genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102327357--102327390	7	4.9	7	96	0	59	41	14	2	41	1.61
102333441--102333496	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
102333430--102333496	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
102333546--102333783	24	10.0	24	88	3	329	29	23	21	25	1.99
102333546--102333783	71	3.3	71	91	2	361	29	23	21	25	1.99
102333546--102333783	47	5.0	48	88	3	329	29	23	21	25	1.99
102333977--102334040	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
102334027--102334054	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
102341496--102341543	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
102341586--102341641	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
102341583--102341641	20	3.0	20	97	0	109	33	11	20	33	1.89
102341707--102341897	23	8.6	23	80	14	231	29	20	20	28	1.98
102341756--102341790	17	2.0	17	88	5	52	31	14	22	31	1.94
102341709--102341904	64	3.0	65	87	8	274	30	19	21	28	1.98
102341695--102341904	45	4.8	43	82	12	225	30	19	21	28	1.97
102344207--102344276	30	2.5	30	81	11	85	34	8	4	52	1.51
102349625--102349669	21	2.1	21	87	0	63	40	22	22	15	1.91
102357408--102357706	90	3.3	89	71	10	268	27	22	23	27	1.99
102357452--102357571	44	2.7	44	93	0	204	25	22	25	26	2.00
102357363--102357706	179	1.9	179	86	3	496	27	22	23	26	2.00
102357355--102357753	44	8.9	45	70	12	123	27	22	23	26	2.00
102357543--102357886	135	2.5	135	84	1	422	29	20	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102366180--102366218	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
102378707--102378847	40	3.5	40	96	0	246	21	18	29	30	1.97
102378707--102378865	80	2.0	80	86	0	219	23	18	27	29	1.98
102385572--102385630	31	1.9	31	92	0	100	22	22	18	37	1.94
102385836--102385987	24	6.4	24	90	3	218	27	20	21	30	1.98
102386037--102386103	20	3.3	20	85	8	100	32	19	13	34	1.91
102388611--102388677	32	2.1	32	100	0	134	38	5	16	38	1.73
102389725--102389773	25	1.9	26	83	4	64	38	14	2	44	1.56
102391411--102391451	17	2.5	17	80	7	50	9	14	4	70	1.30
102395733--102395769	17	2.1	18	90	5	58	37	29	0	32	1.58
102397423--102397532	44	2.5	44	84	0	139	42	20	13	23	1.87
102397430--102397544	44	2.6	43	83	0	113	43	18	13	25	1.85
102398017--102398041	13	1.9	13	100	0	50	32	28	0	40	1.57
102402303--102402338	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
102402290--102402330	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
102402436--102402501	23	2.8	23	97	2	123	46	39	4	9	1.56
102402975--102403021	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
102403864--102403902	19	2.1	19	95	0	69	33	5	10	51	1.58
102403867--102403910	19	2.4	19	78	17	56	34	6	9	50	1.61
102420019--102420078	29	2.1	29	100	0	120	45	13	13	28	1.81
102430623--102430760	40	3.6	40	68	15	110	33	19	21	26	1.97
102430630--102430795	75	2.2	75	85	2	235	33	19	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102430672--102430853	35	5.1	35	73	10	111	32	20	21	25	1.98
102430740--102430853	34	3.3	33	78	11	122	30	22	21	24	1.99
102431813--102431843	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
102433309--102433391	25	3.3	25	82	0	94	24	31	18	26	1.97
102438167--102438236	37	1.9	36	82	8	88	44	2	1	51	1.25
102440112--102440139	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
102447737--102447762	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
102450100--102450158	29	2.0	29	100	0	118	18	27	16	37	1.93
102451408--102451467	29	2.1	29	84	6	77	16	8	13	61	1.55
102456062--102456161	39	2.6	38	85	1	128	50	8	4	38	1.51
102457639--102457698	30	2.0	30	96	0	111	38	11	26	23	1.89
102462745--102462812	33	2.1	33	94	0	118	32	17	11	38	1.86
102466009--102466057	26	2.0	24	84	11	64	63	2	2	32	1.17
102469060--102469113	27	2.0	27	88	0	81	37	14	5	42	1.69
102473977--102474094	40	3.0	40	92	0	191	44	30	14	10	1.78
