genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101751578--101751615	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
101755053--101755080	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
101756784--101758040	477	2.6	477	98	0	2453	41	11	11	36	1.77
101759108--101759147	20	2.0	20	85	5	53	67	20	5	7	1.34
101762155--101762186	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
101762789--101762842	25	2.2	25	100	0	108	40	24	7	27	1.81
101763260--101763437	41	4.4	41	94	0	295	17	23	24	35	1.95
101763260--101763510	123	2.0	123	83	7	314	17	21	22	37	1.94
101763260--101763510	41	6.1	41	85	9	257	17	21	22	37	1.94
101763869--101763920	21	2.5	21	93	0	86	42	3	3	50	1.39
101764402--101764431	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
101764431--101764475	23	2.0	23	81	0	54	42	11	6	40	1.67
101771543--101771571	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
101771633--101771661	13	2.1	14	93	6	51	44	37	0	17	1.49
101779939--101779964	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
101781045--101781090	20	2.2	21	80	3	58	76	8	8	6	1.17
101789355--101789400	17	2.7	18	80	10	60	39	21	19	19	1.93
101792227--101792481	49	5.2	48	75	12	234	23	28	18	29	1.98
101792220--101792483	98	2.7	97	83	6	338	25	28	17	28	1.98
101801737--101801779	20	2.0	22	86	8	63	25	2	4	67	1.22
101803300--101803422	59	2.1	58	96	1	228	29	13	4	52	1.60
101811630--101811670	19	2.2	19	100	0	82	19	21	14	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101817393--101817462	35	2.0	35	97	0	131	34	21	25	18	1.96
101819921--101819963	8	5.1	8	91	8	68	25	0	0	74	0.82
101819921--101819971	16	3.0	17	88	8	77	27	0	1	70	0.98
101819919--101819977	24	2.4	23	76	20	57	32	0	1	66	1.02
101822772--101822825	28	2.0	27	85	7	74	46	3	1	48	1.30
101822767--101822831	28	2.3	29	76	12	73	43	3	1	52	1.26
101822808--101822851	22	2.0	22	86	0	61	31	2	2	63	1.19
101828680--101828732	23	2.2	26	83	10	67	26	1	15	56	1.49
101829561--101829631	31	2.3	31	92	0	115	28	7	15	49	1.70
101831912--101831971	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
101834525--101834565	19	2.4	17	88	12	57	24	12	14	48	1.78
101834532--101834570	19	2.1	19	95	0	69	28	10	12	48	1.74
101835488--101835599	40	2.8	40	82	10	122	30	15	26	27	1.96
101838613--101838642	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
101847593--101847629	17	2.2	17	90	0	56	24	18	5	51	1.67
101851543--101851713	94	1.8	94	83	2	227	32	19	12	35	1.89
101851543--101851733	94	2.0	94	81	2	222	32	20	12	34	1.90
101851616--101851895	130	2.2	130	82	7	352	31	19	13	35	1.91
101851779--101851998	103	2.1	103	83	1	271	31	18	12	37	1.87
101851543--101852065	233	2.3	224	78	5	523	32	18	12	36	1.89
101858411--101858583	85	2.0	85	97	0	328	19	15	9	56	1.66
101874559--101874625	33	2.0	33	97	0	125	29	25	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101891852--101891913	25	2.5	25	89	0	106	25	22	20	30	1.98
101894255--101894285	8	3.8	8	95	4	53	51	3	0	45	1.17
101894947--101894985	18	2.0	20	85	9	55	35	2	0	61	1.10
101902735--101902895	45	3.6	44	75	6	137	24	18	26	31	1.97
101902818--101902911	44	2.1	44	84	2	116	22	20	27	29	1.98
101910096--101910151	5	10.6	5	80	16	60	78	1	17	1	0.92
101910101--101910128	14	2.0	14	100	0	56	78	0	21	0	0.75
101910096--101910153	19	3.1	19	80	12	66	77	1	18	1	0.94
101914826--101914919	40	2.3	40	85	7	120	27	17	26	28	1.97
101918369--101918693	48	6.8	48	92	0	524	31	28	6	33	1.82
101918369--101918693	144	2.3	144	96	0	596	31	28	6	33	1.82
101926363--101926496	40	3.3	40	87	4	182	29	15	25	29	1.96
101937618--101937739	43	2.9	42	80	2	154	30	23	14	31	1.95
101946631--101946669	21	1.9	20	85	15	53	61	2	5	30	1.31
101958293--101958322	16	1.9	16	93	6	53	83	0	10	6	0.81
101958329--101958359	15	2.1	15	93	0	53	70	0	0	29	0.87
101958327--101958382	27	2.1	26	83	12	69	67	0	3	28	1.07
