genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60703076--60703382	161	1.9	162	88	1	436	40	20	9	29	1.84
60703401--60703568	54	3.1	54	90	1	248	33	16	21	28	1.95
60703401--60703555	27	5.7	27	87	6	215	33	16	21	28	1.95
60703774--60703868	25	3.8	25	91	0	145	27	25	21	26	1.99
60706060--60706434	27	13.9	27	81	4	283	38	21	9	30	1.84
60706060--60706428	54	6.8	54	80	4	318	39	21	9	29	1.85
60706087--60706398	81	3.9	80	82	4	376	39	21	9	29	1.85
60707153--60707463	27	11.6	27	84	2	322	39	21	9	29	1.85
60707153--60707463	81	3.9	80	81	4	365	39	21	9	29	1.85
60708214--60708446	27	8.7	27	84	0	261	39	20	9	30	1.83
60708189--60708493	54	5.6	54	76	5	258	40	20	8	30	1.82
60708214--60708475	107	2.4	106	86	5	346	40	20	9	30	1.84
60708182--60708532	81	4.3	80	79	6	255	38	20	8	31	1.83
60708189--60708529	27	12.6	27	77	6	224	39	20	8	31	1.82
60708512--60708680	81	2.1	81	86	6	245	34	15	20	28	1.93
60708522--60708668	27	5.4	27	90	6	226	32	17	21	27	1.96
60708522--60708681	54	3.0	54	93	1	268	33	16	21	28	1.96
60708887--60708981	25	3.8	25	95	0	163	25	25	23	26	2.00
60708887--60708994	25	4.4	25	88	8	118	27	23	23	25	2.00
60712100--60712277	52	3.5	52	86	4	222	28	15	29	26	1.96
60712095--60712277	51	3.6	51	80	8	205	28	15	28	27	1.96
60721476--60721562	28	3.1	27	83	3	102	22	16	34	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60721881--60722246	27	13.7	26	77	7	238	38	20	10	30	1.86
60721902--60722246	54	6.4	53	80	7	360	38	19	10	31	1.86
60721881--60722220	81	4.2	81	82	6	363	39	20	9	31	1.84
60722172--60722262	27	3.4	27	87	3	112	38	16	16	28	1.90
60723061--60723171	56	2.0	56	98	0	213	21	7	19	51	1.71
60723076--60723167	31	3.2	31	66	28	92	21	6	20	51	1.70
60724705--60724876	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
60724698--60724873	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.98
60732050--60732227	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	28	1.96
60732051--60732200	81	1.9	81	88	0	228	27	16	28	27	1.97
60740149--60740327	27	6.6	27	83	3	189	26	15	28	29	1.96
60740150--60740299	81	1.9	81	88	0	228	27	16	28	27	1.97
60741733--60741873	43	3.3	43	73	9	117	26	16	27	29	1.97
60744080--60744263	27	6.8	27	86	0	251	29	21	7	40	1.81
60744080--60744263	54	3.4	54	91	0	296	29	21	7	40	1.81
60744284--60744464	27	6.7	27	79	7	109	39	20	12	27	1.89
60744399--60744586	27	7.0	27	86	3	236	35	20	19	24	1.96
60744764--60744832	24	2.8	24	86	2	93	28	26	20	24	1.99
60747027--60747204	27	6.6	27	81	5	180	32	19	8	39	1.82
60747045--60747200	81	1.9	81	89	0	240	31	19	8	40	1.82
60747045--60747203	54	2.9	54	90	0	237	30	20	8	40	1.83
60747033--60747229	81	2.4	80	75	9	218	33	19	8	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60747033--60747227	54	3.6	54	81	2	176	33	18	8	38	1.82
60747222--60747374	27	5.7	26	74	7	94	39	20	11	27	1.88
60747336--60747579	27	9.4	27	78	7	254	35	20	20	23	1.96
60747366--60747404	18	2.2	18	90	0	60	33	17	23	25	1.96
60747339--60747431	45	2.1	45	89	0	141	34	21	22	21	1.97
60747799--60747867	24	2.8	24	78	10	77	28	24	20	26	1.99
60750063--60750265	27	7.5	27	79	7	180	32	20	6	40	1.77
60750081--60750263	54	3.4	54	85	0	258	32	20	6	41	1.76
60750081--60750265	81	2.3	82	88	1	275	31	20	5	41	1.76
60750063--60750441	27	14.0	27	74	7	178	36	20	7	35	1.81
60750063--60750291	54	4.2	53	76	6	201	34	19	6	39	1.78
60750108--60750293	81	2.3	81	82	0	210	33	20	6	39	1.78
60750243--60750531	27	10.7	27	74	4	197	40	20	9	30	1.84
60750216--60750490	135	2.0	135	97	0	514	39	21	8	30	1.83
60750216--60750524	135	2.3	135	91	2	460	38	20	9	31	1.84
60750419--60750546	54	2.4	54	81	6	136	41	21	10	27	1.85
60750534--60750685	27	6.0	27	80	14	182	33	21	21	23	1.97
