genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36059955--36060112	43	3.7	42	77	11	160	23	16	28	31	1.96
36075891--36076044	48	3.3	45	81	8	150	25	20	31	22	1.98
36075919--36076187	48	5.7	47	74	7	186	26	18	29	24	1.98
36078649--36079070	210	2.0	210	97	0	790	37	14	6	41	1.71
36096535--36096648	54	2.1	54	95	1	210	31	13	17	37	1.88
36096623--36096700	40	2.0	40	97	0	147	38	11	21	28	1.88
36097621--36097661	21	2.0	21	85	0	55	34	7	17	41	1.77
36105662--36105816	27	5.7	27	79	5	152	28	27	16	27	1.97
36105665--36105817	54	2.8	54	80	10	170	28	27	16	27	1.97
36113499--36113676	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
36113499--36113676	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
36113520--36113675	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
36118246--36118293	18	2.7	18	76	0	51	47	2	31	18	1.60
36120494--36120555	26	2.4	26	91	0	97	37	16	6	40	1.74
36133515--36134117	47	12.7	47	94	1	1019	31	8	30	29	1.87
36133562--36133640	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
36133536--36134117	143	4.1	143	95	0	1010	31	8	30	29	1.87
36134236--36134314	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
36137080--36137126	22	2.1	22	92	0	76	44	10	12	31	1.77
36138128--36138152	13	1.9	13	100	0	50	44	8	24	24	1.80
36147677--36147799	64	1.9	64	88	3	185	30	18	15	34	1.92
36152276--36152432	81	1.9	81	96	0	287	38	18	16	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36153311--36153337	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
36156920--36156992	36	2.0	36	100	0	146	31	10	13	43	1.79
36161744--36161776	16	2.0	17	88	5	50	30	33	0	36	1.58
36166698--36166800	47	2.2	47	87	5	145	33	30	13	23	1.93
36174546--36174645	37	2.7	37	95	0	173	25	31	19	25	1.98
36174764--36175133	47	7.7	47	94	1	580	29	30	8	32	1.87
36174764--36175112	49	7.3	49	94	3	579	29	29	8	32	1.86
36174764--36175112	96	3.6	96	94	2	594	29	29	8	32	1.86
36179030--36179072	17	2.5	18	77	11	54	41	11	16	30	1.83
36180692--36180794	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
36180964--36181515	48	11.5	48	98	1	1029	30	28	6	34	1.83
36185066--36185179	28	4.0	29	75	11	101	34	29	14	21	1.93
36185187--36185536	40	8.8	40	91	0	560	24	28	22	24	2.00
36185507--36185565	31	1.9	31	93	3	102	16	32	30	20	1.95
36186841--36186980	37	3.8	37	96	0	253	25	32	20	22	1.98
36187150--36187463	48	6.5	48	95	0	529	30	29	7	32	1.84
36198318--36198369	27	1.9	27	100	0	104	42	7	17	32	1.77
36198426--36198459	13	2.6	13	90	0	59	29	35	29	5	1.81
36205285--36205349	34	1.9	34	96	0	121	32	24	10	32	1.90
36209871--36209927	24	2.4	24	87	0	87	38	21	7	33	1.80
36229465--36229507	2	21.5	2	90	0	68	46	0	48	4	1.22
36231918--36231981	30	2.1	30	97	0	119	20	4	28	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36241845--36242355	266	2.0	256	89	5	783	27	17	18	36	1.93
36242985--36243076	46	2.0	46	93	0	157	34	10	23	30	1.89
36247546--36247761	107	2.0	108	99	0	425	34	19	12	32	1.90
36257963--36258012	19	2.6	19	100	0	100	24	16	38	22	1.93
36269281--36269501	116	1.9	116	89	1	345	38	11	16	33	1.85
36273026--36273074	25	2.0	25	87	0	71	34	10	20	34	1.86
36280359--36280399	17	2.4	17	91	0	64	46	14	9	29	1.77
36285495--36285654	39	4.1	39	82	1	178	30	15	18	36	1.92
36290188--36290548	48	7.6	46	73	13	184	26	18	29	25	1.98
36292065--36292131	35	1.9	35	96	0	125	47	11	1	38	1.50
36298361--36298440	40	2.0	40	85	0	106	35	32	15	17	1.91
36305632--36305656	8	3.1	8	100	0	50	0	0	52	48	1.00
36310161--36310198	16	2.4	16	86	8	51	65	0	0	34	0.93
36310193--36310239	23	2.0	23	88	12	69	59	4	0	36	1.17
36310216--36310270	19	2.9	19	84	10	69	61	5	0	32	1.19
