genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24058096--24058327	49	4.7	49	83	3	275	27	16	26	29	1.97
24069691--24069777	45	1.9	45	97	0	165	43	18	9	28	1.80
24088266--24088353	44	2.0	44	93	0	149	32	31	18	17	1.94
24088272--24088385	44	2.6	44	82	1	129	35	30	14	19	1.92
24097428--24097623	50	3.9	50	81	2	214	27	26	19	26	1.99
24097427--24097629	101	2.0	99	84	1	262	27	26	19	26	1.99
24098036--24098071	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
24098367--24098427	30	2.0	30	83	0	77	29	22	6	40	1.79
24101069--24101241	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
24101066--24101236	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
24108480--24108645	91	1.8	88	82	10	210	21	22	28	28	1.99
24121679--24121863	40	4.7	40	88	6	243	24	21	27	26	1.99
24121731--24121896	40	4.2	40	84	9	198	25	19	27	27	1.99
24135688--24135912	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
24135688--24135945	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
24143077--24143220	40	3.6	40	90	0	216	28	27	21	22	1.99
24145613--24145787	40	4.4	40	92	0	278	28	28	20	22	1.98
24157467--24157584	27	4.4	27	84	1	157	24	20	19	35	1.96
24164197--24164337	67	2.0	67	85	8	185	31	21	27	18	1.97
24164914--24164967	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
24164968--24165084	27	4.4	27	83	1	146	24	20	17	36	1.94
24169016--24169055	20	2.1	19	85	4	53	70	0	10	20	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24176412--24176442	8	3.9	8	100	0	62	25	0	22	51	1.48
24177501--24177625	56	2.2	56	91	0	196	27	16	20	35	1.94
24179215--24179255	18	2.3	18	86	0	55	24	4	26	43	1.74
24180156--24180201	24	2.0	24	91	4	76	26	0	23	50	1.50
24182717--24182980	49	5.6	48	76	10	215	24	28	19	27	1.99
24183630--24183680	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
24186056--24186091	14	2.6	14	86	4	56	19	19	11	50	1.77
24191710--24191761	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
24193664--24193715	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
24194179--24194211	15	2.3	15	89	5	50	60	3	0	36	1.12
24200487--24200538	16	3.1	17	79	20	65	13	3	3	78	1.02
24201802--24201859	26	2.1	27	87	6	82	29	8	3	58	1.44
24201802--24201855	25	2.1	27	82	6	67	29	9	3	57	1.47
24204798--24204823	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58
24210828--24210868	13	3.1	14	79	13	59	65	0	4	29	1.13
24211629--24211701	23	3.1	24	79	14	82	31	1	0	67	1.00
24211642--24211700	31	1.9	31	86	6	84	27	1	0	71	0.96
24211638--24211709	22	3.2	23	77	20	64	27	1	0	70	0.95
24212871--24212914	20	2.3	18	84	7	52	70	0	0	29	0.88
24213457--24213550	43	2.2	43	92	1	154	42	7	6	43	1.58
24213869--24213977	56	1.9	57	85	5	150	63	2	24	9	1.38
24214869--24214940	36	2.0	36	100	0	144	47	5	16	30	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24220588--24220761	46	3.7	46	81	8	167	20	28	21	29	1.98
24222841--24222947	53	2.0	53	100	0	214	26	28	28	16	1.97
24223720--24224394	145	4.6	145	87	5	850	27	6	8	57	1.52
24223743--24224389	296	2.2	290	85	6	889	27	6	7	58	1.50
24224066--24224103	14	2.8	14	88	4	60	21	0	2	76	0.91
24224426--24224479	15	3.6	15	74	0	63	22	0	7	70	1.12
24224905--24224934	10	3.0	10	90	0	51	0	26	0	73	0.84
24225786--24225882	48	2.0	48	100	0	194	31	18	16	32	1.93
24226205--24226282	28	2.7	29	84	11	99	25	32	15	26	1.95
24226206--24226307	29	3.6	27	82	11	107	25	29	15	29	1.96
24226232--24226323	29	3.2	28	80	6	85	28	27	13	31	1.93
24226382--24226417	18	2.1	18	89	5	56	19	33	22	25	1.97
24233957--24234060	29	3.6	29	80	12	108	25	29	15	29	1.96
24233984--24234075	29	3.2	28	83	6	94	28	26	13	32	1.93
24235600--24235633	16	2.1	17	94	5	61	0	32	0	67	0.91
24235801--24235843	20	2.2	20	91	4	70	9	9	4	76	1.14