102476006--102476094	33	2.7	33	82	0	106	19	22	11	47	1.81
102476244--102476279	7	5.1	7	93	0	54	25	33	2	38	1.70
102477220--102477287	35	1.9	35	93	0	118	26	17	17	38	1.92
102481109--102481227	64	1.9	63	81	13	147	42	0	8	49	1.33
102485750--102485872	35	3.5	35	83	3	131	17	8	32	40	1.81
102492247--102492376	68	1.9	67	81	6	156	31	17	30	20	1.95
102494593--102494762	46	3.7	46	79	6	157	22	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102494553--102494762	93	2.2	92	80	5	226	23	27	18	30	1.98
102494409--102494762	49	7.5	45	70	14	191	24	28	19	27	1.98
102494544--102494774	94	2.5	93	77	6	234	24	28	18	29	1.98
102495100--102495157	30	1.9	30	96	0	107	31	25	10	32	1.89
102505989--102506036	5	9.0	5	82	13	60	75	2	2	20	1.02
102505982--102506042	16	4.0	15	78	15	63	75	1	3	19	1.03
102505990--102506037	11	4.4	11	82	7	62	77	2	2	18	0.97
102509752--102509796	22	2.0	23	86	8	65	68	2	6	22	1.24
102510870--102510927	30	1.9	30	85	0	80	17	29	31	22	1.96
102516306--102516338	14	2.4	14	90	5	50	27	0	0	72	0.85
102516326--102516369	19	2.3	19	100	0	88	31	9	0	59	1.29
102532916--102533171	42	6.0	43	87	2	354	32	20	25	22	1.98
102533997--102534025	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
102534173--102534207	17	2.0	18	88	5	54	42	2	11	42	1.55
102534178--102534215	17	2.3	17	86	4	51	50	0	10	39	1.37
102539190--102539379	9	20.6	9	72	11	107	37	1	13	47	1.52
102539190--102539352	71	2.3	69	84	4	202	38	1	12	47	1.50
102539226--102539410	96	2.0	90	86	9	259	38	2	11	47	1.53
102539166--102539379	114	1.9	114	84	5	290	38	1	13	47	1.51
102539483--102539538	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
102539748--102540419	272	2.5	274	97	1	1271	37	13	13	35	1.84
102540682--102540710	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102540911--102541279	183	2.0	183	95	1	659	42	15	15	26	1.86
102541350--102541379	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
102546055--102546161	40	2.6	40	82	4	117	26	23	20	29	1.99
102546226--102546323	41	2.4	40	83	5	126	23	22	24	29	1.99
102546027--102546437	155	2.6	153	81	6	457	23	26	20	29	1.99
102549467--102549778	47	6.6	49	90	4	464	29	28	8	33	1.86
102549467--102549778	96	3.3	96	90	3	479	29	28	8	33	1.86
102553318--102553610	142	2.1	142	92	0	487	39	17	12	30	1.86
102554776--102554922	72	2.0	72	100	0	294	42	13	17	25	1.86
102557071--102557100	14	2.1	15	93	6	53	20	6	30	43	1.77
102558707--102558762	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
102558694--102558783	35	2.5	37	89	10	143	37	11	15	35	1.83
102558686--102558776	19	4.9	19	90	8	152	37	10	14	37	1.81
102558686--102558799	19	5.8	22	86	10	87	36	9	14	38	1.80
102559068--102559101	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
102569249--102569543	78	3.8	78	90	1	439	32	18	23	25	1.97
102569483--102569711	45	5.1	45	74	10	189	31	15	26	26	1.95
102570060--102570114	18	2.9	19	94	5	103	36	10	16	36	1.84
102570060--102570137	18	3.8	22	86	10	80	35	8	16	38	1.80
102570406--102570439	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
102571745--102571780	18	2.0	18	89	10	56	69	0	0	30	0.89
102572033--102572106	22	3.6	21	77	13	64	41	16	6	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102572069--102572159	19	4.9	19	85	8	125	36	14	9	39	1.79
102572071--102572142	35	2.0	37	89	8	112	38	11	11	38	1.76
102572734--102572830	21	4.7	21	80	2	81	16	20	15	47	1.83
102572714--102572811	42	2.3	42	83	0	124	18	20	14	46	1.83
102575114--102575172	31	1.9	30	89	3	91	30	18	18	32	1.95
102576316--102576374	30	2.0	30	90	6	93	55	18	10	15	1.67
102578739--102578780	20	2.2	19	86	4	57	2	45	0	52	1.13
102580045--102580090	20	2.3	20	81	3	58	28	19	26	26	1.99
102585696--102585721	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
102587796--102587850	3	18.0	3	90	3	83	61	1	0	36	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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