genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80160281--80160339	17	3.5	17	72	2	57	61	10	16	11	1.57
80160553--80160577	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
80160994--80161034	16	2.5	17	76	11	50	12	12	0	75	1.05
80168671--80168699	10	2.9	10	100	0	58	20	10	0	68	1.18
80171678--80171785	53	2.0	53	96	0	198	31	17	15	35	1.92
80172320--80172365	21	2.2	21	84	0	56	13	34	2	50	1.53
80174787--80174894	45	2.4	45	78	9	121	26	14	25	32	1.95
80176941--80177015	26	2.9	26	100	0	150	30	2	28	38	1.71
80178603--80178705	27	3.8	27	85	10	129	18	24	22	34	1.96
80178603--80178714	54	2.1	54	84	3	145	18	23	22	35	1.96
80182927--80182954	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
80187335--80187367	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
80197122--80197345	104	2.2	104	91	1	360	18	18	31	31	1.95
80197264--80197415	71	2.1	72	91	1	243	23	17	29	29	1.97
80199700--80199733	16	2.1	16	100	0	68	26	29	0	44	1.55
80205309--80205632	48	6.8	48	77	4	231	28	19	29	22	1.98
80205312--80205632	144	2.2	144	82	3	360	28	19	28	23	1.98
80205362--80205633	96	2.8	96	86	3	370	27	19	29	23	1.98
80221385--80221427	20	2.2	20	86	0	59	37	4	13	44	1.65
80221449--80221489	21	2.0	21	86	13	59	36	9	9	43	1.71
80221529--80221573	23	1.9	24	86	13	67	35	6	2	55	1.38
80223813--80224082	40	6.8	40	93	1	434	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80231938--80232257	93	3.4	93	77	6	317	28	19	29	22	1.98
80231935--80232248	48	6.7	48	70	13	170	28	19	29	22	1.98
80231935--80232248	140	2.2	140	81	7	350	28	19	29	22	1.98
80235826--80235862	18	2.1	18	94	0	65	45	2	29	21	1.65
80236735--80236801	29	2.2	29	84	5	80	32	10	13	43	1.78
80236756--80236814	29	2.0	30	90	3	93	28	8	15	47	1.74
80236760--80236823	29	2.2	29	83	8	76	31	10	12	45	1.77
80236958--80237043	31	2.9	30	78	3	93	34	15	12	37	1.85
80238756--80238854	37	2.6	37	87	3	135	34	28	0	37	1.58
80240032--80240078	19	2.5	20	75	10	53	63	2	0	34	1.06
80249333--80249414	45	1.9	42	87	9	121	45	3	14	36	1.63
80259324--80259375	26	1.9	26	84	7	68	48	5	15	30	1.68
80266628--80266663	15	2.3	15	85	4	54	61	16	0	22	1.35
80266644--80266706	24	2.6	24	92	0	108	55	19	0	25	1.43
80280561--80280634	37	2.0	37	92	5	123	20	10	25	43	1.84
80301165--80301321	43	3.7	42	80	4	163	29	15	24	31	1.95
80310970--80311029	25	2.4	25	83	5	77	23	15	25	36	1.93
80310970--80311038	25	2.7	26	76	12	72	26	14	23	36	1.93
80310970--80311046	25	3.1	25	71	14	68	28	12	23	35	1.92
80314672--80314796	48	2.6	48	88	5	184	28	21	28	21	1.99
80314669--80314888	94	2.3	94	80	6	241	28	21	27	21	1.99
80314669--80314888	48	4.7	47	70	17	134	28	21	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80314860--80314976	44	2.7	44	94	0	216	19	20	31	28	1.97
80316199--80316243	21	2.2	21	92	4	74	8	40	26	24	1.84
80321622--80321945	128	2.6	126	85	4	411	29	16	17	37	1.91
80324544--80324772	111	2.1	110	96	0	422	19	18	6	55	1.64
80324748--80324789	17	2.4	18	80	11	52	9	23	0	66	1.21
80330412--80330517	37	2.9	35	80	6	122	15	15	30	39	1.87
80331419--80331538	54	2.2	54	76	2	125	22	26	29	21	1.99
80332735--80332844	55	2.0	55	85	3	150	60	3	12	23	1.49
80332681--80332844	27	6.0	27	78	7	136	59	4	13	22	1.51
80336496--80336665	45	3.8	44	86	4	234	44	15	19	21	1.87
80336496--80336665	89	1.9	90	87	3	254	44	15	19	21	1.87
80336496--80336688	45	4.3	45	81	9	207	45	15	18	21	1.85
80336520--80336710	90	2.1	89	80	4	206	42	16	20	20	1.89
80339123--80339192	25	2.8	24	85	8	86	25	22	22	28	1.99
80339397--80339610	27	7.9	27	89	2	286	25	21	17	35	1.95
80339599--80339753	81	1.9	80	86	3	222	30	10	20	38	1.86
80339599--80339753	54	2.9	54	86	2	206	30	10	20	38	1.86
