genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  171  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58523208--58523323	56	2.1	56	98	0	223	23	23	8	44	1.80
58530047--58530109	31	2.0	31	81	6	74	28	28	6	36	1.82
58530623--58530683	24	2.5	26	79	12	67	54	0	0	45	1.00
58532200--58532323	40	3.1	39	79	13	128	27	27	19	25	1.99
58532250--58532402	40	3.8	39	77	13	157	28	28	17	26	1.98
58533563--58533681	55	2.1	56	98	1	231	22	23	9	44	1.81
58540138--58540362	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
58540140--58540362	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
58541488--58541607	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
58542050--58542133	33	2.5	33	90	0	132	27	20	22	29	1.98
58543662--58543707	25	1.9	25	82	8	60	26	21	13	39	1.90
58547091--58547268	40	4.5	40	90	3	263	24	24	28	23	2.00
58554533--58554748	40	5.5	40	90	2	305	25	23	26	24	2.00
58557437--58557479	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
58562542--58562788	47	5.1	48	92	3	392	32	8	29	30	1.86
58562552--58562788	100	2.4	96	93	4	397	32	8	28	30	1.87
58565200--58565464	56	4.8	56	85	2	329	29	16	22	31	1.96
58565254--58565493	112	2.1	112	81	1	266	27	17	23	31	1.96
58568360--58568530	46	3.7	47	80	9	158	28	19	28	23	1.98
58572491--58572659	40	4.2	40	89	4	245	21	22	26	30	1.99
58572498--58572655	81	2.0	79	88	5	237	21	22	25	30	1.99
58578846--58579067	46	4.7	46	78	10	191	29	19	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58578892--58579116	47	4.8	47	78	10	185	29	19	28	22	1.98
58578851--58579114	140	1.9	141	84	7	358	29	19	27	23	1.98
58594852--58595037	41	4.6	41	85	5	245	25	26	24	24	2.00
58600125--58600332	67	3.2	64	74	10	179	31	17	28	22	1.96
58606565--58606597	18	1.9	17	88	11	50	27	15	12	45	1.81
58614718--58614936	40	5.5	39	83	5	237	25	22	25	26	2.00
58643210--58643431	40	5.6	40	91	1	340	25	22	26	25	2.00
58650748--58650979	40	5.8	40	94	1	324	24	21	28	26	1.99
58658994--58659225	40	5.8	40	94	1	324	24	21	28	26	1.99
58661158--58661202	21	2.0	23	83	8	58	48	4	6	40	1.49
58667843--58667954	27	4.2	26	80	7	116	16	21	23	38	1.93
58667844--58667950	54	2.0	54	85	3	144	17	20	22	39	1.93
58677131--58677236	40	2.7	40	97	1	196	23	21	25	29	1.99
58677130--58677299	79	2.2	79	80	7	186	23	21	26	28	1.99
58677130--58677308	39	4.6	40	81	8	154	24	21	26	28	1.99
58685259--58685490	40	5.8	40	94	1	324	24	21	28	26	1.99
58686932--58687034	51	2.0	51	94	0	179	35	13	17	33	1.89
58691083--58691205	25	5.0	24	88	4	158	27	22	20	29	1.98
58691074--58691205	49	2.6	49	82	10	160	27	22	18	31	1.98
58691254--58691300	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
58696641--58696761	24	5.0	24	88	7	165	30	19	19	29	1.97
58696810--58696876	20	3.3	20	89	0	98	34	22	11	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58702766--58702904	42	3.2	43	78	9	131	28	17	24	28	1.98
58714171--58714249	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
58714368--58715016	49	13.5	49	92	3	1013	28	29	9	32	1.88
58714368--58715016	194	3.4	190	90	4	1002	28	29	9	32	1.88
58719804--58719885	43	1.9	42	82	7	103	30	19	20	29	1.97
58722558--58722632	25	2.9	25	86	9	107	38	18	8	34	1.80
58722564--58722739	27	6.6	27	80	13	120	39	18	11	30	1.87
58722616--58722740	27	4.7	26	86	4	144	40	17	12	29	1.87
58722624--58722740	53	2.2	53	84	4	146	39	17	13	29	1.88
58722738--58722808	26	2.8	26	80	6	92	26	12	25	35	1.92
58735133--58735227	48	2.0	48	91	0	154	30	23	18	27	1.98
58735511--58735637	68	1.9	68	96	3	238	37	15	4	42	1.68
58736728--58736753	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
58738375--58738490	26	4.4	27	81	5	139	40	18	12	28	1.87
58741294--58741500	46	4.5	46	87	3	292	18	20	14	45	1.85
