genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96561418--96561510	20	4.8	19	66	10	62	11	29	21	37	1.89
96565837--96566011	46	3.8	46	90	3	271	29	29	20	21	1.98
96571352--96571477	46	2.7	46	93	2	209	30	29	19	21	1.97
96571357--96571499	46	3.1	45	86	6	130	29	28	20	21	1.98
96578079--96578110	11	2.8	12	86	13	50	12	6	9	71	1.29
96585225--96585271	11	4.3	11	83	5	60	31	4	44	19	1.70
96585225--96585271	21	2.1	22	88	7	69	31	4	44	19	1.70
96585236--96585277	22	1.9	22	85	9	59	33	4	45	16	1.69
96585475--96585505	15	2.1	15	93	0	53	22	6	6	64	1.40
96588762--96588907	37	3.9	37	96	0	247	26	30	19	23	1.98
96589118--96589651	47	11.1	47	87	5	735	26	29	12	31	1.93
96589118--96589651	145	3.7	144	90	5	810	26	29	12	31	1.93
96598781--96598935	79	2.0	79	100	0	310	24	15	29	30	1.96
96601141--96601174	7	4.7	7	88	3	50	61	0	0	38	0.96
96601238--96601291	28	1.9	28	92	0	90	51	12	5	29	1.63
96606449--96606631	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
96606428--96606631	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
96614552--96614736	79	2.3	81	81	11	213	23	28	22	25	2.00
96614535--96614736	40	5.1	40	77	10	200	23	27	22	26	2.00
96620457--96620586	42	3.1	42	83	2	161	29	26	15	29	1.96
96628714--96628893	46	3.9	45	86	2	234	19	23	15	41	1.89
96628719--96628895	92	1.9	92	88	2	266	19	23	15	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96645732--96645777	25	1.9	24	82	8	58	26	21	23	28	1.99
96647101--96647156	26	2.2	26	83	6	69	71	3	23	1	1.11
96655327--96655367	13	3.2	13	89	3	57	41	0	12	46	1.41
96662271--96662455	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
96662272--96662455	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
96662324--96662488	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
96670477--96670511	18	1.9	18	100	0	70	28	17	22	31	1.96
96670511--96670655	40	3.7	40	85	5	188	25	22	27	24	2.00
96670524--96670688	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
96672731--96672770	6	6.8	6	88	5	64	15	2	0	82	0.77
96686557--96686722	48	3.5	48	80	3	185	24	28	20	26	1.99
96690002--96690048	16	2.8	17	78	12	53	51	0	4	44	1.21
96691108--96691144	5	7.6	5	87	6	58	18	0	2	78	0.87
96692755--96692824	5	13.4	5	79	11	54	20	1	2	75	1.00
96692758--96692817	23	2.5	24	78	13	61	20	1	1	76	0.96
96700281--96700618	48	7.0	48	92	2	554	35	6	27	31	1.81
96700759--96700846	37	2.4	37	92	0	149	21	20	32	25	1.97
96705417--96705773	47	7.6	46	72	13	210	27	19	30	22	1.98
96705417--96705774	94	3.8	94	78	10	351	27	19	30	22	1.98
96706432--96706513	43	1.9	43	85	5	112	20	24	32	21	1.98
96712982--96713335	93	3.9	93	78	11	351	28	18	29	22	1.98
96713022--96713335	47	6.7	47	74	15	224	28	19	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96716556--96716894	47	7.2	47	91	0	507	34	11	28	26	1.90
96716908--96716998	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
96718755--96718781	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
96720904--96721029	39	3.2	39	90	0	189	23	20	29	26	1.99
96720919--96721063	39	3.7	38	82	3	155	22	21	30	26	1.99
96720904--96721047	78	1.8	78	83	2	191	22	22	29	25	1.99
96722643--96722694	21	2.5	21	93	0	86	11	30	38	19	1.87
96722867--96722896	12	2.5	12	94	0	51	43	6	6	43	1.57
96728837--96729012	46	3.8	46	77	14	191	21	20	28	29	1.98
96728833--96729005	93	1.9	93	92	2	294	21	20	28	28	1.98
96732037--96732113	31	2.5	31	91	4	120	44	11	18	25	1.84
96732487--96732520	18	1.9	18	88	5	52	38	5	2	52	1.41
96740494--96740523	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
96740578--96740630	26	2.0	26	92	0	88	26	15	22	35	1.93
96740979--96741021	21	2.1	20	82	4	50	51	4	4	39	1.44
96744951--96745004	27	2.0	27	96	0	99	50	7	12	29	1.68
96746967--96747044	39	2.0	39	97	0	147	41	24	3	30	1.73
