genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  105  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34732960--34732999	7	5.9	7	82	5	55	12	17	30	40	1.86
34736594--34736722	35	3.4	37	73	13	120	41	12	10	35	1.76
34736684--34736798	17	6.6	17	76	15	110	46	11	13	28	1.77
34736683--34736798	35	3.3	35	77	10	130	46	11	12	29	1.77
34736683--34736844	17	9.5	17	71	18	88	46	10	12	30	1.75
34736793--34736844	20	2.8	18	81	16	61	51	9	9	28	1.66
34737017--34737063	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
34737422--34737505	7	11.9	7	80	7	98	0	19	0	80	0.70
34737595--34737638	23	1.9	23	81	9	54	0	13	13	72	1.12
34737630--34737701	16	4.4	16	75	16	67	1	5	19	73	1.10
34737595--34737701	32	3.3	31	83	12	117	0	8	18	71	1.16
34737594--34737687	35	2.8	34	84	9	111	1	10	18	70	1.22
34738195--34738293	29	3.4	28	75	15	94	45	2	22	30	1.63
34738210--34738309	29	3.4	30	83	4	132	44	4	22	30	1.71
34738305--34738336	13	2.5	13	94	0	55	25	0	3	71	1.00
34738575--34738781	101	2.0	105	85	10	284	37	16	17	28	1.91
34738575--34738790	51	4.1	53	83	13	252	37	15	18	28	1.91
34738863--34738900	14	2.6	15	91	8	69	68	10	5	15	1.36
34738863--34738903	13	2.9	14	92	7	66	68	9	7	14	1.39
34739104--34742223	189	16.2	192	81	15	3344	34	20	14	30	1.92
34739540--34739724	71	2.6	71	78	10	173	34	21	15	29	1.94
34741255--34742212	192	5.0	188	77	18	550	33	20	14	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34754018--34754153	35	3.9	35	79	6	150	47	11	12	28	1.77
34754018--34754168	17	8.5	17	76	12	117	47	10	12	29	1.75
34754341--34754387	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
34754747--34754834	8	11.0	8	76	13	92	0	19	0	80	0.71
34754743--34754834	23	4.1	23	81	10	93	0	19	0	80	0.71
34754755--34754834	38	2.2	37	84	13	103	0	20	0	80	0.72
34754743--34754823	34	2.4	34	80	13	105	0	18	0	81	0.69
34754743--34754832	15	6.1	15	82	6	103	0	18	0	81	0.70
34754961--34755034	31	2.3	32	84	11	89	1	6	20	71	1.16
34755158--34755182	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
34755536--34755652	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
34755551--34755652	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
34755648--34755682	14	2.4	15	90	4	54	28	0	2	68	1.04
34757200--34757311	48	2.3	48	93	0	188	24	18	28	28	1.98
34757238--34757338	48	2.2	44	83	10	116	26	18	26	27	1.98
34759025--34759056	14	2.3	14	94	0	55	56	6	12	25	1.59
34759636--34759669	15	2.3	15	95	5	61	67	0	5	26	1.13
34759999--34760025	14	1.9	14	100	0	54	18	22	37	22	1.95
34766629--34766675	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
34785113--34785422	47	6.6	47	75	13	192	22	29	21	26	1.99
34785113--34785471	94	3.8	92	77	7	296	22	29	21	27	1.99
34790928--34790971	16	2.8	16	76	13	54	34	6	0	59	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34800143--34800180	20	1.9	19	89	5	58	0	60	0	39	0.97
34801871--34801924	26	2.1	25	83	10	65	20	12	1	64	1.36
34809777--34810029	68	3.9	64	77	10	174	29	16	29	24	1.97
34809846--34810029	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
34813894--34814256	46	7.7	49	74	10	186	23	28	20	27	1.99
34814045--34814259	46	4.6	47	78	6	204	24	26	19	29	1.98
34814045--34814259	94	2.3	94	83	4	265	24	26	19	29	1.98
34819105--34819420	53	5.9	54	81	5	352	23	24	16	35	1.95
34819118--34819412	108	2.7	109	93	1	486	22	24	17	35	1.95
34819399--34819520	47	2.6	47	94	0	217	26	25	13	35	1.92
34824083--34824138	21	2.7	21	83	2	78	19	17	37	25	1.94
34829086--34829159	31	2.4	31	86	0	94	31	37	20	10	1.87
34834507--34834655	46	3.2	46	82	7	142	22	31	20	26	1.98
34842629--34842677	25	1.9	26	87	4	73	16	14	10	59	1.61
34842719--34842805	43	2.0	43	100	0	174	26	13	20	39	1.90
34856507--34856634	58	2.2	58	97	0	238	20	21	29	28	1.98
