genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84977283--84977370	14	5.6	16	73	13	67	75	1	5	18	1.07
84985468--84985621	29	5.3	29	88	0	202	31	30	12	25	1.92
84990409--84990577	43	4.0	42	77	12	166	23	16	26	34	1.95
84993454--84993613	39	4.1	39	84	0	221	21	21	31	25	1.98
84995856--84995956	28	3.6	28	78	5	114	15	18	35	29	1.93
84995854--84995984	57	2.2	58	88	6	185	16	16	35	30	1.92
84996737--84996773	14	2.6	14	100	0	74	37	5	21	35	1.77
85009789--85009909	39	3.1	39	96	0	215	19	23	31	25	1.98
85018546--85018732	49	3.8	48	80	7	223	28	25	19	27	1.99
85018551--85018735	99	1.9	99	94	0	325	28	25	20	26	1.99
85039474--85039692	40	5.5	40	86	4	293	24	21	28	26	1.99
85039485--85039692	79	2.6	80	88	5	307	24	20	28	26	1.99
85047618--85047836	40	5.5	40	83	4	275	24	20	28	26	1.99
85047629--85047836	79	2.6	80	86	5	280	25	20	28	25	1.99
85051891--85051930	21	2.0	20	90	5	62	57	2	10	30	1.45
85054019--85054046	10	2.8	10	100	0	56	17	17	21	42	1.89
85056510--85056559	20	2.5	20	83	3	55	48	2	14	36	1.55
85059205--85059312	28	3.9	28	90	2	155	31	29	13	25	1.94
85059300--85059395	40	2.4	40	91	0	147	32	25	18	23	1.97
85059300--85059406	40	2.7	40	88	0	124	34	25	17	22	1.96
85067087--85067255	43	4.0	43	75	6	155	28	14	25	31	1.95
85068490--85068530	20	2.0	22	85	9	59	21	36	17	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85068951--85069003	27	2.0	27	84	0	70	39	13	13	33	1.83
85068961--85069202	27	8.9	27	73	7	96	32	9	18	39	1.83
85069206--85069300	27	3.5	27	89	0	145	42	7	22	28	1.80
85069206--85069322	27	4.3	27	87	0	144	40	9	23	27	1.85
85071519--85071633	31	3.7	31	90	1	178	29	26	16	27	1.97
85071655--85071790	42	3.2	42	92	0	236	32	19	16	31	1.94
85071924--85071978	25	2.2	25	84	9	69	27	27	21	23	1.99
85071941--85072005	25	2.6	24	80	7	76	26	26	27	20	1.99
85072934--85073041	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
85072931--85073067	56	2.5	54	81	5	150	31	8	18	40	1.82
85072983--85073147	27	6.1	27	79	6	140	29	8	21	40	1.82
85072914--85073147	54	4.3	53	75	6	173	30	9	20	39	1.84
85072997--85073175	54	3.3	53	72	10	125	27	9	21	41	1.83
85073179--85073322	27	5.3	27	82	6	148	38	8	24	28	1.84
85073164--85073336	81	2.2	80	75	5	179	36	9	21	32	1.85
85076519--85076856	79	4.3	80	90	2	488	26	28	20	24	1.99
85076545--85076852	119	2.6	118	88	2	447	26	29	20	23	1.99
85076519--85076856	40	8.5	40	87	3	470	26	28	20	24	1.99
85087047--85087106	30	2.0	30	96	0	111	35	26	25	13	1.93
85097301--85097485	79	2.3	80	87	3	275	25	28	21	24	1.99
85097301--85097486	40	4.7	40	87	2	268	25	27	21	24	1.99
85100463--85100511	13	3.8	13	78	5	55	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85103410--85103565	46	3.3	47	83	5	181	31	17	28	22	1.97
85117569--85117634	33	2.0	33	100	0	132	21	24	9	45	1.80
85124886--85124930	20	2.3	19	81	11	54	46	2	13	37	1.55
85126981--85127035	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
85127176--85127238	25	2.5	26	82	7	85	55	3	4	36	1.37
85127253--85127309	22	2.7	22	86	5	73	61	3	3	31	1.30
85127282--85127317	18	2.1	18	89	5	56	72	2	0	25	0.98
85127588--85127626	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
85127784--85127882	30	3.3	30	95	0	180	17	6	50	26	1.69
85127819--85127872	18	3.3	18	66	28	57	18	7	50	24	1.72
85128563--85129109	91	6.0	91	78	9	448	37	17	17	27	1.92
85128912--85128944	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
85128754--85129690	148	5.9	167	82	10	609	34	19	16	29	1.94
85129021--85129624	73	8.2	75	86	5	786	33	20	16	29	1.94
85129015--85129604	222	2.7	220	93	2	963	32	20	16	30	1.95
85129021--85129624	147	4.1	147	90	3	819	33	20	16	29	1.94