60750564--60750602	18	2.2	18	100	0	78	30	20	25	23	1.98
60750537--60750629	45	2.1	45	95	0	168	33	20	22	23	1.97
60750888--60750956	25	2.8	25	93	2	113	26	23	24	26	2.00
60751594--60751768	56	3.1	56	95	1	325	45	9	22	22	1.80
60751597--60751764	55	3.0	55	96	0	309	45	8	22	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60752898--60753081	40	4.6	40	82	9	198	23	21	28	26	1.99
60752950--60753114	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
60757068--60757287	27	8.1	27	87	0	305	36	20	19	23	1.95
60757969--60758113	74	2.0	74	90	0	227	24	19	31	25	1.98
60757969--60758096	37	3.5	37	94	0	229	23	19	32	25	1.98
60759382--60759653	40	6.8	40	94	0	454	23	21	29	25	1.99
60763598--60763791	47	4.1	47	88	0	280	33	11	29	25	1.91
60763645--60763723	25	3.3	25	66	16	67	32	10	29	27	1.89
60763762--60763945	98	1.9	96	89	4	289	36	6	26	29	1.82
60763761--60763945	48	3.8	48	87	5	282	36	6	26	30	1.82
60764091--60764235	37	3.9	37	94	0	245	22	20	31	25	1.98
60765118--60765182	33	2.0	33	84	0	85	26	21	24	27	1.99
60765196--60765238	21	2.0	21	100	0	86	20	9	18	51	1.74
60784949--60785209	128	2.0	128	93	0	441	24	12	26	36	1.91
60794840--60794913	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
60800767--60800827	30	2.0	30	87	0	86	32	24	4	37	1.77
60804980--60805145	47	3.5	47	86	5	212	34	11	28	25	1.91
60805067--60805251	48	3.8	48	87	5	273	34	7	27	30	1.85
60804971--60805248	98	2.9	98	82	10	297	34	9	27	28	1.88
60805387--60805504	37	3.2	37	90	2	166	26	16	29	27	1.97
60805401--60805510	37	3.0	37	91	2	168	23	18	30	27	1.97
60809529--60809563	14	2.5	14	86	13	54	54	17	8	20	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60809753--60809782	12	2.5	12	94	0	51	66	6	10	16	1.41
60811761--60811913	39	3.9	39	90	0	234	25	31	24	18	1.97
60812334--60812393	30	2.0	30	100	0	120	36	10	16	36	1.82
60828578--60828794	40	5.5	40	82	6	237	23	22	28	25	1.99
60834282--60834537	40	6.5	40	87	5	353	23	22	28	25	1.99
60838107--60838362	40	6.5	40	90	4	369	26	28	22	22	1.99
60838107--60838362	79	3.2	79	88	6	360	26	28	22	22	1.99
60846461--60846677	40	5.4	40	87	2	278	24	28	23	23	1.99
60849536--60849564	12	2.4	12	100	0	58	62	6	13	17	1.52
60852554--60852614	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
60853835--60853895	29	2.1	29	87	0	86	26	37	4	31	1.77
60856168--60856299	50	2.6	51	86	3	194	37	12	15	34	1.85
60861845--60861882	20	2.0	19	90	10	60	65	0	5	28	1.14
60863515--60863579	27	2.4	27	87	5	78	29	18	16	35	1.93
60869100--60869155	27	2.1	27	83	6	69	26	17	19	35	1.94
60869112--60869164	27	2.0	27	92	0	88	30	11	18	39	1.86
60870421--60870504	25	3.2	25	74	12	87	48	16	8	26	1.74
60872563--60872685	40	3.0	41	83	3	142	31	25	14	28	1.95
60872610--60872703	40	2.3	40	87	0	134	37	23	14	24	1.93
60874889--60874930	16	2.6	16	88	0	57	23	21	0	54	1.44
60874911--60874950	20	2.0	20	95	0	71	22	20	0	57	1.41
60880736--60880764	11	2.6	11	100	0	58	20	37	6	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60881728--60881781	27	2.0	27	100	0	108	48	14	0	37	1.45
60884019--60884201	53	3.4	53	80	6	172	39	19	9	31	1.84
60884024--60884203	27	6.7	27	82	4	195	40	19	10	30	1.84
60884194--60884542	27	13.0	27	84	0	396	36	18	19	25	1.94
60884768--60884821	28	2.0	27	88	3	81	24	20	18	37	1.94
60884873--60885063	98	1.9	98	90	0	301	20	16	27	35	1.94
60885095--60885190	27	3.7	26	79	9	70	20	23	17	37	1.94
60885120--60885185	27	2.4	27	85	5	80	22	25	16	34	1.95
60887340--60887417	41	1.9	39	84	5	102	37	15	10	37	1.81
60887457--60887531	39	1.9	39	97	0	141	44	13	10	32	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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