genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85667198--85667241	20	2.1	21	84	12	56	11	15	2	70	1.26
85670302--85670363	31	2.1	30	82	11	74	29	16	8	46	1.75
85670555--85670607	25	2.1	25	85	0	70	26	18	26	28	1.98
85673455--85673545	6	14.8	6	70	17	53	48	15	16	19	1.81
85673472--85673539	25	2.7	25	86	0	91	50	14	16	19	1.79
85673494--85673560	31	2.2	31	94	0	116	53	14	13	17	1.72
85673936--85674000	22	3.0	22	77	8	69	33	21	24	20	1.97
85674428--85675027	27	23.0	27	81	7	650	25	21	19	34	1.97
85674663--85674849	45	4.0	44	81	16	232	26	20	17	35	1.95
85674609--85674999	99	3.9	99	87	4	498	25	20	19	34	1.96
85674644--85674778	72	1.9	72	90	3	218	26	21	17	34	1.96
85674789--85674823	18	1.9	18	94	0	61	25	14	17	42	1.86
85675020--85675105	27	3.2	27	81	0	100	29	5	25	39	1.79
85674807--85675062	81	3.2	80	79	9	279	23	18	22	35	1.96
85675084--85675145	27	2.3	27	94	0	106	35	4	24	35	1.77
85675020--85675123	54	1.9	54	82	3	129	31	5	24	38	1.79
85675157--85675244	27	3.3	26	79	7	95	31	7	20	39	1.81
85680432--85680497	30	2.2	29	92	7	107	24	16	22	36	1.94
85682212--85682242	8	3.9	8	91	0	53	41	22	0	35	1.54
85711548--85711719	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
85711541--85711716	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
85718343--85718514	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85718336--85718511	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
85726987--85727303	48	6.7	47	79	5	293	28	19	26	25	1.99
85733269--85733316	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
85733360--85733417	19	3.0	20	92	5	91	36	12	22	29	1.90
85733353--85733418	20	3.4	19	89	4	96	34	12	22	30	1.91
85733468--85733563	24	4.0	24	91	4	149	29	20	21	28	1.98
85735266--85735308	3	14.3	3	90	0	68	67	0	2	30	1.03
85736151--85736258	29	3.8	29	79	6	94	27	30	14	26	1.95
85736182--85736258	29	2.7	29	87	0	109	28	28	16	25	1.97
85739757--85739927	40	4.3	40	85	6	206	23	20	28	27	1.99
85739757--85739907	40	3.8	40	90	2	216	24	21	28	25	1.99
85739757--85739927	79	2.2	80	84	4	213	23	20	28	27	1.99
85747010--85747220	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
85750050--85750084	18	1.9	18	88	0	52	51	8	34	5	1.56
85757186--85757403	40	5.5	40	84	6	237	24	15	24	34	1.95
85759902--85759930	14	2.0	15	93	6	51	17	0	27	55	1.42
85761721--85761753	17	1.9	17	93	0	57	42	15	21	21	1.89
85763280--85763307	14	2.0	14	100	0	56	35	14	35	14	1.86
85764928--85765038	40	2.8	40	82	6	134	31	29	15	23	1.95
85778715--85778748	17	2.0	17	94	0	59	73	0	2	23	0.97
85778844--85778897	16	3.5	16	73	16	60	50	0	5	44	1.25
85779673--85779703	15	2.0	16	93	6	55	45	0	16	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85780065--85780160	18	5.3	18	88	0	102	39	7	13	39	1.72
85783572--85783857	39	7.3	40	90	4	422	23	20	29	26	1.99
85783572--85783891	76	4.1	80	87	4	278	24	20	29	25	1.99
85789930--85790187	25	10.3	25	67	21	96	59	3	5	31	1.38
85790071--85790149	27	3.1	26	82	10	83	60	1	6	31	1.29
85791070--85791117	22	2.1	22	88	3	69	75	4	16	4	1.12
85794016--85794096	16	5.0	16	73	20	71	44	1	0	54	1.08
85796803--85797027	47	4.8	47	76	13	196	23	30	18	28	1.97
85801315--85801343	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
85803012--85803057	17	2.6	18	82	6	58	34	2	0	63	1.07
85820583--85820632	24	2.1	24	92	0	82	32	26	24	18	1.97
85820889--85820944	29	1.9	29	82	7	69	17	46	23	12	1.82
85823918--85823951	16	2.0	17	88	11	52	29	11	5	52	1.61
85830881--85831197	27	11.8	27	89	2	458	27	15	18	39	1.90
85831134--85831206	27	2.7	27	80	4	85	26	16	16	41	1.89
85831524--85831570	17	2.7	18	86	3	69	19	21	10	48	1.78
85833790--85833917	27	4.7	27	81	3	150	38	23	10	28	1.87
