genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99751803--99751875	30	2.4	30	90	2	110	52	0	5	42	1.24
99751833--99751888	24	2.4	25	79	8	64	50	1	8	39	1.44
99753326--99753406	40	2.1	40	90	4	130	43	6	7	43	1.57
99755852--99755915	28	2.3	27	80	15	78	23	18	23	34	1.96
99755861--99755914	28	1.9	28	92	7	92	18	22	25	33	1.97
99757598--99757760	43	3.8	42	83	9	195	22	16	27	33	1.96
99760459--99760667	46	4.5	44	75	9	159	23	27	18	30	1.97
99760500--99760670	94	1.8	92	83	5	227	23	26	19	30	1.98
99761633--99761871	55	4.5	52	75	11	168	37	18	23	20	1.94
99761640--99761840	108	1.8	110	86	4	291	35	18	24	21	1.95
99761946--99761973	5	5.6	5	100	0	56	42	0	39	17	1.50
99762089--99762119	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
99769350--99769378	14	2.1	14	100	0	58	31	20	6	41	1.79
99788222--99788370	38	3.9	38	92	0	262	29	20	10	39	1.85
99791148--99791185	20	1.9	20	89	10	60	50	5	2	42	1.39
99791212--99791273	20	3.2	19	77	6	61	61	3	1	33	1.22
99791213--99791281	19	3.6	18	74	12	57	63	2	1	31	1.18
99792885--99792955	35	2.0	35	83	0	88	25	23	9	40	1.85
99798067--99798137	35	2.0	35	86	0	97	26	23	9	39	1.86
99799460--99799502	18	2.3	18	88	8	59	65	4	2	27	1.25
99799514--99799558	22	2.0	23	86	4	65	68	0	4	26	1.08
99799602--99799656	20	2.7	20	76	18	60	56	0	10	32	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99799734--99799807	25	3.2	22	80	12	78	70	4	1	24	1.13
99799734--99799806	23	3.2	23	81	9	87	71	4	1	23	1.11
99799741--99799814	23	3.1	23	79	14	80	67	5	2	24	1.25
99801759--99801808	20	2.5	21	83	6	68	70	2	6	22	1.20
99804638--99804737	17	5.9	17	67	26	61	49	3	4	44	1.36
99804638--99804693	20	3.0	18	78	21	62	48	3	1	46	1.30
99805456--99805490	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
99805744--99805819	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
99805780--99805870	19	4.9	19	90	8	152	35	16	10	37	1.84
99805773--99805862	35	2.5	37	89	10	143	35	15	11	37	1.83
99805794--99805849	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
99808089--99808265	45	4.0	45	92	0	284	27	27	22	22	1.99
99817249--99817334	43	2.0	43	84	13	115	27	29	18	24	1.98
99820124--99820275	57	2.7	56	78	11	148	32	17	19	31	1.94
99820813--99820854	20	2.1	20	86	0	57	35	11	2	50	1.52
99823807--99823985	35	5.1	35	84	2	198	33	22	14	29	1.94
99827450--99827668	83	2.7	79	88	6	300	23	23	27	25	2.00
99827446--99827668	40	5.6	40	86	7	310	24	23	26	25	2.00
99835565--99835744	40	4.4	40	88	4	238	23	23	25	27	2.00
99844971--99845026	28	2.0	28	86	6	78	10	19	37	32	1.86
99845568--99845597	14	2.1	14	100	0	60	36	33	13	16	1.88
99850524--99850571	17	2.7	18	81	9	55	20	41	10	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99850701--99850781	23	3.6	23	71	3	83	32	28	11	28	1.91
99850901--99850998	14	6.8	15	77	5	87	31	24	14	29	1.94
99850901--99850997	29	3.4	28	80	6	88	31	24	14	28	1.94
99853557--99853604	23	2.1	23	96	0	87	43	8	20	27	1.80
99853702--99853838	49	2.8	49	83	4	170	46	10	14	27	1.78
99858217--99858395	49	3.7	49	84	1	225	42	13	15	27	1.85
99860944--99860983	21	1.9	21	84	0	53	25	7	20	47	1.75
99862947--99862976	15	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
99863038--99863094	29	2.0	29	93	3	98	49	1	8	40	1.44
99882130--99882158	14	2.1	14	100	0	58	17	20	27	34	1.95
99889532--99889675	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	24	2.00
99897384--99897527	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	24	2.00
99900407--99900455	16	2.9	16	90	6	71	57	14	0	28	1.38
99905353--99905405	3	17.7	3	100	0	106	33	32	0	33	1.58
99915000--99915032	15	2.3	15	89	5	50	18	3	33	45	1.65
99914998--99915041	22	2.0	22	86	0	61	18	2	36	43	1.63
