Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  4  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1168756--1168794
18
2.3
17
86
8
53
38
5
12
43
1.65
1171935--1172012
15
5.2
15
70
11
70
42
7
23
26
1.81
1171929--1172022
30
3.1
30
95
1
161
41
6
25
26
1.79
1176596--1176673
15
5.2
15
67
11
61
42
7
21
28
1.80
1176590--1176683
30
3.1
30
92
1
152
41
6
24
27
1.79
1179030--1179170
70
2.0
70
92
0
237
39
6
14
39
1.72
1185736--1185772
16
2.3
16
100
0
74
21
37
10
29
1.88
1186483--1186785
130
2.3
130
86
0
408
33
19
19
27
1.96
1189890--1190550
132
5.0
132
93
0
1065
28
24
18
28
1.98
1189949--1190545
45
13.5
44
66
8
192
28
24
18
28
1.98
1202377--1202721
130
2.7
130
82
4
385
35
16
18
29
1.93
1213497--1213554
20
2.9
20
97
0
107
12
31
36
20
1.89
1214344--1214484
52
2.7
51
82
6
149
27
23
19
29
1.98
1226748--1226776
3
9.7
3
100
0
58
68
0
0
31
0.89
1230977--1231162
73
2.5
73
98
0
354
40
24
6
28
1.79
1233804--1233964
80
2.0
80
98
0
313
22
12
20
44
1.85
1235947--1236006
30
2.0
30
96
0
111
28
3
11
56
1.51
1236129--1236161
11
2.9
12
86
13
52
66
0
0
33
0.92
1238213--1238300
43
2.0
43
100
0
176
29
13
14
42
1.84
1240290--1240332
2
21.5
2
82
0
50
41
4
4
48
1.44
1240290--1240332
12
3.6
12
83
0
59
41
4
4
48
1.44
1244513--1244570
30
1.9
30
85
0
80
17
24
34
24
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1249335--1249364
12
2.5
12
94
0
51
43
0
6
50
1.28
1255769--1255850
5
14.3
6
83
12
61
15
4
0
79
0.90
1255819--1255851
5
6.6
5
100
0
66
21
0
0
78
0.75
1268233--1268285
21
2.5
21
90
3
88
22
35
15
26
1.93
1268362--1268443
43
1.9
43
92
0
137
35
6
12
46
1.66
1268754--1268814
24
2.6
23
80
12
70
34
0
1
63
1.04
1270029--1270093
12
5.4
12
72
7
60
3
43
30
23
1.69
1271709--1271736
11
2.5
11
100
0
56
57
7
0
35
1.26
1272738--1272833
3
31.7
3
87
6
131
0
34
0
65
0.93
1273049--1273107
22
2.6
22
89
5
82
66
0
0
33
0.92
1276826--1276869
21
2.0
22
86
4
63
40
40
0
18
1.50
1276835--1276865
14
2.1
15
94
5
55
38
45
0
16
1.47
1278149--1278270
61
2.0
61
100
0
244
32
18
18
31
1.94
1282729--1282772
10
4.7
10
81
16
58
65
0
0
34
0.93
1282729--1282772
18
2.5
19
78
14
58
65
0
0
34
0.93
1284423--1284791
44
8.6
41
70
12
169
27
21
20
30
1.98
1297371--1297416
12
3.6
12
78
16
56
65
0
0
34
0.93
1297371--1297433
27
2.4
26
79
10
74
60
0
3
36
1.13
1300428--1300497
26
2.9
24
81
14
81
58
5
5
30
1.45
1300534--1300618
29
2.8
30
75
19
88
57
3
5
32
1.40
1302021--1302109
45
2.0
44
88
2
133
32
6
28
32
1.83
1302274--1302308
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1302289--1302608
61
5.3
61
68
17
238
49
6
2
42
1.40
1302373--1302424
15
3.6
15
80
12
56
53
1
0
44
1.11
1302260--1302669
120
3.4
120
95
0
723
49
4
2
43
1.37
1302708--1302793
40
2.2
40
97
0
163
60
11
5
22
1.52
1315176--1315231
28
2.0
28
100
0
112
14
28
14
42
1.84
1328911--1328935
12
2.1
12
100
0
50
48
0
44
8
1.32
1335840--1335880
21
2.0
21
90
0
64
43
14
12
29
1.82
1335970--1336020
19
2.7
19
81
3
68
43
3
3
49
1.39
1337484--1337522
3
13.0
3
88
0
60
28
2
35
33
1.71
1337484--1337522
15
2.6
15
95
0
69
28
2
35
33
1.71
1346630--1346676
24
2.0
25
87
8
71
59
14
0
25
1.36
1349100--1349141
8
5.2
8
80
11
50
59
0
4
35
1.19
1366847--1366899
23
2.3
23
75
12
56
69
7
16
5
1.31
1383722--1383788
34
1.9
35
87
3
100
35
8
8
46
1.67
1384040--1384140
50
2.0
50
100
0
202
31
17
5
44
1.73
1387136--1387188
24
2.2
24
96
0
97
33
3
49
13
1.60
