Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  342  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113706116--113706156
19
2.2
19
86
4
57
21
2
4
70
1.18
113714329--113714366
15
2.4
16
86
4
51
31
0
2
65
1.06
113714864--113714906
22
2.0
22
86
9
61
41
0
6
51
1.29
113716501--113716688
94
2.0
93
88
5
281
27
12
20
39
1.88
113721581--113721671
33
2.8
33
91
0
155
18
9
41
29
1.83
113725048--113725079
16
2.1
16
94
5
57
28
18
25
28
1.98
113727986--113728035
23
2.2
23
82
7
57
24
0
14
62
1.32
113728608--113728638
13
2.4
13
94
0
53
38
0
0
61
0.96
113732680--113732810
35
3.6
35
77
9
136
30
10
25
33
1.90
113741037--113741441
46
8.8
46
87
1
515
21
23
14
41
1.89
113741037--113741433
139
2.9
138
87
3
546
21
22
14
41
1.89
113741037--113741441
185
2.2
185
91
0
641
21
23
14
41
1.89
113751284--113751316
14
2.4
14
90
5
50
15
0
12
72
1.12
113753470--113753506
15
2.5
15
91
8
58
37
27
16
18
1.92
113757639--113757757
57
2.0
59
80
4
134
41
16
21
20
1.90
113759450--113759480
16
1.9
16
93
0
53
35
3
19
41
1.67
113759974--113760008
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
113762068--113762138
31
2.3
31
80
0
88
45
9
9
35
1.71
113763838--113763905
16
4.2
16
92
0
109
29
0
35
35
1.58
113763886--113763980
45
2.1
44
88
1
136
34
5
27
32
1.79
113764118--113764172
25
2.2
25
84
9
69
52
1
0
45
1.11
113764303--113764463
47
3.6
46
69
18
140
48
3
3
45
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113773447--113773512
33
2.0
33
100
0
132
24
27
12
36
1.91
113777237--113777288
27
1.9
27
84
7
70
46
0
0
53
1.00
113777415--113777450
10
3.4
10
88
11
54
41
2
0
55
1.14
113780418--113780467
21
2.3
22
80
13
59
58
0
0
42
0.98
113780422--113780460
20
2.0
19
85
5
51
56
0
0
43
0.99
113780412--113780467
21
2.8
21
76
10
55
57
1
0
41
1.09
113793695--113793751
29
2.0
29
85
0
78
49
1
12
36
1.51
113794157--113794191
18
1.9
18
88
11
54
20
5
0
74
1.02
113797178--113797287
54
2.0
54
82
0
130
39
19
17
24
1.92
113799561--113799667
54
2.0
54
83
0
133
26
16
18
38
1.92
113799949--113799978
12
2.5
12
94
0
51
46
23
3
26
1.68
113801673--113801782
54
2.0
54
83
0
139
24
20
17
38
1.93
113802165--113802196
12
2.7
12
100
0
64
31
25
15
28
1.96
113802628--113802681
22
2.5
23
88
8
78
57
11
3
27
1.50
113805032--113805140
54
2.0
54
83
0
137
23
20
19
36
1.95
113806719--113806750
6
5.3
6
96
0
55
34
34
12
18
1.89
113829925--113829984
31
1.9
31
83
12
79
30
8
6
55
1.55
113829839--113830153
169
1.9
170
80
7
381
33
12
8
46
1.71
113837769--113837797
11
2.7
11
94
5
51
55
6
0
37
1.27
113837833--113838065
73
3.2
73
68
25
225
56
4
12
27
1.55
113837790--113838091
149
2.0
149
99
0
595
54
4
11
28
1.55
113838589--113838639
26
2.0
26
81
14
61
72
3
5
17
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113839932--113839966
16
2.3
15
90
5
52
82
0
17
0
0.66
113842268--113842297
4
7.8
4
92
7
53
76
0
0
23
0.78
113847125--113847162
18
1.9
19
85
15
51
21
2
7
68
1.28
113850679--113850709
10
3.1
10
95
0
53
51
0
6
41
1.27
113850793--113850879
3
29.3
3
75
15
83
62
2
4
31
1.28
113853914--113853950
19
1.9
19
100
0
74
29
5
10
54
1.57
113854719--113854778
31
1.9
31
86
0
84
26
8
16
48
1.75
113855730--113855757
3
9.3
3
100
0
56
32
0
32
35
1.58
113864671--113864715
19
2.2
20
81
18
58
44
0
4
51
1.21
113867588--113867613
13
2.0
13
100
0
52
46
0
7
46
1.31
113868987--113869026
16
2.5
17
84
11
50
55
35
5
5
1.44
113882612--113882723
44
2.5
44
86
2
136
30
22
21
25
1.99
113882656--113882988
174
1.9
170
83
4
427
30
18
22
28
1.97
113883421--113883460
16
2.5
17
84
11
50
55
35
5
5
1.44
113889800--113889839
19
2.1
19
100
0
80
52
0
10
37
1.35
113897597--113897738
51
2.7
51
86
4
187
35
7
