genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60452306--60452359	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
60456819--60457043	40	5.6	40	83	6	267	24	27	23	24	2.00
60460234--60460285	23	2.3	23	89	0	86	23	23	34	19	1.96
60461041--60461121	41	2.0	41	100	0	162	33	19	14	32	1.92
60463443--60463692	52	4.8	52	91	2	392	54	15	8	22	1.68
60477561--60477617	30	1.9	30	85	7	80	28	24	8	38	1.85
60479332--60479374	21	2.0	21	95	0	77	32	11	23	32	1.90
60485145--60485204	30	2.0	30	83	6	77	30	26	6	36	1.82
60488516--60488624	54	2.0	55	90	1	175	23	14	22	38	1.92
60489734--60489769	17	2.1	17	100	0	72	50	5	22	22	1.70
60490902--60491077	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
60492203--60492385	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
60492204--60492387	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
60492256--60492420	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
60498183--60498358	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
60499486--60499668	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
60499487--60499670	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
60499539--60499693	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
60509939--60510059	40	3.0	40	95	0	215	20	23	15	40	1.91
60512214--60512424	40	5.3	39	89	4	275	21	27	24	26	1.99
60512239--60512424	80	2.3	80	91	0	311	22	27	24	25	1.99
60514889--60514999	53	2.1	53	100	0	222	35	27	10	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60518039--60518087	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
60518835--60518890	12	4.7	12	82	12	71	71	7	5	16	1.27
60519801--60519857	11	5.5	10	74	15	53	78	1	15	3	0.96
60519790--60519855	21	3.1	20	79	14	62	78	3	15	3	0.99
60519801--60519857	5	11.0	5	78	10	53	78	1	15	3	0.96
60519805--60519853	26	1.9	25	84	12	64	79	2	14	4	0.97
60521545--60521722	40	4.5	40	89	2	252	24	22	26	25	2.00
60523124--60523154	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
60523157--60523181	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
60523151--60523206	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
60523157--60523238	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
60523369--60523407	19	2.1	19	100	0	78	20	30	15	33	1.94
60526574--60526671	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
60526602--60526684	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
60526574--60526685	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
60534097--60534150	12	4.5	11	78	15	54	64	9	5	20	1.42
60535044--60535093	5	10.2	5	79	12	50	82	2	14	2	0.86
60535036--60535078	19	2.3	19	84	11	54	76	6	16	0	0.99
60535044--60535092	24	2.1	24	84	3	64	81	2	14	2	0.87
60536728--60536870	38	3.7	39	83	12	181	26	20	25	26	1.99
60536732--60536888	37	4.1	37	78	14	133	25	21	27	25	1.99
60538193--60538222	11	2.6	12	94	5	53	46	13	13	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60538225--60538249	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
60538429--60538464	17	2.1	18	94	5	65	19	33	16	30	1.94
60541566--60541662	28	3.5	28	86	8	119	27	13	26	31	1.94
60549000--60549170	40	4.3	40	92	3	267	25	28	21	24	1.99
60549002--60549221	118	1.9	119	82	6	286	25	27	21	25	1.99
60553702--60553781	42	1.9	42	84	5	108	22	31	20	26	1.98
60553948--60554010	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
60555576--60555623	21	2.3	21	79	10	55	33	4	20	41	1.72
60557445--60557670	25	9.1	25	76	10	162	26	10	23	39	1.87
60557445--60557670	50	4.5	49	82	2	227	26	10	23	39	1.87
60557449--60557683	75	3.1	72	80	6	245	25	10	23	40	1.86
60567818--60567865	18	2.7	18	80	3	53	62	2	8	27	1.35
60569014--60569048	16	2.2	16	89	0	52	31	2	8	57	1.44
60569361--60569399	18	2.2	18	100	0	78	23	10	23	43	1.84
60569706--60569754	21	2.6	17	79	20	53	59	2	6	32	1.34
