genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91573359--91573592	49	4.7	49	86	3	281	25	18	27	28	1.98
91575761--91575790	14	2.1	14	100	0	60	43	0	30	26	1.55
91576508--91576596	43	2.1	43	100	0	178	32	17	17	31	1.94
91583679--91583856	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
91583680--91583835	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
91583676--91583856	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
91590894--91590988	48	1.9	50	87	4	140	28	24	18	28	1.98
91606516--91606582	30	2.2	32	91	5	111	16	1	20	61	1.42
91606583--91606643	32	1.9	32	83	6	79	22	3	22	50	1.63
91606790--91606884	31	3.0	32	90	3	156	60	3	25	11	1.46
91606982--91607007	7	3.7	7	100	0	52	57	0	42	0	0.98
91607047--91607086	21	1.9	21	89	0	62	40	0	0	60	0.97
91618050--91618152	39	2.6	40	95	1	181	24	22	28	25	1.99
91624409--91624520	42	2.7	42	84	0	152	28	16	26	27	1.97
91624408--91624561	42	3.6	44	77	9	142	29	17	25	26	1.97
91626153--91626274	37	3.3	37	70	8	113	40	29	11	18	1.85
91632804--91632992	48	4.0	47	80	4	182	29	20	24	26	1.99
91633848--91633944	48	2.0	48	98	2	187	39	16	20	23	1.92
91636186--91636295	42	2.6	41	78	13	107	29	20	22	27	1.99
91642858--91642917	29	2.1	27	80	14	68	36	6	23	33	1.81
91645376--91645434	29	2.0	29	93	0	100	54	8	11	25	1.65
91655735--91655797	28	2.2	28	100	0	126	36	0	6	57	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91655738--91655808	10	7.3	10	80	17	87	30	0	7	61	1.22
91657034--91657069	15	2.5	15	90	4	56	27	0	5	66	1.13
91661238--91661302	19	3.5	19	69	12	62	46	6	13	33	1.69
91661240--91661313	37	2.0	37	100	0	148	48	5	13	32	1.65
91669565--91669737	46	3.7	46	76	13	183	29	29	19	21	1.98
91669572--91669743	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
91684530--91684603	24	3.1	24	68	0	67	45	2	2	48	1.30
91693257--91693308	2	26.0	2	96	0	95	51	0	48	0	1.00
91695044--91695086	12	3.6	12	78	9	52	67	0	4	27	1.10
91697795--91697907	42	2.7	43	80	12	142	26	26	21	25	1.99
91707468--91707515	21	2.3	21	100	0	96	16	22	39	20	1.92
91709517--91709592	6	12.7	6	100	0	152	84	0	0	15	0.63
91722386--91722560	46	3.8	47	71	15	166	30	29	20	19	1.97
91722393--91722565	93	1.9	93	90	4	278	29	30	20	19	1.97
91724807--91724842	18	2.0	18	100	0	72	27	22	11	38	1.88
91729085--91729157	32	2.3	32	82	0	92	24	34	26	15	1.94
91729388--91729426	20	1.9	21	84	5	53	30	25	7	35	1.84
91730203--91730419	43	5.1	42	74	12	172	29	23	17	29	1.97
91733657--91733688	14	2.3	14	94	0	55	78	0	9	12	0.97
91738026--91738249	40	5.6	40	84	4	256	23	26	24	25	2.00
91737990--91738249	80	3.3	78	83	4	299	23	26	24	25	2.00
91745905--91745973	37	2.0	36	86	13	101	31	24	13	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91752572--91752739	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
91752595--91752739	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
91753934--91754002	36	1.9	36	100	0	138	34	21	14	28	1.93
91755111--91755167	18	3.2	18	78	9	71	38	15	21	24	1.92
91755420--91755475	23	2.4	23	80	14	62	42	19	12	25	1.86
91755510--91755626	27	4.3	27	78	8	121	22	19	17	40	1.92
91759221--91759444	40	5.6	40	89	3	283	25	28	23	22	1.99
91769821--91770007	43	4.4	42	81	6	196	31	23	16	29	1.96
91769842--91770006	86	1.9	86	85	2	224	32	23	17	26	1.97
91772918--91772950	16	2.1	16	88	5	50	12	30	12	45	1.78
91785589--91785779	40	4.8	40	80	7	203	25	26	24	23	2.00
91795218--91795298	6	13.2	6	76	14	67	45	16	18	19	1.85
91795229--91795298	19	3.8	18	78	3	77	44	17	18	20	1.87
91795218--91795298	37	2.2	37	88	0	117	45	16	18	19	1.85
91795710--91795878	27	6.3	27	90	0	266	24	21	19	34	1.96
91795723--91795933	54	4.0	52	81	9	198	26	18	20	35	1.95
91795728--91795905	81	2.2	81	85	4	243	24	18	20	35	1.95
