genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44038141--44038198	30	1.9	30	96	0	107	27	22	15	34	1.94
44039662--44039918	107	2.4	109	84	3	331	23	24	28	23	2.00
44041400--44041430	16	1.9	16	93	0	53	48	6	6	38	1.55
44041524--44041590	9	6.8	9	74	16	53	34	1	1	62	1.13
44041599--44041653	27	2.0	28	85	3	76	40	0	3	56	1.17
44041621--44041665	19	2.3	20	88	11	67	40	0	2	57	1.11
44041910--44041943	3	11.7	3	87	6	52	70	0	0	29	0.87
44052424--44052471	22	2.2	22	81	7	53	62	8	6	22	1.46
44052441--44052483	22	2.0	22	85	0	59	53	11	4	30	1.57
44054677--44054713	16	2.4	16	90	4	58	18	37	21	21	1.94
44055249--44055325	39	1.9	41	89	5	122	57	5	1	36	1.30
44055249--44055337	39	2.2	41	86	4	119	55	5	2	37	1.36
44056815--44056851	3	12.3	3	88	0	56	67	0	32	0	0.91
44057376--44057436	3	20.3	3	96	0	113	68	0	31	0	0.89
44057617--44057656	20	2.0	20	85	9	55	40	27	10	22	1.86
44058701--44058761	30	2.2	29	82	11	74	32	0	1	65	1.02
44059335--44059504	41	4.2	39	83	6	169	39	22	20	17	1.92
44059335--44059504	81	2.1	81	81	7	193	39	22	20	17	1.92
44059505--44059560	25	2.2	25	100	0	112	26	8	23	41	1.84
44060014--44060057	18	2.4	18	80	3	52	20	4	34	40	1.73
44060097--44060136	21	1.9	21	89	0	62	20	5	30	45	1.72
44060169--44060200	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44064612--44066318	464	3.6	466	96	2	3088	36	10	11	42	1.76
44066520--44066554	9	3.9	9	89	10	54	45	25	5	22	1.74
44066508--44066569	9	6.6	9	76	10	52	48	20	3	27	1.65
44066630--44066664	9	3.9	9	85	14	54	45	20	0	34	1.51
44072067--44072114	21	2.3	21	100	0	96	22	18	58	0	1.39
44072407--44072584	43	4.2	43	82	6	211	30	20	20	28	1.98
44073276--44073317	17	2.5	17	96	0	75	11	30	11	45	1.77
44074196--44074220	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
44075778--44075856	11	6.6	11	73	17	52	62	1	3	32	1.21
44075778--44075840	19	3.2	19	75	24	60	65	1	1	31	1.12
44077496--44077582	14	6.1	14	70	15	61	29	11	26	32	1.91
44077532--44077582	7	7.1	7	80	4	57	33	13	23	29	1.93
44089928--44090307	49	8.1	41	71	22	188	31	9	13	45	1.75
44089916--44090315	97	4.1	97	74	18	284	31	9	13	46	1.74
44089969--44090353	49	7.9	49	89	1	569	31	9	13	45	1.75
44089969--44090353	97	4.0	97	89	0	565	31	9	13	45	1.75
44091483--44091517	14	2.5	14	95	0	61	40	5	20	34	1.76
44093111--44093279	48	3.5	48	86	9	229	59	17	2	20	1.49
44094212--44094244	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
44096112--44096153	17	2.4	18	88	11	70	45	0	0	54	0.99
44103919--44104158	120	2.0	120	95	0	426	45	10	18	25	1.81
44114021--44114060	18	2.1	20	86	9	57	55	12	2	30	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44116941--44117072	47	2.8	47	87	3	176	31	28	15	25	1.95
44120494--44120577	26	3.3	26	87	8	113	26	22	20	30	1.98
44120627--44120693	20	3.3	20	91	4	100	31	17	11	38	1.87
44120644--44120682	11	3.7	11	80	13	55	33	20	10	35	1.86
44129383--44129434	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
44129306--44129570	102	2.6	104	89	3	394	20	20	29	30	1.97
44129318--44129570	103	2.5	102	89	3	375	20	20	28	30	1.98
44132372--44132554	39	4.7	40	90	3	259	24	19	28	26	1.99
44132371--44132589	78	2.8	79	82	6	216	25	20	28	25	1.99
44132372--44132589	117	1.9	116	81	4	269	25	19	28	25	1.99
44140220--44140482	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
44140259--44140517	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
44143876--44143908	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
44144975--44145039	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
44145145--44145234	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
44145155--44145245	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
