genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  180  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60887462--60887542	39	2.1	39	92	0	135	45	14	11	28	1.79
60888373--60888498	42	3.0	41	88	2	198	23	25	27	23	2.00
60890652--60890684	15	2.2	15	94	0	57	66	15	0	18	1.25
60894457--60894481	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
60896466--60896526	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
60899087--60899145	30	2.0	30	89	0	91	28	22	13	35	1.92
60903447--60903640	47	4.1	47	89	0	280	32	10	28	27	1.90
60903494--60903572	25	3.3	25	66	16	67	31	10	27	30	1.90
60903610--60903796	48	3.8	48	86	8	277	36	6	26	31	1.82
60903611--60903796	100	1.9	96	89	6	284	36	6	26	30	1.82
60903950--60904050	37	2.7	37	93	0	166	24	18	29	26	1.98
60905319--60905550	40	5.8	40	94	0	374	24	21	28	25	1.99
60909516--60909709	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
60909545--60909616	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
60909590--60909665	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
60909679--60909865	48	3.8	48	86	8	268	36	5	26	31	1.80
60909680--60909865	100	1.9	96	87	6	275	36	5	26	31	1.80
60910019--60910119	37	2.7	37	93	0	166	24	18	29	26	1.98
60915800--60915829	13	2.3	13	94	0	51	26	6	3	63	1.35
60923703--60923791	29	3.2	27	81	10	92	24	34	14	25	1.94
60927600--60927777	40	4.5	40	88	4	238	22	23	29	24	1.99
60929185--60929286	41	2.5	41	84	4	127	22	19	42	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60938272--60938697	47	9.1	47	95	0	710	32	8	29	28	1.88
60938816--60938894	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
60946090--60946398	47	6.5	47	90	1	465	32	8	29	29	1.86
60946090--60946398	143	2.2	141	89	1	465	32	8	29	29	1.86
60948954--60949346	40	9.9	40	90	2	560	23	21	28	26	1.99
60952778--60953082	47	6.6	47	93	1	499	32	8	29	29	1.86
60952778--60953082	93	3.3	94	92	1	517	32	8	29	29	1.86
60952778--60953082	140	2.2	140	92	1	497	32	8	29	29	1.86
60955627--60955992	40	9.2	40	91	2	560	24	21	27	26	1.99
60955627--60955992	118	3.1	117	90	1	552	24	21	27	26	1.99
60959483--60959780	47	6.3	47	89	4	447	32	8	30	28	1.87
60959472--60959780	96	3.3	96	87	6	465	32	8	30	29	1.87
60959483--60959780	143	2.1	140	88	4	445	32	8	30	28	1.87
60966789--60966920	54	2.4	54	83	5	167	37	20	15	26	1.92
60966789--60966920	27	4.9	27	80	3	140	37	20	15	26	1.92
60966911--60966998	27	3.2	28	82	9	94	20	18	17	44	1.87
60967766--60967813	22	2.2	21	82	14	53	70	2	18	8	1.22
60967770--60967813	24	1.9	23	86	9	63	72	2	18	6	1.17
60969048--60969153	39	2.7	41	83	5	128	23	23	31	21	1.99
60971127--60971311	79	2.3	82	82	7	229	25	27	22	24	2.00
60971127--60971311	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
60974061--60974104	22	2.0	22	100	0	88	31	13	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60978982--60979023	22	1.9	22	95	0	75	76	0	16	7	1.00
60980257--60980444	39	4.8	39	82	2	189	25	20	27	27	1.99
60980303--60980467	39	4.2	39	82	3	143	25	19	26	29	1.99
60983052--60983085	15	2.3	15	94	0	59	35	23	11	29	1.90
60987148--60987222	38	2.0	38	100	0	150	42	21	9	26	1.83
60989681--60989710	15	2.0	15	93	0	51	60	16	16	6	1.56
60991765--60991807	18	2.4	18	88	0	59	9	13	6	69	1.35
60992472--60992526	15	3.5	15	82	9	65	72	0	9	18	1.10
60993172--60993196	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
60993784--60993823	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
60993831--60993871	21	2.0	21	85	0	55	41	9	12	36	1.76
60993945--60993987	14	3.1	14	100	0	86	51	13	0	34	1.42
60995673--60995712	19	2.1	19	90	0	62	52	2	15	30	1.55
60999896--60999932	14	2.6	14	100	0	74	32	24	5	37	1.78
61003900--61003939	14	2.9	13	88	3	53	17	2	2	77	0.99