91795728--91795932	81	2.5	81	83	4	218	25	17	20	36	1.95
91795860--91796002	54	2.6	54	81	2	162	29	8	22	39	1.83
91795860--91796002	27	5.3	27	79	0	124	29	8	22	39	1.83
91795981--91796191	27	7.8	27	87	0	278	37	9	24	28	1.86
91795981--91796218	54	4.4	54	84	0	260	36	9	24	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91795939--91796218	81	3.5	81	80	1	283	35	9	23	31	1.87
91796169--91796229	27	2.3	27	79	0	68	31	8	19	40	1.81
91797326--91797386	21	2.9	21	80	9	70	21	0	27	50	1.49
91797328--91797392	22	3.0	22	76	13	62	20	0	30	49	1.49
91801734--91801770	18	2.2	17	90	9	58	48	16	29	5	1.68
91801741--91801779	18	2.2	18	86	4	53	48	15	25	10	1.76
91807116--91807161	20	2.3	20	81	3	58	26	19	26	28	1.99
91810101--91810142	20	2.1	20	100	0	84	40	21	19	19	1.92
91812219--91812404	40	4.7	40	86	5	234	27	27	20	24	1.99
91813533--91813651	56	2.1	56	96	0	220	22	24	10	42	1.84
91820184--91820277	41	2.3	42	86	1	127	31	11	25	30	1.91
91820196--91820288	42	2.2	41	83	5	107	35	12	22	29	1.91
91823567--91823749	79	2.3	81	82	7	214	24	27	22	25	2.00
91823565--91823749	40	4.7	40	82	6	216	24	27	22	24	2.00
91824878--91824997	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
91826105--91826202	42	2.3	41	79	10	101	21	22	27	28	1.99
91830629--91830719	39	2.3	40	83	5	105	23	27	23	26	2.00
91858013--91858269	40	6.6	40	88	6	343	26	27	20	25	1.99
91858013--91858269	78	3.3	77	87	8	328	26	27	20	25	1.99
91858012--91858269	118	2.2	117	86	6	355	26	27	20	25	1.99
91865510--91865812	40	7.6	40	89	3	389	26	27	20	24	1.99
91869743--91869806	22	3.0	22	76	4	67	14	28	25	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91872958--91872991	17	2.0	17	88	0	50	26	20	14	38	1.91
91876708--91876914	53	3.8	54	77	1	209	20	22	18	38	1.94
91885355--91885521	56	3.0	56	87	1	228	25	14	25	34	1.94
91885761--91885798	19	2.0	19	94	0	67	28	10	18	42	1.83
91892277--91892337	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
91899518--91899627	29	3.9	29	77	7	102	23	17	30	28	1.97
91899525--91899636	57	1.9	57	82	8	138	23	17	31	27	1.97
91933015--91933052	19	2.0	19	90	10	60	21	7	0	71	1.11
91934881--91935490	27	22.6	27	77	4	256	37	20	8	32	1.83
91934871--91935087	54	4.0	54	84	2	292	38	21	8	32	1.83
91934871--91935536	81	8.2	81	73	8	284	37	20	8	33	1.83
91935468--91935568	27	3.7	27	76	16	91	42	14	8	33	1.77
91935570--91935671	27	3.8	27	72	10	82	36	20	20	22	1.95
91936465--91936558	25	3.8	25	94	1	154	25	26	22	25	2.00
91936768--91936859	31	3.0	31	88	4	125	30	15	22	31	1.95
91939706--91939844	37	3.8	37	90	0	197	26	31	15	25	1.96
91939963--91940602	47	13.6	47	94	2	1077	29	28	8	33	1.87
91939963--91940602	140	4.5	141	94	1	1095	29	28	8	33	1.87
91942681--91942705	13	1.9	13	100	0	50	60	16	0	24	1.36
91943206--91944301	27	40.7	26	79	6	494	37	21	8	33	1.83
91944068--91944274	80	2.6	80	80	5	211	40	22	8	28	1.82
91943206--91944301	81	13.6	79	75	7	569	37	21	8	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91944377--91944454	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
91946738--91946794	28	2.0	28	100	0	114	42	7	7	43	1.58
91946983--91947117	56	2.4	56	91	0	225	25	11	25	37	1.90
91948346--91948374	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
91958553--91958777	40	5.7	40	80	9	210	25	21	28	25	1.99
91958606--91958777	79	2.2	78	82	7	204	25	21	28	25	1.99
91958633--91958810	79	2.2	80	81	3	191	25	21	28	24	1.99
91968344--91968568	40	5.7	39	88	2	152	28	26	22	22	1.99
91968403--91968584	40	4.6	40	93	1	294	28	26	21	23	1.99
91975106--91975145	21	1.9	21	100	0	80	12	32	30	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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