genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61200122--61200161	21	2.0	21	85	9	57	37	0	0	62	0.95
61200195--61200232	10	3.8	10	80	13	51	42	0	2	55	1.14
61210062--61210313	67	3.8	66	76	12	216	29	15	29	25	1.96
61212994--61213064	27	2.7	26	91	2	115	23	15	18	42	1.88
61214422--61214492	36	2.0	36	83	8	92	54	14	8	22	1.66
61216765--61216913	26	5.8	26	86	1	194	28	20	20	29	1.98
61216963--61217029	20	3.3	20	86	12	93	31	17	10	40	1.84
61217243--61219116	626	3.0	626	97	0	3541	31	29	13	25	1.94
61225763--61225826	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
61226037--61226120	26	3.3	26	85	8	113	25	23	21	29	1.99
61226170--61226216	20	2.3	21	92	7	80	31	19	10	38	1.86
61228502--61228544	16	2.6	17	85	10	63	11	20	0	67	1.22
61228513--61228544	17	1.9	16	93	6	55	9	21	0	68	1.17
61229409--61229433	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
61247506--61247661	43	3.6	45	73	9	128	25	15	25	33	1.95
61250803--61250857	27	2.0	27	100	0	110	27	10	14	47	1.78
61255253--61255362	42	2.6	42	75	1	112	27	16	21	34	1.95
61258022--61258131	27	4.0	28	88	3	136	20	20	20	39	1.93
61258021--61258135	54	2.1	54	83	3	151	20	20	20	38	1.94
61267386--61267628	40	6.1	40	90	1	382	27	25	21	24	1.99
61270679--61270849	40	4.3	40	82	6	215	23	21	26	27	1.99
61270679--61270849	79	2.2	78	86	6	229	23	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61274273--61274529	40	6.5	40	88	6	346	23	28	24	23	2.00
61277268--61277437	39	4.3	38	83	9	200	25	21	28	24	1.99
61277216--61277437	79	2.8	78	81	7	227	25	21	27	25	1.99
61277268--61277435	78	2.1	79	85	5	225	25	21	28	24	1.99
61277295--61277470	78	2.3	79	83	4	205	25	21	28	23	1.99
61289806--61290063	48	5.5	47	90	5	396	30	28	7	32	1.85
61293535--61293899	40	9.2	40	88	3	499	25	28	21	24	1.99
61295642--61295684	21	2.0	21	100	0	86	32	37	6	23	1.82
61296434--61296555	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
61305381--61305431	24	2.1	24	88	0	75	7	21	19	50	1.72
61312849--61312920	28	2.6	28	86	2	92	29	30	16	23	1.96
61317981--61318095	46	2.5	44	87	6	151	24	29	18	27	1.98
61323741--61323779	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
61326059--61326210	75	2.0	75	100	0	304	45	11	6	36	1.67
61326443--61326503	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
61330747--61330901	43	3.6	43	80	3	168	32	28	12	27	1.92
61332028--61332056	14	2.0	15	93	6	51	51	13	6	27	1.66
61338826--61339081	120	2.1	120	92	3	419	27	25	22	25	2.00
61338826--61339071	40	6.2	39	90	4	368	27	24	22	24	2.00
61340447--61340472	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
61346717--61346897	91	2.0	90	92	3	301	36	25	14	23	1.93
61352796--61352952	43	3.7	43	81	6	201	27	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61352794--61352952	86	1.8	86	89	2	248	27	28	18	25	1.98
61354219--61354315	42	2.3	42	92	0	158	23	28	23	23	1.99
61367650--61367754	30	3.5	30	74	3	88	27	24	15	32	1.95
61380310--61380346	19	1.9	19	88	0	56	27	8	5	59	1.48
61382326--61382501	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
61382323--61382494	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
61389873--61390048	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
61389870--61390041	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
61396399--61396518	6	19.3	6	70	21	79	48	14	18	19	1.81
61396383--61396518	31	4.4	31	83	7	161	49	13	17	19	1.80
61396450--61396507	19	3.4	19	65	30	58	46	15	18	18	1.84
61396658--61396734	27	2.9	26	84	3	82	35	20	22	22	1.96
61396915--61396979	22	3.0	21	78	13	60	32	23	24	20	1.98
61397236--61397287	23	2.3	23	96	0	95	21	19	26	32	1.97
61397392--61397486	27	3.5	27	81	5	102	41	23	8	27	1.83
61397489--61397641	54	2.8	53	90	3	234	30	20	7	41	1.80