58741511--58741636	45	2.8	45	78	2	137	21	19	20	38	1.94
58743525--58743699	49	3.5	49	83	3	233	27	18	24	29	1.98
58743520--58743706	100	1.9	100	96	0	347	26	19	24	29	1.98
58749215--58749410	55	3.6	53	77	9	164	21	25	17	34	1.96
58754182--58754318	43	3.2	42	82	7	170	24	17	26	32	1.97
58759483--58759589	54	1.9	54	86	3	151	19	16	34	28	1.94
58767934--58767975	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58768096--58768180	43	2.0	43	86	4	118	20	15	30	34	1.93
58769616--58769683	27	2.6	27	76	2	66	22	17	29	30	1.97
58772942--58773068	44	2.8	46	77	13	145	28	19	29	22	1.98
58779880--58779928	22	2.2	21	86	10	71	32	32	20	14	1.92
58779891--58779932	22	1.9	22	100	0	84	30	35	19	14	1.91
58780238--58780275	20	1.9	19	85	15	51	65	15	0	18	1.27
58782505--58782531	9	3.0	9	100	0	54	33	11	33	22	1.89
58782604--58782684	28	2.9	29	85	7	96	28	16	28	27	1.97
58794298--58794349	22	2.4	22	75	12	54	51	17	0	30	1.45
58809921--58810218	40	7.5	40	92	4	471	25	27	22	23	2.00
58816788--58816878	28	3.2	28	79	0	101	36	18	18	26	1.94
58821828--58822222	49	7.9	49	79	3	432	26	18	25	28	1.98
58821827--58822222	150	2.6	150	93	0	684	26	18	25	28	1.98
58827892--58828123	49	4.7	49	78	7	254	27	19	23	29	1.98
58827894--58828123	100	2.3	98	85	6	295	27	19	23	30	1.98
58832364--58832511	29	5.2	29	77	7	142	27	14	31	26	1.95
58835312--58835413	53	1.9	53	91	0	168	17	24	16	41	1.90
58840471--58840662	47	4.1	47	92	1	287	33	10	29	26	1.90
58840498--58840572	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
58840636--58840818	46	4.0	46	92	0	276	34	9	31	24	1.87
58849465--58849525	30	2.0	30	83	0	77	40	18	6	34	1.76
58850414--58850475	21	3.1	21	75	11	60	27	3	1	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58850422--58850474	19	2.6	20	80	16	56	28	1	1	67	1.11
58851477--58851670	104	1.8	106	82	4	250	48	9	12	28	1.72
58852478--58852507	15	1.9	16	93	6	53	43	0	3	53	1.17
58852554--58852596	19	2.3	19	84	8	52	46	4	0	48	1.22
58853820--58853902	14	5.8	14	71	18	64	51	1	0	46	1.08
58853835--58853947	32	3.7	31	67	20	85	46	0	0	51	1.13
58853823--58853949	58	2.2	59	90	5	197	48	0	0	50	1.12
58858386--58858483	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
58858414--58858496	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
58858386--58858497	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
58861225--58861262	19	2.0	19	85	10	51	23	13	39	23	1.90
58861478--58861543	27	2.4	27	92	0	105	34	19	22	22	1.96
58861690--58861790	27	3.8	26	78	7	96	21	21	19	36	1.95
58861936--58861998	28	2.2	27	81	10	72	30	20	22	26	1.98
58863987--58864029	12	3.6	12	81	12	61	2	20	4	72	1.14
58863969--58864030	24	2.4	27	89	10	94	3	24	3	69	1.18
58870989--58871423	46	9.3	46	84	12	545	30	29	6	33	1.84
58870989--58871423	137	3.1	138	85	10	559	30	29	6	33	1.84
58870989--58871423	93	4.7	93	83	13	549	30	29	6	33	1.84
58877495--58877609	27	4.3	27	79	10	112	20	22	20	37	1.94
58877495--58877609	54	2.1	54	85	6	153	20	22	20	37	1.94
58879151--58879293	31	4.5	31	82	3	144	51	11	16	20	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58879389--58879418	13	2.3	13	100	0	60	30	16	26	26	1.97
58879413--58879477	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
58879733--58879763	16	1.9	16	93	0	53	29	19	22	29	1.98
58879904--58880414	27	19.0	27	89	0	691	24	21	20	33	1.97
58880380--58880496	54	2.2	53	75	6	119	29	11	21	36	1.89
58880515--58880801	27	10.6	27	85	0	313	31	8	19	40	1.80
58880405--58880801	27	14.7	27	81	1	292	31	8	19	39	1.82
58880461--58880801	54	6.3	54	82	2	362	30	8	20	40	1.82
58880461--58880801	81	4.2	81	79	4	330	30	8	20	40	1.82
58882764--58882906	31	4.5	31	81	11	148	53	12	15	18	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345