85833872--85834068	27	7.3	27	87	1	243	35	19	19	25	1.96
85833899--85834090	54	3.6	54	87	0	233	34	18	21	25	1.96
85833916--85834094	27	6.6	27	87	2	180	33	17	22	26	1.96
85833899--85834094	81	2.4	81	84	0	230	34	18	21	25	1.96
85834206--85834270	11	6.1	11	75	7	62	35	13	15	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85834208--85834256	21	2.3	21	96	0	89	34	10	18	36	1.85
85834304--85834350	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
85841368--85841444	29	2.7	29	87	2	102	25	16	29	27	1.97
85844098--85844281	27	6.8	27	85	2	235	28	23	7	40	1.81
85844280--85844555	27	10.2	27	73	13	165	39	18	10	31	1.84
85844310--85844464	53	2.9	53	85	3	195	40	20	9	30	1.83
85844271--85844465	80	2.4	79	77	8	205	37	20	11	30	1.88
85844271--85844523	107	2.3	107	78	9	239	39	19	10	30	1.86
85844313--85844546	54	4.3	53	81	6	204	41	19	8	31	1.80
85844569--85844670	27	3.8	27	72	10	73	38	19	19	22	1.94
85845394--85845444	20	2.5	20	100	0	102	43	11	15	29	1.82
85845502--85845629	52	2.5	51	91	6	208	26	21	22	28	1.99
85845502--85845629	26	5.0	26	86	3	174	26	21	22	28	1.99
85845762--85845853	42	2.2	42	88	0	130	30	14	21	33	1.93
85845877--85845955	31	2.5	31	91	0	122	29	16	25	29	1.97
85855323--85855405	34	2.5	34	90	2	123	27	18	22	31	1.97
85855395--85855453	18	3.3	18	78	0	64	40	13	22	23	1.89
85855797--85855909	27	4.2	27	75	7	97	19	18	19	42	1.90
85855903--85856019	27	4.3	27	83	0	144	36	13	17	31	1.89
85856779--85856860	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
85863866--85863947	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
85867720--85867881	44	3.8	43	74	10	161	33	25	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85872682--85872751	15	4.7	15	77	7	61	48	14	28	8	1.73
85873775--85873830	29	1.9	29	92	0	94	23	26	28	21	1.99
85876593--85876694	24	4.2	24	91	0	150	35	3	40	20	1.71
85876606--85876692	12	7.2	12	66	14	54	32	4	42	20	1.73
85878123--85878233	54	2.1	53	91	1	177	18	24	22	35	1.96
85878123--85878233	27	4.2	26	86	7	143	18	24	22	35	1.96
85879498--85879531	16	2.1	16	94	0	59	17	0	2	79	0.86
85882229--85882368	40	3.5	39	82	12	167	18	26	19	35	1.95
85882246--85882393	40	3.7	40	83	3	136	18	27	16	38	1.91
85884219--85884453	39	6.0	39	74	6	181	20	16	28	34	1.94
85884239--85884453	78	2.8	79	76	8	215	19	16	29	34	1.94
85889635--85889663	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
85889957--85889986	13	2.3	13	94	0	51	73	0	16	10	1.09
85890788--85890957	43	4.0	44	71	17	142	26	18	25	29	1.98
85894770--85894881	27	4.1	27	82	7	129	37	21	25	16	1.93
85894770--85894881	54	2.1	54	84	3	145	37	21	25	16	1.93
85898677--85898923	45	5.7	43	79	12	240	24	18	27	29	1.98
85898677--85898891	86	2.5	86	90	3	326	24	17	27	29	1.97
85901841--85901871	16	2.0	15	93	6	53	70	9	6	12	1.31
85906868--85906935	27	2.5	26	92	2	82	33	27	10	27	1.89
85906866--85906963	28	3.5	28	87	2	126	32	28	12	26	1.92
85911120--85911148	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85912260--85912441	45	4.2	44	78	8	187	23	19	26	30	1.98
85912260--85912441	86	2.1	86	92	0	301	23	19	26	30	1.98
85912261--85912495	86	2.8	86	86	5	273	24	19	27	28	1.98
85915008--85915081	27	2.8	27	83	2	87	16	21	22	39	1.92
85936567--85936609	15	2.9	15	92	0	68	16	13	13	55	1.69
85941526--85941630	44	2.4	43	87	6	142	30	25	19	24	1.98
85941484--85941630	43	3.5	40	81	8	150	31	25	18	25	1.98
85953579--85953650	29	2.5	29	86	0	99	30	29	12	27	1.93
85957084--85957183	51	2.0	51	84	7	132	21	17	31	31	1.95
85958373--85958505	42	3.2	42	90	0	194	16	30	36	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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