genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9072591--9072638	24	2.0	24	84	8	62	2	25	2	70	1.09
9072887--9072919	14	2.4	14	94	0	57	51	0	0	48	1.00
9083533--9083617	21	4.0	21	80	4	80	38	25	21	14	1.91
9083531--9083605	21	3.5	22	83	7	91	38	26	21	13	1.90
9083988--9084045	15	3.8	15	86	2	80	51	10	0	37	1.36
9083991--9084049	30	2.0	28	93	6	100	55	10	0	33	1.33
9098670--9098763	38	2.5	37	77	11	93	32	2	3	61	1.23
9102656--9102708	14	3.7	14	79	20	65	22	22	11	43	1.85
9104573--9104605	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
9104891--9105163	92	3.0	92	90	0	411	20	24	14	41	1.89
9104891--9105163	46	5.9	46	90	0	368	20	24	14	41	1.89
9114504--9115051	204	2.7	205	90	1	864	30	18	22	28	1.97
9116470--9116503	16	2.1	16	89	10	52	32	0	0	67	0.91
9116471--9116551	28	3.0	27	77	12	69	33	0	1	65	1.01
9116476--9116552	26	2.9	25	78	14	73	35	0	1	63	1.03
9116499--9116608	22	5.4	19	68	20	55	33	2	2	60	1.25
9117520--9117713	96	2.0	96	100	0	388	38	12	12	36	1.81
9120263--9120320	27	2.2	26	81	12	64	50	10	1	37	1.47
9143468--9143516	24	2.0	24	100	0	98	4	20	4	71	1.19
9143714--9144114	202	2.0	200	97	0	757	35	11	14	37	1.83
9149720--9149817	52	1.9	49	89	6	151	41	22	17	18	1.90
9168205--9168237	15	2.1	17	88	11	52	39	0	15	45	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9168525--9168577	25	2.2	24	86	10	72	15	20	22	41	1.89
9177544--9177705	46	3.5	46	76	14	188	30	29	16	23	1.96
9177489--9177712	93	2.4	93	93	0	385	29	29	18	23	1.97
9177495--9177662	47	3.6	47	75	13	184	29	29	17	23	1.97
9184944--9185041	25	4.0	25	78	5	101	29	16	27	26	1.97
9187759--9187807	20	2.4	21	82	6	64	61	2	4	32	1.26
9187728--9187806	20	3.9	20	69	14	63	65	1	3	29	1.17
9189825--9189874	6	8.8	6	82	8	52	58	0	0	42	0.98
9189830--9189871	23	1.9	22	90	9	68	64	0	0	35	0.94
9202678--9202740	29	2.2	29	85	0	81	28	12	6	52	1.64
9204604--9204634	14	2.2	14	100	0	62	32	45	16	6	1.72
9209724--9209755	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
9211397--9211460	30	2.1	31	88	2	94	57	12	3	26	1.50
9214020--9214114	22	4.3	22	77	6	93	15	31	18	33	1.93
9214028--9214112	44	1.9	45	85	2	118	16	30	20	32	1.94
9214030--9214112	22	3.7	23	79	6	98	16	30	20	32	1.95
9215469--9215507	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
9215627--9215677	3	17.3	3	75	4	50	58	3	1	35	1.28
9217153--9217305	45	3.2	45	65	18	121	28	22	20	28	1.99
9217356--9218459	44	25.2	42	77	7	975	30	26	16	26	1.97
9217447--9218464	351	2.9	350	91	1	1637	30	26	16	26	1.97
9217356--9218459	219	5.0	215	84	3	1070	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9230249--9230284	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
9230407--9230457	3	17.3	3	75	4	50	58	3	1	35	1.28
9235562--9235606	20	2.2	20	84	11	56	46	4	2	46	1.35
9243909--9243957	26	1.9	25	83	4	62	51	2	0	46	1.12
9244579--9244659	40	2.0	40	100	0	162	43	7	7	41	1.61
9245756--9245793	18	2.2	17	90	9	60	34	10	10	44	1.73
9246541--9246577	18	2.1	18	89	0	56	16	32	27	24	1.96
9247692--9247760	34	2.0	34	97	0	129	50	13	11	24	1.74
9248134--9248189	26	2.2	25	81	9	67	58	1	0	39	1.08
9265649--9265710	30	2.1	30	96	0	115	41	16	11	30	1.83
9266291--9266363	36	2.0	36	100	0	146	34	16	13	35	1.88
9278040--9278095	21	2.7	21	78	10	69	23	33	23	19	1.97
9284748--9284798	26	2.0	26	84	3	68	50	0	1	47	1.12
9284727--9284814	44	2.0	44	82	10	110	46	0	3	50	1.18
9284710--9284833	64	2.0	63	84	7	162	45	0	3	51	1.17
9284770--9284808	20	2.0	20	100	0	78	41	0	5	53	1.23
9284773--9284839	20	3.4	19	80	12	64	41	1	4	52	1.31
