genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.344.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114510481--114510519	19	2.1	19	100	0	78	41	10	15	33	1.81
114514577--114514641	28	2.3	28	94	0	112	40	6	12	41	1.67
114516800--114516918	2	61.0	2	78	5	82	37	0	61	0	1.02
114516797--114516901	6	17.3	6	77	13	99	34	0	64	0	1.00
114517190--114517249	18	3.2	19	70	20	54	40	0	1	58	1.08
114517205--114517270	29	2.2	30	81	5	71	43	0	1	54	1.09
114518810--114518936	42	3.0	42	86	6	170	29	26	14	29	1.95
114518853--114519020	88	1.9	89	82	8	214	29	26	15	28	1.96
114518895--114519020	47	2.7	46	85	2	171	30	26	15	26	1.96
114519023--114519051	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
114519058--114519198	31	4.5	31	88	0	201	24	28	18	28	1.98
114519174--114519302	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
114525170--114525298	50	2.5	51	89	2	206	34	16	23	25	1.95
114525274--114525422	31	4.8	31	87	0	208	27	19	26	26	1.99
114525440--114525604	47	3.7	46	82	6	151	28	15	26	29	1.96
114525534--114525648	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
114528604--114528652	23	2.1	23	100	0	98	67	4	4	24	1.26
114539529--114540153	311	2.0	312	87	6	897	47	15	8	28	1.75
114555698--114555762	31	2.2	30	83	10	89	55	9	0	35	1.32
114563467--114563905	87	4.8	87	77	12	364	40	17	10	30	1.85
114563469--114563950	184	2.6	185	80	9	516	40	17	11	29	1.85
114571090--114571116	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114576915--114576975	30	2.0	30	96	0	113	21	9	13	55	1.66
114583037--114583151	44	2.6	45	83	5	135	36	12	22	28	1.90
114585389--114586494	374	2.9	372	86	8	1509	28	9	12	48	1.73
114585389--114586503	189	5.9	188	88	7	1503	28	9	12	48	1.73
114587148--114587309	85	1.9	84	84	3	218	31	15	18	34	1.92
114593108--114593218	41	2.7	42	90	5	172	18	9	10	61	1.56
114593113--114593231	41	2.9	41	81	12	145	21	10	10	57	1.61
114597216--114597387	54	3.2	55	78	6	174	31	20	19	27	1.97
114600190--114600246	29	1.9	30	89	3	89	50	7	7	35	1.56
114600521--114600550	16	1.9	15	93	6	51	23	0	3	73	0.98
114601770--114601815	18	2.5	17	80	13	56	21	4	15	58	1.54
114602691--114602715	12	2.1	12	100	0	50	16	16	0	68	1.22
114603623--114604077	174	2.6	174	89	0	687	31	14	19	35	1.91
114607496--114607563	11	5.9	11	73	21	50	32	0	4	63	1.14
114607505--114607576	22	3.1	22	63	18	56	30	0	5	63	1.17
114607482--114607576	47	2.0	47	97	0	181	30	0	5	64	1.16
114614133--114614188	22	2.5	22	97	0	103	28	28	8	33	1.87
114614798--114614839	21	2.0	20	86	13	57	59	9	0	30	1.29
114623047--114623096	19	2.6	20	81	15	61	54	0	2	44	1.11
114624940--114624974	2	17.5	2	87	0	52	54	2	0	42	1.15
114625808--114625885	40	2.0	40	92	0	129	25	3	14	56	1.55
114627186--114627218	17	1.9	17	93	0	57	21	30	3	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114627907--114628414	77	6.5	79	82	3	551	42	9	18	30	1.82
114627907--114628414	158	3.2	155	81	5	547	42	9	18	30	1.82
114627935--114628400	235	2.0	237	82	2	580	42	9	17	29	1.82
114629063--114629124	18	3.4	18	78	10	56	38	4	4	51	1.45
114631336--114631398	30	2.1	30	88	5	92	60	11	4	23	1.49
114647686--114647725	16	2.5	16	95	0	71	37	40	20	2	1.66
114649861--114649940	37	2.2	37	95	0	142	23	25	26	25	2.00
114650100--114650142	21	2.0	22	86	4	61	72	9	0	18	1.11
114652268--114652343	31	2.5	30	78	16	84	42	2	9	46	1.50
114655700--114655815	58	2.0	58	98	0	223	22	35	6	35	1.81
114655726--114655817	29	3.2	29	63	22	75	23	33	4	38	1.75
114667467--114668491	510	2.0	510	98	0	1996	32	24	18	24	1.97
114668801--114668826	7	3.7	7	100	0	52	11	15	11	61	1.57
114673457--114673500	22	2.2	18	81	18	52	29	9	4	56	1.50
114673459--114673503	19	2.2	22	88	11	69	33	8	6	51	1.59
114675014--114675053	16	2.5	17	80	19	50	20	20	30	30	1.97
114681033--114681080	20	2.4	20	79	6	53	47	0	0	52	1.00