60569500--60570078	285	2.0	285	90	2	912	42	8	9	38	1.69
60570643--60570715	27	2.7	27	86	0	119	24	26	10	38	1.88
60572856--60573022	25	6.8	26	65	19	81	38	21	20	19	1.94
60583360--60583437	40	1.9	41	92	2	131	29	15	23	32	1.95
60583359--60583467	41	2.7	41	83	7	125	26	19	24	29	1.98
60587060--60587129	26	2.7	25	82	4	77	44	12	10	32	1.76
60587115--60587441	27	12.1	27	85	0	404	36	17	21	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60587118--60587445	81	4.0	81	89	0	503	35	18	21	24	1.95
60587761--60587838	41	1.9	41	100	0	156	24	23	28	24	2.00
60587919--60587978	22	2.7	22	87	5	77	20	25	23	31	1.98
60588137--60588216	26	3.0	26	81	3	88	18	23	18	38	1.93
60588334--60588427	6	15.3	6	73	16	77	19	19	13	47	1.82
60588337--60588406	25	2.8	25	91	0	113	18	21	14	45	1.84
60599682--60600209	47	11.1	47	93	2	837	32	8	29	28	1.88
60599682--60600209	234	2.2	238	92	3	870	32	8	29	28	1.88
60600328--60600406	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
60602268--60602370	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
60602352--60602425	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
60602733--60603045	40	7.9	40	81	8	268	24	22	27	24	2.00
60606082--60606253	46	3.7	44	79	11	177	28	19	29	22	1.98
60607419--60607458	21	2.0	20	85	14	55	20	30	20	30	1.97
60613696--60613961	46	5.7	46	76	14	176	28	17	28	25	1.98
60617680--60617828	43	3.5	43	82	4	167	31	22	17	28	1.97
60621515--60621544	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
60621793--60621857	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
60621960--60622052	28	3.3	27	83	7	116	20	23	22	33	1.97
60621960--60622063	28	3.7	28	80	6	95	21	25	21	32	1.98
60621960--60622077	55	2.1	55	83	7	141	19	23	21	35	1.96
60629674--60629738	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60629844--60629933	28	3.2	27	84	7	110	20	25	22	32	1.98
60629854--60629944	27	3.2	28	82	4	94	21	27	18	31	1.97
60629844--60629958	55	2.1	56	82	8	137	19	25	20	34	1.96
60632080--60632190	27	4.1	27	79	7	118	15	23	22	38	1.92
60632080--60632190	54	2.1	54	86	3	152	15	23	22	38	1.92
60634494--60634604	50	2.2	52	88	6	165	32	15	13	38	1.86
60637544--60637595	25	2.1	25	96	0	95	23	23	9	44	1.82
60638652--60638749	50	1.9	52	91	4	164	32	12	14	40	1.83
60639344--60639371	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
60640815--60640855	17	2.4	17	84	11	57	63	2	24	9	1.37
60642391--60642538	75	2.0	75	85	2	199	29	16	23	30	1.96
60643981--60644025	17	2.7	17	82	3	56	68	8	2	20	1.27
60645712--60645925	40	5.4	39	91	5	281	24	21	27	26	2.00
60656144--60656192	22	2.2	22	86	10	73	26	4	2	67	1.19
60657447--60657621	96	1.8	96	89	0	278	33	16	16	33	1.92
60660475--60660516	16	2.6	16	92	0	66	47	21	19	11	1.81
60660739--60660846	28	3.9	28	82	10	123	27	14	30	26	1.95
60660735--60660841	56	1.9	56	88	3	162	28	14	30	25	1.95
60664149--60664201	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
60669049--60669145	32	3.0	32	100	0	194	47	18	18	15	1.83
60669686--60669710	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
60684104--60684136	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60684703--60684880	45	4.0	45	85	1	223	26	24	22	25	2.00
60684711--60684880	90	1.9	90	87	0	250	27	24	23	24	2.00
60692881--60693076	55	3.6	53	76	2	140	37	18	22	20	1.94
60692878--60693084	53	3.8	54	77	1	218	37	17	23	20	1.94
60698258--60698489	40	5.8	40	87	1	295	26	23	25	24	2.00
60698262--60698481	120	1.8	120	88	0	332	26	23	24	25	2.00
60700951--60701006	27	2.1	27	100	0	112	37	7	23	32	1.82
60701847--60701899	27	2.0	25	82	7	61	20	13	9	56	1.64
60703043--60703364	27	11.9	27	77	5	285	39	20	9	30	1.85
60703048--60703364	81	3.9	80	77	2	328	39	20	9	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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