61003946--61003971	11	2.4	11	100	0	52	19	0	0	80	0.71
61012242--61012332	29	3.2	29	87	1	130	28	29	15	26	1.96
61012566--61012628	16	3.9	16	89	0	81	11	23	22	42	1.85
61012566--61012625	24	2.5	24	86	0	66	11	23	20	45	1.83
61012574--61012628	8	6.9	8	89	0	83	10	23	23	41	1.86
61014096--61014214	45	2.5	46	85	5	150	26	23	14	36	1.93
61019502--61019599	28	3.5	28	91	1	153	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61019502--61019624	28	4.4	28	87	4	133	32	27	13	26	1.94
61022321--61022528	55	3.9	54	83	4	249	21	24	18	36	1.95
61022507--61022628	47	2.6	47	92	0	190	25	22	13	38	1.91
61022509--61022762	142	1.8	140	79	6	298	23	23	17	35	1.95
61024515--61024726	27	7.9	27	83	4	248	25	14	20	40	1.90
61024518--61024748	81	2.9	81	82	3	277	25	12	20	41	1.88
61024514--61024756	54	4.5	55	78	7	255	24	13	20	40	1.89
61025078--61025137	18	3.3	18	88	0	93	23	18	15	43	1.87
61029125--61029149	13	1.9	13	100	0	50	64	0	28	8	1.22
61030121--61031021	27	33.4	27	83	4	1021	24	14	20	39	1.91
61033230--61033281	11	4.5	11	84	11	52	80	1	3	13	0.93
61033239--61033283	20	2.2	20	88	7	65	82	2	2	13	0.86
61033243--61033278	12	2.9	12	88	8	54	83	2	2	11	0.86
61035717--61035844	64	2.0	64	100	0	256	23	14	25	37	1.92
61040441--61040570	40	3.2	39	85	10	172	26	18	22	33	1.97
61040443--61040570	42	3.1	41	88	6	179	25	18	22	32	1.97
61042723--61042894	46	3.7	46	76	13	181	29	27	20	22	1.99
61042728--61042898	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.98
61043318--61043374	30	1.9	30	88	0	87	29	22	8	38	1.85
61054109--61054382	46	5.8	48	74	13	191	27	18	29	24	1.98
61056162--61056533	103	3.6	103	88	7	529	18	19	30	31	1.96
61069890--61069925	15	2.4	15	95	0	63	41	11	8	38	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61081761--61082004	40	6.2	40	89	1	350	27	25	22	24	1.99
61081761--61082004	79	3.1	79	89	3	357	27	25	22	24	1.99
61084810--61084925	39	3.0	39	96	0	205	27	30	20	21	1.98
61102856--61103037	67	2.7	67	82	8	178	31	15	28	24	1.96
61123087--61123143	27	2.1	27	100	0	114	47	15	7	29	1.72
61123564--61123649	43	2.0	43	86	0	118	27	31	20	19	1.97
61128029--61128092	27	2.4	28	76	7	78	37	14	14	34	1.86
61128083--61128170	27	3.2	28	78	12	94	21	18	15	44	1.87
61130200--61130381	39	4.6	39	90	0	247	24	22	28	25	2.00
61132354--61132537	40	4.7	40	80	9	164	25	26	22	25	2.00
61132362--61132537	79	2.2	79	79	8	189	25	26	23	25	2.00
61135076--61135122	25	1.9	25	91	4	78	76	0	17	6	0.98
61136345--61136527	39	4.7	39	88	0	249	24	21	28	26	1.99
61136345--61136550	78	2.6	78	82	3	218	24	20	28	26	1.99
61136347--61136562	118	1.8	117	81	8	269	24	20	28	26	1.99
61137926--61137970	16	2.8	17	80	10	58	6	26	15	51	1.68
61144612--61144689	38	2.1	38	100	0	156	42	20	10	26	1.84
61149177--61149225	18	2.7	18	87	0	62	10	12	6	71	1.30
61149874--61149916	15	2.8	15	89	3	59	74	0	2	23	0.93
61149874--61149922	4	12.2	4	76	23	50	73	0	4	22	1.00
61159176--61159367	40	4.8	40	93	1	316	27	26	23	22	2.00
61159176--61159367	79	2.4	80	92	3	309	27	26	23	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61167290--61167521	40	5.8	40	92	0	358	28	25	22	23	1.99
61169326--61169385	30	2.0	30	100	0	120	26	13	10	50	1.73
61172738--61172845	45	2.4	45	86	6	141	28	28	23	19	1.98
61173651--61173792	47	3.0	46	94	1	239	43	14	14	28	1.83
61175321--61175431	40	2.8	40	90	0	141	26	28	19	25	1.99
61175365--61175511	40	3.7	39	90	4	204	29	27	19	23	1.98
61178672--61178903	40	5.8	40	93	1	306	25	20	27	26	1.99
61183551--61183589	20	1.9	21	84	5	53	38	12	25	23	1.90
61187681--61187781	34	2.9	34	80	4	105	33	21	20	23	1.97
61199100--61199147	21	2.3	22	79	17	57	43	0	2	54	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345