96749951--96750001	23	2.2	23	85	0	66	35	3	11	49	1.58
96749960--96750013	13	4.6	12	80	17	60	38	1	16	42	1.59
96749958--96750004	23	2.0	23	95	0	85	36	2	17	44	1.60
96751187--96751242	24	2.3	25	79	14	64	50	1	0	48	1.11
96751273--96751306	18	1.9	17	88	5	50	47	5	0	47	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96754900--96755119	46	4.7	46	78	11	182	23	29	20	27	1.99
96755863--96755902	20	2.0	20	95	0	71	42	10	10	37	1.72
96758142--96758219	40	2.0	40	86	0	111	41	23	15	20	1.90
96758411--96758510	52	1.9	52	91	0	164	18	18	24	40	1.91
96758803--96758851	22	2.3	22	79	13	57	26	0	26	46	1.53
96759515--96759562	25	1.9	25	83	8	62	47	2	4	45	1.33
96759869--96759963	21	4.4	21	86	10	81	69	4	0	26	1.06
96759893--96759973	7	11.4	7	90	2	126	70	1	0	28	0.95
96760883--96760927	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
96765482--96765523	22	1.9	22	90	0	66	35	2	11	50	1.52
96766465--96766576	30	3.7	30	93	0	188	25	20	8	46	1.78
96766465--96766572	15	7.2	15	65	12	69	25	20	8	45	1.79
96771153--96771264	30	3.7	30	95	0	197	25	21	7	46	1.76
96771153--96771260	15	7.2	15	65	12	69	25	21	7	45	1.78
96775149--96775980	183	4.6	183	89	3	1130	32	5	23	38	1.78
96775103--96775963	160	5.4	159	80	8	690	32	5	23	38	1.78
96775103--96775986	23	38.7	23	75	10	672	32	5	23	38	1.77
96776570--96776781	43	5.0	42	84	4	232	23	14	29	33	1.94
96776570--96776781	86	2.5	85	84	7	263	23	14	29	33	1.94
96781157--96781207	22	2.3	22	86	0	66	19	31	29	19	1.97
96793489--96793553	22	3.2	22	69	24	70	26	4	13	55	1.58
96793490--96793562	38	1.9	38	97	0	137	26	4	10	58	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96796239--96796276	8	4.9	8	83	6	51	57	0	18	23	1.40
96796239--96796276	15	2.4	16	95	4	69	57	0	18	23	1.40
96804867--96804986	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
96806111--96806333	40	5.7	40	85	7	278	24	21	27	26	1.99
96806799--96806851	27	2.0	27	100	0	106	30	20	22	26	1.98
96812532--96812651	56	2.1	56	96	0	222	44	10	23	22	1.83
96813778--96814002	40	5.7	40	85	5	278	24	21	28	26	1.99
96813778--96814035	119	2.2	119	80	6	274	25	20	27	25	1.99
96817661--96817832	43	4.0	43	81	10	183	25	20	28	25	1.99
96817719--96817909	43	4.6	41	75	8	147	26	19	28	24	1.99
96822683--96822728	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
96830585--96830630	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
96834923--96835035	43	2.6	44	83	10	121	26	20	30	22	1.98
96834955--96835035	43	1.9	42	89	2	126	24	22	32	20	1.98
96840604--96840657	27	2.0	27	100	0	108	33	7	29	29	1.85
96842306--96842332	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
96852286--96852325	20	2.0	20	86	13	57	25	0	17	57	1.40
96858417--96858465	24	2.0	24	100	0	98	24	8	24	42	1.81
96861133--96861317	40	4.6	40	80	10	198	25	29	21	23	1.99
96861789--96861964	56	3.1	56	97	0	325	22	23	9	44	1.82
96868430--96868612	79	2.3	80	80	8	203	26	28	21	24	1.99
96868430--96868614	40	4.7	40	81	7	216	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96869080--96869255	56	3.1	56	98	0	334	22	23	9	44	1.82
96871174--96871252	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
96871369--96871524	47	3.3	47	92	4	267	30	30	7	32	1.85
96871795--96871852	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
96879785--96879915	45	3.0	45	86	5	171	25	22	27	24	2.00
96884394--96884424	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
96884391--96884430	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
96884621--96884875	55	4.9	50	77	11	192	21	25	16	36	1.94
96884668--96884875	55	3.8	53	80	6	213	23	25	15	35	1.94
96884668--96884865	108	1.8	110	87	4	303	23	26	15	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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