	28	1.97
23017437--23017592	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	28	1.97
23017442--23017593	54	2.8	55	80	4	182	26	27	16	28	1.97
23023372--23023585	53	4.0	54	78	1	196	23	23	14	37	1.93
23023389--23023585	55	3.7	52	76	7	155	23	23	15	38	1.92
23023558--23023679	47	2.6	47	92	0	208	26	22	13	37	1.91
23030608--23030649	21	2.0	21	100	0	84	33	23	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23039476--23039563	46	1.9	46	83	4	115	21	30	20	27	1.98
23047123--23047234	46	2.5	45	83	4	127	24	27	20	27	1.99
23056778--23056926	42	3.5	43	79	9	144	25	17	26	30	1.97
23058092--23058189	48	2.0	48	94	0	169	24	18	21	35	1.95
23063699--23063754	25	2.2	25	100	0	112	16	28	14	41	1.87
23074492--23074537	17	2.7	18	87	12	71	19	4	23	52	1.64
23077692--23077798	27	4.0	27	90	0	142	40	20	8	30	1.82
23077819--23077952	27	5.0	27	85	0	151	34	18	19	27	1.95
23078337--23078399	28	2.3	27	80	5	72	20	20	25	33	1.97
23078358--23078423	33	2.0	33	93	0	114	22	19	25	31	1.98
23080902--23080956	26	2.0	28	82	6	69	34	20	10	34	1.87
23083865--23083893	12	2.3	13	94	5	51	6	6	0	86	0.72
23089184--23089468	48	5.9	48	81	3	313	26	18	30	23	1.98
23095521--23095623	29	3.6	30	75	7	97	25	33	14	27	1.94
23099330--23099420	29	3.1	30	73	6	80	26	29	12	31	1.92
23100943--23100974	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
23106853--23107178	48	6.9	48	79	6	328	26	18	29	25	1.98
23106853--23107129	144	1.9	144	85	4	380	26	16	30	25	1.97
23120483--23120727	47	5.1	47	92	2	391	30	29	7	31	1.86
23120483--23120727	49	5.1	49	91	3	403	30	29	7	31	1.86
23120483--23120727	96	2.6	94	90	3	391	30	29	7	31	1.86
23123335--23123748	47	8.7	47	98	0	792	31	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23123865--23123942	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
23125792--23125894	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
23125876--23125978	29	3.6	29	93	2	163	27	15	31	26	1.96
23126289--23126472	40	4.8	40	81	12	183	25	23	25	25	2.00
23126289--23126437	75	1.9	77	82	9	189	24	23	26	25	2.00
23129904--23130296	47	8.4	47	95	4	701	31	9	30	29	1.88
23130425--23130503	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
23135075--23135115	13	3.2	13	96	0	73	19	36	29	14	1.92
23148423--23148497	24	3.4	24	64	21	63	16	20	34	29	1.94
23148413--23148494	42	2.0	42	97	0	155	15	18	37	28	1.91
23158235--23158446	48	4.5	46	80	7	212	34	20	22	22	1.97
23158222--23158446	46	4.8	46	79	6	220	34	19	22	23	1.96
23158233--23158446	94	2.3	94	90	0	338	35	20	22	22	1.96
23158233--23158495	94	2.8	94	84	1	285	33	19	23	22	1.97
23158423--23158538	46	2.5	48	84	2	146	29	18	29	23	1.97
23158558--23158689	49	2.7	49	84	8	153	26	22	29	21	1.99
23162732--23162779	21	2.3	21	92	0	87	54	0	27	18	1.44
23165802--23165970	46	3.7	46	77	15	186	20	18	29	30	1.97
23165799--23165969	93	1.8	93	92	5	292	20	19	29	30	1.97
23173685--23173810	25	5.0	25	80	9	114	35	23	13	27	1.92
23174557--23174722	85	2.0	85	91	0	269	38	24	6	30	1.81
23185878--23185964	6	14.3	6	77	11	88	50	14	13	20	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23186367--23186523	27	5.9	27	87	1	217	25	22	19	32	1.97
23186367--23186523	53	2.9	54	87	1	217	25	22	19	32	1.97