85129629--85129975	99	3.6	98	81	11	402	37	19	17	24	1.94
85129790--85129824	13	2.6	14	81	9	54	62	5	14	17	1.49
85129806--85129977	90	2.0	89	85	7	239	37	20	18	24	1.94
85186820--85186997	27	6.6	27	84	4	180	30	28	12	28	1.93
85186820--85186997	54	3.3	54	84	7	209	30	28	12	28	1.93
85190445--85190561	46	2.5	47	84	2	146	26	23	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85194763--85194880	46	2.6	46	86	0	155	26	22	15	36	1.93
85202932--85203036	53	2.0	53	86	0	147	36	20	25	18	1.95
85208689--85208935	40	6.2	40	88	1	309	30	27	19	22	1.98
85208676--85208935	120	2.2	120	85	3	346	30	26	19	23	1.98
85228299--85228358	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
85230201--85230228	13	2.2	13	100	0	56	46	14	17	21	1.84
85230893--85230977	33	2.5	33	77	9	100	31	15	12	40	1.85
85239218--85239252	18	1.9	18	88	0	52	28	14	40	17	1.88
85240678--85241172	48	10.6	48	76	9	362	26	14	28	30	1.95
85240756--85241135	185	2.0	186	88	1	566	27	13	27	31	1.94
85241095--85241215	42	2.9	42	83	0	134	27	17	27	28	1.98
85245919--85245953	18	2.0	17	88	5	52	57	11	0	31	1.34
85247323--85247501	20	8.9	20	70	7	130	13	29	19	37	1.90
85247313--85247510	40	4.9	40	86	0	288	13	29	19	37	1.90
85255463--85255611	30	5.0	30	75	2	147	23	20	30	25	1.99
85255456--85255610	60	2.6	60	83	0	184	24	21	29	24	1.99
85255925--85255955	14	2.2	14	94	0	53	87	0	3	9	0.66
85258834--85258873	20	2.0	20	95	0	71	42	20	27	10	1.83
85261272--85261351	41	2.1	37	86	11	108	47	16	11	25	1.79
85267352--85267444	48	1.9	48	82	0	114	30	19	20	30	1.97
85274168--85274288	46	2.6	46	81	14	142	28	30	20	19	1.97
85290351--85290380	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85291470--85291520	26	1.9	27	81	18	63	37	3	5	52	1.44
85293474--85293691	88	2.5	88	83	8	273	42	19	7	30	1.79
85293779--85293817	20	2.0	20	85	5	53	64	5	5	25	1.35
85294245--85294437	89	2.2	90	84	5	241	34	8	20	36	1.84
85294960--85294998	15	2.7	14	76	7	51	58	2	0	38	1.12
85305814--85305903	43	2.1	43	91	4	146	51	14	5	28	1.65
85305925--85305964	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
85310547--85310639	43	2.2	44	90	3	145	50	13	7	27	1.69
85310661--85310700	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
85314000--85314048	24	2.0	24	96	0	89	26	4	14	55	1.57
85321591--85321638	23	2.1	23	100	0	96	29	22	20	27	1.99
85330081--85330256	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
85330078--85330249	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
85333832--85333900	6	11.7	6	73	11	54	18	2	2	75	1.06
85341818--85341892	30	2.5	30	88	0	105	32	30	25	12	1.92
85342170--85342250	5	16.4	5	76	19	73	22	1	0	76	0.86
85342170--85342225	23	2.5	23	88	8	80	21	0	0	78	0.75
85342292--85342336	12	3.8	12	84	0	54	28	6	0	64	1.19
85345489--85345526	20	1.9	20	89	10	60	18	21	2	57	1.52
85351202--85351249	25	1.9	25	87	8	71	29	0	6	64	1.18
85351193--85351249	25	2.3	23	80	11	60	36	0	5	57	1.21
85356975--85357175	40	5.1	40	81	7	223	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85356971--85357190	79	2.8	79	80	8	243	27	20	26	25	1.99
85360118--85360150	12	2.8	12	95	0	57	63	0	12	24	1.28
85361015--85361074	10	6.0	10	84	11	70	66	1	8	23	1.28
85365451--85365522	31	2.2	34	78	16	89	38	1	0	59	1.06
85365486--85365524	21	2.0	19	85	14	53	33	0	0	66	0.92
85379798--85379891	44	2.1	44	84	4	116	36	24	5	34	1.78
85379873--85379944	16	4.5	16	89	5	110	29	27	6	36	1.83
85384461--85384622	48	3.6	42	69	21	105	26	18	27	27	1.98
85384404--85384657	90	2.8	91	82	1	276	28	17	25	28	1.98
85384484--85384656	48	3.7	47	72	16	142	26	18	26	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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