9284776--9284847	20	3.7	20	80	9	60	36	1	5	56	1.31
9294519--9294559	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
9300153--9300222	29	2.2	32	78	14	83	55	20	10	14	1.67
9300163--9300221	29	2.0	30	86	6	84	52	20	11	15	1.73
9300895--9300923	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9305990--9306127	9	15.3	9	71	18	74	38	1	14	45	1.54
9306027--9306127	18	5.5	18	74	13	98	38	1	14	44	1.57
9306045--9306155	56	2.0	55	85	5	152	39	1	12	45	1.53
9306064--9306155	47	1.9	48	91	2	150	40	0	11	47	1.40
9306027--9306133	9	11.7	9	73	13	85	39	1	14	43	1.57
9306499--9306523	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
9306462--9306619	48	3.3	48	69	13	162	57	3	8	30	1.46
9306404--9306677	96	2.9	96	95	0	487	55	4	6	33	1.45
9306595--9306619	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
9306418--9306667	48	5.2	46	64	18	134	54	4	6	34	1.45
9307496--9307551	8	7.0	8	83	0	67	33	26	1	37	1.67
9307491--9307552	32	1.9	32	90	0	97	33	25	1	38	1.66
9308995--9309206	104	2.0	104	94	1	372	18	19	30	31	1.96
9309236--9309287	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
9309125--9309275	72	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
9311583--9311816	127	1.8	127	87	5	348	25	20	14	39	1.91
9312714--9312769	21	2.6	21	80	2	58	35	44	0	19	1.51
9315520--9315697	48	3.7	48	88	0	248	27	17	25	29	1.97
9316173--9316217	17	2.6	18	86	10	67	51	6	8	33	1.59
9316818--9316849	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
9317360--9317401	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
9318748--9318933	72	2.6	72	89	1	273	31	19	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9319106--9320204	72	15.0	72	88	2	1471	31	20	17	30	1.95
9319117--9320529	221	6.3	220	88	5	1932	32	20	16	30	1.95
9318748--9320529	440	3.9	440	88	5	2278	32	20	16	30	1.95
9320131--9320291	87	1.9	86	88	6	245	32	19	16	31	1.95
9320131--9320310	87	2.1	85	84	10	240	36	18	16	28	1.93
9320217--9320523	73	4.0	73	80	10	328	33	21	15	29	1.94
9319915--9320536	159	4.0	156	83	6	771	33	19	16	30	1.94
9331290--9331321	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
9331830--9331871	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
9332324--9332365	18	2.3	18	87	0	57	7	0	33	59	1.25
9332333--9332371	17	2.2	18	95	4	71	5	0	41	53	1.23
9332682--9332862	48	3.8	48	86	2	238	27	18	24	28	1.98
9332682--9332862	96	1.9	96	88	0	272	27	18	24	28	1.98
9338201--9338261	32	1.9	32	96	0	113	44	14	9	31	1.78
9338363--9338413	23	2.2	23	79	6	59	37	1	0	60	1.08
9343583--9343612	6	4.8	6	92	8	51	3	16	0	80	0.85
9343583--9343612	13	2.4	13	94	5	53	3	16	0	80	0.85
9351654--9352099	223	2.0	223	83	3	567	38	12	15	34	1.84
9352661--9352714	24	2.2	25	83	3	65	22	27	14	35	1.93
9352792--9352868	25	3.1	25	76	10	86	15	24	22	37	1.93
9352824--9352892	25	2.8	25	78	10	79	17	20	24	37	1.93
9357254--9357296	19	2.2	20	88	8	63	53	4	6	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9357330--9357378	22	2.2	22	85	3	62	71	6	2	20	1.18
9362651--9362704	24	2.2	25	83	3	65	18	27	16	37	1.93
9365485--9365553	27	2.7	25	73	8	66	20	27	18	33	1.96
9368198--9368290	25	3.7	25	82	0	105	18	26	19	35	1.95
9368195--9368290	50	1.9	50	84	0	129	17	27	18	36	1.94
9375733--9376777	478	2.2	478	93	1	1765	26	23	16	33	1.95
9381135--9381171	6	6.0	6	96	3	65	32	18	48	0	1.49
9388304--9388499	43	4.6	43	87	4	272	32	22	14	30	1.94
9394459--9394611	43	3.6	42	83	7	175	33	22	12	32	1.91
9395958--9396004	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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