genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78483749--78483775	4	6.8	4	100	0	54	48	25	0	25	1.52
78486656--78486685	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
78490099--78490149	15	3.4	15	88	0	75	15	17	11	54	1.70
78490099--78490157	30	2.0	30	86	0	82	15	16	11	55	1.68
78492843--78492981	50	2.7	50	82	2	152	23	14	26	35	1.93
78492889--78493034	50	2.9	50	81	1	157	24	19	26	29	1.99
78492892--78493050	51	3.1	51	79	0	185	25	20	25	28	1.99
78497735--78498205	42	11.3	42	85	2	599	21	15	23	39	1.92
78497735--78498205	125	3.8	126	85	3	630	21	15	23	39	1.92
78497735--78498205	167	2.8	167	83	6	585	21	15	23	39	1.92
78501233--78501299	29	2.3	28	85	7	98	31	0	20	47	1.51
78501831--78501882	27	1.9	27	88	7	79	36	0	25	38	1.56
78501831--78501899	27	2.8	24	80	12	68	36	0	23	40	1.55
78505014--78505156	60	2.3	62	79	12	154	28	25	19	25	1.99
78509067--78509186	60	2.0	62	86	6	174	30	25	17	26	1.97
78509067--78509218	60	2.5	59	77	13	150	28	24	18	28	1.98
78513113--78513184	22	3.2	22	74	14	67	48	0	12	38	1.41
78514191--78514246	27	2.2	26	81	9	69	37	10	12	39	1.78
78514197--78514258	27	2.3	27	91	0	97	33	11	11	43	1.76
78515533--78515591	29	2.0	29	96	0	109	40	33	3	22	1.70
78515880--78515913	17	2.0	17	100	0	68	35	17	5	41	1.74
78519741--78519817	28	2.8	28	85	0	100	29	15	29	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78526252--78526356	28	3.8	28	81	6	115	28	17	28	25	1.97
78526253--78526368	28	4.1	29	77	10	100	28	15	30	25	1.96
78526253--78526368	56	2.1	56	82	6	137	28	15	30	25	1.96
78538137--78538192	29	1.9	29	96	0	103	25	23	17	33	1.96
78539639--78539671	17	2.0	17	88	5	50	36	18	0	45	1.49
78539957--78540230	46	6.0	46	92	0	377	22	24	14	38	1.91
78544232--78544265	18	1.9	18	88	5	52	29	0	14	55	1.40
78547947--78547988	22	2.0	22	86	13	61	69	0	7	23	1.13
78547921--78547988	26	2.6	28	84	13	83	66	0	7	26	1.18
78548943--78549067	40	3.2	39	75	7	128	27	16	24	32	1.96
78551090--78551263	46	3.8	45	76	7	152	29	18	27	24	1.98
78558688--78558991	46	6.4	46	74	10	197	27	20	28	22	1.99
78561324--78561538	6	35.8	6	92	0	349	13	32	35	17	1.90
78561528--78561593	12	5.5	12	71	12	55	10	28	30	30	1.90
78561527--78561568	18	2.3	19	84	12	61	14	28	26	30	1.95
78562235--78562262	14	2.0	14	100	0	56	35	0	21	42	1.53
78562237--78562270	14	2.4	14	90	0	50	41	2	17	38	1.65
78564482--78564579	32	3.1	32	81	8	119	19	24	33	22	1.97
78564476--78564565	31	2.9	31	86	5	119	22	25	32	20	1.98
78570692--78570869	27	6.6	27	83	3	196	28	15	28	28	1.96
78577055--78577230	27	6.6	27	79	8	180	29	16	27	26	1.97
78577055--78577230	53	3.3	52	80	10	185	29	16	27	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78580528--78580738	40	5.3	39	79	7	228	24	20	27	27	1.99
78580531--78580747	80	2.7	79	87	3	301	24	20	27	27	1.99
78588555--78588765	40	5.3	40	79	3	239	24	20	27	27	1.99
78588559--78588774	80	2.7	79	87	4	301	24	20	27	26	1.99
78591187--78591430	50	4.9	50	90	1	346	28	18	29	23	1.97
78595340--78595447	26	4.2	26	92	0	180	36	25	7	31	1.83
78621709--78621861	23	6.7	23	92	0	245	34	20	22	22	1.97
78624444--78624495	26	2.0	26	96	0	95	40	19	9	30	1.83
78631840--78631864	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
78637825--78637928	35	3.0	35	79	0	118	25	8	22	43	1.81
78641316--78641406	46	2.0	46	86	0	128	26	31	8	32	1.87
78641380--78641523	47	3.1	46	92	2	225	27	31	10	31	1.90
78652617--78652660	22	2.0	22	95	0	79	25	9	15	50	1.74
78656203--78656421	46	4.8	44	71	11	145	27	19	29	22	1.98
78659714--78659865	38	4.0	39	79	5	150	30	29	24	15	1.95
78661009--78661042	17	1.9	17	88	5	50	58	8	0	32	1.29
