genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  84  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27558809--27559030	40	5.6	40	90	1	331	29	26	21	23	1.99
27567310--27567498	40	4.7	40	92	0	306	30	25	20	23	1.99
27569798--27569906	43	2.5	44	77	11	111	33	22	16	27	1.96
27575313--27575440	42	3.0	43	74	12	120	27	19	21	31	1.98
27575297--27575406	42	2.6	43	79	11	120	24	19	23	32	1.97
27590218--27590257	21	1.9	21	84	0	53	17	2	20	60	1.48
27591230--27591293	28	2.2	28	97	2	119	45	4	20	29	1.71
27591640--27591733	24	3.9	24	78	9	86	22	19	18	40	1.91
27591640--27591709	24	2.8	26	82	6	90	22	18	20	38	1.93
27591700--27591758	23	2.6	22	73	5	64	23	20	16	38	1.92
27603716--27603747	16	2.0	17	88	11	50	50	37	6	6	1.53
27610197--27610272	24	3.3	22	80	12	91	18	22	21	38	1.94
27613574--27613622	20	2.5	19	83	3	62	53	8	0	38	1.31
27613611--27613651	19	2.1	19	86	4	55	63	2	4	29	1.28
27614988--27615067	41	2.0	41	87	9	119	15	36	23	25	1.93
27618247--27618727	48	10.0	48	82	0	548	26	28	16	28	1.97
27618256--27618727	96	4.9	95	85	2	629	26	28	16	28	1.97
27618249--27618727	192	2.5	192	90	0	733	26	28	16	28	1.97
27623708--27623875	40	4.2	40	82	6	108	26	27	22	23	2.00
27623731--27623875	40	3.6	40	85	6	186	24	26	24	25	2.00
27631130--27631310	40	4.6	40	82	4	197	24	26	24	24	2.00
27631130--27631310	81	2.3	79	83	2	211	24	26	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27635401--27635588	49	3.8	49	76	7	150	29	14	29	27	1.95
27635557--27635631	39	1.9	38	83	2	96	25	16	28	30	1.96
27635839--27635976	44	3.0	46	84	7	181	37	3	18	40	1.68
27636254--27636286	17	1.9	17	93	0	57	27	24	21	27	1.99
27644227--27644459	39	6.0	39	92	0	358	24	28	24	22	1.99
27647702--27647775	38	1.9	38	100	0	148	36	5	16	41	1.71
27650044--27650089	21	2.2	21	85	11	60	65	4	2	28	1.23
27650052--27650100	22	2.3	22	80	13	57	65	2	4	28	1.22
27655051--27655164	57	2.0	57	86	5	158	28	17	6	48	1.71
27672103--27672127	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27675828--27675854	6	4.5	6	100	0	54	18	14	14	51	1.76
27687551--27687717	52	3.2	52	77	7	185	35	26	11	25	1.91
27694922--27695088	52	3.2	52	77	10	178	32	26	14	25	1.95
27712392--27712458	31	2.2	31	83	5	82	56	1	4	37	1.29
27716281--27716348	22	3.0	23	69	16	61	42	2	19	35	1.66
27723740--27723772	16	2.0	17	88	5	50	33	3	24	39	1.71
27726994--27727102	26	4.2	26	83	4	139	32	5	24	37	1.79
27726994--27727092	52	1.9	52	91	0	162	33	5	25	36	1.78
27729759--27729811	27	1.9	27	85	11	72	66	3	11	18	1.38
27734054--27734161	26	4.2	26	92	0	180	34	7	22	36	1.82
27750553--27750631	37	2.2	37	82	11	92	46	0	10	43	1.37
27751270--27751324	9	6.1	9	95	0	101	30	10	12	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27754835--27755289	47	9.6	47	93	2	750	29	29	8	32	1.87
27754835--27755289	96	4.8	96	94	2	776	29	29	8	32	1.87
27754835--27755289	189	2.4	190	93	1	786	29	29	8	32	1.87
27772978--27773042	21	3.3	21	64	24	59	16	21	33	27	1.95
27772980--27773054	38	2.0	38	97	0	141	18	22	32	26	1.97
27772987--27773067	38	2.1	38	84	4	101	22	24	29	23	1.99
27779239--27779505	47	5.7	46	72	12	170	28	19	27	23	1.98
27789826--27789867	16	2.5	17	76	3	50	26	9	35	28	1.88
27792250--27792310	31	2.0	31	96	0	113	34	11	3	50	1.55
27796559--27796752	55	3.6	54	80	2	219	23	24	17	35	1.95
27796559--27796762	54	3.8	54	77	4	196	23	24	16	36	1.94
27796734--27796855	47	2.6	47	92	0	199	25	23	13	36	1.92
27797604--27797660	29	1.9	29	89	3	87	35	21	5	38	1.76
27803111--27803142	16	2.0	16	100	0	64	37	25	0	37	1.56
27803159--27803342	54	3.4	54	79	5	201	24	24	16	34	1.95
27803321--27803442	47	2.6	46	93	5	208	25	24	13	36	1.91
