genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28757833--28757948	35	3.2	35	93	3	187	37	11	13	37	1.81
28759579--28759755	27	6.6	27	83	1	185	32	15	19	32	1.93
28759574--28759757	81	2.3	82	80	3	210	33	14	19	32	1.92
28760725--28760758	12	2.8	12	86	4	50	14	20	2	61	1.46
28761809--28761950	24	5.8	25	76	8	123	19	21	21	37	1.95
28761849--28761945	50	2.0	49	81	6	115	20	21	20	37	1.95
28770863--28770911	20	2.5	20	86	6	64	51	10	0	38	1.36
28770875--28770915	20	2.0	20	100	0	82	43	14	0	41	1.45
28772854--28772978	63	2.0	63	91	0	205	36	19	11	33	1.87
28774070--28774126	28	2.0	28	93	0	96	24	7	22	45	1.77
28774510--28774588	39	2.0	39	100	0	158	35	12	20	31	1.90
28783894--28783954	30	2.0	30	84	6	79	31	24	4	39	1.77
28785542--28785580	18	2.2	18	90	4	62	23	7	2	66	1.30
28787213--28787237	13	1.9	13	100	0	50	0	36	0	64	0.94
28788275--28788405	47	2.8	47	83	0	163	46	15	13	24	1.82
28789532--28789594	24	2.6	25	82	2	74	28	22	17	31	1.96
28793227--28793384	27	5.9	27	82	12	184	34	22	24	18	1.96
28793245--28793384	53	2.6	54	93	4	239	34	23	24	17	1.96
28793774--28793803	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
28800443--28800557	39	2.9	38	80	6	124	28	26	20	23	1.99
28800443--28800617	39	4.5	38	75	14	108	26	26	21	24	1.99
28801208--28801332	40	3.2	40	81	3	146	28	28	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28805700--28805780	37	2.2	37	86	2	110	30	22	13	33	1.93
28813881--28813980	16	6.2	16	84	0	137	38	0	30	32	1.58
28813881--28813980	32	3.1	32	91	0	155	38	0	30	32	1.58
28813962--28814053	43	2.1	46	84	10	120	30	5	23	40	1.77
28822478--28822704	49	4.7	49	77	9	191	25	19	29	25	1.99
28823691--28823788	28	3.5	28	91	0	151	18	19	42	19	1.89
28823691--28823802	56	2.0	57	87	1	163	17	18	42	20	1.89
28830181--28830246	30	2.2	30	94	0	114	16	25	37	19	1.93
28834149--28834311	43	3.8	41	79	11	141	24	15	24	34	1.95
28834185--28834311	43	3.0	42	81	7	148	25	15	23	35	1.94
28838619--28838679	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
28849360--28849467	55	2.0	55	85	3	146	22	24	34	19	1.97
28852561--28852731	93	1.8	93	89	2	272	21	20	28	29	1.98
28852567--28852736	46	3.7	46	75	13	177	22	20	28	29	1.98
28854933--28855032	16	6.2	16	84	4	139	37	0	29	34	1.58
28855017--28855105	44	2.0	46	82	8	112	29	6	26	37	1.82
28857983--28858141	43	3.7	43	80	10	182	22	19	27	30	1.98
28863493--28863758	47	5.6	48	73	12	187	26	19	28	25	1.99
28863493--28863758	96	2.8	93	75	13	242	26	19	28	25	1.99
28864738--28864833	28	3.5	27	85	2	122	16	19	43	19	1.88
28871073--28871297	48	4.8	48	78	10	198	26	16	31	26	1.97
28872122--28872187	30	2.2	30	89	5	98	16	22	37	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28879947--28880169	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
28880027--28880204	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
28884833--28884861	10	2.7	11	89	10	51	72	0	6	20	1.07
28886880--28886935	28	2.0	28	100	0	112	28	14	21	35	1.92
28887927--28887956	15	1.9	16	93	6	53	83	0	6	10	0.81
28889041--28889127	34	2.5	35	81	10	99	31	6	16	45	1.73
28892772--28892832	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
28894317--28894392	30	2.5	30	89	0	125	43	10	26	19	1.83
28894380--28894452	30	2.4	30	88	0	101	39	10	21	27	1.87
28904557--28904581	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
28904557--28904598	21	2.0	20	82	13	50	30	4	0	64	1.14
28904954--28904994	18	2.4	16	81	14	55	39	12	12	36	1.80
28904959--28904993	18	1.9	18	94	0	61	40	14	14	31	1.86
28916490--28916852	47	7.6	47	92	4	609	30	28	7	32	1.85
28916490--28916852	96	3.8	96	94	3	635	30	28	7	32	1.85
28920494--28920786	50	5.9	50	84	4	385	24	30	17	27	1.97