36310171--36310271	19	5.2	19	69	22	59	61	3	0	34	1.15
36310879--36311021	9	14.8	9	66	16	54	56	3	2	37	1.31
36310952--36311019	20	3.5	19	76	20	68	60	1	2	35	1.21
36311720--36311952	9	25.7	9	67	17	78	28	3	3	64	1.26
36311719--36311797	19	4.4	19	69	16	69	24	1	5	69	1.16
36311744--36311804	19	3.3	19	77	6	63	24	0	6	68	1.13
36311925--36311965	20	2.0	20	85	4	55	29	4	7	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36319515--36319555	20	2.0	20	90	0	64	14	39	24	21	1.91
36327862--36328054	59	3.3	59	82	8	223	22	34	22	20	1.96
36330961--36331035	34	2.2	34	95	4	134	42	26	9	21	1.83
36348241--36348275	18	2.0	18	88	5	54	20	31	37	11	1.88
36351465--36351546	40	2.0	40	100	0	164	45	13	14	26	1.82
36351922--36352204	144	2.0	144	83	4	356	27	30	15	27	1.96
36351873--36352194	96	3.4	97	78	7	318	26	29	16	27	1.97
36351874--36352204	48	6.9	48	75	6	278	26	29	16	27	1.97
36359172--36359490	96	3.3	95	80	5	315	23	29	19	26	1.98
36359177--36359503	144	2.3	142	83	3	388	24	29	18	26	1.98
36359174--36359491	48	6.6	48	76	7	283	24	29	19	26	1.98
36363810--36363844	17	2.1	17	88	0	52	34	0	0	65	0.93
36364041--36364103	33	1.9	33	83	6	83	50	3	0	46	1.17
36364748--36364790	22	2.0	21	90	4	68	53	0	0	46	1.00
36366181--36366313	40	3.4	39	75	9	128	34	24	17	24	1.96
36366210--36366314	37	2.7	38	84	8	133	36	22	17	23	1.95
36369448--36369497	21	2.5	20	81	9	57	58	6	12	24	1.56
36372302--36372411	29	3.8	29	95	0	202	23	15	17	43	1.87
36377142--36377209	3	23.3	3	75	14	54	35	4	0	60	1.17
36377311--36377366	3	18.7	3	96	0	103	33	1	0	64	1.04
36377424--36377476	12	4.4	12	78	0	52	13	3	3	79	1.01
36382839--36382974	48	2.8	48	88	0	191	30	24	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36386137--36386318	40	4.6	40	93	2	305	25	27	23	23	2.00
36395677--36395795	45	2.7	44	82	1	148	30	21	20	27	1.98
36395618--36395834	44	4.9	44	76	2	175	34	19	19	26	1.96
36396119--36396151	11	3.2	11	83	16	52	60	33	0	6	1.21
36396136--36396170	17	2.1	17	94	0	61	45	45	0	8	1.34
36397312--36397351	18	2.2	19	82	13	57	32	7	2	57	1.40
36397319--36397359	12	3.4	12	82	0	55	29	7	2	60	1.36
36404029--36404079	25	2.1	25	82	7	61	21	37	23	17	1.94
36404849--36404938	38	2.4	38	80	0	108	41	30	15	13	1.85
36415459--36415619	45	3.7	42	82	4	119	26	26	19	27	1.99
36415501--36415629	45	2.9	45	84	7	165	26	27	20	25	1.99
36416438--36416580	47	3.0	47	96	0	259	44	14	13	27	1.83
36425545--36425697	41	3.8	41	76	11	154	22	22	28	26	1.99
36434045--36434193	41	3.7	40	78	12	162	23	22	26	26	2.00
36434045--36434189	40	3.6	39	81	12	152	22	22	27	26	1.99
36436620--36436784	25	6.7	24	86	5	136	31	17	26	24	1.97
36436612--36436776	50	3.3	50	84	4	201	30	18	26	24	1.98
36436587--36436775	75	2.5	75	77	7	190	30	19	25	25	1.98
36437634--36437673	20	2.1	19	90	4	62	30	5	2	62	1.29
36442880--36442938	17	3.6	17	71	17	52	57	1	1	38	1.19
36443878--36443904	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
36450387--36450441	23	2.3	24	78	9	60	61	5	9	23	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36450686--36450737	14	3.6	14	77	10	59	53	5	7	32	1.53
36450674--36450740	30	2.2	30	94	0	116	49	5	10	34	1.62
36450674--36450723	16	3.2	16	75	11	59	52	6	8	34	1.55
36450924--36450996	34	2.1	34	100	0	146	36	27	2	32	1.71
36451884--36452101	42	5.2	42	78	2	188	23	18	16	41	1.90
36453854--36453893	22	1.9	21	85	10	55	52	5	0	42	1.23
36458144--36458205	28	2.2	28	97	0	115	45	17	8	29	1.77
36466702--36466802	11	9.9	10	75	17	66	14	3	1	79	0.97
36466697--36466782	6	14.8	6	76	18	51	12	3	2	81	0.92
36466702--36466802	5	19.8	5	73	18	66	14	3	1	79	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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