114682881--114682966	28	3.2	28	61	26	67	27	8	19	44	1.79
114682876--114682982	53	2.0	53	100	0	214	29	10	16	42	1.81
114688089--114688132	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
114694825--114694887	31	2.0	31	87	0	90	30	9	15	44	1.79
114696598--114696626	14	2.1	14	93	6	51	34	20	6	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114697955--114698007	4	13.2	4	95	0	97	26	1	24	47	1.62
114705047--114705093	4	11.8	4	95	0	85	23	2	25	48	1.62
114714677--114714753	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
114719179--114719255	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
114723488--114723518	16	1.9	16	93	0	53	38	0	12	48	1.42
114724581--114725174	327	1.8	326	80	5	707	36	15	16	30	1.91
114725412--114725445	18	1.9	17	88	5	50	26	20	8	44	1.81
114737498--114737555	29	2.0	30	82	3	73	39	15	6	37	1.74
114743966--114744009	6	7.3	6	86	0	52	15	0	70	13	1.17
114743963--114744014	24	2.2	24	92	0	86	15	0	69	15	1.20
114744191--114744234	21	2.1	21	86	0	61	18	4	65	11	1.40
114744593--114744621	6	4.8	6	100	0	58	31	0	51	17	1.45
114761092--114761137	24	2.0	23	86	4	65	26	2	4	67	1.21
114762169--114762292	63	2.0	63	98	0	239	37	9	11	41	1.74
114762408--114762453	24	2.0	23	86	4	65	26	2	4	67	1.21
114766326--114766369	6	7.3	6	86	0	52	13	70	0	15	1.17
114766318--114766372	24	2.3	24	93	0	92	16	69	0	14	1.20
114776662--114776739	38	2.1	38	100	0	156	43	12	2	41	1.56
114777784--114777850	31	2.2	32	81	10	77	38	0	11	49	1.40
114778034--114778063	11	2.7	11	100	0	60	43	0	0	56	0.99
114781723--114781763	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
114786513--114786630	46	2.6	46	79	2	130	35	16	22	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114794901--114794964	31	2.1	31	88	5	94	54	7	7	29	1.57
114803087--114803143	28	2.0	28	83	6	71	50	10	5	33	1.59
114806380--114806506	31	4.1	30	74	13	98	41	16	3	37	1.67
114811863--114812462	327	1.8	326	82	5	780	26	16	28	28	1.97
114815580--114815639	29	2.1	29	100	0	120	26	23	10	40	1.86
114821392--114821459	19	3.4	21	73	17	56	38	0	8	52	1.33
114825638--114825670	7	4.6	7	96	3	57	66	3	0	30	1.06
114825626--114825677	23	2.2	23	80	10	61	65	1	3	28	1.21
114825830--114825894	25	2.7	25	88	6	91	52	4	7	35	1.51
114825917--114826050	25	5.6	25	70	15	86	58	2	4	35	1.31
114826313--114826358	18	2.6	18	100	0	92	41	32	4	21	1.73
114826546--114826690	30	4.8	31	88	3	183	20	4	47	27	1.68
114827403--114827653	76	3.3	76	91	2	389	34	22	19	24	1.96
114827724--114827774	14	3.6	14	77	12	50	64	3	11	19	1.41
114827956--114827983	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
114827902--114828148	89	2.8	88	85	6	338	35	19	17	26	1.95
114827902--114828227	89	3.8	87	80	12	322	35	19	17	26	1.94
114828051--114828292	78	3.2	75	86	5	316	37	19	16	26	1.93
114828051--114828454	69	5.3	71	76	18	302	36	18	16	28	1.92
114828432--114828465	13	2.7	13	90	4	52	64	0	14	20	1.28
114828173--114828518	157	2.2	151	83	11	416	34	18	16	30	1.93
114828583--114828847	77	3.6	73	85	8	347	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114828857--114828998	72	2.0	73	90	1	223	38	24	15	21	1.92
114828590--114829012	160	2.7	157	82	8	474	34	22	15	28	1.94
114829151--114829493	77	4.5	77	86	6	432	32	20	15	32	1.93
114829151--114829511	149	2.4	150	84	6	480	34	19	14	31	1.92
114831546--114831791	40	6.2	40	88	2	309	29	28	19	23	1.98
114831542--114831791	79	3.2	80	84	5	328	29	27	19	23	1.98
114831533--114831791	119	2.2	120	83	4	328	28	27	19	23	1.98
114836959--114837026	33	2.1	33	97	0	127	19	29	16	35	1.93
114841657--114841704	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
114841653--114841704	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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