genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8593044--8593076	7	4.7	7	100	0	66	60	12	0	27	1.32
8594244--8594284	20	2.0	20	90	0	64	41	0	29	29	1.56
8594242--8594291	11	4.8	10	81	16	57	42	0	28	30	1.56
8600011--8600059	20	2.7	18	77	22	57	51	2	2	44	1.24
8600043--8600120	25	3.2	25	73	14	72	52	2	2	42	1.28
8605198--8605340	53	2.7	53	87	2	198	31	23	14	30	1.95
8616535--8616581	25	2.0	24	83	8	60	36	4	6	53	1.46
8619066--8619099	17	1.9	18	88	5	52	58	5	5	29	1.45
8619497--8619983	95	5.1	96	84	2	484	36	13	21	28	1.92
8619835--8619983	50	3.2	44	66	18	122	40	13	19	26	1.89
8634295--8634362	18	3.8	18	74	14	68	39	16	2	41	1.63
8639425--8639457	15	2.3	15	89	5	50	66	6	0	27	1.15
8640282--8640310	13	2.1	14	93	6	51	62	0	0	37	0.96
8640852--8640889	14	2.7	15	88	11	55	36	5	5	52	1.47
8645360--8645431	28	2.5	29	74	19	71	34	5	5	54	1.47
8658136--8658548	44	9.5	43	73	12	276	31	20	21	26	1.98
8658135--8658581	214	2.1	214	91	3	583	31	21	21	26	1.98
8660069--8660140	28	2.5	29	74	19	71	34	5	5	54	1.47
8663149--8663198	21	2.4	21	83	3	66	52	0	2	46	1.12
8663221--8663350	20	6.7	20	65	12	56	59	1	7	31	1.35
8665897--8665925	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
8672840--8672902	32	2.0	32	100	0	126	31	23	3	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8677175--8677214	18	2.2	19	86	4	55	60	7	0	32	1.25
8677346--8677379	14	2.3	15	85	10	52	55	8	0	35	1.31
8677495--8677531	14	2.7	13	88	12	56	56	8	0	35	1.29
8677536--8677592	3	19.3	3	78	3	62	61	1	5	31	1.28
8679451--8679480	14	2.1	14	100	0	60	60	6	13	20	1.55
8679553--8679856	73	4.2	71	81	11	302	36	20	14	27	1.92
8679552--8679959	155	2.7	147	79	11	402	37	19	15	26	1.92
8679801--8680107	88	3.5	88	86	5	415	38	20	15	25	1.92
8692438--8692551	21	5.3	20	66	26	56	51	3	5	39	1.41
8692434--8692495	23	2.9	22	77	13	58	51	4	3	40	1.39
8692512--8692584	30	2.4	30	84	9	85	56	5	4	34	1.42
8692533--8692583	20	2.5	21	87	3	68	62	3	1	31	1.24
8692773--8692816	18	2.4	18	80	3	52	68	2	0	29	1.02
8692860--8692905	22	2.0	23	87	4	67	52	8	2	36	1.45
8692907--8692960	3	18.3	3	76	3	56	61	1	5	31	1.30
8695741--8695791	20	2.4	21	87	9	68	76	1	3	17	1.03
8695742--8695787	16	3.1	15	87	6	58	78	2	4	15	1.01
8695906--8695944	17	2.4	17	87	12	55	69	2	5	23	1.21
8705227--8705279	25	2.1	25	82	0	61	26	5	3	64	1.33
8705294--8705432	49	2.9	45	76	17	102	29	5	5	59	1.42
8705327--8705431	22	4.5	22	69	15	68	30	5	3	60	1.38
8705356--8705462	49	2.2	49	83	6	128	30	4	6	57	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8705447--8705483	17	2.2	17	95	0	65	29	0	8	62	1.24
8709492--8709542	25	2.0	25	100	0	102	31	37	15	15	1.89
8717141--8717275	68	2.0	68	97	0	252	34	17	11	36	1.87
8720789--8721005	46	4.7	45	77	11	181	28	20	29	22	1.98
8724400--8724539	44	3.2	44	81	2	174	35	20	15	27	1.93
8727931--8727963	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
8727931--8727964	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
8728220--8728295	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
8728249--8728327	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
8728270--8728325	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
8728256--8728327	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
8728690--8728861	45	3.9	44	90	4	238	25	29	15	29	1.96
8728677--8728860	89	2.1	90	88	1	271	24	29	15	30	1.95
8728890--8729540	78	8.4	79	72	14	394	25	23	18	32	1.97
8729112--8729162	21	2.4	21	96	0	93	23	19	27	29	1.98
8729287--8729544	78	3.3	78	93	1	437	23	24	18	33	1.97