16
40
1.75
113912008--113912053
22
2.1
22
100
0
92
36
19
26
17
1.94
113913024--113913048
9
2.8
9
100
0
50
8
0
8
84
0.79
113913501--113913562
23
2.7
22
79
16
72
56
4
6
32
1.46
113913780--113913835
3
18.7
3
85
7
78
67
3
0
28
1.07
113916114--113916143
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
113921798--113921849
22
2.4
22
96
0
95
57
1
3
36
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113922960--113923001
21
2.0
21
90
4
68
42
7
4
45
1.52
113924828--113924862
16
2.3
15
90
5
52
62
2
2
31
1.24
113925014--113925092
25
3.2
24
77
13
81
58
6
6
29
1.48
113925093--113925153
15
4.1
14
72
19
52
57
1
4
36
1.30
113925101--113925232
23
5.6
24
75
8
110
55
3
6
35
1.40
113925181--113925232
24
2.2
23
83
10
61
59
0
3
36
1.16
113925709--113925794
30
2.9
30
92
0
136
18
6
47
26
1.74
113940874--113940908
18
1.9
18
100
0
70
42
5
11
40
1.65
113954153--113954213
27
2.2
28
82
5
70
45
0
1
52
1.10
113954153--113954213
29
2.1
29
81
6
70
45
0
1
52
1.10
113960357--113960398
16
2.6
16
92
0
66
50
11
4
33
1.60
113962919--113962988
30
2.3
30
85
2
86
21
12
20
45
1.84
113963107--113963200
31
3.1
31
73
11
95
46
19
13
20
1.83
113964977--113965004
2
14.0
2
100
0
56
50
0
50
0
1.00
113965276--113965303
13
2.2
13
100
0
56
25
21
7
46
1.76
113968128--113968841
187
3.8
188
87
2
954
23
14
25
36
1.93
113977847--113978243
216
1.8
216
89
1
616
34
16
16
32
1.91
113981823--113981900
41
1.9
41
94
0
138
47
19
1
32
1.57
113990207--113990238
16
2.0
16
100
0
64
56
25
0
18
1.42
113990344--113990394
23
2.1
23
82
7
57
60
9
3
25
1.45
113992553--113992844
114
2.6
112
85
2
370
37
7
21
33
1.82
113993588--113993629
23
1.9
21
85
9
57
38
4
2
54
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
113995605--113995647
22
2.0
22
90
0
68
34
20
6
37
1.80
113995638--113995878
15
16.4
15
71
6
143
29
24
20
26
1.99
113995638--113995864
29
7.7
29
78
3
114
29
24
20
26
1.99
113995664--113995877
58
3.7
58
77
3
171
28
23
21
26
1.99
113995730--113995854
29
4.3
29
81
3
144
28
23
19
28
1.98
113999060--113999137
31
2.5
31
79
2
86
43
10
19
26
1.83
114000301--114000353
21
2.5
22
71
17
58
50
3
11
33
1.56
114001144--114001187
21
2.2
20
80
16
54
63
6
4
25
1.38
114004984--114005026
19
2.3
19
88
8
61
41
0
0
58
0.98
114004985--114005021
12
3.1
12
88
11
58
43
0
0
56
0.99
114025320--114025367
20
2.6
18
81
18
55
41
0
2
56
1.11
114026566--114026598
4
8.2
4
93
0
57
27
3
24
45
1.68
114040972--114041014
22
2.0
22
95
0
77
23
18
4
53
1.63
114041737--114041788
25
2.1
25
85
7
70
30
5
15
48
1.68
114042093--114042154
31
2.0
31
87
0
88
46
16
14
22
1.83
114048162--114048202
18
2.3
18
84
12
50
70
0
4
24
1.06
114049254--114049288
17
2.2
16
90
10
54
42
0
0
57
0.99
114050378--114050420
10
4.1
11
82
8
54
58
0
0
41
0.98
114050507--114050537
16
1.9
16
93
0
53
38
3
0
58
1.15
114052528--114052591
23
2.5
25
80
17
69
42
1
0
56
1.09
114052635--114052671
14
2.4
17
82
17
53
64
0
5
29
1.15
114054367--114054391
8
3.1
8
100
0
50
0
24
0
76
0.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
114056383--114056440
30
1.9
30
92
0
98
46
8
13
31
1.74
114064891--114064957
33
2.1
31
81
10
73
56
5
1
35
1.33
114066663--114066735
38
1.9
39
86
10
107
57
0
1
41
1.07
114066710--114066766
10
5.6
10
73
10
53
59
0
0
40
0.97
114082017--114082070
16
3.6
16
73
12
51
27
1
11
59
1.42
114082232--114082286
27
2.0
27
86
10
76
60
1
1
36
1.18
114087546--114088013
127
3.6
126
85
5
607
52
19
7
20
1.70
114092129--114092286
37
4.0
37
81
13
190
27
20
13
37
1.91
114092166--114092322
46
3.6
46
83
15
233
28
21
12
37
1.90
114092089--114092322
83
2.9
83
91
1
375
28
21
14
36
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345