genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57142166--57142196	8	3.9	8	95	0	53	54	0	6	38	1.26
57150228--57150288	30	2.0	30	100	0	122	27	22	16	32	1.96
57152288--57152686	50	7.9	50	80	1	465	30	26	17	25	1.97
57152288--57152686	101	4.0	100	81	1	449	30	26	17	25	1.97
57152291--57152728	151	2.9	151	88	1	635	31	26	17	25	1.97
57154477--57154530	25	2.2	25	86	6	74	25	25	24	24	2.00
57154485--57154542	25	2.3	25	85	11	75	31	24	20	24	1.98
57160643--57160750	57	1.9	57	96	0	198	47	17	22	12	1.82
57169304--57169488	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
57169305--57169488	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
57169357--57169521	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
57184997--57185125	46	2.8	46	90	0	195	30	29	20	20	1.97
57185005--57185144	46	3.0	45	82	6	122	29	29	20	21	1.98
57188478--57188502	13	1.9	13	100	0	50	20	24	32	24	1.98
57200757--57200952	39	5.1	39	80	6	204	27	27	21	23	1.99
57203249--57203427	37	4.8	37	92	0	277	24	33	18	24	1.97
57203635--57203922	47	6.1	47	89	0	432	27	29	11	32	1.91
57203635--57203923	141	2.0	141	94	0	506	27	29	11	32	1.91
57213140--57213336	78	2.5	77	78	8	177	28	25	20	24	1.99
57213221--57213336	39	3.0	39	92	0	187	27	25	19	26	1.99
57215000--57215050	18	2.8	18	80	8	59	3	31	0	64	1.11
57216101--57216158	26	2.2	27	81	12	75	36	27	10	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57216264--57216370	28	3.9	28	83	7	139	20	25	19	34	1.96
57224786--57224861	34	2.2	34	83	0	98	27	22	22	27	1.99
57233040--57233100	31	2.0	31	100	0	122	39	18	3	39	1.67
57237757--57237843	30	2.9	30	89	0	129	28	12	22	35	1.91
57251487--57251581	30	3.2	30	91	4	149	28	15	22	33	1.95
57253745--57254010	135	2.0	135	98	0	514	23	22	28	25	1.99
57257325--57257495	43	4.0	43	78	7	152	28	15	25	30	1.96
57268588--57268829	52	4.7	52	88	3	366	29	11	28	30	1.92
57268588--57268861	52	5.3	52	86	4	308	29	12	28	30	1.92
57275162--57275304	40	3.6	40	97	0	259	23	21	28	26	1.99
57283150--57283349	40	5.1	40	92	4	302	23	22	28	26	1.99
57284782--57284870	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
57284782--57284864	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
57284793--57284870	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
57287785--57287959	46	3.8	45	77	7	172	29	28	20	21	1.98
57291933--57292228	40	7.4	39	87	3	344	23	22	27	26	2.00
57293650--57293738	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
57293650--57293732	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
57293661--57293738	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
57296814--57297065	40	6.4	40	84	7	311	24	24	26	23	2.00
57300030--57300200	93	1.8	93	88	2	263	29	28	19	22	1.98
57300022--57300197	46	3.8	46	75	14	173	30	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57302356--57302469	27	4.2	27	88	5	151	36	21	21	19	1.95
57304290--57304379	24	3.8	24	98	0	171	17	15	34	32	1.92
57304290--57304426	24	5.7	23	85	3	166	20	13	32	32	1.92
57304290--57304443	72	2.1	72	80	4	168	21	14	31	31	1.94
57311017--57311081	32	2.0	32	96	0	121	18	24	29	27	1.98
57318124--57318181	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
57318452--57318560	49	2.3	47	91	4	173	33	7	29	30	1.85
57318678--57318756	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
57320621--57320766	43	3.4	43	96	0	274	23	14	34	27	1.93
57320748--57320821	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
57321134--57321409	40	6.9	40	81	3	236	25	22	27	24	2.00
57321172--57321409	120	2.0	120	80	1	271	25	22	26	25	2.00
57324553--57324610	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
57324881--57324989	49	2.3	47	93	4	182	31	7	30	31	1.85
57325107--57325185	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
