genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73613874--73614045	54	3.2	54	75	8	145	41	20	7	30	1.80
73614025--73614513	27	18.2	27	84	6	530	30	22	6	39	1.80
73614025--73614513	81	6.1	81	86	3	639	30	22	6	39	1.80
73614025--73614513	54	9.1	54	87	1	642	30	22	6	39	1.80
73614817--73614880	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
73615020--73615113	6	15.3	6	70	16	68	18	18	14	48	1.81
73615020--73615092	31	2.4	31	88	0	101	17	19	15	47	1.82
73618030--73618155	39	3.2	39	88	0	189	23	21	27	26	1.99
73627203--73627387	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
73627204--73627387	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
73627256--73627420	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
73635047--73635225	39	4.5	40	78	9	181	26	22	26	24	2.00
73635097--73635259	78	2.1	78	83	8	199	27	21	26	24	1.99
73640218--73640440	46	4.8	46	79	11	242	21	20	27	29	1.98
73645565--73645835	46	5.8	46	73	11	230	23	20	26	29	1.99
73645613--73645781	47	3.6	47	75	13	195	23	19	27	30	1.98
73645567--73645828	93	2.8	93	93	0	434	23	20	26	29	1.99
73667091--73667272	40	4.6	40	86	4	253	25	21	25	28	1.99
73673702--73673761	30	2.0	30	100	0	120	56	16	6	20	1.62
73676852--73676932	36	2.2	36	97	0	153	45	0	20	33	1.52
73676870--73676946	36	2.1	36	85	4	102	54	0	16	28	1.43
73679950--73679997	16	3.1	15	76	8	51	27	8	25	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73683372--73683469	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
73683400--73683482	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
73683372--73683483	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
73691455--73691549	28	3.4	28	91	2	138	27	11	27	33	1.91
73691480--73691565	27	3.1	27	86	5	93	30	11	23	34	1.90
73691845--73691886	20	2.1	20	100	0	84	23	9	30	35	1.87
73695331--73695532	40	5.1	40	87	1	264	28	26	22	22	1.99
73702370--73702450	41	2.0	41	90	0	126	32	14	32	20	1.93
73705946--73706039	43	2.2	43	88	0	134	40	22	9	27	1.85
73717301--73717555	126	2.0	126	89	1	386	29	17	16	36	1.92
73718108--73718138	16	1.9	16	100	0	62	38	22	0	38	1.54
73718240--73718286	22	2.2	22	92	3	78	48	36	0	14	1.44
73719903--73719953	26	2.0	26	92	0	84	27	7	21	43	1.80
73720582--73720659	28	2.8	28	82	0	102	37	14	24	24	1.92
73725519--73725584	25	2.7	25	79	6	73	28	10	21	39	1.86
73726725--73726777	26	2.0	26	82	7	63	22	16	22	37	1.94
73728090--73728234	37	3.9	37	90	0	227	26	30	18	24	1.98
73728353--73728861	47	10.7	47	94	1	831	28	29	8	32	1.87
73732118--73732223	24	4.4	24	86	1	140	18	36	5	38	1.75
73739250--73739329	33	2.4	35	77	8	85	27	22	18	31	1.97
73739645--73739697	26	2.0	26	85	7	72	20	15	22	41	1.89
73740916--73740977	24	2.6	24	86	0	88	22	33	3	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73744290--73744782	47	10.4	47	93	1	788	33	8	29	28	1.87
73744902--73744980	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
73746845--73746947	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
73746929--73747002	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
73747313--73747495	40	4.6	41	80	5	171	26	22	26	24	2.00
73747313--73747509	80	2.5	81	80	7	197	26	22	26	24	2.00
73750424--73750742	47	6.7	47	92	1	494	32	8	30	28	1.87
73750862--73750939	37	2.1	37	85	4	104	25	19	29	25	1.98
73755919--73755996	41	1.9	41	81	5	95	32	23	19	25	1.98
73759049--73759080	17	1.9	16	93	6	55	34	0	28	37	1.57
73768970--73769071	51	2.0	51	88	0	150	23	40	12	23	1.89
73771397--73771580	40	4.6	40	80	9	198	24	22	28	25	1.99
73771449--73771603	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
73773442--73773513	24	3.0	24	85	0	108	27	19	23	29	1.98
73777400--73777516	27	4.4	27	77	11	107	39	21	10	29	1.86
73777526--73777962	27	16.2	27	87	0	543	29	21	7	41	1.81
73777526--73777943	81	5.2	81	88	1	604	29	20	8	41	1.81