28920448--28920783	100	3.4	99	83	4	399	24	30	18	27	1.98
28926520--28926548	13	2.1	14	93	6	51	89	0	10	0	0.48
28929975--28930050	38	2.0	38	100	0	152	50	15	2	31	1.58
28931052--28931235	57	3.2	57	76	11	169	50	11	10	27	1.71
28931052--28931235	56	3.2	54	75	13	138	50	11	10	27	1.71
28933522--28933836	46	7.0	46	86	4	426	22	22	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28933562--28933833	133	2.0	133	90	0	436	23	23	13	39	1.91
28938207--28938268	19	3.2	19	74	2	61	48	4	0	46	1.23
28938207--28938291	36	2.2	38	83	8	102	47	5	1	45	1.34
28938682--28938723	21	2.0	21	100	0	84	47	9	4	38	1.57
28955917--28955945	14	2.0	15	93	6	51	13	6	24	55	1.63
28956060--28956188	50	2.5	51	87	5	181	35	16	22	25	1.94
28956164--28956280	31	3.8	31	95	0	207	27	17	28	27	1.97
28960174--28960216	14	3.1	14	79	0	50	48	0	0	51	1.00
28962998--28963128	45	2.9	44	86	5	174	42	12	22	22	1.87
28971829--28971914	43	2.0	43	100	0	172	18	27	9	44	1.80
28973244--28973277	12	2.8	12	100	0	68	44	0	44	11	1.40
28977264--28977379	44	2.6	45	82	5	137	39	12	19	27	1.89
28984633--28984760	44	2.8	45	82	4	150	34	14	23	28	1.93
28988590--28988639	5	10.0	5	79	16	50	20	6	0	74	1.03
28991275--28991383	23	5.0	23	78	8	111	40	22	20	17	1.91
28991469--28991502	18	1.9	18	88	5	52	26	20	0	52	1.46
28991512--28991585	35	2.1	37	87	10	109	41	18	2	36	1.65
28991669--28991986	47	6.7	46	70	14	188	25	27	19	27	1.99
28993510--28993599	21	4.4	21	78	5	94	32	27	25	14	1.95
28993504--28993601	40	2.4	42	83	5	121	35	26	23	14	1.93
28993592--28993646	23	2.4	23	87	0	83	36	18	20	25	1.94
28993745--28993797	23	2.3	22	87	9	79	26	28	3	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28994557--28994607	25	2.1	24	85	7	68	35	9	9	45	1.71
28995046--28995085	11	3.1	14	76	23	52	22	5	0	72	1.04
28996677--28996711	16	2.1	17	89	5	54	8	11	20	60	1.57
28998574--28998799	112	2.0	113	96	0	418	30	25	16	26	1.97
28999884--29000202	46	6.7	47	76	11	217	23	29	20	26	1.99
28999884--29000202	94	3.4	93	78	11	285	23	29	20	26	1.99
28999884--29000202	140	2.2	143	81	7	364	23	29	20	26	1.99
29002261--29002290	7	4.3	7	100	0	60	56	0	0	43	0.99
29004537--29004570	13	2.8	12	86	8	50	38	0	35	26	1.57
29004885--29004916	14	2.1	16	88	11	50	43	0	3	53	1.16
29010224--29010376	43	3.6	43	73	13	127	32	24	18	23	1.97
29012293--29012327	3	11.7	3	93	0	61	65	0	34	0	0.93
29012601--29012634	10	3.3	10	84	8	50	38	2	0	58	1.13
29018155--29018264	55	2.0	55	94	0	193	34	20	9	35	1.85
29020376--29020427	23	2.3	23	89	0	77	61	5	9	23	1.48
29022139--29022287	60	2.5	59	81	9	151	27	25	19	27	1.99
29022280--29022325	20	2.3	20	82	14	60	28	23	17	30	1.97
29024445--29024469	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
29029168--29029215	23	2.1	23	92	0	78	37	8	20	33	1.83
29030736--29030774	18	2.2	18	86	4	53	15	7	20	56	1.63
29031671--29031730	30	2.0	30	100	0	120	33	20	26	20	1.97
29035968--29036012	22	2.0	22	86	0	63	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29036007--29036043	16	2.3	17	86	13	60	62	0	0	37	0.96
29042349--29042392	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
29042353--29042395	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
29042766--29042817	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
29048107--29048163	19	3.1	19	80	7	64	57	5	0	36	1.21
29048133--29048189	26	2.4	24	77	13	64	56	5	0	38	1.22
29048391--29048426	5	7.2	5	90	0	54	22	19	19	38	1.93
29048401--29048483	36	2.3	36	83	4	105	24	16	12	46	1.81
29049311--29049354	21	2.1	21	91	4	72	43	0	0	56	0.99
29068066--29068230	40	4.2	40	85	5	219	27	27	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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