34856560--34856592	16	2.1	16	94	0	57	15	27	30	27	1.96
34865922--34866009	35	2.5	35	78	10	99	26	4	22	46	1.71
34870972--34871025	27	2.0	27	85	0	72	40	9	12	37	1.76
34871274--34871503	49	4.6	50	82	2	257	27	18	24	29	1.98
34871274--34871516	100	2.4	100	82	3	276	27	18	24	28	1.98
34872507--34872668	78	2.0	79	94	3	281	32	7	21	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34877301--34877484	50	3.7	50	76	5	185	28	17	24	29	1.97
34883388--34883441	26	2.1	26	100	0	108	35	0	27	37	1.57
34888593--34888630	18	2.1	19	85	9	53	44	7	7	39	1.63
34890427--34890460	17	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
34893270--34893322	27	2.0	27	100	0	106	33	15	15	35	1.88
34893684--34893732	17	2.9	17	73	11	55	42	8	2	46	1.45
34895318--34895350	16	2.0	17	88	5	50	12	3	18	66	1.36
34900601--34900664	20	3.1	20	82	8	83	12	26	18	42	1.86
34900601--34900661	22	2.9	21	85	4	79	11	27	19	40	1.86
34901367--34901511	74	2.0	74	100	0	290	25	17	15	41	1.89
34903021--34903077	30	1.9	30	86	13	82	21	31	28	19	1.97
34909352--34909403	24	2.2	23	80	12	61	15	11	0	73	1.11
34914419--34914443	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
34915129--34915285	43	3.7	42	77	7	156	30	23	18	27	1.98
34918402--34918462	17	3.5	17	71	10	52	16	21	27	34	1.95
34918397--34918524	18	7.2	18	66	8	73	17	19	27	35	1.94
34920101--34920149	24	1.9	27	88	12	77	38	4	8	48	1.52
34930538--34930620	43	1.9	44	90	2	132	21	22	1	54	1.52
34947614--34947757	71	2.0	71	100	0	288	31	15	6	45	1.73
34948288--34948312	13	1.9	13	100	0	50	16	32	32	20	1.94
34955593--34955637	22	2.0	22	100	0	90	31	13	13	42	1.82
34957657--34957781	45	2.7	46	81	13	159	23	31	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34962401--34962428	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
34963271--34963403	54	2.5	54	91	0	203	30	21	20	27	1.98
34966298--34966580	137	2.1	135	86	4	370	45	4	8	41	1.54
34966595--34966768	75	2.3	75	94	2	296	31	14	9	44	1.77
34989101--34989185	42	2.0	42	100	0	170	30	11	2	55	1.49
34990005--34990175	46	3.7	45	77	14	186	21	19	29	29	1.98
34989998--34990168	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
35001848--35002017	90	1.9	90	83	2	225	30	17	23	28	1.97
35004765--35004892	27	4.7	27	88	5	161	29	7	22	39	1.82
35006443--35006545	27	3.8	27	86	0	134	29	21	8	40	1.83
35006470--35006854	27	14.2	27	75	10	158	38	20	8	32	1.83
35006430--35006571	54	2.6	54	82	0	176	33	19	9	37	1.84
35006524--35006883	54	6.6	54	75	6	253	39	20	9	30	1.84
35006538--35006772	81	2.9	81	85	1	285	41	21	7	29	1.81
35006533--35006796	81	3.3	80	82	4	282	41	20	7	29	1.81
35006524--35006883	27	13.3	27	75	5	190	39	20	9	30	1.84
35006914--35007005	27	3.4	27	89	3	123	34	19	26	19	1.96
35007808--35007957	26	5.8	26	90	0	239	28	23	22	26	1.99
35008102--35008193	42	2.2	42	90	0	139	29	13	21	35	1.91
35008227--35008295	31	2.2	31	92	0	111	31	15	23	28	1.95
35011994--35012215	46	4.7	46	80	7	214	26	19	31	22	1.97
35012044--35012264	47	4.7	47	79	10	179	27	18	31	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35011999--35012256	140	1.8	140	84	3	349	27	18	31	23	1.97
35014635--35014853	40	5.6	40	91	3	340	27	26	22	23	1.99
35023255--35023476	40	5.6	40	93	1	367	27	26	22	22	2.00
35028152--35028189	20	1.9	20	88	0	58	76	5	0	18	0.97
35041136--35041341	53	3.8	53	76	6	200	37	16	24	21	1.94
35046950--35047141	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
35046921--35047140	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
35054267--35054458	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
35054238--35054457	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
35066565--35066679	43	2.7	40	80	10	115	26	20	25	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345