101958395--101958446	22	2.5	20	85	11	77	75	1	0	23	0.91
101962567--101962624	30	1.9	30	85	0	80	13	25	37	22	1.91
101976096--101976149	22	2.4	23	84	9	76	40	18	25	14	1.89
101977329--101977417	7	13.3	7	71	17	55	49	1	1	48	1.16
101984206--101984439	55	4.4	53	79	9	255	36	17	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101984213--101984413	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
101984529--101984573	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
101993645--101993786	57	2.5	58	79	3	153	29	14	24	31	1.94
102000118--102000233	41	2.8	41	88	0	169	23	18	27	30	1.98
102000466--102000566	32	3.2	32	71	13	82	32	20	21	24	1.98
102000846--102000962	40	2.9	41	88	1	173	27	29	20	23	1.99
102001222--102001274	27	2.0	27	85	7	72	33	15	11	39	1.83
102001260--102001437	27	6.6	27	75	8	112	29	8	19	43	1.80
102015914--102017011	554	2.0	555	99	0	2153	33	20	17	28	1.95
102018359--102018400	16	2.4	18	77	22	54	42	14	7	35	1.73
102019216--102019349	27	5.0	27	91	0	196	43	18	13	24	1.86
102024537--102024594	29	2.0	29	93	0	98	51	3	17	27	1.61
102027908--102027984	40	1.9	40	97	0	145	28	24	18	28	1.98
102033714--102033889	46	3.8	46	80	14	218	21	20	29	28	1.98
102033711--102033882	93	1.8	93	96	2	319	21	20	29	27	1.98
102041201--102041376	46	3.8	46	77	12	198	20	20	28	30	1.98
102041198--102041369	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
102046471--102046584	27	4.2	27	81	6	133	21	21	20	37	1.94
102046471--102046584	54	2.1	54	85	3	149	21	21	20	37	1.94
102050995--102051073	28	2.9	28	88	5	126	17	18	22	40	1.91
102050991--102051105	27	4.3	27	85	5	126	18	20	21	40	1.92
102055357--102055418	26	2.3	27	81	10	74	35	27	11	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102055523--102055611	28	3.3	28	84	9	114	20	22	21	35	1.96
102055523--102055635	26	4.2	27	84	6	133	20	23	20	36	1.95
102059526--102059699	86	2.0	85	81	5	199	24	15	25	34	1.95
102059526--102059699	43	4.1	41	75	11	143	24	15	25	34	1.95
102062223--102062404	40	4.6	40	86	3	253	24	23	25	26	2.00
102072286--102072332	24	2.0	24	87	8	69	29	21	19	29	1.97
102072383--102072423	21	2.0	21	95	0	73	31	21	12	34	1.91
102072388--102072437	11	4.7	11	73	7	50	32	20	12	36	1.89
102075899--102076112	45	4.9	45	76	12	169	24	17	27	29	1.97
102076002--102076104	41	2.5	42	79	6	102	30	20	26	23	1.99
102076001--102076119	43	2.9	41	75	13	109	28	18	26	26	1.98
102081290--102081354	21	3.2	21	64	16	55	29	23	27	20	1.98
102081288--102081368	40	2.0	40	95	0	144	32	23	25	18	1.97
102090990--102091143	42	3.6	42	82	6	150	23	18	25	32	1.97
102098519--102098636	43	2.8	42	80	5	139	25	18	23	32	1.97
102110397--102110568	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
102110390--102110565	46	3.8	46	76	12	198	30	29	19	20	1.97
102111845--102111959	48	2.4	48	95	0	203	19	16	27	36	1.93
102113396--102113423	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
102113410--102113473	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
102113653--102113747	24	4.0	24	89	6	140	28	22	21	28	1.99
102113674--102113746	23	3.1	23	96	2	128	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102113795--102113841	20	2.3	20	92	0	85	34	23	10	31	1.89
102116206--102116249	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
102116579--102116676	43	2.3	42	83	11	135	17	26	31	24	1.97
102131820--102131923	3	34.3	3	75	5	84	32	6	1	58	1.35
102131813--102131872	15	3.9	15	84	4	66	33	5	1	60	1.29
102134004--102134041	20	1.9	19	94	5	67	21	18	13	47	1.82
102137657--102137711	22	2.5	23	77	16	62	76	0	18	5	0.97
102137642--102137706	23	2.8	23	74	4	60	78	1	15	4	0.99
102138612--102138781	88	1.9	88	82	4	209	29	17	23	29	1.97
102138701--102139140	137	3.2	136	88	1	639	32	16	20	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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