73778457--73778494	12	3.2	12	82	14	51	21	15	13	50	1.78
73780476--73780551	38	2.0	38	92	0	125	28	27	14	28	1.95
73782091--73782167	28	2.8	28	84	4	102	37	16	23	22	1.94
73783592--73783788	98	2.0	98	83	0	250	35	13	19	31	1.91
73784000--73784694	39	17.8	40	70	13	134	40	14	23	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73784051--73784761	117	6.1	117	74	6	402	39	14	24	22	1.90
73783972--73784768	78	10.2	76	73	6	314	39	13	24	22	1.90
73784289--73784762	39	12.2	39	72	6	219	39	14	24	21	1.91
73788047--73788110	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
73788134--73788183	24	2.1	24	84	0	64	32	28	14	26	1.94
73788139--73788326	94	2.0	94	91	0	304	39	19	11	29	1.86
73793000--73793070	26	2.8	25	87	4	97	26	22	21	29	1.99
73800877--73800922	23	1.9	24	86	8	67	32	19	15	32	1.93
73801053--73801123	26	2.8	25	87	4	106	25	23	22	28	2.00
73801341--73801426	31	2.8	30	86	10	129	33	16	23	26	1.95
73805607--73805683	40	1.9	40	100	0	154	29	12	25	31	1.93
73810145--73810208	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
73810415--73810543	24	5.4	24	89	8	192	26	21	20	31	1.98
73810415--73810543	47	2.7	50	86	10	196	26	21	20	31	1.98
73810601--73810657	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
73810597--73810659	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
73818256--73818319	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
73818512--73818655	24	6.0	24	88	8	213	29	21	20	28	1.98
73818709--73818771	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
73818713--73818769	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
73820720--73820826	38	2.8	38	88	5	171	28	22	11	38	1.88
73821065--73821137	26	2.8	26	93	0	119	26	21	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73821187--73821242	11	5.5	11	71	16	57	33	21	10	33	1.88
73821185--73821243	20	3.0	20	94	0	109	35	22	10	32	1.87
73832106--73832149	18	2.4	18	92	7	72	75	0	6	18	1.02
73832106--73832152	17	2.8	16	87	12	67	74	0	6	19	1.03
73836823--73836860	18	2.2	17	90	4	58	63	0	23	13	1.30
73838284--73838517	55	4.4	53	78	9	228	35	17	24	21	1.95
73838291--73838491	108	1.8	110	86	4	291	34	17	25	22	1.96
73838730--73838760	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
73850845--73850884	20	2.0	20	95	0	71	45	12	15	27	1.82
73852715--73852818	29	3.6	28	84	2	127	35	9	25	29	1.88
73852715--73852828	57	2.0	58	89	1	176	36	9	24	28	1.87
73852746--73852835	29	3.1	28	72	10	76	40	8	23	27	1.84
73857185--73857210	8	3.2	8	100	0	52	34	23	0	42	1.54
73860016--73860051	18	1.9	19	88	5	56	16	2	25	55	1.55
73863938--73863973	18	2.0	18	100	0	72	38	27	0	33	1.57
73865500--73865559	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
73869031--73869186	28	5.5	28	89	3	206	28	12	25	33	1.92
73869031--73869185	57	2.7	57	89	4	217	29	12	25	33	1.92
73875517--73875701	40	4.7	40	88	6	243	26	27	21	24	1.99
73880211--73880367	29	5.5	28	83	5	156	28	11	26	33	1.91
73880211--73880366	57	2.7	58	86	3	210	28	11	25	33	1.91
73884371--73884448	34	2.3	34	91	4	122	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73886526--73886589	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
73886782--73886947	24	7.0	24	84	7	214	27	21	21	30	1.98
73886781--73886947	47	3.5	48	86	6	225	26	20	21	30	1.98
73886997--73887063	20	3.3	20	89	0	107	34	20	11	32	1.90
73887100--73887147	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
73894834--73894897	31	2.0	32	87	3	94	26	20	15	37	1.92
73895105--73895232	23	5.4	24	83	6	163	27	21	20	30	1.98
73895112--73895233	47	2.6	46	87	5	181	27	20	20	31	1.98
73899018--73899064	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
73906674--73906737	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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