genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52944270--52944489	80	2.7	79	74	9	196	19	27	16	35	1.94
52944426--52944512	40	2.2	39	82	10	104	21	22	17	37	1.93
52949649--52949698	23	2.3	21	86	13	66	22	0	22	56	1.43
52949874--52949916	22	2.0	22	95	0	77	37	4	25	32	1.77
52950361--52950515	54	2.9	53	79	7	168	23	29	22	24	1.99
52956148--52956267	33	4.0	29	73	21	86	64	4	4	27	1.31
52956309--52956387	23	3.5	22	81	13	81	67	0	3	29	1.08
52957308--52957422	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
52957333--52957422	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
52957528--52957591	28	2.3	28	91	5	103	29	7	29	32	1.86
52957839--52957870	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
52960565--52960597	17	1.9	17	100	0	66	18	3	0	78	0.87
52960723--52960912	80	2.4	79	83	0	236	26	25	16	31	1.97
52960882--52961055	44	3.9	44	75	5	154	25	25	18	30	1.98
52960882--52961107	89	2.5	89	80	7	235	26	25	16	30	1.97
52961080--52961323	133	1.8	130	81	9	280	28	22	18	30	1.97
52977488--52977538	15	3.5	15	82	12	70	9	13	13	62	1.54
52977479--52977538	29	2.0	30	87	9	88	10	11	16	61	1.55
53025611--53025654	15	2.9	15	90	6	63	13	20	13	52	1.74
53025611--53025669	30	2.0	30	83	6	75	13	20	13	52	1.74
53030414--53030847	150	2.9	150	82	4	482	26	16	25	31	1.96
53030410--53030850	50	8.8	50	73	8	317	26	16	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53036174--53036208	17	2.1	17	89	5	54	28	20	5	45	1.73
53045559--53045602	21	2.1	21	100	0	88	22	13	9	54	1.67
53047610--53047785	46	3.8	46	71	12	162	23	21	25	28	1.99
53047606--53047778	93	1.9	93	90	0	274	24	21	26	27	1.99
53054650--53054822	46	3.8	46	94	2	276	20	19	30	30	1.97
53065742--53065773	17	1.9	17	93	6	57	50	0	12	37	1.41
53069645--53069679	18	1.9	18	88	11	54	25	8	0	65	1.21
53072926--53073398	47	10.1	47	94	0	759	32	9	29	28	1.88
53073517--53073595	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
53076049--53076148	43	2.3	42	83	6	112	23	18	27	32	1.97
53080536--53080669	50	2.7	50	83	0	151	29	17	22	29	1.97
53081847--53081920	35	2.1	35	94	0	130	29	12	17	40	1.86
53097378--53097452	6	12.5	6	95	0	105	66	10	0	22	1.22
53101454--53101661	53	3.9	54	80	4	222	23	23	17	36	1.95
53101465--53101653	55	3.5	53	79	5	209	22	23	18	35	1.95
53105812--53105984	46	3.7	46	76	13	165	20	18	29	31	1.97
53105806--53105977	93	1.8	93	88	0	263	20	19	29	30	1.97
53118401--53118551	43	3.5	42	77	8	137	31	24	19	25	1.98
53118401--53118551	44	3.5	42	75	8	135	31	24	19	25	1.98
53128195--53128250	18	3.1	18	78	0	58	41	12	5	41	1.66
53128257--53128325	19	3.7	19	82	3	95	49	13	5	31	1.65
53128553--53128587	12	2.9	12	91	0	52	42	14	22	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53132269--53132302	16	2.1	16	89	10	52	32	8	0	58	1.29
53139573--53139874	40	7.6	40	88	3	387	24	20	28	26	1.99
53139573--53139874	79	3.8	80	88	2	387	24	20	28	26	1.99
53139573--53139874	119	2.5	119	86	3	392	24	20	28	26	1.99
53139573--53139909	79	4.2	80	85	3	364	25	20	28	26	1.99
53139647--53139909	119	2.2	119	85	3	352	25	20	28	25	1.99
53147140--53147442	40	7.6	40	89	2	396	24	20	28	26	1.99
53149599--53149647	20	2.5	20	93	0	80	10	28	38	22	1.87
53153218--53153456	55	4.5	54	77	10	244	36	17	24	21	1.95
53153665--53153695	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
53162322--53162488	43	3.9	43	77	3	176	28	14	22	34	1.93
53169969--53170055	43	2.0	43	88	0	129	26	11	25	36	1.90
53169982--53170094	43	2.6	43	84	0	136	24	15	26	33	1.95
53171215--53171287	30	2.4	30	95	0	128	10	21	38	28	1.88
53173457--53173508	27	2.0	28	85	11	74	21	19	32	26	1.97
53174790--53174840	26	2.0	26	96	0	93	23	33	25	17	1.96