1387664--1387705
22
1.9
22
90
0
66
30
0
9
59
1.29
1390073--1390123
9
5.3
9
76
17
50
21
3
1
72
1.11
1401890--1401931
22
2.0
21
85
4
57
66
0
2
30
1.04
1405658--1405811
82
1.9
81
84
6
204
32
8
13
45
1.74
1408806--1408844
20
1.9
21
89
5
62
38
0
0
61
0.96
1415713--1415752
18
2.2
18
86
13
55
52
0
2
45
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1420561--1420605
22
2.0
21
87
12
63
35
2
0
62
1.08
1421476--1421597
61
2.0
61
96
0
226
27
9
21
42
1.82
1423910--1423969
28
2.2
26
77
11
66
26
26
11
35
1.91
1423924--1423995
28
2.6
28
88
0
99
29
27
12
30
1.93
1428936--1428962
11
2.5
11
100
0
54
0
0
18
81
0.69
1429654--1429691
18
2.1
18
90
0
58
42
44
2
10
1.52
1429717--1429758
6
6.5
6
86
13
57
78
4
2
14
1.01
1429720--1429759
20
2.0
20
95
0
71
75
7
2
15
1.14
1429777--1429826
9
5.6
9
90
0
73
26
10
20
44
1.82
1430087--1430146
31
1.9
31
83
12
79
36
10
10
43
1.72
1436189--1436256
31
2.2
32
81
2
75
29
10
17
42
1.82
1439254--1439340
43
2.0
43
100
0
174
28
18
16
36
1.92
1447908--1447941
17
2.0
17
88
11
52
44
0
2
52
1.16
1451504--1451544
21
2.0
21
85
0
55
58
2
4
34
1.32
1466348--1466402
27
2.1
27
82
3
67
21
10
7
60
1.55
1467733--1467819
45
1.9
45
100
0
174
42
2
17
37
1.62
1475608--1475717
31
3.6
30
77
11
100
40
8
8
42
1.64
1475654--1475720
29
2.3
27
79
18
73
43
4
5
46
1.48
1476327--1476363
17
2.1
17
90
10
56
0
13
2
83
0.74
1476327--1476363
13
2.8
13
92
8
58
0
13
2
83
0.74
1484267--1484331
27
2.6
25
79
11
69
40
1
0
58
1.07
1488839--1488868
6
5.0
6
100
0
60
50
16
0
33
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1489024--1489342
66
4.8
66
92
0
521
36
16
26
21
1.94
1489910--1490061
75
2.0
75
100
0
304
30
11
7
50
1.68
1491527--1491620
23
4.1
23
85
0
134
22
25
4
47
1.69
1494125--1494165
16
2.6
16
81
18
50
14
0
24
60
1.34
1495881--1495926
4
11.5
4
100
0
92
50
0
23
26
1.50
1501031--1501120
31
3.0
29
73
6
72
42
5
5
46
1.50
1501103--1501179
33
2.4
32
85
6
111
29
3
10
55
1.51
1510285--1510331
14
3.4
14
75
19
53
31
4
17
46
1.67
1516140--1516198
19
3.1
19
80
4
73
27
25
8
38
1.84
1516902--1516995
30
3.2
31
70
19
85
27
18
4
50
1.65
1516885--1516995
57
1.9
57
85
3
152
27
16
4
51
1.63
1522313--1522357
16
2.7
16
86
6
54
57
6
26
8
1.54
1523526--1523572
21
2.2
22
77
11
53
40
2
2
55
1.24
1526134--1526178
22
2.0
23
86
4
65
64
2
2
31
1.18
1533107--1533189
40
2.1
40
95
0
148
32
13
20
33
1.91
1548105--1548131
2
13.5
2
100
0
54
51
0
0
48
1.00
1553008--1553068
31
2.0
31
86
0
86
40
9
6
42
1.64
1571271--1571350
42
1.9
42
89
0
124
36
10
10
43
1.72
1572319--1572393
18
4.2
18
94
0
132
26
24
17
32
1.97
1591318--1591390
31
2.6
27
72
19
67
36
1
5
56
1.31
1591984--1592091
40
2.7
40
84
9
134
26
25
20
27
1.99
1591872--1592238
154
2.4
155
92
0
601
25
20
21
31
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1592138--1592237
40
2.6
39
83
10
116
26
22
19
33
1.97
1592909--1592979
22
3.3
22
76
9
58
25
1
23
49
1.59
1594651--1594703
26
2.0
26
82
7
63
24
15
20
39
1.91
1596189--1596296
26
4.2
26
93
0
189
36
24
7
32
1.83
1598463--1599668
23
52.7
23
77
9
984
31
7
24
37
1.83
1598462--1599673
206
5.9
203
88
4
1171
31
7
24
37
1.83
1598463--1599668
229
5.3
226
87
4
1396
31
7
24
37
1.83
1600318--1600374
7
8.1
7
94
0
69
43
5
10
40
1.62
1600309--1600355
21
2.2
21
84
0
58
42
4
17
36
1.68
1600428--1600523
42
2.3
43
80
10
117
27
9
27
36
1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345