78677387--78677414	14	2.0	14	100	0	56	28	28	7	35	1.84
78686348--78686521	59	2.9	59	86	0	258	23	13	31	31	1.93
78691628--78691704	27	2.8	27	75	18	86	27	12	0	59	1.34
78691628--78691670	14	3.0	14	75	3	50	30	13	0	55	1.39
78694935--78695006	29	2.5	29	86	4	92	37	18	1	43	1.59
78702340--78702378	20	2.0	20	84	0	51	33	10	7	48	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78713490--78713521	7	4.9	7	85	14	50	25	0	0	75	0.81
78713475--78713525	12	4.2	12	82	9	68	25	1	0	72	0.95
78713475--78713528	19	2.9	18	86	10	74	25	1	0	72	0.95
78717187--78717240	23	2.3	23	73	17	58	46	16	0	37	1.48
78720617--78720699	29	2.8	30	90	3	132	25	27	10	36	1.89
78720678--78720768	29	3.1	29	80	9	105	21	27	15	35	1.94
78722946--78722990	21	2.1	21	87	0	63	20	17	20	42	1.90
78733576--78733606	8	3.9	8	91	0	53	54	0	6	38	1.26
78733576--78733606	16	1.9	16	100	0	62	54	0	6	38	1.26
78741095--78741157	25	2.5	25	81	0	81	30	20	22	26	1.98
78770145--78770188	18	2.4	18	92	0	70	45	22	22	9	1.80
78777170--78777203	12	2.8	12	90	0	50	61	8	11	17	1.54
78787505--78787551	24	2.0	24	86	0	67	29	8	14	46	1.74
78793704--78793782	25	3.2	25	87	0	113	39	16	27	16	1.90
78801120--78801280	38	4.2	38	82	1	178	19	21	26	32	1.97
78809239--78809382	38	3.8	38	87	5	184	21	20	25	33	1.97
78809230--78809399	76	2.2	78	83	5	220	23	20	24	31	1.98
78812440--78812515	40	1.9	40	83	5	100	32	19	18	28	1.96
78816471--78816503	17	1.9	17	100	0	66	39	24	18	18	1.92
78822770--78822930	79	2.0	79	96	0	295	27	19	17	34	1.95
78825425--78825512	42	2.1	42	80	4	97	19	31	28	20	1.97
78827528--78827576	3	16.7	3	87	12	75	65	0	2	32	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78832721--78832844	41	3.0	40	79	11	144	35	12	25	26	1.92
78834966--78835005	21	1.9	20	85	10	53	50	7	2	40	1.44
78836811--78836860	25	2.0	24	92	3	82	44	10	12	34	1.75
78848409--78848755	47	7.4	47	93	1	570	31	8	30	28	1.87
78850791--78850906	29	4.0	29	82	7	121	30	28	13	27	1.94
78850782--78850893	58	1.9	58	81	3	136	29	28	14	27	1.95
78856495--78856730	64	3.7	64	82	7	280	29	15	30	25	1.96
78858968--78859082	29	4.0	29	83	6	137	27	28	15	27	1.96
78866124--78866156	16	2.1	16	100	0	66	57	18	12	12	1.64
78870999--78871205	53	3.8	54	80	1	227	19	24	17	38	1.93
78878989--78879103	31	3.7	31	91	5	189	28	27	16	26	1.97
78879127--78879260	42	3.2	42	98	0	259	32	20	15	31	1.94
78879416--78879477	25	2.5	26	86	5	83	25	25	22	25	2.00
78880286--78880350	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
78880401--78880690	27	10.7	27	75	8	185	32	8	17	40	1.81
78880492--78880697	81	2.5	81	89	3	299	32	8	19	39	1.83
78880468--78880697	27	8.5	27	81	4	232	31	8	19	40	1.81
78880539--78880718	27	6.7	27	82	6	150	30	11	20	38	1.87
78880531--78880726	54	3.6	53	81	5	205	30	10	18	39	1.85
78880730--78880927	27	7.3	27	83	3	220	39	8	23	28	1.83
78880730--78880927	54	3.7	54	87	2	247	39	8	23	28	1.83
78880730--78880924	81	2.4	80	89	3	284	40	8	22	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78886548--78886722	40	4.4	40	87	2	246	25	21	28	25	1.99
78889385--78889609	40	5.7	40	87	5	271	25	22	26	25	2.00
78890743--78891209	234	2.0	234	84	1	605	32	16	22	28	1.96
78892258--78892434	40	4.4	40	90	2	277	24	22	29	24	1.99
78897355--78897475	43	2.8	42	81	6	129	29	15	23	30	1.96
78913039--78913188	27	5.6	27	81	2	158	28	22	15	34	1.94
78913039--78913210	54	3.2	53	81	6	202	28	20	15	34	1.94
78913039--78913210	27	6.4	27	79	2	148	28	20	15	34	1.94
78915523--78915568	21	2.1	22	84	4	58	39	52	4	4	1.41
78915850--78915967	27	4.4	26	78	7	85	28	22	16	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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