24239383--24239465	43	1.9	43	85	0	112	16	26	30	26	1.97
24242890--24242919	15	2.0	15	93	0	51	53	3	0	43	1.17
24243231--24243410	59	3.0	59	95	2	308	45	0	14	39	1.49
24247264--24247406	71	2.0	71	100	0	286	43	13	6	35	1.72
24254145--24254326	46	4.0	46	91	1	276	24	29	9	36	1.87
24254145--24254326	91	2.0	92	89	1	276	24	29	9	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24254305--24254678	47	8.0	47	92	0	561	26	28	10	34	1.90
24254390--24254464	22	3.3	22	68	17	62	28	28	12	32	1.92
24258468--24258566	22	4.5	22	73	1	83	22	25	16	36	1.94
24267607--24267813	53	3.8	54	74	5	168	19	24	17	38	1.93
24267619--24267764	55	2.7	54	77	6	154	18	23	18	39	1.92
24270694--24270731	19	2.0	19	100	0	76	57	5	15	21	1.57
24273811--24273932	46	2.6	46	81	5	136	27	22	13	36	1.92
24275891--24276107	40	5.5	40	87	3	271	25	28	22	23	1.99
24275891--24276107	79	2.7	78	86	4	267	25	28	22	23	1.99
24277861--24277930	29	2.4	30	80	9	90	42	17	2	37	1.64
24284452--24284575	29	4.3	29	85	2	171	25	15	30	29	1.96
24294313--24294350	19	2.1	18	85	14	51	42	26	2	28	1.69
24307692--24307756	33	2.0	33	90	0	103	33	18	30	16	1.94
24310218--24310257	13	3.1	13	89	7	55	20	35	30	15	1.93
24314674--24314712	17	2.3	18	82	13	55	76	2	7	12	1.09
24314727--24314823	48	2.0	48	95	0	176	35	16	14	34	1.89
24319737--24319776	19	2.0	21	90	9	66	77	0	5	17	0.94
24325696--24325722	12	2.2	12	100	0	54	37	11	7	44	1.68
24328458--24328512	6	9.0	6	92	4	83	80	0	3	16	0.86
24328854--24328903	17	2.9	17	81	0	64	70	4	8	18	1.28
24333591--24333689	22	4.4	23	85	3	139	26	22	19	32	1.97
24333590--24333689	45	2.2	45	89	0	155	27	22	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24340925--24341023	22	4.5	22	81	8	85	24	24	20	31	1.98
24340926--24341000	22	3.4	22	87	5	89	25	24	17	33	1.96
24340937--24341024	22	4.0	22	82	2	97	23	25	20	30	1.98
24342132--24342170	19	2.1	19	100	0	78	48	5	10	35	1.59
24344630--24344675	24	1.9	24	82	8	58	43	15	15	26	1.85
24347561--24347605	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
24351076--24351399	56	5.8	56	90	2	490	34	25	13	26	1.93
24351049--24351434	168	2.3	168	84	1	515	33	25	14	26	1.94
24351381--24351475	43	2.2	43	90	0	145	31	26	16	25	1.97
24351049--24351419	112	3.3	112	88	1	494	33	25	14	26	1.94
24362995--24363169	46	3.8	46	73	13	151	28	29	20	21	1.98
24363049--24363215	47	3.6	47	74	13	173	27	29	20	22	1.98
24363002--24363266	93	2.8	93	87	0	386	28	28	20	23	1.99
24366742--24366854	27	4.2	26	82	8	127	37	22	23	17	1.94
24366742--24366854	55	2.1	54	85	5	147	37	22	23	17	1.94
24368271--24368317	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
24372790--24372815	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
24376916--24377043	45	2.9	45	91	2	197	25	27	21	25	2.00
24381627--24381676	25	2.0	25	100	0	100	44	28	12	16	1.83
24385098--24385225	45	2.9	45	85	2	179	25	28	21	25	1.99
24385723--24385753	16	1.9	16	93	0	53	80	6	0	12	0.89
24387051--24387103	19	2.6	21	82	14	67	28	5	1	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24387013--24387076	24	2.5	25	85	7	76	32	3	1	62	1.20
24387064--24387162	17	6.1	17	71	14	68	31	5	0	63	1.16
24387067--24387162	30	3.0	30	77	19	106	31	5	0	63	1.16
24387095--24387153	14	4.1	14	73	25	52	32	3	0	64	1.10
24387040--24387184	6	23.8	6	67	21	54	31	3	1	63	1.19
24387351--24387402	21	2.6	20	72	6	52	30	5	1	61	1.30
24394123--24394347	40	5.6	40	82	2	254	25	23	26	24	2.00
24398111--24398156	18	2.5	19	82	10	60	19	15	30	34	1.93
24399959--24400100	41	3.5	41	80	3	171	23	24	24	27	2.00
24407373--24407532	41	3.9	41	82	2	214	20	21	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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