80339491--80339753	27	9.8	27	85	3	172	27	14	20	37	1.92
80339630--80339778	81	1.8	81	82	2	192	30	10	21	37	1.86
80339630--80339805	54	3.3	54	81	2	131	30	10	21	38	1.86
80340857--80340968	27	4.2	26	88	5	143	35	23	24	16	1.95
80340857--80340968	54	2.1	54	88	3	163	35	23	24	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80345196--80345247	25	2.1	25	89	3	79	28	19	19	32	1.96
80345203--80345272	25	2.8	25	89	4	97	27	22	22	27	1.99
80345474--80345717	27	9.0	27	87	0	326	25	20	19	34	1.96
80345705--80345858	27	5.8	27	80	9	129	29	9	21	39	1.85
80345651--80345858	53	3.9	54	76	9	176	27	12	21	38	1.89
80345678--80345858	80	2.3	80	82	5	206	28	11	21	38	1.88
80345736--80345883	80	1.9	80	80	8	176	30	8	21	39	1.84
80347024--80347063	21	1.9	21	100	0	80	62	0	0	37	0.95
80347024--80347066	8	5.8	8	84	15	65	62	0	0	37	0.95
80347029--80347071	16	2.6	17	85	14	63	62	2	0	34	1.08
80347023--80347055	13	2.5	13	100	0	66	60	0	0	39	0.97
80347952--80348211	27	9.7	26	78	5	232	39	19	9	31	1.83
80347952--80348131	54	3.3	54	88	1	272	41	20	7	30	1.79
80347952--80348174	54	4.1	53	84	3	257	39	19	8	31	1.83
80347952--80348211	81	3.2	80	83	4	281	39	19	9	31	1.83
80348251--80348500	27	9.3	27	85	0	313	35	20	19	24	1.96
80348801--80348859	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
80349017--80349124	27	4.0	26	84	5	117	20	22	21	36	1.96
80349246--80349320	31	2.4	31	81	0	87	18	17	14	49	1.80
80351305--80351369	32	2.0	32	96	0	121	32	1	18	47	1.58
80352196--80352250	20	2.8	19	78	8	65	36	10	16	36	1.84
80353027--80353094	30	2.3	30	85	10	86	19	19	27	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80362014--80362221	38	5.5	38	83	2	240	23	21	25	30	1.99
80362014--80362204	75	2.5	76	87	2	251	23	22	25	28	1.99
80362214--80362368	43	3.6	43	92	0	256	10	25	32	31	1.90
80363936--80364039	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
80367560--80367779	38	5.8	37	90	3	289	22	22	25	30	1.99
80367582--80367779	75	2.6	75	89	2	299	22	21	24	31	1.98
80367772--80368012	43	5.6	43	93	2	405	13	25	31	30	1.93
80368338--80368423	44	1.9	45	88	6	131	24	22	29	24	1.99
80374062--80374191	66	1.9	69	84	7	176	20	31	16	32	1.94
80383401--80383583	38	4.8	38	91	4	273	21	23	25	28	1.99
80383401--80383583	75	2.4	76	88	4	273	21	23	25	28	1.99
80383576--80383902	43	7.6	43	87	3	480	15	25	29	30	1.96
80383576--80383902	86	3.8	86	92	2	550	15	25	29	30	1.96
80390175--80390377	40	5.1	40	78	12	197	25	22	26	25	2.00
80390176--80390392	79	2.7	80	77	10	223	26	22	26	25	2.00
80391774--80391899	46	2.7	46	80	9	139	29	19	26	23	1.99
80393918--80394085	41	4.1	41	91	0	273	35	24	22	17	1.95
80393877--80394078	82	2.5	83	90	3	302	37	23	20	18	1.94
80394251--80394344	46	2.0	46	91	0	152	29	2	24	43	1.66
80394244--80394328	21	3.9	21	73	11	80	28	1	25	44	1.61
80394910--80394972	23	2.7	23	75	18	76	36	0	6	57	1.24
80399236--80399338	43	2.4	43	91	0	161	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80406247--80406312	32	2.1	32	100	0	132	37	19	6	36	1.77
80408026--80408347	48	6.7	48	79	6	280	28	20	27	22	1.99
80408019--80408345	96	3.4	94	83	7	349	28	20	27	23	1.99
80408026--80408346	144	2.2	144	85	1	412	28	20	27	22	1.99
80422121--80422287	85	2.0	85	86	2	237	27	16	23	32	1.96
80430457--80430685	40	5.7	40	87	4	302	24	22	26	27	2.00
80430457--80430711	80	3.2	80	84	5	304	25	22	25	26	2.00
80430457--80430711	40	6.4	40	85	4	245	25	22	25	26	2.00
80434360--80434398	16	2.4	16	79	12	53	48	0	5	46	1.24
80436594--80436679	35	2.5	35	94	0	154	39	9	12	38	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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