99915076--99915239	28	5.6	28	69	24	90	37	0	16	45	1.52
99915302--99915944	124	5.2	124	79	5	679	39	14	17	28	1.89
99915731--99915771	14	2.9	14	77	0	55	51	4	12	31	1.60
99915302--99915925	251	2.5	247	83	3	759	39	14	17	28	1.89
99919345--99919520	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
99919342--99919513	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99926916--99927089	45	3.8	46	78	14	198	21	20	29	29	1.98
99926913--99927082	92	1.8	92	93	2	297	21	20	29	28	1.98
99929248--99929317	33	2.1	33	91	0	113	52	2	1	42	1.24
99929567--99929610	15	2.7	16	82	13	54	54	0	0	45	0.99
99930856--99930889	18	1.9	18	88	5	52	61	5	0	32	1.20
99939635--99939660	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
99939969--99939997	13	2.2	13	100	0	58	20	24	17	37	1.93
99940892--99940929	12	3.2	12	81	7	51	81	0	18	0	0.69
99940893--99940925	13	2.4	14	95	5	59	87	0	12	0	0.53
99945225--99945287	32	2.0	32	96	0	117	41	19	11	28	1.85
99949343--99949383	20	2.0	20	100	0	82	48	29	7	14	1.71
99949314--99949373	31	1.9	31	83	6	77	53	26	5	15	1.62
99951782--99951836	23	2.4	23	96	0	101	34	3	29	32	1.75
99968241--99968298	28	2.2	27	81	9	66	44	3	1	50	1.29
99968277--99968316	20	2.0	20	90	0	62	45	0	2	52	1.14
99968278--99968316	10	3.9	10	82	0	51	43	0	2	53	1.14
99971146--99971327	81	2.2	81	85	5	251	34	15	21	28	1.95
99971137--99971327	27	7.1	27	81	4	206	33	16	21	28	1.95
99974343--99974702	27	13.3	27	81	0	297	35	16	18	28	1.93
99974343--99974720	108	3.5	108	79	5	388	34	16	19	29	1.94
99979762--99979814	22	2.4	22	84	6	63	16	26	15	41	1.88
99988709--99988773	24	2.7	24	72	21	64	1	43	0	55	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99990717--99990890	47	3.7	46	80	9	183	24	29	20	25	1.99
99990620--99990890	94	2.9	92	77	11	275	25	28	19	26	1.99
99998150--99998373	47	4.8	47	87	4	294	23	29	21	25	1.99
99998109--99998371	141	1.9	138	84	8	354	23	28	20	26	1.99
100000653--100000681	12	2.4	12	100	0	58	17	13	0	68	1.20
100003453--100003489	18	2.1	18	100	0	74	10	27	18	43	1.83
100005602--100005639	18	2.1	18	90	0	58	23	15	28	31	1.96
100018178--100018349	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
100018170--100018345	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
100022437--100022489	17	3.1	16	84	13	61	62	3	0	33	1.13
100022436--100022489	9	6.1	9	84	4	74	62	3	0	33	1.12
100022602--100022655	9	5.3	10	83	14	58	25	0	1	72	0.95
100022609--100022646	11	3.4	11	96	3	67	23	0	0	76	0.79
100022609--100022646	12	3.2	12	92	7	69	23	0	0	76	0.79
100022602--100022646	23	2.0	21	91	8	72	26	0	0	73	0.84
100022595--100022673	20	4.0	19	77	15	63	32	0	1	65	1.00
100040093--100040128	18	1.9	19	88	5	56	41	0	25	33	1.55
100046812--100047146	47	7.1	47	90	0	490	34	11	27	27	1.90
100047116--100047250	48	2.8	48	89	0	198	31	7	29	31	1.85
100047397--100047505	37	2.9	37	88	0	155	22	18	32	26	1.97
100048773--100049107	40	8.4	40	93	0	571	26	22	26	25	2.00
100053060--100053394	47	7.1	47	92	0	526	34	11	27	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100053364--100053498	48	2.8	48	90	0	207	31	8	29	30	1.86
100053653--100053750	37	2.6	37	90	0	142	25	18	32	23	1.97
100060786--100061283	44	11.0	45	73	10	232	34	17	19	28	1.95
100061062--100061230	90	1.8	90	83	11	225	34	19	20	26	1.96
100065841--100066063	48	4.6	48	78	4	207	31	20	22	25	1.98
100065841--100066063	96	2.3	96	79	3	243	31	20	22	25	1.98
100065841--100066097	96	2.7	95	79	3	239	30	20	23	25	1.98
100067316--100067474	27	5.9	27	77	11	148	35	21	23	19	1.96
100067334--100067474	54	2.6	54	89	2	203	35	22	23	18	1.96
100067864--100067893	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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