44145145--44145259	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
44149316--44149438	44	2.8	44	97	0	228	31	27	21	19	1.97
44153307--44153404	42	2.3	42	84	5	126	33	23	16	26	1.95
44153287--44153451	43	3.9	41	76	10	134	36	24	14	24	1.93
44156564--44156639	38	2.0	38	84	5	100	30	26	14	28	1.95
44175228--44175315	43	2.1	42	86	2	122	21	17	31	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44181488--44181520	16	2.1	16	94	0	57	45	6	12	36	1.66
44186865--44186950	43	2.0	43	86	0	118	22	17	30	30	1.96
44207422--44207459	7	5.4	7	96	0	67	55	0	2	42	1.14
44215660--44215719	24	2.5	24	94	0	111	35	0	36	28	1.58
44217148--44217259	27	4.1	27	82	7	129	15	23	23	38	1.92
44217148--44217259	54	2.1	54	86	3	154	15	23	23	38	1.92
44219138--44219213	40	1.9	40	86	5	109	21	17	31	30	1.96
44219223--44219292	28	2.5	28	83	0	86	30	8	28	32	1.87
44225374--44225592	40	5.6	40	82	3	248	26	26	22	24	2.00
44229376--44229521	23	6.4	23	75	12	122	37	17	21	23	1.94
44241390--44241468	37	2.1	37	100	0	158	29	5	26	39	1.77
44244292--44244340	21	2.3	21	92	0	89	28	32	30	8	1.86
44245536--44245999	48	9.7	47	72	17	175	24	28	19	28	1.98
44245584--44246012	96	4.5	96	86	2	567	24	28	18	28	1.98
44245535--44246012	192	2.5	190	82	7	579	24	28	18	28	1.98
44253007--44253376	96	3.9	96	85	3	503	25	28	18	27	1.98
44252961--44253389	48	8.9	48	77	9	399	25	27	18	27	1.98
44255110--44258982	540	7.2	542	92	1	6515	33	11	18	36	1.86
44259305--44259412	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
44263003--44269532	524	12.5	538	90	7	10232	33	11	18	37	1.86
44270497--44270534	12	3.2	12	85	14	53	26	0	52	21	1.47
44271391--44302034	539	56.8	538	97	1	56887	36	18	11	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44301694--44302376	342	2.0	341	97	0	1276	40	18	11	29	1.86
44301153--44302916	882	2.0	882	95	0	3147	38	18	11	31	1.86
44302458--44303884	509	2.7	505	89	5	2095	36	18	10	33	1.86
44304595--44304658	31	2.1	31	87	0	92	21	21	15	40	1.91
44304853--44305018	24	7.0	24	87	4	230	26	21	22	29	1.99
44304852--44305018	47	3.5	48	87	4	232	26	20	22	29	1.99
44304853--44305018	71	2.3	71	89	3	253	26	21	22	29	1.99
44305069--44305127	20	3.0	20	100	0	118	30	20	13	35	1.91
44305171--44305218	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
44306380--44306474	27	3.5	27	94	2	147	21	26	20	32	1.97
44306526--44306577	27	1.9	27	84	7	70	34	11	13	40	1.81
44306534--44306809	27	10.1	27	77	9	168	33	7	18	39	1.80
44306734--44306962	27	8.5	27	89	0	298	41	6	22	30	1.79
44306976--44307065	27	3.3	27	84	3	110	31	11	17	40	1.85
44306976--44307080	27	3.9	27	76	9	81	33	10	17	39	1.84
44309657--44309822	27	6.2	26	81	8	154	36	23	23	16	1.95
44309657--44309822	54	3.1	54	87	3	219	36	23	23	16	1.95
44309657--44309822	81	2.0	81	84	6	212	36	23	23	16	1.95
44318208--44318369	27	6.0	27	86	5	211	16	24	22	35	1.95
44318204--44318368	81	2.0	81	89	2	251	16	24	22	35	1.95
44320728--44320893	27	6.2	26	86	6	197	34	22	24	17	1.96
44320728--44320893	54	3.1	54	91	1	244	34	22	24	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44320728--44320893	81	2.0	81	85	4	219	34	22	24	17	1.96
44323583--44324196	307	2.0	307	95	0	1095	40	18	12	28	1.87
44323890--44331164	539	13.5	541	97	1	13457	37	18	11	33	1.87
44334720--44334750	12	2.6	12	94	0	53	9	22	51	16	1.73
44337606--44337983	47	8.1	47	92	0	553	33	10	29	26	1.89
44337773--44337941	22	7.3	22	65	27	73	34	11	28	26	1.91
44337958--44338139	46	4.0	46	91	0	276	34	8	31	25	1.86
44342505--44342676	93	1.8	93	93	0	299	27	29	22	21	1.99
44342497--44342672	46	3.8	46	80	10	214	28	28	21	21	1.99
44342548--44342691	46	3.1	46	71	18	136	29	27	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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