53177868--53178051	67	2.8	65	76	9	187	28	17	29	23	1.97
53184293--53184332	21	2.0	21	90	5	64	27	30	32	10	1.89
53185278--53185402	49	2.7	48	82	8	143	24	29	20	26	1.99
53186027--53186145	55	2.2	55	86	3	159	23	29	25	21	1.99
53186931--53187049	47	2.6	47	78	6	111	27	28	18	25	1.98
53186972--53187195	94	2.4	95	82	3	267	22	29	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53193442--53193546	55	1.9	55	88	0	156	26	29	22	20	1.99
53193693--53193756	31	2.1	31	96	0	119	42	26	4	26	1.75
53194315--53194617	47	6.4	47	74	12	230	24	27	20	27	1.99
53194315--53194617	141	2.1	140	80	10	332	24	27	20	27	1.99
53194356--53194673	94	3.4	94	80	6	344	24	27	20	27	1.99
53210143--53210251	37	2.9	37	89	2	166	28	31	18	22	1.97
53210402--53210500	52	1.9	52	89	4	155	29	25	8	37	1.84
53210458--53210650	47	4.1	47	89	2	246	26	28	11	33	1.91
53214596--53214866	40	6.8	40	91	0	427	25	28	22	23	1.99
53214596--53214866	119	2.3	120	90	0	436	25	28	22	23	1.99
53216133--53216241	37	2.9	37	94	0	191	27	32	19	21	1.97
53216404--53216637	47	5.0	46	84	8	240	27	28	10	34	1.89
53216445--53216637	47	4.1	47	91	2	255	26	29	10	33	1.90
53216490--53216608	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
53216404--53216637	94	2.5	93	82	6	267	27	28	10	34	1.89
53223297--53223508	27	7.9	27	78	7	193	38	20	9	31	1.85
53223297--53223508	80	2.6	80	83	3	266	38	20	9	31	1.85
53223289--53223434	53	2.7	53	84	8	186	35	23	10	30	1.89
53223340--53223470	53	2.4	53	82	7	165	41	20	8	29	1.82
53236866--53236902	18	2.2	18	85	9	51	37	8	16	37	1.78
53239737--53239826	7	12.3	7	76	6	72	47	33	1	17	1.55
53239737--53239826	15	6.1	15	79	8	87	47	33	1	17	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53239738--53239810	22	3.3	22	80	14	62	52	30	0	17	1.46
53241612--53241701	34	2.7	34	83	8	105	32	25	17	24	1.97
53246772--53246867	27	3.6	27	76	5	95	41	17	18	21	1.90
53246863--53246920	22	2.6	22	77	0	53	39	22	24	13	1.90
53251757--53251818	10	6.1	10	83	9	54	54	6	0	38	1.26
53251766--53251813	22	2.3	21	82	10	62	54	4	0	41	1.20
53267495--53267530	10	3.6	10	96	0	63	36	0	2	61	1.11
53289648--53289832	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
53289629--53289832	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
53311251--53311492	47	5.1	47	86	2	254	34	9	28	28	1.87
53311324--53311400	25	3.2	25	62	23	65	28	12	35	23	1.92
53311415--53311598	98	1.9	96	89	4	289	36	5	26	31	1.80
53311414--53311598	48	3.8	48	85	5	264	36	5	25	31	1.80
53311744--53311815	37	1.9	37	88	0	108	25	19	27	27	1.99
53317534--53317566	9	3.8	9	92	8	59	54	21	12	12	1.69
53317532--53317566	17	2.1	17	100	0	70	51	25	11	11	1.71
53319808--53319893	43	2.0	43	88	0	127	24	18	29	27	1.98
53333376--53333461	43	2.0	43	90	0	136	23	18	29	29	1.98
53343065--53343230	89	1.9	90	87	1	244	39	16	18	25	1.91
53343061--53343230	45	3.8	45	84	1	225	39	16	19	24	1.92
53343065--53343261	89	2.2	89	81	5	218	41	15	18	23	1.89
53343110--53343362	45	5.6	45	78	8	149	41	16	20	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53346674--53346987	144	2.2	144	81	3	371	29	17	29	23	1.97
53346661--53346987	48	6.8	47	78	6	289	28	17	29	24	1.97
53362883--53362907	13	1.9	13	100	0	50	20	32	24	24	1.98
53363992--53364156	47	3.5	48	82	8	205	23	30	16	29	1.96
53364603--53364627	10	2.5	10	100	0	50	36	12	0	52	1.39
53366255--53366327	35	2.1	35	97	0	137	36	10	26	26	1.89
53374281--53374463	77	2.3	78	86	2	251	25	28	22	24	1.99
53374283--53374543	40	6.6	39	81	10	246	24	27	21	25	1.99
53374281--53374543	120	2.2	116	80	7	296	25	28	21	25	1.99
53374475--53374552	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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