23186367--23186523	80	2.0	81	88	1	235	25	22	19	32	1.97
23186520--23186614	27	3.5	27	77	5	93	29	5	22	43	1.75
23186520--23186742	54	4.1	54	84	2	180	34	5	23	35	1.79
23186573--23186742	27	6.3	27	90	0	241	37	5	23	33	1.79
23186749--23186842	27	3.5	27	81	8	111	28	6	21	43	1.77
23188437--23188506	35	2.0	35	94	0	122	35	15	15	32	1.90
23203236--23203293	20	2.9	20	94	0	98	24	27	0	48	1.51
23211402--23211651	41	6.1	40	87	1	311	36	22	21	20	1.96
23211814--23211853	14	2.9	14	80	0	53	25	0	27	47	1.52
23211824--23211920	49	2.0	46	88	5	140	31	4	23	40	1.74
23212466--23212510	14	3.2	14	93	0	81	22	0	28	48	1.50
23217534--23217580	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
23233582--23233663	31	2.6	31	84	0	101	18	39	1	41	1.58
23233621--23233668	24	2.0	24	87	0	69	18	35	0	45	1.50
23236006--23236229	42	5.2	42	72	7	162	27	18	27	26	1.98
23238518--23238571	19	2.9	19	76	18	60	40	3	3	51	1.37
23238597--23238640	23	1.9	23	90	0	70	38	2	2	56	1.24
23240384--23240467	24	3.5	24	86	3	116	15	39	1	44	1.54
23242918--23242947	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
23243145--23243591	50	8.9	50	76	5	400	30	24	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23243151--23243587	151	2.9	151	88	1	635	31	24	17	26	1.97
23243145--23243545	101	4.0	100	78	7	305	30	24	17	27	1.98
23245113--23245137	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
23250116--23250155	14	2.6	16	92	7	66	30	0	15	55	1.41
23252011--23252109	25	4.0	25	82	0	117	20	30	16	33	1.94
23255435--23255774	48	7.1	48	98	0	644	34	6	27	31	1.82
23257076--23257247	93	1.8	93	93	0	299	27	28	21	22	1.99
23257069--23257244	46	3.8	46	78	12	198	28	28	21	21	1.98
23258067--23258220	48	3.2	48	90	4	238	36	6	25	31	1.82
23258367--23258438	37	1.9	37	91	0	117	22	18	30	29	1.97
23261102--23261223	43	2.9	41	78	11	138	28	25	13	31	1.94
23269104--23269192	40	2.2	40	82	11	103	34	21	16	26	1.95
23285775--23286105	48	6.9	48	76	4	281	23	28	19	29	1.98
23285773--23286107	144	2.3	144	84	6	439	23	27	19	29	1.98
23297941--23297974	17	2.0	17	94	0	59	58	2	14	23	1.50
23299964--23300049	43	2.0	43	100	0	172	51	16	2	30	1.57
23303747--23303831	23	3.7	23	84	4	100	31	11	15	41	1.83
23303747--23303808	12	5.2	12	71	11	56	29	14	14	41	1.85
23309182--23309220	14	2.7	15	80	11	55	46	0	0	53	1.00
23315854--23315891	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
23315868--23315892	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
23315969--23316036	9	7.6	9	83	0	73	27	7	23	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23315969--23316037	27	2.6	27	83	0	84	27	7	23	42	1.80
23316467--23316503	16	2.3	17	81	13	51	72	0	0	27	0.84
23316459--23316495	20	1.9	19	89	10	58	70	0	0	29	0.88
23317286--23317343	25	2.3	25	81	3	71	10	22	0	67	1.21
23331262--23331633	188	2.0	188	96	0	681	34	10	23	31	1.88
23331849--23331873	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
23332587--23332852	47	5.7	47	79	14	243	27	18	30	22	1.98
23340229--23340255	14	1.9	14	100	0	54	77	14	0	7	0.97
23343024--23343196	46	3.7	46	77	10	190	21	19	27	30	1.98
23343021--23343191	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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