8729396--8730262	220	4.1	205	87	5	909	26	22	18	33	1.97
8729597--8729769	78	2.2	78	91	2	276	27	23	18	30	1.98
8729711--8730300	220	2.7	220	91	0	948	26	22	18	32	1.97
8740169--8740203	17	2.1	17	89	10	54	71	0	0	28	0.86
8740169--8740202	18	1.9	17	88	5	50	73	0	0	26	0.83
8740494--8740530	19	1.9	19	94	0	65	32	16	13	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8740497--8740538	19	2.3	19	84	8	52	35	11	16	35	1.86
8741474--8741533	20	2.9	20	72	5	57	40	0	5	55	1.22
8741522--8741589	28	2.4	29	83	11	88	48	0	1	50	1.10
8741522--8741600	28	2.9	26	78	14	79	48	0	2	49	1.14
8741522--8741600	18	4.2	18	71	21	56	48	0	2	49	1.14
8741653--8741711	11	5.1	11	75	20	50	37	0	1	61	1.07
8741632--8741673	18	2.2	19	87	8	59	38	0	2	59	1.10
8741653--8741693	21	1.9	22	90	5	66	36	0	2	60	1.10
8741651--8741735	24	3.6	24	75	13	61	42	0	2	55	1.12
8741675--8741735	24	2.4	25	83	5	79	44	0	1	54	1.10
8741505--8741775	135	2.0	139	82	10	333	41	1	3	53	1.28
8741769--8741798	11	2.6	12	94	5	53	36	0	0	63	0.95
8741796--8741845	12	3.7	13	76	23	50	48	0	0	52	1.00
8741781--8741891	21	5.0	21	67	23	57	46	1	0	50	1.18
8742743--8742812	17	4.0	16	78	10	68	44	1	1	52	1.18
8742743--8742813	36	1.9	37	85	2	99	45	1	1	52	1.18
8742836--8742975	71	2.0	71	92	0	235	41	2	2	52	1.31
8743546--8743598	20	2.7	20	81	0	70	37	1	0	60	1.08
8743808--8743860	21	2.5	21	81	3	70	52	0	0	47	1.00
8743821--8743889	23	3.1	22	78	15	70	52	4	0	43	1.21
8743789--8743863	38	2.0	38	84	5	98	53	0	0	46	1.00
8745067--8745109	20	2.1	21	91	4	70	25	0	9	65	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8746524--8747008	251	1.9	252	87	5	717	39	12	12	35	1.81
8747820--8748196	132	2.9	131	82	4	382	33	18	19	28	1.95
8753309--8753354	23	2.1	21	88	8	65	76	2	2	19	1.00
8753318--8753362	17	2.6	18	85	7	65	73	0	6	20	1.05
8755260--8755284	12	2.1	12	100	0	50	68	0	32	0	0.90
8755901--8755978	30	2.6	29	82	9	95	24	11	14	50	1.75
8758345--8758416	19	3.7	19	76	10	67	33	6	0	59	1.24
8758541--8758579	20	2.0	20	84	0	51	35	2	2	58	1.25
8758602--8758656	19	3.0	19	72	22	55	32	3	0	63	1.12
8763254--8763313	30	2.0	29	90	3	93	23	11	15	50	1.76
8763882--8763925	21	2.1	21	83	8	54	29	20	15	34	1.94
8764063--8764102	21	1.9	21	84	0	53	30	5	7	57	1.48
8768737--8768774	15	2.4	16	91	4	60	60	10	0	28	1.30
8769162--8769201	11	3.5	11	83	10	53	85	7	7	0	0.76
8769467--8769584	26	4.3	26	86	11	141	4	5	22	67	1.28
8769467--8769585	28	4.4	27	86	10	154	4	5	22	68	1.27
8770374--8770430	30	1.9	29	89	3	87	36	29	8	24	1.86
8770456--8771258	74	10.8	74	84	6	1002	32	20	16	30	1.95
8770461--8771401	225	4.2	221	85	8	1141	31	20	17	30	1.96
8771248--8771274	14	1.9	14	100	0	54	51	7	18	22	1.70
8771173--8771351	89	2.0	90	84	6	238	31	18	20	29	1.96
8771102--8771395	165	1.8	160	87	8	441	29	21	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8771252--8771401	76	2.0	76	86	6	214	28	20	20	30	1.98
8771453--8771486	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
8771329--8771585	139	1.9	139	89	7	407	36	20	16	26	1.93
8771563--8771731	71	2.4	69	83	4	189	36	21	12	29	1.90
8780013--8780048	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
8781663--8781716	27	2.0	28	82	10	67	59	1	5	33	1.31
8782424--8782489	26	2.5	27	90	7	109	3	4	31	60	1.32
8784610--8784666	22	2.6	22	78	8	64	31	0	1	66	1.02
8784610--8784673	23	2.8	22	77	15	60	32	0	1	65	1.02
8785062--8785176	60	1.9	60	89	3	178	33	0	12	53	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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