27803323--27803576	142	1.8	140	81	6	316	22	24	17	35	1.95
27812471--27812686	47	4.7	45	79	11	217	22	30	20	26	1.99
27812419--27812686	94	2.9	92	79	10	303	22	29	20	28	1.98
27815926--27816036	45	2.5	45	80	5	136	44	18	15	22	1.87
27817253--27817307	25	2.2	24	81	9	65	50	0	0	49	1.00
27817286--27817319	16	2.1	17	94	5	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27817528--27817552	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
27817563--27817600	20	1.9	20	89	10	60	55	5	0	39	1.23
27818699--27818724	9	2.9	9	100	0	52	46	0	34	19	1.50
27820286--27820420	43	3.2	43	84	2	173	30	25	15	28	1.96
27820302--27820421	42	2.9	42	86	2	152	30	26	16	26	1.97
27826740--27826827	24	3.6	25	71	10	76	54	5	23	15	1.63
27830006--27830065	24	2.5	25	75	8	70	25	40	6	28	1.80
27832872--27832993	43	2.9	42	77	7	147	30	25	13	30	1.94
27833809--27833861	11	4.8	11	80	13	56	16	1	3	77	1.01
27842725--27842809	43	2.0	43	95	0	152	32	34	22	10	1.88
27843431--27843639	46	4.6	47	85	3	266	20	24	13	41	1.88
27843431--27843640	92	2.3	91	86	0	303	20	24	13	41	1.88
27845358--27845390	11	3.1	11	82	8	50	9	30	0	60	1.27
27845809--27845845	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
27846361--27846484	38	3.2	38	83	2	122	29	25	21	23	1.99
27858205--27858429	40	5.6	40	85	8	287	23	23	28	25	2.00
27858205--27858429	83	2.8	80	86	7	303	23	23	28	25	2.00
27863002--27863174	43	4.0	43	73	11	156	23	18	27	30	1.97
27869750--27869816	31	2.2	31	100	0	134	41	5	28	23	1.78
27870575--27870693	42	2.8	43	76	10	127	27	18	23	30	1.98
27870913--27870960	25	1.9	25	83	8	62	25	4	27	43	1.72
27875400--27875455	27	2.1	27	82	0	67	46	0	28	25	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27875844--27875887	21	2.2	20	84	12	54	25	0	25	50	1.50
27877687--27877732	21	2.3	20	85	7	58	63	2	8	26	1.35
27878184--27878215	4	7.8	4	96	3	55	21	0	0	78	0.76
27878184--27878258	17	4.5	17	69	21	59	17	4	4	74	1.12
27878200--27878280	21	3.8	21	74	8	74	17	6	6	70	1.29
27886839--27886950	46	2.4	46	86	2	154	28	22	15	33	1.94
27891150--27891269	46	2.6	47	85	2	152	26	22	15	35	1.93
27895456--27895577	50	2.5	49	82	5	142	27	22	14	35	1.93
27897003--27897053	24	2.1	24	96	0	93	31	13	17	37	1.89
27899827--27899948	50	2.6	46	81	5	127	28	21	14	35	1.93
27921695--27921732	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
27924598--27924664	35	1.9	34	87	3	98	38	7	10	43	1.67
27927231--27927458	113	2.0	113	93	0	393	35	21	10	32	1.88
27930627--27930734	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
27930621--27930744	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
27935561--27935668	15	7.2	15	69	15	80	42	7	22	27	1.80
27935554--27935668	30	3.8	30	94	0	185	43	6	22	26	1.78
27943526--27943561	5	7.0	5	87	6	54	77	0	5	16	0.94
27943617--27943675	31	1.9	31	92	0	100	50	6	16	25	1.70
27954618--27955044	131	3.3	130	82	5	485	26	17	19	36	1.94
27960407--27960435	14	2.0	15	93	6	51	62	6	0	31	1.22
27961297--27961328	12	2.7	12	95	0	55	46	0	9	43	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27961598--27961667	30	2.3	30	82	0	95	24	20	27	28	1.99
27975061--27975088	14	2.0	14	100	0	56	42	35	0	21	1.53
27977557--27977596	13	3.1	13	85	0	53	20	30	32	17	1.95
27978586--27978673	28	3.2	28	80	3	99	37	20	23	18	1.94
27979900--27979956	18	3.2	18	72	16	55	64	0	26	8	1.22
27995004--27995097	47	2.0	47	89	4	145	41	32	14	10	1.81
28003927--28004101	49	3.5	49	85	3	260	28	25	20	25	1.99
28003923--28004106	100	1.8	100	95	0	332	28	26	20	25	1.99
28009953--28010197	49	4.9	49	78	4	240	29	25	18	26	1.98
28023036--28023236	40	5.0	40	91	1	296	23	23	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345