61397491--61397641	81	1.9	81	92	0	257	30	20	7	41	1.79
61397491--61397641	27	5.6	27	86	0	203	30	20	7	41	1.79
61397724--61397964	27	9.0	27	85	2	326	24	21	20	33	1.97
61397725--61397964	53	4.5	54	86	4	308	24	22	20	33	1.97
61397724--61397964	80	3.0	79	88	3	331	24	21	20	33	1.97
61397953--61398133	27	6.7	28	82	6	187	28	7	22	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61397952--61398150	54	3.7	54	82	2	213	29	8	22	40	1.82
61397983--61398150	81	2.1	81	87	4	241	29	7	22	41	1.80
61397983--61398150	27	6.2	27	82	5	153	29	7	22	41	1.80
61398154--61398378	27	8.3	27	88	0	306	41	8	20	29	1.82
61398125--61398376	81	3.1	80	82	4	308	40	8	20	30	1.82
61398391--61398475	27	3.1	27	83	6	100	28	8	23	40	1.83
61400990--61401085	40	2.5	38	81	6	120	39	37	9	13	1.77
61404752--61405061	156	2.0	157	98	0	604	52	13	8	25	1.68
61412267--61412328	31	2.0	31	100	0	124	41	6	19	32	1.77
61416592--61416626	15	2.5	15	90	9	56	5	22	0	71	1.07
61416600--61416738	21	6.6	21	69	21	85	8	19	1	70	1.21
61416600--61416649	20	2.4	20	93	6	82	4	24	0	72	1.02
61416622--61416737	45	2.7	41	80	9	126	9	18	1	69	1.24
61416679--61416717	11	3.6	11	80	19	55	10	15	0	74	1.07
61418379--61418711	27	11.9	27	82	9	292	31	21	7	39	1.81
61418379--61418711	54	6.0	54	82	11	348	31	21	7	39	1.81
61418578--61418602	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
61418551--61418629	39	2.0	39	100	0	158	34	15	7	43	1.75
61418505--61418683	93	1.9	93	93	0	304	31	20	7	40	1.79
61418532--61418656	66	1.9	66	94	0	223	32	17	8	42	1.78
61418470--61418702	120	1.9	120	91	0	376	31	21	6	40	1.79
61418443--61418711	147	1.8	147	90	0	439	31	21	6	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61418590--61418896	27	11.4	27	80	7	169	37	20	8	33	1.83
61418692--61418911	54	4.1	53	77	8	196	40	22	8	28	1.83
61418704--61418910	27	7.7	27	78	6	172	42	21	8	28	1.81
61418692--61418910	80	2.7	82	79	6	216	40	22	8	28	1.82
61418899--61419115	27	8.0	27	84	0	272	35	19	22	23	1.96
61419334--61419401	22	2.9	23	75	10	75	26	17	22	33	1.96
61419318--61419408	25	3.8	25	76	7	73	26	20	23	29	1.99
61421783--61422264	27	17.9	27	85	3	524	32	22	6	38	1.79
61421864--61422406	27	20.2	27	82	5	188	34	21	6	37	1.80
61422201--61422409	54	3.9	54	82	6	210	41	19	7	31	1.80
61422201--61422517	81	3.9	81	76	10	251	41	19	10	29	1.85
61422398--61422614	54	4.0	54	85	1	265	37	18	18	25	1.93
61422397--61422584	27	7.0	27	88	0	259	38	19	17	24	1.92
61422399--61422612	27	7.9	27	85	2	205	37	18	18	25	1.94
61422391--61422612	81	2.7	80	82	4	257	38	18	18	25	1.93
61422814--61422910	25	3.9	25	79	5	97	27	26	17	27	1.98
61432015--61432041	4	6.8	4	100	0	54	0	0	22	77	0.76
61455702--61455746	23	2.0	23	95	0	81	22	28	31	17	1.97
61455710--61455757	23	2.2	22	81	7	53	25	22	33	18	1.97
61461649--61461746	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
61461677--61461759	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
61461649--61461760	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61463069--61463097	11	2.5	12	88	11	51	55	24	0	20	1.44
61471675--61471855	79	2.3	81	83	7	228	24	21	28	25	1.99
61471675--61471857	40	4.6	40	83	9	214	24	21	28	26	1.99
61471707--61471890	79	2.3	77	80	10	201	26	20	26	26	1.99
61477175--61477326	27	5.6	27	92	3	241	31	28	13	26	1.93
61477175--61477326	55	2.8	55	93	0	259	31	28	13	26	1.93
61482894--61483078	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
61482894--61483076	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
61482895--61483110	79	2.7	79	78	13	239	25	21	27	25	1.99
61486295--61486467	56	3.1	56	95	2	307	46	8	22	21	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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