57326868--57327043	46	3.8	45	80	10	203	21	21	29	27	1.98
57326864--57327035	93	1.8	93	93	0	299	20	22	30	26	1.98
57330834--57330966	24	5.6	23	80	5	140	21	12	31	34	1.90
57330834--57330966	48	2.8	47	85	4	160	21	12	31	34	1.90
57341707--57341884	39	4.6	39	93	0	293	23	21	25	29	1.99
57356006--57356066	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57361759--57361848	42	2.1	42	95	0	171	40	12	11	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57364239--57364509	48	5.7	48	78	7	275	25	28	17	28	1.98
57372081--57372265	39	4.7	39	95	0	316	28	27	22	21	1.99
57383308--57383386	31	2.5	31	93	0	140	26	26	17	29	1.98
57383410--57383501	42	2.2	42	88	0	130	33	20	15	30	1.93
57383597--57383732	26	5.3	26	89	3	199	26	23	22	27	1.99
57383597--57383732	52	2.7	51	94	5	233	26	23	22	27	1.99
57383785--57383848	20	3.2	20	88	4	94	31	17	10	40	1.84
57384652--57384803	27	5.7	26	77	6	99	30	7	21	40	1.81
57384835--57385114	27	10.3	27	79	6	136	37	8	21	32	1.84
57384988--57385135	54	2.7	54	77	6	156	35	7	23	33	1.83
57385015--57385114	27	3.7	27	90	1	139	37	8	25	30	1.84
57386048--57386091	21	2.1	21	95	0	79	50	22	0	27	1.50
57390173--57390387	47	4.6	49	75	13	168	29	19	29	21	1.97
57390173--57390533	94	3.9	94	77	8	290	29	19	28	22	1.98
57393144--57393398	40	6.5	40	86	5	335	24	28	23	24	2.00
57404116--57404187	31	2.3	31	95	0	126	26	25	16	31	1.96
57404211--57404302	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
57404447--57404621	26	6.8	26	94	0	300	25	22	25	26	2.00
57405431--57405501	27	2.6	27	82	4	81	23	23	19	32	1.98
57405569--57405654	27	3.1	27	75	17	86	34	8	16	40	1.78
57405632--57405750	27	4.4	27	85	3	152	26	5	23	43	1.76
57405633--57405787	81	1.9	80	82	3	195	27	9	21	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57405777--57405860	26	3.2	26	88	6	116	45	11	15	27	1.81
57405786--57405876	27	3.4	26	85	7	112	45	10	18	25	1.82
57408601--57408973	48	7.8	48	78	11	331	28	18	27	25	1.98
57408608--57408973	144	2.5	144	80	11	419	28	18	27	25	1.98
57409214--57409248	18	1.9	18	88	0	52	34	8	20	37	1.83
57409794--57409915	61	2.0	61	100	0	244	32	27	22	16	1.96
57415411--57415482	36	2.0	36	97	0	135	22	19	12	45	1.83
57416469--57416496	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
57420101--57420357	40	6.4	40	81	4	306	23	21	27	27	1.99
57420101--57420357	80	3.2	80	90	2	385	23	21	27	27	1.99
57434487--57434655	46	3.7	46	75	15	177	29	29	18	21	1.97
57434495--57434666	93	1.8	93	91	2	283	27	29	20	22	1.98
57434538--57434681	46	3.1	44	69	21	107	29	28	19	22	1.98
57437623--57437848	48	4.7	48	75	4	222	29	17	27	25	1.98
57446755--57446902	67	2.2	68	80	9	169	31	18	28	21	1.97
57446779--57446962	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
57464285--57464453	45	3.8	45	77	14	190	28	28	20	21	1.98
57464293--57464464	87	2.0	85	87	8	249	28	30	20	20	1.98
57466818--57466900	29	2.9	29	82	12	100	57	15	15	10	1.64
57466814--57466891	14	5.4	15	80	11	92	60	12	16	10	1.59
57466825--57466891	15	4.6	14	83	9	82	59	11	16	11	1.60
57469813--57469984	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57469805--57469980	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
57472336--57472414	15	5.4	15	80	8	92	59	13	16	10	1.60
57475359--57475530	93	1.8	93	89	0	272	27	29	20	22	1.98
57475351--57475526	46	3.8	46	75	10	178	28	28	19	22	1.98
57477249--57477288	21	2.0	21	85	5	55	22	22	37	17	1.94
57478564--57478729	46	3.6	46	74	9	158	25	28	18	28	1.98
57480595--57480763	43	4.0	43	76	9	166	32	23	15	28	1.95
57486153--57486186	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
57488687--57488806	56	2.1	56	100	0	240	44	9	24	22	1.82
57489669--57489853	40	4.7	40	78	7	182	24	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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